當時議政王大臣會議使用滿語。儘管沒有具體資料，但裡面的成員應該大多都不懂漢語。楊光先的奏本遞上去以後，滿人開始了長達八個月的調查審問。現存所有關於此案的卷宗都是滿語寫成的。儘管很多證人是漢人，最初的審問對話應該也是用漢語進行的，但記錄下來後都翻譯成了滿語。比如，為了裁決楊光先和湯若望以及欽天監官員到底誰說的算命理論正確，就得傳喚社會上的算命高手，聽取他們的意見。這些人談到算命理論，陰陽五行的內容很明顯是用漢語講的，而且涉及很深入的推演測算內容，這些都翻譯成了滿語。這些命理風水內容都很艱澀，長篇大論，很難想象平時騎馬打仗的議政王大臣們會有興致和耐心搞明白其中的是非曲直。3這其實就引出了一個問題，為什麼這些議政王大臣會有興趣來管這件事？議政王大臣會議在康熙中期以後，就漸漸喪失了主導地位，因為它影響了皇帝的權力。但在議政王大臣會議存在的幾十年中，它主要處理的是軍國要事，尤其是軍事上的。這個曆法案子是它唯一一次過問這種文人參劾，而且是非緊急的案子。
在南懷仁神父用拉丁文寫回歐洲的記錄中就提到，確實有很多滿蒙將領對這個案子完全沒有興趣，根本聽不下去裡面的內容。每當這個案子提出來的時候，很多人就直接離席了。32其實要理解為什麼有些滿人權貴會對這個案子感興趣，就必須理解楊光先參劾的目標-湯若望和他領導的欽天監，以及他們在朝廷中的特殊職能。首先要明確的是，欽天監不是一個簡單觀測天象的天文站，它其實是為朝廷提供算命風水這些玄學建議的一個機構。也就是說，這個機構的測算建議會影響到朝廷以及皇帝很多現實中的決定。
籠統來說，欽天監的職能分為兩個部分：一是觀測部分，二是解釋部分。觀測部分用現在的話來說就是科學的部分，客觀地觀測天象變化。湯若望靠他從歐洲帶來的天文學知識，已經在朝廷和社會中證明了他是觀測方面的權威。但是，真正讓欽天監成為朝廷一個有話語權機構的是它的解釋部分。也就是如何解釋觀測到的天象，並將之與現實中的人和發生的事聯絡起來。這個解釋部分就是中國傳統測算、占卜、風水理論發揮作用的地方。
現在無法確知到底湯若望是否真的相信中國的各種佔算方法，以及他是否學過中國測算。不過，可以明確的是湯若望知道佔算的解釋在朝堂上有很大分量，也知道佔算會在社會中引起很大反響。有一個當時有名的例子。滿人進京以後，多爾袞不想沿用明代的皇宮，想另外修建一處皇宮。當時滿朝文武沒人能勸阻多爾袞，最後是湯若望出來上奏。在奏疏中，湯若望先說明代建的皇宮如何選址精妙，講了一堆風水理論，大意就是明代皇宮上合天文，下順地利，然後結論話鋒一轉說：「今新建基址，乃龍脈之餘氣。」就是新址風水選位上不行。說完風水不好，湯若望接著講占卜，結論是：「茲若建城，恐蹈前佔，未可輕舉。」最後結尾還加了一句：「事關重大，臣不敢緘默。」湯若望這樣把風水、占卜的招數都使出來後，多爾袞也招架不住了，把湯若望召進宮，讓他當面細講。多爾袞聽完後也只好說：「你說的是，主意定了，不作了，該你說的。」33就這樣，一代梟雄多爾袞精心籌劃的新皇宮建設計劃就終止了。湯若望這份上奏不是密陳，是從公開的朝廷渠道一步步遞上去的，也就是說，是當時朝堂大臣都知道的。湯若望在這樣的大事上都說得上話，這也是他在漢人士大夫圈子中很有分量的原因。湯若望使用中國的佔算理論在當時也不是秘密，都是公開的。不僅當時的國人知道，羅馬教皇那邊也知道。因為許多神父都反對湯若望在中國做佔算，認為有悖天主教教義。他們把湯若望告到了羅馬教廷，不過後來羅馬內部辯論過後，默許了湯若望的佔算行為。34
