咸陽大起波瀾，孔子故里也陷入了前所未有的緊張之中。
自孔子離世，儒家的政治主張一直未能得以伸展。孟子之後，這個學派似乎已經筋疲力盡，奔走仕途矢志復辟的精神大大衰減，漸漸地專務於治學授徒了。不期然，這種無奈的收斂，卻使儒家意外地發展為天下最為蓬勃的學派，各郡皆有儒家名士之私學，堪稱弟子遍佈天下。與此同時，孔氏一門穩定傳承繁衍頗盛，至秦一天下，孔門已經傳到了第九代。這一傳承的嫡系脈絡是：孑乙子、孔鯉（伯魚）、孔伋（子思）、孔白（子上）、孔求（子家）、孔箕（子京）、孔穿（子高）、子慎、孑乙鮒（子輿）。
九代之中，除第八代子慎做過幾年末期魏國的丞相，其餘盡皆治學。
秦一天下之後，帝國一力推行新政創制，大肆搜求各方人才。舉凡六國舊官吏之清廉能事者，盡皆留用；舉凡天下學派名士，各郡縣官署都奉命著力搜求，而後直接送人咸陽博士學宮。在此大勢之下，嬴政皇帝與帝國重臣們在開始時期的見識是一致的：四海歸一，當以興盛太平文明為主旨，儘可能少地以政見取人。也就是說，搜求人才不再如同戰國大爭之世那般以治國理念為最重要標準，允許將不同治國理念的學派一起納入帝國海洋。當然，這裡有一個不言自明的標尺：必須擁戴帝國新政。基於此等轉變，嬴政皇帝與李斯等一班重臣會商，決意以對待儒家為楷模，向天下彰顯帝國新政的納才之道。
舉凡天下皆知，秦儒疏離，秦儒相輕，其來有自也。孔子西行不入秦，後來的儒家名士也極少入秦，即或是遊歷列國，儒家之士也極少涉足秦國。其間根源雖然很難歸結為單一原因，然儒家蔑視秦人秦風，認秦為愚昧夷狄則是不爭的事實。應該說，在秦孝公之前，秦人對儒家的這種蔑視是無奈的。而自孝公商鞅變法崛起，秦國自覺地搜求經世人才，對主張復辟與仁政的儒家，是打心眼裡蔑視的。戰國百餘年，山東士子大量流入秦國，儒家之士依然寥寥無幾。不能不說，這種其來有自的相互蔑視起了很大的阻礙作用。而秦帝國一旦能敬儒而用，則無疑是海納百川的最好證明。嬴政皇帝曾經笑嘆雲：「朕願為燕昭王築黃金臺，但願儒家亦有郭隗之明睿也！」如此這般，這個近百年幾為天下遺忘的曾經的顯學流派，被嬴政皇帝的詔書隆重而顯赫地推上了帝國政壇：孔鮒被皇帝任命為幾比舊時諸侯的高爵——文通君，官拜少傅，統領天下文學之士。秦及其之後的兩漢，所謂文學之士，是諸般治學流派的泛稱；統領文學之士，便是事實上的天下學派領袖。
後來的事實表明，這是極具諷刺意義的一幕。秦帝國在歷史上第一個將備受冷落的儒家學派推上了學派領袖的位置，這個學派卻並沒有投桃報李，而是舊病復發一意孤行，獲罪致傷之後更是矢志復仇，以至於千秋萬代地對秦政鞭屍叱罵，絕無一絲中庸之心。
卻說這個孔鮒，那日匆匆逃出咸陽，急慌慌回到了故里，立即召來胞弟子襄緊急會商。孔鮒將大朝欲將焚書的事情一說，精明幹練的子襄立即有了對策——藏書為上。孔鮒秉承了儒家的書生傳統，四體不勤五穀不分，對實際事物最是懵懂，但遇實事操持，都是這位精明能事不大讀書的弟弟做主。是故，子襄一應，孔鮒立即癱在了榻上放心了。後來，孔鮒投靠了陳勝反秦軍，莫名其妙死於陳下之地；其時正是這子襄繼承了孔門嫡系，延續了孔門血脈，後來先做了西漢的博士，又做了長沙太守。
