準噶爾汗國雖然覆亡，阿睦爾撒納雖然死掉，未死於天花的準噶爾人用游擊戰作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲於奔命。這更增加弘曆的憤怒，他下令兆惠執行他的滅種政策。準噶爾人從此在他們的故土上消失，只剩下一個地理名詞準噶爾盆地和橫亙在中、俄兩國邊界上的準噶爾門（新疆博樂東北阿拉山口）要塞，供後人垂淚憑弔。
——一個人或一個小團體，為了尊嚴的理由，寧可玉破，不為瓦全，他們所作的壯烈犧牲，應受萬世的崇敬。但一個國家或一個民族，應有智慧和勇氣接受屈辱，瓦全還有復興之日，玉碎便永無希望了。準噶爾人的遭遇，使我們驚悸。
阿睦爾撒納是拉藏汗的孫兒，丹衷的遺腹子，母親是策妄阿拉布坦可汗的女兒。策妄阿拉布坦襲殺拉藏汗後，又斬草除根把丹衷殺掉，而把懷有身孕的女兒另嫁給輝特部的一位酋長。民間傳說，當遺腹子阿睦爾撒納呱呱降生時，滿身鮮血，大家深信他為復仇而來，他果然達到目的。
五西北疆土的開拓——新疆
準噶爾汗國滅亡的疆域，包括兩大部分，一是天山北路準噶爾盆地，一是天山南路塔里木盆地。清政府把天山北路稱為「準部」，天山南部稱為「回部」。
征服了天山北路的準部，並不等於控制故準噶爾汗國全國領土。天山南路的回部是上世紀（十七）被噶爾丹可汗吞併的，現在侵略者失敗，回部不願再接受外人的統治。
回部範圍即塔里木盆地的範圍，當中是那塊龐大無比的塔克拉瑪干沙漠。在沙漠西端，羅列著十數個繁榮的城市，盆地上百分之九十的人口，集中在這十數個城市之中。
這就是中國歷史上最重要的古西域故地，紀元前二世紀張騫，紀元後一世紀的班超，就在這裡威震列國。七世紀時，唐王朝的軍隊再度進入，把它歸併中國，但八世紀時卻被吐蕃王國奪去。直到本世紀（十八），整整一千年之久，跟中國隔絕。一千年裡面，這個區域發生過無數我們不知道的事件和無數傳說不一的興亡存廢的變化。所以，當中國遠征軍征服準噶爾汗國，越過天山南下時，所面對的已不是當年古色古香的西域，而是奇異而陌生的回部風光。
回溯九世紀時，回紇汗國瓦解，部眾星散。其中一部分進入西州（新疆吐魯番），稱為西州回紇。他們後來由西州再向西南遷移，到達航空距離一千一百公里處的疏勒王國（新疆喀什），征服了它，改名為喀什噶爾城。不知道什麼時候開始，回紇人拋棄了原有的佛教信仰，改信從西方阿拉伯傳來的伊斯蘭教。人們因為伊斯蘭教為回紇人所信奉，所以倒果為因的把伊斯蘭教稱為回教。到了十三世紀蒙古帝國時代，又不知道什麼緣故，回紇被改稱為維吾爾，因他們信奉回教的緣故，人們又倒轉過來稱他們為回回、回民、回族，稱他們所居的地區，即天山南路為「回部」。維吾爾人跟準噶爾人一樣，同屬於突厥民族，在蒙古帝國四大階級中，屬於第二等（色目）階級，比漢人的地位要高。
同樣不知道從什麼時候起，在回部興起一位伊斯蘭教教主，稱為和卓木，地位跟喇嘛教的達賴，天主教的教皇相似，只不過和卓木是可以結婚的，所以教主的寶座是父子相傳。準噶爾汗國策零可汗，曾於本世紀（十八）二十年代，把第二十五代的和卓木阿哈瑪特，連同他的兩個兒子布拉呢敦、霍集佔，即著名的大小和卓木，誘到伊犁（新疆伊寧），當做人質。阿哈瑪特不久逝世，兩個兒子被囚禁如初。關於和卓木的世系，我們列如下表：
一七五五年，中國遠征軍進入伊犁，把大和卓木送回他的故都葉爾羌（新疆莎車），但仍留下小和卓木幫助處理天山北路維吾爾人的事務。明年（一七五六），阿睦爾撒納叛變，小和卓木也乘機逃回葉爾羌。又明年（一七五七），阿睦爾撒納失敗。中國遠征軍派遣使節到葉爾羌，要求接受中國的統治。大和卓木同意，但小和卓木反對，他說：「我們如果聽從了中國，弟兄之中，勢必有一個被送到北京當人質。從父親那一代起，我們像奴隸一樣，受人擺佈，應該是停止的時候了。而且中國新佔領敵國的土地，游擊戰激烈，人心惶惶，不可能對我們派出大軍。即令派出大軍，我們固守天山險要，他們糧道遼遠，補給困難，絕不能持久。」在座的各城城主（伯克），都贊成小和卓木的意見。於是，他們宣佈建立巴圖爾汗國，跟中國對抗。
