在八思巴領導下，僧侶們都穿紅色袈裟，並娶妻生子，因之稱為紅教。政治權力加上靡爛生活，使紅教日趨腐敗。十四世紀五十年代，一位改革家在青海西寧城附近一個藏民部落中降生，名宗喀巴，他是喇嘛教的馬丁路德。十四歲時就當紅教僧侶，二十歲時就大膽地提出改革方案。他改穿黃色袈裟，禁止娶妻，以便全心全意宣揚佛法，因之被稱為黃教。改革在極端和平中進行，沒有經過歐洲式宗教改革那種血流成河的屠殺場面。紅教終於衰落，黃教一天比一天興旺。
宗喀巴是一位最有想像力的大師，他為喇嘛教創立一個別開生面的權力繼承製度。他有兩位門徒，一名達賴，一名班禪。宗喀巴宣稱這兩位門徒都是佛陀投胎，永不死亡，肉體雖然毀壞，但靈魂卻立即再轉生世界，永遠不滅。達賴、班排在肉體毀壞（死亡）時，事先就預言他的靈魂要到某一個方向或某一個地方，以化身重生。逝世之後，先由高階巫師（拉穆吹忠）四個人，誦經作法，熱鬧一陣，然後分別出發去尋覓他身——靈童。找到之後，迎回拉薩，經過一段時間的宗教教育，等靈童年齡稍長，再舉行坐床大典，成為喇嘛教的正式教主。坐床，就是坐在一張只有教主才可以坐的神秘寶床上，等於皇帝的登極大典，當然隆重非凡。
宗喀巴大師於十五世紀一四一九年逝世，達賴以大門徒身份，繼承為喇嘛教教主，班禪以第二門徒身份充當副教主。從此之後，就實行化身（呼必勒罕）統治。十六世紀時，那位使明政府招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎達賴三世到青海講道，蒙古人從那時候起，開始接受黃教。
上世紀（十七），四衛拉特之一的蒙古和碩特部領袖固始汗，從天山北路侵入青海（青海省）與喀木（西藏東部及四川省西部）。這時候，達賴、班禪同住在前藏的首府拉薩城，而仍信奉紅教的土王之一的藏巴汗，居住在後藏的首府日喀則城，跟黃教對抗。達賴宗教政府的最高執政官（第巴）桑結，向固始汗請求援助。固始汗接受這個邀請，出兵把藏巴汗殺掉，把原屬於藏巴汗的後藏土地，奉獻給教主。於是達賴仍住拉薩，而班禪則遷到藏巴汗所住的日喀則。固始汗大功告成之後，返回青海，留一個兒子率領蒙古軍隊，駐防拉薩。
一六八二年，達賴五世逝世，最高執政官桑結秘不發喪，仍用達賴的名義，為自己向中國請求封號，清政府不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。桑結跟當時準噶爾汗國的噶爾丹可汗，秘密結盟。噶爾丹對庫倫（蒙古烏蘭巴托）活佛的指責和對外蒙古的攻擊，都是桑結出的主意。直到一六九七年，噶爾丹自殺，中國才知道一直是桑結從中搗鬼，向桑結責問達賴何在，並暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。桑結國王才恐慌起來，急急忙忙找了一位名札陽嘉穆磋的十五歲靈童（這時候達賴五世已死了十五年，所以這個達賴六世必須十五歲，表示他已轉生十五年），宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結向清政府報告說，他秘不發喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡說八道，但沒有追究。
西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗（固始汗的曾孫）主持軍事。
二西南疆土的開拓——西藏
西藏三頭馬車制有嚴重的基本衝突，進入本世紀（十八），衝突表面化。
拉藏汗對桑結國王事先沒有徵求他的同意，就確定誰是達賴化身，大不滿意，他說他將抵制到底。桑結認為你這個蒙古酋長竟敢幹涉我們西藏內政，簡直莫名其妙，決定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到訊息，先下手為強，一七○五年，發動突擊，把桑結殺悼，把達賴六世囚禁。中國和準噶爾汗國分別向拉藏汗要求迎接達賴六世，玄燁大帝深恐拉藏汗不買中國的賬，憂慮地說：「他們盲目地崇拜達賴，如果被準噶爾汗國迎接了去，可能發生很大影響。」但拉藏汗顯然願取得中國的友誼，他把達賴六世送往中國，不幸達賴六世卻在途中病故。
