與此同時，李輝徹底取消了軍戶制度，軍戶全部編入農業人口，宣佈實現普遍義務兵役制，每家的十六歲到六十歲的男丁自動編入預備役民團，每逢農閒進行訓練，戰時則加入預備役民團，協助正規軍作戰，民中精壯以及退伍士卒編入地方軍隊，直接參與大規模戰爭。
各地優秀男兒，在每年春季進行遴選之後，擇優進入正規軍團，服兵役，保衛國家。為期三年，三年之後表現優異者轉入志願兵，其餘人等發回原籍，不脫產，加入預備役民團，隨時準備戰爭動員。
東山軍最初的六個整編師則全年處於備戰狀態，士兵脫產訓練，學習各種火器的操作和作戰技巧，體能訓練，作為國家常備軍，時時刻刻做好犧牲的準備。
經過這一番改革之後，李輝將原本有些鬆動的軍權又牢牢地掌握在手中，連黃宗旺的世忠軍也要進行改制，這樣李輝就可以以「不稱職」等藉口將世忠軍中頑固中層將領拿掉，換上從抗清書院畢業的嫡系將領進行管轄。
如此一來，東山軍鋒銳營變成了東山軍鋒銳師，在軍隊中的編號就是東山軍第一師，也即傳說中的。潛龍營等依次排下來，排在最後的便是飛旗營，也叫飛旗師。
水軍也改名為海軍，鎮海，伏波，平濤三個營自動升級為艦隊，同師級序列。
同時帶來的還有東山軍的大規模換裝，正規軍手中落後的火銃全部被先進的燧發火槍代替，在蒸汽動力的使用下，東山軍制造軍火的水平大大提高，喜好專研的宋應星、戴蒼等人已經開始研究機械沖床和蒸汽船了。
在崇明島的一個角落，用帷帳遮蓋起一塊地方，裡面不時傳來丁丁噹噹的聲音，大家都很好奇在生產什麼，有知情人神神秘秘的附耳說道，「這裡面在研究怪獸，可以壓死人的怪獸」
大家也不明白這怪獸是什麼東西，但一定是驚世駭俗的玩意，也就不去管它。
連珠銃這種吃子彈的怪獸武器也得到了廣泛推廣，按照新編制，每個營可以擁有兩架連珠銃作為火力支援，碗口銃等近距離面殺傷武器也得到了擴大使用，藉助於蒸汽鍛壓的廣泛應用，大風弩的弩臂換成了鋼製，威力大大增加。
經過這一番整軍，東山軍面貌為之一新，由一支古代軍隊一躍而成為大航海時代的近代化軍隊，實力大大增加。
李輝看著一隊隊手持新式燧發槍計程車兵，心中感慨萬千，四年前他有什麼？不過十九個人，現在竟然有了這樣一支龐大規模的近代軍隊，還有一整套完整的預備役制度，他也算過，如果今晚發生戰爭，明早他便可以從東山軍控制區拉出一支五十萬人的龐大軍隊來
為各地游擊隊的支援也大大增加，各地的游擊隊不但沒有被撤銷，反而得到了先進的神火飛鴉、大風弩、霹靂雷，還有淘汰下來的大量的火銃的支援，甘陝、直隸、山東山西各地反清起義屢屢發生，滿清焦頭爛額，不得已之下，已經有了撤回遼東的心。
遼東是說回就回的？
奉多爾袞的命令，阿濟格率領正紅旗大軍五萬，向遼東挺進，駐守遼東的東山軍奮起反擊，在蒙古騎兵和退役關寧軍的支援下，將正紅旗包圍在殘破的錦州城下，同時，剛剛改編完畢的平濤艦隊遠征而來，用重炮將滿清打得狼奔豕突，潰不成軍。
呂宋島收入囊中之後，當地發展迅速，李輝在呂宋島種植了大量的橡膠樹，臺灣島上的橡膠樹已經茁壯成長，不久之後便可以採收了。
橡膠是重要的工業密封件和減震材料，李輝對此高度重視，不但要求有條件的各地栽種更多的橡膠樹，還特別設立了扶持基金。
「現在很多日本人也想種植橡膠樹，我的王爺，我此次來就是為他們乞討一些橡膠樹苗的。」今村秋野看著高高在上的李輝，臉上笑成了一朵花。
「今村，別來無恙？」李輝看著這個忠誠的走狗，也難為了這小子，三月前銀州暴發日本礦工暴，他在東山軍沒有授權之下悍然下令，將數萬名日本礦工全部屠殺，屍體堆成一座山。
「這是我的職責。」面對死在他手下的同胞，今村沒有表現出一丁點的同情心，「如果不殺掉他們，我們大明人就要為他們付出更大的傷亡。」
「今村，你做的不錯」李輝笑了笑，「現在日本的那幫賤民們對我們可有異議？」
「回王爺的話，」今村跪在地上，連連叩頭，「現在那幫矮蘿蔔乖極了，有王爺的大軍駐紮在那裡，他們哪敢多言再說有胡說八道的，屬下已經送他們去陰曹地府報告了。」
「很好，很好。」李輝再次表揚，「你要配合沃頓船長加緊向南洋巴達維亞等地販賣勞工，作為我們清除劣等民族，出口創匯的重要手段。現在你可以正式加入東山軍了，祝賀你」
大廳中傳來稀稀拉拉的鼓掌聲，今村激動得涕淚並流，「謝，謝王爺您的大恩大德小的永遠不會忘記」
「起來吧」李輝看著這條忠實的狗，「建功立業的機會就擺在你的面前，你要努力」
「是」今村站起身，擦擦眼淚，太激動了，全身都在亂顫，「請王爺放心」
跟隨今村秋野前來的還有幾個隨從，這幾個日本人穿上大明人的衣服，卻怎麼也穿不出大明人那種清逸灑脫，倒好像穿上衣服的猴子，不倫不類。
夜晚降臨了，這幾個隨從卻不睡覺，在屋子裡嘰嘰喳喳的在密謀些什麼。
月上柳梢頭，清冷的寒夜將街上的百姓都凍得縮脖子跑回家，這幾個日本人卻推開窗子，跳了出來。
「李輝的房間就在前面。」一個留了一撮小鬍子的小鬼子低聲說道，「現在是我們關西武士會報仇的時候了」
「山田君，如果殺掉李輝，我們大日本帝國就可以恢復往日的榮光，是麼？」一個身材較瘦的日本人壓低了聲音問道。
「當然，殺掉李輝，我們就可以恢復帝國的旗幟，或許我們還可以趁著中原大亂的時候發兵佔領中原，一統天下」山田太郎的一番話說得眾人熱血沸騰，握緊了手中的太刀，看來大日本帝國的未來，就掌握在我們的手裡了
前面的屋子裡仍然亮著一盞燭光，本來眾將領勸說李輝使用石燈照明，但是李輝認為「上有所好，下必從之。」為了杜絕貪腐之風，斷然拒絕了眾人的好意，依舊使用最簡陋的油燈。
李輝正在屋子裡看書，這本可不是《》，而是唐人的《碾玉觀音》，旁邊還擺著王陽明的《知行錄》、普魯士馮.卡倫爵士送給他的《聖經》原本。
「大哥，該睡覺了。」李瑩推門進來，「這麼晚了還不睡，今天素玉來了麼？」
「來，來了。」李輝想要撒謊，不知怎的就卻又說了實話，李瑩看到他那副窘態，不由得抿嘴一笑，「大哥，來就來了嘛你怎麼還臉紅了？」