湯若望作為欽天監監正，給順治皇帝上了不少的奏疏，下面這一份就是湯若望結合天象觀測和中式占卜來勸諫順治皇帝的。
湯若望佔：
順治十年十一月十三日乙巳辰時觀見日生右珥。佔曰：日有珥，人主有喜。一曰日珥有風。日有珥，人君有重宮婦人陰事。日朝珥，國主有耽樂之事，其不可行。女人惑之，不則有憂。臣湯若望。35
湯若望這份奏疏是從報告觀測到日珥開始的。日珥是自然現象，起碼對於有歐洲天文學知識的湯若望來說，日珥不是什麼稀奇的天象，是經常發生的。36但湯若望明顯藉助觀察到的日珥在勸諫順治。後面寫的「佔曰」，是引用的《觀象玩佔》中的批語。《觀象玩佔》傳說是唐代李淳風寫的，是傳統星象占卜中的經典。湯若望通過經典中的批文，勸諫順治不要沉溺女色。順治二十三歲就死了，但他的感情生活非常波折，先後立過三次皇后。順治雖有不少妃子，但大部分都是政治聯姻。前文提到過，他的母親孝莊皇太后來自蒙古，為了加強蒙古勢力，就把六名她蒙古本部的女子嫁給順治。董鄂妃大概是唯一順治自己遇見並喜歡上的女子。根據湯若望記載，董鄂氏本來是已經結了婚的，進宮來服侍孝莊皇太后時被順治看上。因為這事，孝莊廢止了命婦人宮的制度。後來董鄂氏的丈夫去世，順治就把董鄂氏娶進了宮。滿人有游牧民族傳統，娶喪夫之婦，甚至娶兄弟或侄子的遺孀，並不是什麼禁忌，後來很多講究其實是滿人漢化以後形成的。湯若望還記載，順治和董鄂妃原來的丈夫還有過面對面的衝突，衝突中，順治還打過那人一個耳光。其中的是非曲直暫且不論，通過湯若望的記錄，可以看到他確實關注過，或者說擔心過當時年僅十六歲的順治在女色問題上處理失當。而從上面的奏議可以看到，湯若望利用他作為欽天監監正的職位，通過天象、占卜或者說是玄學中的神秘力量在向皇帝進諫。而且湯還不止一次利用日珥說事。這條奏議中的日珥是女人，還有一次，他把日珥說成西藏來的喇嘛。37
湯若望不僅在宮中使用測算，在社會上也利用算命來傳教。北京的另外兩位傳教士安文思和利類思就對這一點很有意見，認為算命完全背離了天主教。這兩人寫了很多書信到羅馬去狀告湯若望。根據安文思所言，湯若望的測算包括看羅盤、看手相以及解夢。38至於湯若望用的是西方羅盤術還是中國的方法，現在已不可考。對去找他算命的人來說，這應該無所謂，不管什麼方法，能算準就好。但是對於當時很多以算命謀生的人來說，湯若望用羅盤算命，看起來就跟當時流行的紫微斗數算命方法很相似。楊光先就是當時北京紫微斗數的權威。