子襄吩咐一個女僕照應兄長，立即出來撞響了茅亭鍾室裡的大銅鐘。鐘聲急促盪開，莊院外讀書的弟子們紛紛從松柏林中走出，匆匆奔莊院而來。未幾，百餘名弟子聚齊到大庭院中。子襄站在正廳前的石階上神色激昂地高聲道：「諸位弟子們，秦皇帝要焚盡天下典籍，儒家災劫即將來臨！我等要將全數典籍藏匿起來，書房只擺醫農卜筮之書。若孔門儒家有滅族之禍，任何人不得洩漏藏書之地！無論誰活下來，都要暗中守護藏書，直到聖王出世徵求。若有膽怯背叛儒家者，任何時日，儒家子弟均可鳴鼓而攻之！明白麼？」
「明白！」弟子們雖然驚愕萬分，還是激昂地呼喊了一聲。
「好！分成兩班，一班整理書籍，一班做石條夾壁牆。立即動手！」
弟子們口中答應著，事實上卻慌亂一團。蓋儒家崇尚「文質彬彬，然後君子」，絕不像墨家那般以自立生存為藝業根本。除了趕車，儒家士子對農耕工匠商旅諸般生計事十有八九不通，比孔子時期的立身教習尚且差了一截。今日驟逢實際操持，頓時亂了陣腳，既不知夾壁牆該如何修法，更不知石條該到何處倒騰。不甚讀書的子襄這才恍然大悟，驟然明白了哥哥的這班弟子的致命病症。於是子襄二話不說，立即走下石階開始鋪排：一邊先點出了二十名弟子去整理簡冊，一邊教弟子們一一自報自家是力氣大還是心思巧。片刻報完，子襄便高聲喝令，力氣大的站左，心思巧的站右；而後子襄召來六名府中工匠，兩名石工領著力氣大的一隊弟子去尋覓石條，四名營造工領著一隊心思巧的弟子籌劃夾壁牆。匆匆鋪排完畢，子襄便親自各處督導，開始了萬般忙亂的秘密藏書。
忙碌月餘，好容易將典籍藏完，焚書的事卻似乎沒有了動靜。非但沒有郡縣吏上門搜書，連這個赫赫文通君逃亡的事也沒人來問。子襄心下大是疑惑，以秦政迅捷功效，竟能有月餘時間藏書，原本便不可思議；更兼兄長拜爵文通君，幾與那些功臣列侯等同，這個虎狼皇帝能丟在腦後不聞不問？問及兄長，孔鮒卻是無論如何說不出個清楚道理。精明的子襄一時倒沒了主張，不知道究竟是逃走好，還是守護在故里好。如此萬般疑惑萬般緊張，不時有各郡縣傳來繳書焚書訊息，偏偏孔府卻是一無動靜。煎熬之間，眼看北風大起冬雪飄飛河水解凍驚蟄再臨，還是沒有人理睬這方儒家鼻祖之地。一時間，孔鮒反倒有些落寞失悔起來，早知皇帝沒有將儒家放在心上，何須跟著那班勾通六國貴族的儒家博士起鬨？自先祖孔子以來，孔門九代，哪一代拜過君爵？居君侯之高爵寧不珍惜，以致又陷冷落蕭疏之境地，報應矣！
然在孔鮒長吁短嘆之時，子襄卻驀然警覺起來，對這位文通君大哥道：「為弟反覆思忖，此事絕不會無疾而終。以嬴政之虎狼機心，安知不是以孔門儒家為餌，欲釣大魚？」
「大魚？甚是大魚？」孔鮒很有些迷惘。
「大哥可曾與六國世族來往？」
「識得幾人，無甚來往。」
「這便好。但願真正無事也。」
便在這憂心忡忡惶惶不安之時，孔府來了兩位神秘人物。
當子襄從莊外將這兩個人物領進已經沒有書的書房時，孔鮒驚愕得嘴都合不攏了。手忙腳亂地揉了幾次眼睛，才一拱手勉力笑道：「兩位遠來，敢請入座。」兩人卻也奇怪，只淡淡地笑看著孔鮒，良久卻一句話不說。孔鮒見子襄直直地佇立著不走，這才恍然道：「老夫慚愧，忙亂無智了。這是舍弟子襄。子襄，這位是魏公子陳餘，這位是儒門博士盧生……」子襄當即一拱手道：「公子、先生見諒，時勢非常，我兄多有迂闊，在下不得不與聞三位會晤。」年青的陳餘朗聲笑道：「久聞孔門仲公子才具過人，果名不虛傳也！我等與仲公子豈有揹人之密，敢請仲公子入座。」如此一說，子襄倒有些失悔言辭激烈，立即一臉笑意地吩咐上酒為兩位大賓洗塵。片刻酒食周到，小宴密談便隨著觥籌交錯流轉開來。
