二利益均沾條款適用於俄國。
三中俄兩國未定邊界，重新勘定（中國西北疆土喪失的伏筆）。
俄國還要求割讓烏蘇里江以東領土，桂良心神恍惚，口頭上連連應允。口頭上的應允雖然沒有法律上的效力，但有鼓舞俄國要求再舉行談判的效力。
兩年後，一八六○年，英法聯軍進入北京，俄國前任駐華公使伊格那提耶夫也狐假虎威，進入北京，向失魂落魄的奕訢親王，表示他有辦法使英法聯軍撤退，但中國必須把烏蘇里江以東領土正式割讓給俄國，作為酬謝。
英法聯軍所以發生，跟鴉片戰爭所以發生一樣，都基因於清政府對當代國際社會，連最低的基本常識都沒有。英法聯軍的目的只求清政府履行《天津條約》，並無意打進中國的首都。既然陰差陽錯打進了中國首都，一則缺少冬天裝備，一則又怕清政府瓦解，妨礙他們的商人做生意。所以一心一意希望早日簽訂和約，早日撤退。清政府官員對這些一無所知，每日憂心忡忡、唯恐英法長期佔領。在簽約之後，英法聯軍本要依限撤退，偏因內部一點小事，延緩了幾天，奕訢就慌了手腳，認為是俄國從中搗鬼，他向皇帝奕囗報告說：「恐怕俄夷之事一天不解決，英夷的兵一天不走。」就又暈暈忽忽地簽訂了中俄《北京條約》：
一、割讓烏蘇里江以東土地給俄國。
二、中俄兩國在中亞，以山脈河流自然形勢，和中國哨兵站為邊界。
三、俄國在喀什噶爾（新疆喀什）、伊犁（新疆伊寧）、塔爾巴哈臺（新疆塔城）自由貿易，並有購地建屋，和傳教之權。
烏蘇里江以東領土有三十四萬平方公里，包括海參崴在內，在俄國的詐欺下，又莫名其妙的全部喪失。
中國既沒有被俄國打敗，俄國也沒有費一槍一彈，只憑恐嚇和詐術，就硬生生的奪取了九十八萬平方公里的中國領土，是日本面積的兩倍半，而且這還是第一批，更多的恐嚇和詐騙還在後面。這不像是真實的國際交涉，倒像是一篇童話故事。
十新疆的脫離與收復
太平天國覆亡的那一年（一八六四），西北的新疆地區，又爆發更嚴重的反抗戰爭。
陝西回變領袖人物之一的妥明從陝西到了新疆天山北路的重鎮烏魯木齊，住在烏魯木齊軍區副司令（參將）索煥章家中，企圖發動另一個回變，以打擊已失去控制力的清政府。恰巧軍區總司令（都統）平瑞正向各縣徵收捐稅，稅吏馬金、馬八都是伊斯蘭教徒，貪汙暴虐，各縣漢人紛紛起來反抗。馬金、馬八反而倒打一耙，指控這是抗暴的漢人有計劃的要消滅伊斯蘭教徒，號召伊斯蘭教徒用武力對付。古城（新疆奇台）首先發生流血械鬥，索煥章乘著混亂，把平瑞殺掉，擁戴妥明當王，建立獨立政權。
明年（一八六五），另一位從陝西逃到天山南路的陝西回民領袖金相印，在喀什噶爾（新疆喀什）暴動，把清政府的官員p走。天山西麓，位於中亞的浩罕王國（烏孜別克浩罕）派了它的大將阿古柏，帶著維吾爾人伊斯蘭教徒領袖大和卓木布士爾克（可憐的張格爾之子），率領強悍善戰的安集延（烏孜別克安集延）兵團，進入中國領土，援助金相印。浩罕人也屬於維吾爾民族，於是漢人伊斯蘭教徒跟維吾爾人伊斯蘭教徒合流。
布士爾克在喀什噶爾稱王，他既沒有才能而又想幹預阿古柏的軍權，兩年後（一八六七），阿古柏政變，把布士爾克逼下寶座，送去阿拉伯半島麥加朝聖。阿古柏登位，稱畢調勒特可汗，建立哲德沙爾汗國。一八七○年，阿古柏北伐，攻陷烏魯木齊，當了七年王的妥明在逃亡途中死掉，阿古柏遂統一了新疆全境，只伊犁（新疆伊寧）地區除外，伊犁於一八七一年被俄國突擊佔領。
阿古柏的龐大汗國很快的就跟英俄兩國締結通商條約，又跟當時伊斯蘭教教主蘇丹所統治下的土耳其帝國，建立密切關係。二百萬平方公里的新疆，事實上已與中國脫離。