然而小和卓木的判斷完全錯誤，判斷錯誤就要付出判斷錯誤的代價。中國遠征軍強行越過天山南下，山麓一些重要城市的城主不能抵禦，紛紛投降。第二年（一七五八），滿洲兵團司令（定邊將軍）兆惠率領他的精銳四千餘人進攻葉爾羌，在距城一公里的黑水（葉爾羌河），渡河一半時，橋樑中斷，被分為兩截，陷於包圍。可是，和卓木兵團既沒有攻擊用的重武器巨炮，又沒有鬥志。僵持了三個月，中國援軍到達，把兆惠救回阿克蘇城。第三年（一七五九），兆惠作第二次進攻，攻陷葉爾羌，大小和卓木向中亞的浩罕王國（烏孜別克浩罕城）逃亡。經過蔥嶺巴達克山部落（阿富汗東北部）時，被巴達克山部落酋長殺掉，把人頭獻給尾追不捨的中國追兵。巴圖爾汗國只有四年壽命，就告覆亡。
現在，準噶爾汗國全部領土，面積約一百九十萬平方公里，由清政府改稱為新疆，即新開闢的疆土——事實上是新收復的疆土之意，併入中國版圖。
六清政府的民族政策
新疆合併後，中國的領土膨脹停止，但已是一個擁有一千三百餘萬平方公里的龐大的超級強國。在世界歷史上，面積僅小於蒙古帝國，但比蒙古帝國屬下的元帝國，要大兩倍。兩個世紀以來領土膨脹情形，用下表說明：
從表上可以看出清政府對中國的貢獻是如何巨大和重要。他們為中國開拓的疆土，較他們上世紀（十七）四十年代從明政府繼承下來的領土，要大四倍，我們再用下表列出統計數字：
清政府並不是為漢人開疆拓土，他們純是為滿族人開拓，不過後來不得不傳遞到漢人之手。而且他們入關之後，堅持自己也是中國人——滿族裔的中國人，跟漢裔的中國人，完全相同，所以他們理直氣壯的以中國主人自居，東搶西霸，廣置田宅。對其他的各民族，站在滿族人的立場，釐定他們的民族政策。
對滿族人清政府採取兩項措施，一是堅決地保持滿洲故土（東北）作為滿族人獨佔地區，不準漢人出關（山海關）移墾，準備萬一演出被驅逐的結局時，滿族人可以跟當年的蒙古人一樣，能夠退回老巢。二是每一個滿族男孩誕生，立刻就有一份戰士的薪餉，目的在使滿族人全民皆兵，專心從事戰鬥訓練，不為外事分心。因為滿族人太少，本世紀（十八）不過四百餘萬，而漢人已有二萬八千四百餘萬，滿族人認為必須這樣，才能勝任對漢人和其他民族的控制。
——結果是，一、東北地廣人稀，田地大部分荒蕪，在東北的滿族人遂私下歡迎貧苦的漢人出關為他們耕種，在嚴密的禁令下，漢人仍不斷增加。二、滿族人不需要有任何努力就有一份薪餉，使他們的生活墮落，他們的時間並沒有用在戰鬥訓練上，反而用在聲色犬馬上，成為滿族人腐爛的根源。
對漢人清政府完全效法明政府的手段，繼續用科舉作為武器，使中華民族中所有知識分子比從前更嚴重的醬在獨佔性的儒家系統和僵硬的八股文之中。同時對漢人傳統的中華民族本位主義，予以打擊，強迫中華民族接受多元觀念，承認滿族人並非夷狄，同樣也是中國人，而且是中國的主人。
對蒙古人清政府利用他們的戰鬥力，而根絕他們的智慧和知識，也就是徹底的愚民政策。除了阻止蒙古人接受教育和阻撓蒙古人漢化外，還誘使蒙古統治階層「王」、「公」之流生活靡爛，跟人民形成尖銳的對立，使他們不能追求更高的理想，而且也根本不知道有更高的理想。
對西藏人清政府尊重他們信奉的喇嘛教，而禁止他們從事政治活動。事實上西藏人在喇嘛教的「泥沼」中，也沒有餘力去過問政治。清政府用隆重的禮節對待達賴和班禪，鼓勵西藏人出家當喇嘛，賦給喇嘛精神上的尊榮和物質上的利益，喇嘛是不準結婚的，在清政府的鼓舞下，本已日漸減少的西藏人，更加速減少。喇嘛教如果繼續不變的話，西藏人會走入自然滅種的結局。
對維吾爾人清政府看他們比蒙古人西藏人，要低一級，連謀略性的優待都沒有，反而有相當難堪的迫害。滿族官員虐待蒙古人、西藏人的事件不多，而虐待維吾爾人，以致激起民變的事件，卻層出不窮。而且把新疆看成東北第二，作為滿族人發展的專用土地，阻止漢人前往移民，早已移民過去的一些漢人，本來跟維吾爾人相處得十分融洽，清政府下令漢人必須單獨居住，不準跟維吾爾雜居。於是每一個城市都分裂為二，漢人集中漢城，維吾爾人集中回城，絕對不許通婚，平時也不準有友誼上的交往，呈現一種人為的畸形社會形態，目的只是為了防止維吾爾人跟漢人結合。
這種情形，在行政區域劃分和地方政府的組織上，明顯地表現出來。中國本土被劃分為十八個省，簡稱為「本部十八省」，以漢人為主，仍維持明王朝遺留下來的社會和政治結構。