盧生先行敘說了孔鮒離開咸陽後的種種事端，說到自己謀劃未果而終致四百餘儒生下獄，一時涕淚唏噓。孔鮒聽得心驚肉跳，第一個閃念便是如此相互攀扯，大禍會否降臨到孔門？子襄機警，當即問道：「先生既與侯生共謀，又一起逃秦，如何那位先生不曾同行？」盧生憤憤然道：「虎狼無道也！我等逃出函谷關，堪堪進入逢澤，卻被三川郡尉捕卒3死盯上也！情急之下，老夫只有與侯生分道逃亡。侯生奔了楚地項氏，老夫奔了魏國公子。」子襄又道：「先生既被緝拿，何敢踏人孔府是非之地？」盧生冷冷一笑道：「誰雲孔府乃是非之地？天下焚書正烈，咸陽儒案正深，孔府卻靜謐如同仙境，豈非皇帝對文通君青眼有加耶？」子襄淡淡道：「先生無須譏諷也。颶風將至，草木無聲。安知如此靜謐不是大禍臨頭之兆耶？」一直沒說話的陳餘搖搖手道：「先生與仲公子毋得誤會。時勢劇變，當須同心也！我等今來，其實正是盧兄動議。盧兄護儒之心，上天可鑑！」於是，陳餘當即將盧生身世真相與其後演變敘說了一番，孔氏兄弟竟聽得良久回不過神來。
「盧兄原來真儒也！老夫失察，尚請見諒。」孔鮒深深一躬。
「先生有勾踐復國之志，佩服！」子襄也豪爽拱手，衷心認同了這位老儒。
「儒家大難將至，聖人傳承務須延續。」盧生分外地肅穆。
「先生之論，孔門真有大難將至？」孔鮒為盧生的神色震驚了。
陳餘道：「秦滅先王典籍，而孔府為典籍之主，豈能不危矣！」
「先王之典，我已藏之。老夫等他來搜，搜不出，還能有患麼？」
「文通君何其迂闊也！孔府無書，自成反證。君竟不覺，誠可笑也！」
「大哥，公子言之有理。孔門得預備脫身。」子襄立即警覺起來。
「走……」孔鮒本無主見，事急則更見遲疑。
「那，弟子們無書可讀，教他們各自回家罷了！」孔鮒長嘆一聲。
盧生連連搖手：「差矣！差矣！儒家之貴，正在儒生也！」
「百人無事可做，徒然招惹風聲，老夫何安也！」
「文通君短視也！」盧生連連叩案，「而今天下典籍幾被燒盡，大多儒生又遭下獄。天下學派凋零，唯餘儒家孔門主幹尚在，若干儒家博士尚在，此情此景，豈非上天之意哉！設想天下一旦有變，聖王復出，必興文明。其時，儒家之士與孔門所藏之典籍，豈非鳳毛麟角哉！……其時也，儒家弟子數百，人人滿腹詩書，將是一支何等可觀之文明力量也！」
「先生言之有理！」子襄奮然道，「那時，儒家將是真正的天下顯學！」
「可，逃往何處也……」孔鮒又皺起了眉頭。
「文通君毋憂，此事有我與盧兄一力承當！」陳餘慷慨拍案。
終於，孔鮒拿定了主意，吩咐子襄立即著手籌劃。四人的約定是：三日準備，第三日夜離開孔府，向中原的嵩陽河谷遷徙。盧生說，嵩陽是公尹陳餘祖上的封地，他多年前在嵩陽大山建造了一處秘密洞窟，兩百餘人衣食起居不是難事。子襄原本有謀劃好的逃亡去向，今日一聞陳餘盧生所說，立即明白了六國老世族秘密力量的強大，二話沒說便答應了。
當夜，子襄正在忙碌派遣各方事務，孔鮒卻又憂心忡忡地來了。孔鮒對子襄說：「這個陳餘小視不得，與另一個貴族公子張耳是刎頸之交，聽說與韓國公子張良及楚國公子項梁等都是死命效力復辟的人物，孔門與他等綁在一起，究竟是吉還是兇？他能想到逃出咸陽，也是這陳餘潛入咸陽秘密說動的。這班人能事歸能事，可扛得住虎狼秦政麼？」子襄正在風風火火忙碌，聞言哭笑不得道：「大哥且先歇息，忙完事我立即來會商。」