拉藏汗另行尋覓達賴化身，在博克達山（新疆吐魯番北博格多山）找到一個名伊西嘉穆磋的孩子，說他就是靈童，舉行了坐床大典，請中國加封。可是拉藏汗的政治手腕太差，他沒有跟那些高階巫師搞好，其中一個在喀木（西藏東部及四川省西部）裡塘（四川理塘）地方，找到了一個名格爾桑嘉穆磋的孩子，宣稱他才是真正的靈童。青海和碩特汗國那些蒙古王公（酋長），支援這個新靈童。拉藏汗派軍隊去捉拿格爾桑嘉穆磋，老爹早抱著孩子逃到青海去了，他向中國申訴，也請求加封。於是出現真假達賴的爭執，互相指責對方是假，而自稱是真。
準噶爾可汗策妄阿拉布坦跟拉藏汗有親上加親的婚姻關係。策妄阿拉布坦是拉藏汗的姐夫，而策妄阿拉布坦的女兒又嫁給拉藏汗的兒子丹衷，小夫婦一直住在伊犁（新疆伊寧）策妄阿拉布坦的王宮。
然而，國家的利益超過一切，策妄阿拉布坦渴望征服西藏，拉藏汗拒絕把達賴六世送給他，使他對自己的陰謀詭計，更不受良心責備。一七一六年，策妄阿拉布坦組織一支八千人的遠征軍，命他的大將大策零率領，奇襲拉藏汗。這是世界上最勇敢、最困難和時間最長的一次閃電突擊。從伊犁到拉薩，航空距離一千九百公里，要越過六千米的天山——比阿爾卑斯山還高二千米，繞過五百公里縱深的塔克拉瑪干沙漠，還要攀登七千米的崑崙山，才能爬上世界屋頂的西藏境內，然後又要在一千二百公里不見人煙的冰天雪谷中秘密行軍。
大策零這支遠征軍自一七一六年十月出發，白天潛伏，夜間前進，十個月後，於次年（一七一七）七月，神不知鬼不覺地接近西藏首都拉薩。拉薩附近人煙稠密，既不能殺絕，又無法躲避，大策零對那些驚愕的藏民說，他們是送丹衷夫婦回國省親的衛隊。拉藏汗老了，中國方面一再警告他防備準噶爾汗國的突擊，拉藏汗認為這是最幼稚的挑撥離間的手法。現在準噶爾遠征軍從天而降，攻陷拉藏汗所住的布達拉宮，把拉藏汗殺掉。為了斬草除根，策妄阿拉布坦下令把女婿丹衷也殺掉。西藏於是併入準噶爾汗國版圖，策妄阿拉布坦完成了他父親、叔父、祖父們的偉大心願。
策妄阿拉布坦在戰略上獲得成功，但在政略上他犯了錯誤，他沒有估計到中國對這件事的關切和反應，中國在接到拉薩陷落的報告後，決定用武力干涉。次年（一七一八），清政府正式承認逃到青海的格爾桑嘉穆磋為達賴七世，派遣軍隊送回西藏。但進入西藏後，在喀刺烏蘇河（怒江上游），被大策零擊敗。
中國當然不會罷休，兩年後（一七二○），清政府派出第二次遠征軍，分三路進攻。駐在外蒙古科布多和巴里坤（新疆巴里坤）的兩個兵團，直接攻擊天山北路準噶爾汗國本土，使它不能向西藏增援。東路軍總司令（定西將軍）噶爾弼則由打箭爐（四川康定）西進，北路軍總司令（平逆將軍）延信，由西寧（青海西寧）穿過唐古拉山（今青海與西藏分界）南下。大策零戰敗，不得不放棄佔領了四年的別人的國土，由原道向國內撤退，但他們已沒有來時候旺盛計程車氣，沿途死傷相繼，生還到伊犁（新疆伊寧）的不到一半。
中國遠征軍進入拉薩，撤銷一切國王和一切可汗的稱號，又撤銷土伯特國號，改稱西藏。任命故拉藏汗的一位僚屬康濟乃，當前藏最高執政官（固山貝子·噶布倫），另一位僚屬頗羅乃，當後藏最高執政官（臺吉·噶布倫）。把喀木（四川省西部及西藏東部）巴塘（四川巴塘）以東，劃給四川省。
面積一百六十萬平方公里的西藏——包括藏、衛、康，併入清政府中央版圖。
三中西部疆土的開拓——青海
西藏併入中國後，青海起而反抗中央。青海本是土伯特王國四個地區之一，但它在上世紀（十七）初葉，就被蒙古人的和碩特部侵入，所以在青海廣大的高原上，蒙古民族跟西藏民族同樣的多。不過他們都是信奉同一喇嘛的虔誠教徒，因此蒙藏之間的感情，十分融洽。
和碩特汗國最偉大的領袖固始汗，進入青海後，很快的就征服了全部土伯特王國。固始汗的後裔分為兩支，一支在前藏，一支在青海。在前藏的一支，因拉藏汗被殺而結束。在青海的一支，由他的兒子鄂齊圖汗繼承，於上世紀（十七）被突厥族的噶爾丹可汗擊敗併吞。噶爾丹敗亡後，青海脫離準噶爾汗國的控制，成為無政府狀態，各個部落獨立為政，亂糟糟的群龍無首。中國政府遵找到固始汗的另一個兒子札什巴圖，封他為藩王，作青海各部落的領袖，以對抗西方準噶爾汗國的壓力。
札什巴圖逝世後，王位由他的兒子羅卜藏丹津繼承。本世紀（十八）二十年代中國進攻西藏時，羅卜藏丹津也率領他的蒙古兵團從徵。這一次遠行，使他看到和碩特汗國昔日的光榮，激起他萬丈豪情，決心恢復祖父固始汗轟轟烈烈的霸業。於是他轉而把朋友中國當作仇敵，而把仇敵準噶爾汗國當作朋友。
西藏併入中國後的第三年（一七二三），羅卜藏丹津號召青海的蒙古人各部落酋長，取消中國清政府所封的「王爵」、「公爵」的稱號，脫離中國的宗主關係。大多數蒙古部落和喇嘛教的重要寺院，都起而響應。