安文思還向羅馬告狀說，湯若望算命在當時的社會上影響很大。這大概沒有冤枉湯若望。五世達賴喇嘛1652年到北京覲見順治皇帝，曾在北京短暫停留。他在後來留下的回憶自傳中，提到了湯若望的占卜術了得。達賴入京是從蒙古過來，一路大雪多次阻斷行程。當時滿蒙高層都在期盼達賴的到來，想知道他到底還有多久能到，而湯若望竟然提前算準了他到京的日子，這在當時是很轟動的。之前湯若望精準算出日食時間，就已經讓北京高層見識了他的能耐，現在又算準了達賴的到達日期，更是大大提升了他的名望。要是讀過些中國古代占卜算命的書，就會知道算歸期、算到達日期，統稱算應期，這在通訊不發達年代，是占卜中最常見的顯示技術的測算。達賴一路不順，由於天氣緣故，他自己其實都不知道究竟何時能到北京。因而在到達北京後，聽說有人居然算準了他的到達日期，達賴自己都很驚訝，對此印象深刻。後來他在自傳中特地記錄了這件逸事，不過在他的記憶中，一直以為湯若望是來自天竺印度的占星高人。39
在滿蒙統治傳統中，能預知未來的是巫師、薩滿教通靈師這樣的人，這些人在關鍵時刻給出的建議、說的話，在政治上是很有分量的。湯若望作為欽天監監正，看起來好像是一個技術官員，一個邊緣人物，但事實並非如此。他在滿蒙大臣眼中更接近他們認知中的巫師。順治朝廷中，漢人官員和滿蒙官員，由於政治傳統和觀念不同，有很多分歧。湯若望介人他們的爭鬥，站在漢人官員一邊，讓滿蒙官員很頭痛。舉一個小的例子。由於藏傳佛教是當時滿蒙世界裡最流行的宗教，滿蒙大臣希望順治皇帝能夠到北京郊外去迎接達賴喇嘛，以示對達賴的特殊尊崇。順治自己也相信佛教，所以已經答應親自出京迎接達賴，並且都已經通知了在路上的達賴一行。但漢族大臣反對，認為哪有皇帝出城迎接和尚的道理。在滿蒙大臣和漢臣雙方爭執不下的時候，湯若望上了一份天文報告，說金星最近很亮，有時都和太陽亮度相仿了；同時還報告，有流星落入紫微宮（十二天宮之一，被認為是天上代表皇宮的星宮）。湯若望報告天象的第二天，洪承疇領銜的漢官上奏：「竊思日者，人君之象，太白（指金星）敢於爭明；紫微宮者，人君之位，流星敢於突人。上天垂象，誠宜警惕。」洪承疇的意思是如果出城，順治會有危險。在這樣夾帶著天象的勸說下，順治只好同意不去迎接。滿蒙官員也不敢在「上天垂象」前繼續辯駁。40順治後來派了一個滿人親信代表他去迎接，並向達賴喇嘛表示了歉意。41從湯若望和漢官一起打的這套組合拳中，明顯能看到，在朝廷爭論中，湯若望要是從天象方面加入他的解釋，偏向漢官，那麼滿蒙官員就很難有勝算。儘管在我們後人眼中，湯若望是歐洲來的天主教神父，但是在當時的朝堂中，朝廷官員並不這樣看待湯若望。湯若望會說漢語、寫漢語，觀測後引據的經典也全是漢人的書。在朝堂政治中，對於滿蒙官員來說，湯若望不折不扣是漢官的代表。
明白了湯若望和他的佔算在朝廷中的特殊功能，才能理解為什麼滿蒙高層看到楊光先參劾湯若望，立刻接受了他的參劾並著手開始調查。「楊光先是懂佔算的技術性人才，只有他這樣的人才有可能從專業方向上挑戰湯若望以及欽天監。從後來案子的審理來看，楊光先也確實發現了湯若望和欽天監的技術性錯誤。43在審問的檔案中可以看到，楊光先不僅能多次指出湯若望的錯處，還能直接說出相關問題應該在哪本書裡面查詢印證。