四更時分，子襄走進了孔鮒寢室。孔鮒在黑暗中立即翻身離榻，將子襄拉進了一間密不透風的石屋，也不點蠟燭，便黑對黑地喁喁而語了。子襄說：「目下時勢使然，不得不借助六國老世族，雖則冒險，卻也值得賭博一次。」孔鮒連連搖頭說：「大政不是博戲，豈能如此輕率？」子襄卻說：「得看大勢的另一面，秦政如此激切，生變的可能性極大。且秦政輕儒，業已開始整治儒家，孔門追隨秦政至多落得個不死，而融進六國復辟勢力，則伸展極大。」
「六國貴族要成事，最終離不開儒家名士！」子襄一句評判，接著又道，「大哥且想：六國貴族要復辟，必以恢復諸侯舊制王道仁政為主張！否則，便沒有號召天下之大旗。而在復辟、復禮、復古、仁政諸方面，天下何家能有儒家之深徹？六國貴族相助儒家，原本便是看準了這一根本！是故，他等要復辟，必以儒家，必以孔門為同道之盟！孔門有百餘名儒生，何愁六國貴族不敬我用我？」
「孔門九代以治學為業，墮入復辟泥潭……」
「大哥差矣！」子襄慷慨打斷，「九代治學，孔門甘心麼？自先祖孔子以來，孔門儒家哪一代不是為求做官而孜孜不倦？學而優則仕，先祖大訓也。祖述堯舜，憲章文武，先祖大志也。復辟先王舊制，原是儒家本心，何言自墮泥潭哉！儒家本是為政之學，離開大政，儒家沒有生命！秦皇帝摒棄儒家，不等於天道摒棄儒家。與六國貴族聯手，正是儒家反對霸道而自立於天下的基石！」
「子襄，你想得如此明白？」孔鮒盯著弟弟驚訝了。
「大哥不要猶疑了。」
「兄弟不知，我是越來越覺得儒家無用了……」
「大哥何出此言也！」子襄笑道，「便以目下論，儒家也比六國老世族有大用。他等被四海追捕，朝夕不保，只能秘密活動於暗處。我儒家則是天下正大學派，公然自立於天下，連皇帝也拜我儒家統掌天下文學。儒家敢做敢說者，正是他等想做想說者。他等不助儒家，何以為自家復辟大業正名！大哥說，儒家無用麼？」
「有道理也！」孔鮒點頭讚歎，「無怪老父親說襄弟有王佐之才也！」
一番密談，儒家鼻祖的孔門終於做出了最後的決斷：脫離秦政，逃往嵩陽隱居，與六國老世族復辟勢力結盟，等待天下生變。孔鮒心意一決，情緒立即見好。子襄忙於部署逃亡，孔鮒便與陳餘盧生不斷地飲酒密談。臨走前的深夜密談中，盧生陳餘向這位大秦文通君說出了又一個驚人的秘密：在「亡秦者胡也」之後，他們將謀劃一次更為震驚天下的刻石預言！孔鮒忙問究竟，盧生壓低聲音道：「文通君且想，始皇帝若死，天下如何？」孔鮒思忖片刻道：「諸侯制復之？」陳餘笑道：「太白太白，那不是預言。預言之妙，在似懂非懂之間也。」孔鮒恍然，悶頭思忖良久，突然拍案道：「地分！始皇帝死而地分！」
「文通君終開竅也！」陳餘盧生同聲大笑。
「如此預言常出，也是一策。」孔鮒為自己從未有過的洞察高興起來。
「說得好！」盧生笑道，「年年出預言，攪得虎狼皇帝心神不安！」
「此兵家亂心之術也！」陳餘拍案。
「甚好甚好。」孔鮒第一次矜持了。
「再來一則。」子襄一步進門神秘地笑道，「今年祖龍死。」
「妙！彩！」舉座大笑喝彩。
不料，第三日夜裡諸事齊備，孔門儒生正在家廟最後拜別先祖時，充作斥候的兩名儒生跌跌撞撞跑來稟報說，有大隊騎士正朝孔府開來，因由不明。孔府人眾頓時恐慌起來。
