中國接受這個挑戰，明年（一六八六），寧古塔軍區副司令（副都統）薩布素，再圍雅克薩城。除用巨炮轟擊外，並且使用從臺灣調來參戰的藤牌兵團攀城。圖爾布青戰死，守軍只剩下一百餘人，陷落就在旦夕。就在這時候，中國軍隊奉到停止攻擊的命令。因為中俄兩國外交人員正在北京接觸，俄國要求先行停火，玄燁大帝允許。
一六八九年，中國代表團團長欽差大臣索額圖，俄國全權公使陸軍上將費要多羅，在尼布楚談判，雙方都戒備森嚴，雙方的態度也都非常強硬，而中國代表更甚。索額圖有兩次在大怒下拍桌子而去，要下令擔任警衛的邊防軍攻城，俄國代表終於採取妥協態度，遂簽訂下列的《尼布楚條約》：
一、外興安嶺之南屬中國，之北屬俄國。
二、額爾古納河之東屬中國，之西屬俄國。
這是一個重要的條約，使中、俄得到和解，為中、俄兩國帶來一百七十年的和平，跟十一世紀中國與遼帝國澶州和解帶來一百一十四年的和平同樣重要。俄國對遙遠的東方固然力不從心，而中國如果長期從事於東北荒涼寒冷地區的戰爭，也將精疲力盡。
中國習慣於把所有的外國都當作藩屬，因為事實是這樣。《尼布楚條約》是中國第一次以平等地位跟外國簽訂的條約，但獲得的利益卻十分巨大。當時中國的力量，事實上只能到黑龍江北岸，還伸展不到外興安嶺和鄂霍次克海。俄國向南侵略，是由冰雪荒原，進入流奶與蠻之地，永不會自動停止。而中國不然，漢人那時仍以遼東半島為主要範圍，有耕種不完的肥沃土壤，滿洲人則爭先恐後入關去當中國的主人，沒有人傻到從流奶與蜜之地，投身到冰雪荒原。這可從對雅克薩城的處理上看得出來，中國人把它焚燬而退，俄國人卻把它當作寶貝，建了又建。所以，《尼布楚條約》對俄國是一種阻堵，對中國是一種保衛。
十三塞北疆土的開拓——內蒙古
蒙古只有一個，本沒有內外。因為跟中國合併的時間有先後，遂被分割。先跟中國合併的南半部稱內蒙古，後跟中國合併的北半部稱外蒙古。
蒙古人於十四世紀被中國明政府逐出長城後，一直不停地內戰。雖然達延汗於十六世紀一度予以統一，但他的後裔又分為四部，那就是：察哈爾部、鄂爾多斯部、土默特部、喀爾略部。不過這只是指達延汗的血親後裔，另外還有兩個相當大的部落，跟這四個部落同時並存的，一是住在東北北部嫩江流域的科爾沁部，一是住在東北西部西遼河流域的喀喇沁部。這六大部落中，喀爾喀部的人口最多，察哈爾部的力量最強。
本世紀（十七）初葉，察哈爾部的林丹汗，雄心勃勃地想效法他的祖先達延汗，創立蒙古再統一的偉大事業。一六一九年，他致函剛成立不久的後金汗國可汗努爾哈赤，信上開頭就說：「統兵四十萬蒙古國可汗，問候水畔三萬人大金國可汗努爾哈赤。」努爾哈赤看了大感沮喪。但林丹汗的才幹跟他的雄心不能配合，他對內完全採取高壓政策，以致引起反感。二十年代時，嫩江流域的科爾沁部，首先脫離林丹汗的統治，於一六二四年跟後金汗國結盟。明年（一六二五）林丹汗向科爾沁部進攻，努爾哈赤親自統率精兵赴救。林丹汗不敢作戰，自行撤退。這一次虎頭蛇尾的軍事行動，促使科爾沁部感激後金汗國不止，作更徹底的歸附。
三年後（一六二八），西遼河流域的喀喇沁部，不堪壓迫，也叛高林丹汗，投降後金。四年後（一六三二），後金汗國第二任可汗皇太極，跟投降過去的蒙古部落，組織西征聯軍，對察哈爾部發動總攻，林丹汗大敗，向西逃亡。土默特部和鄂爾多斯部，先後向後金投降。林丹汗逃到距青海湖尚有十天行程的大草原上病死，他的殘部在青海一帶仍支援三年。到一六三五年，終於也向後金屈服。
滿洲人把上述的這些被征服的蒙古部落和土地——塞北全境，稱為內蒙古。把漠北還沒有合併的喀爾喀部稱為外蒙古。後來滿洲人入主中國，這種稱謂和區分，一直保留下來。
清政府對蒙古人跟漢人不同，有下列的兩大特點：
其一取消蒙古固有的部落制度，改為盟旗制度，限制遷移，以便予控制。盟旗的行政系統，如下表顯示：