在曆獄中，楊光先從算命的技術角度指出欽天監在埋葬夭折皇子的時辰以及墓地方位上，都選錯了。這些錯誤成為後來定罪的依據。有趣的是，同樣的事由，湯若望帶著欽天監官員在六年前（1658年）還參劾過禮部，說禮部沒有按照欽天監算出的時辰埋葬皇子，而是自作主張晚了兩個時辰下葬。欽天監隸屬於禮部，湯若望參劾禮部就是直接參劾上級主管部門。這位夭折的皇子在順治心目中的地位非同一般，因為這是他最喜歡的董鄂妃所生。因而當時順治對禮部的處罰很重。禮部的滿人主管和六位滿人官員被革職，其中兩位還是死罪。44當時禮部裡的滿人並沒有人懂這些風水測算，因而完全沒有辦法和湯若望以及欽天監官員爭辯，導致最後損失慘重。這次參劾禮部也讓湯若望得罪了一部分滿人權貴，湯若望在發給歐洲的信函中就提到了這一點。所以當1664年楊光先站出來，從測算的專業角度攻擊湯若望時，滿人官員如獲至寶。他們終於找到了能在佔算上直接挑戰湯若望和欽天監的技術人才。
曆獄審判
曆獄審判前後持續了八個月，傳召了各方面的證人。45所謂的中西文化之爭，儒家和天主教之爭，這些都是現代書寫歷史的人關注的問題，在當年的審訊中完全沒有出現，因為這些都不是滿人關心的話題。曆獄之初，北京傳教士湯若望、南懷仁、安文思和利類思確實都被召到朝廷，就天主教傳播相關問題接受審問。但審理的核心不是天主教教義，而是查天主教是否有謀反行為。當然後來沒有發現有謀反舉動，審問就停止了。後來整個案子審理的方向都集中在順治夭折皇子的墓葬問題上。46
案件之初，楊光先和湯若望以及欽天監裡的漢官都滔滔不絕，各談自己的理論。裡面涉及的古代天文和測算知識，大概滿朝文武沒有人能聽懂，更沒有人能判斷到底他們誰對誰錯。試舉一小段他們的技術辯論：
訊湯若望：據爾前供，冬至之太陽不躔寅宮，而躔醜宮之箕三度，云云。據楊光先供稱，冬至太陽躔寅宮箕三度，云云。此事怎講？
湯若望供稱：寅宮位於醜宮之西，以新法言之，眾星天自西往東行，而箕三度之分秒，古時位於寅宮，今已入醜宮。今之冬至太陽，已位於箕三度之分秒，故曰位於醜宮。楊光先言眾星天不自西往東而行，箕三度之分秒亦在寅宮，故曰今之冬至大陽在寅宮，而不在醜宮。等語。
楊光先供稱：箕三度在寅宮，箕四、五、六、七、八度，鬥初、一、二、三度，亦皆在寅宮，當行至鬥四度，始過醜宮。今之冬至大陽行箕三度，而西洋人不知宮度不移之理，故而每歲視冬至為可移動者，並移一分五十秒，列入醜宮初度初分。若按彼之法，萬萬年之冬至太陽皆躔醜宮初度初分矣。實非如此。等語。
看不懂上面文字是很正常的，因為當時的禮部高官也看不懂。這只是一小段，據筆者粗略統計，這樣的辯論大概有兩萬字。禮部尚書和他的官員看完後，只能上書說：「天文精微，且又至關重大，臣等難以懸擬。」然後建議朝廷通知各省大員，到各地尋訪高人，送到北京來判定湯若望和楊光先的供詞。他們還特地提到雲南、貴州、四川、廣東、廣西等邊遠地區也要訪求。後來康親王傑書和一班滿人權貴，代表議政王大臣看完雙方的長篇大論後，也是差不多的結論：「天道精微，孰是孰非，難以懸議。」剛開始的調查，其實沒有給湯若望和欽天監帶來大的麻煩，畢竟古代算命風水理論眾多，很多都能自圓其說。總結起來，在理論層面的審問中，湯若望應對自如，庭審並沒有給他帶來問題。47