卻說自焚書令頒行之後，薛郡郡守連番向總掌文事的奉常府上書，稟報本郡孔裡的種種異動跡象，請命定奪處置之法。老奉常胡毋敬歷來謹慎敬事，每次得報都立即呈報皇城，並於次日卯時進皇械書房領取皇帝批示。對於文通君孔鮒已經逃回故里，然未見舉族再逃跡象的訊息，嬴政皇帝非但沒有震怒，似乎還頗感欣慰地對胡毋敬道：「孔鮒以高爵之臣不告私逃，依法，本該緝拿問罪。念儒家數代專心治學，更不知法治為何物，只要孔鮒逃國不逃鄉，終歸是大秦臣民，任他去了。」對於孔府修築石夾壁牆藏書，而未向郡縣官署上繳任何典籍的訊息，嬴政皇帝也淡淡笑道：「還是那句話，只要孔鮒仍在故里，任他去了。」胡毋敬大覺疑惑，思忖良久，終歸恍然，一拱手道：「自此之後，焚書令與孔裡之事，老臣不再奏闖陛下，盡知如何處置了。」嬴政皇帝破例一笑，沒有說話。
胡毋敬明白者何？蓋當初李斯將驚蟄大朝之議，以奏章形式正式呈報後，嬴政皇帝的硃批是：「制日：可。」當初，帝國群臣正在憤激之時，誰也沒有仔細體察其中況味。胡毋敬則總覺焚書令雷聲大雨點小，心下多有疑惑然也未曾深思，今日皇帝對孔府藏書如此淡漠，實則預設了孔府藏書之事實，胡毋敬認真追思，方才恍然明白：皇帝一開始便對焚書採取了鬆弛勢態，「制日」的批示形式，已經蘊含了這種有可能的緩和。
帝國創制時，典章明白規定：命為「制」，令為「詔」。命的本意，是諸侯會盟約定的條文或說辭；令的本意，則是必須執行的法令。由此出發，「制」與「詔」作為皇帝批文的兩種形式，其間也有區別：制，相對緩和而有彈性，其實質含義是「可以這樣做」；詔，則是明確清楚的命令，其實質含義是「必須這樣做」。到嬴政皇帝時期，秦政已經非常成熟，在百餘年中所錘鍊出的極其豐厚的大政底蘊，對繁劇國事的處置之法，已經達到了爐火純青之境。天下大事如此之多，君王未必總是以命令方式行事，其間必然有許許多多需要謹慎把握的程度區別。所謂「王言如絲，其出如綸」——君王言論如絲般細小，傳之天下則會劇烈擴大——說的便是君王政令的謹慎性。唯其如此，帝國創制之時，特意將皇帝的批示形式分作了兩種：「制」為鬆緩性批示，實施官員有酌情辦理之彈性；「詔」為強制性批示，實施官員必須照辦。事實上，這是中國古代最高文告形式的獨特創新。《史記·秦始皇本紀·正義》雲：「制、詔三代無文，秦始有之。」說的正是這種君王文告的創制。嬴政皇帝對李斯的焚書奏章以「制日」批示——可以這樣做，而不是以「詔日」批示——必須這樣做。
其間分野，自有一番苦心。
然則，盧生侯生逃亡，進而儒案爆發，嬴政皇帝變了。
變之根由，在於由此而引發的兩件事：一則，涉案儒生多有舉發，言文通君孔鮒主事學宮期間，與六國老世族多有勾連，多次參與六國世族公子宴會論學，曾邀諸多儒生與宴，席間每每大談諸侯制；二則，薛郡急報，孔府故里多日異常，似有舉族逃鄉之象。對於儒生舉發，嬴政皇帝雖則不悅，卻也沒有如何看重，只淡淡一句道：「其時尚未有驚蟄大朝，此等書生議論，說便說了。」然自薛郡急報之後，嬴政皇帝卻顯然有些憤怒了——這孔鮒還能當真沒有了法度？擅自逃國，對朕一句話沒有！
如今又要擅自逃鄉，不做大秦臣民了？縱然如此，嬴政皇帝也還是沒有大動干戈，只吩咐御史大夫馮劫派出幹員到薛郡督導查勘，並未生出緝拿孔鮒之意。然則未過多日，馮劫派出的御史丞發來快馬密報：兩名喬裝成商旅的人物進入了孔府，其中一人是逃亡的盧生。