給湯若望以及欽天監真正帶來致命打擊的是安葬中很具體的風水問題。楊光先指出湯若望和欽天監把埋葬榮親王的時間和墓地下葬的地方都算錯了。榮親王就是董鄂妃所生，三個月就夭折的皇子（1658年2月25日去世）。儘管只活了三個月，順治還是給這位皇子封了榮親王，下葬也是按著「王」的標準。詭異的是，榮親王下葬後兩年，年僅二十二歲的董鄂妃就在宮中病逝（1660年9月23日）；而順治也在半年後突然染天花駕崩了，死時僅二十三歲。皇貴妃和皇帝年紀輕輕接連去世，朝廷上下都覺得很蹊蹺。而楊光先用測算理論，指出這一切都是因為湯若望和欽天監把榮親王葬期、墓地方位風水選錯導致的。楊光先在審訊中，給出了他對榮親王的八字命理推導：
凡陰陽二宅，以其人之本命為主，山向歲月俱要生扶本命，最忌克命。選擇造命之理，要生扶之四柱，忌克洩之四柱。······〔長篇陰陽五行的具體分析略〕使榮親王之葬，年犯三殺，月犯生殺，日犯黨殺，時犯伏吟，四柱無一吉者，不知其憑何書何理而選之也！
死後墓地稱為陰宅，人生前所居為陽宅。楊光先首先總論「陰陽二宅」選取應該與人本來出生時的生辰八字匹配。人一出生，生辰就定了，年、月、日、時四個部分，算命中稱為「四柱」。每一柱根據萬年曆又可轉換成天干地支的兩個漢字（比如庚子、辛丑這樣的兩個字），這樣四柱總共就八個字。所以算生辰的又稱「四柱八字」。天干地支的八個字各有陰陽五行屬性，而五行屬性的「木火土金水」互有相生相剋的關係。五行相鄰兩字，前一個「生」後一個，同時「克」後面間隔的一個。比如木「生」後面的火，是相生的關係，同時木「克」間隔一個的土，二者就是相剋的關係。另外「火」在被生的時候用掉了「木」，這在算命中稱為火「瀉」木。同樣的屬性，比如「木」和「木」在一起稱為相「扶」，取相互扶持的意思。在傳統的中國文化中，自然界的一切都有五行屬性。如此，人的八字五行就可以和自然界的一切相聯絡起來，進行推算。當然具體推算中什麼是吉什麼是兇，就是測算人的本事了。楊光先在這個引用中就給出了他的判斷邏輯，他認為在選陰陽二宅的時候，山的朝向、下葬時間五行，都要「生」或者「扶」該人的八字五行，忌諱「克」這人的八字五行。在這個總論之下，楊光先又洋洋灑灑地具體分析了榮親王的八字命局。最後結論是榮親王下葬的時間方位等都是錯的，犯了大忌。對於楊光先的八字分析，湯若望稱他「僅知天文曆法」，測算、地理、風水這些都是下屬送上來，他只是例行公事，蓋了印而已。48
道理上，雖說被測算的人是身份非同一般的榮親王，但是這位皇子畢竟是一個三個月就夭折的嬰兒，所以很多下葬環節欽天監確實沒有仔細推敲。根據口供看，埋葬時的1658年是戊戌年，欽天監官員的口供顯示，其實他們也知道楊光先所講到戊戌年在喪葬方面的一些禁忌，而且他們還向順治皇帝派來負責喪葬事宜的佟吉提到過。但是否相信這些傳說中的風水禁忌，很多時候是看主管人自己的理解。代表順治出面的佟吉有可能自己不怎麼相信，也可能是為了儘快完成任務，好向順治交差。無論什麼原因，佟吉的回答是「小王無礙」，也就是說小王喪葬不用忌諱這些。」從眾多參與辦理喪葬事宜的人提供的口供來看，出去選葬址及操作下葬的人，都以儘快完事，不要節外生枝的態度在辦理。所以整個喪葬過程就算不說是敷衍，但說沒有人真正上心在辦是不為過的。
這樣的辦理過程自然經不起楊光先來細推。而且審訊中，由於都過了六年，很多細節也記不得了，互相又在推諉，舉一列口供：
杜如預供稱：小的奉差在外，不曾共同選擇日期。等語。
楊宏量供稱：不曾有人前來傳喚小的，小的不曾共同選擇。等語。
湯若望供稱：杜如預、楊宏量共同選擇屬實。等語。50
這只是一個例子。欽天監算日子和選墓地的是兩組人，如果把湯若望單獨算，那欽天監就涉及三組不同利益的人。算日子和選墓地的人，當年就對一些細節有不同意見。他們兩組人在一些五行分析上意見不一致本來也屬正常。長期以來，遇到意見相左的情況，兩組商量一下，統一意見就完事了。沒料到這次遇到楊光先這樣的高手來追究。而且整個審理的大環境對欽天監極為不利，因為現實就是榮親王下葬不到三年，董鄂妃和順治就接連去世。這相當於已經坐實了欽天監風水選取有錯。所以楊光先提出下葬問題以後，整個審訊的基調不是調查之前的下葬風水到底有沒有錯，而是在調查錯誤出在哪裡，是誰的責任。大概湯若望也知道這個問題沒有辯駁的希望，所以代表他回答的南懷仁神父（當時湯若望神父中風了，說話吃力，朝廷允許他和南懷仁用德語交流，再由南懷仁答辯）完全沒有談理論，一開始就是在劃清界限，說湯若望不懂風水，選日期和選墓地他都沒有實際參與。
埋葬風水選取要考慮兩個問題，一是埋葬人的八字五行分析，二是埋葬地方和埋葬時間的五行分析。從欽天監官員給出的口供看，他們對楊光先分析的榮親王八字中的五行屬性、五行強弱這些沒有異議。雙方辯論的焦點是1658年埋葬那一年和那個月的五行以及墓地的方位五行到底應該怎麼算屬性。概括起來，楊光先認為那一年五行屬水，而欽天監說那一年屬火。
而就是這五行屬火的分析口供給整個欽天監帶來了滅頂之災。楊光先在看了欽天監給出的口供後，指出如果是屬火的話，這個說法只可能出自一本叫《滅蠻經》的歷法書。按楊光先解釋，《滅蠻經》是有意把五行日曆搞亂，然後再把這本書傳播到蠻夷之地去混淆視聽用的。作為「蠻夷」之一的滿人，得知這個解釋以後，整個審問的性質就完全變了。欽天監的錯誤一下從技術失誤上升到了反清謀反的高度。用審問者的話來說：「今用《滅蠻經》選擇，以壬水為火，埋葬榮親王，險惡用心。」51
從傳統算命風水理論來看，當年欽天監給出的結果是有考慮不周的地方。但公正地說這應該都是技術上的失誤。但在審訊中，欽天監的人為了自圓其說，就把一些年份的五行按照符合他們測算結果的方向作解釋。他們完全沒有想到，這些技術細節上的解釋，會被楊光先抓住把柄，上升到謀反的程度。
當楊光先說那年屬水的時候，給出了依據，並指出在哪些書上能驗證他的說法。同時他質問欽天監說的屬火是依據哪本書，欽天監回答不出。而當楊光先說唯一有記錄這年屬火的書是《滅蠻經》時，欽天監的人也沒有找到反駁理由。
滿人高層為了確認楊光先的說法，專門派人到浙江、福建等地，尋訪了一些當時公認的算命方面的高人，這些人都確認了楊光先的五行分析是正確的。同時這些人也聽說過《滅蠻經》，印證了楊光先的說法。其中一位還說《滅蠻經》是中國人所編寫，而傳至外藩，「使彼用而斷根絕後」。這就使整個案子急轉直下，刑部看完卷宗後，給議政王大臣會議的建議是所有欽天監參與佔算的人都以「大逆之罪」論處，而刑部引用的刑律中「大逆之罪」的處罰是「不分首從，俱行凌遲處死」。刑部認為湯若望是當時掌印之官，也難辭其咎，也要凌遲處死。後來，和碩康親王傑書主持的議政王大臣會議商議後，認可了刑部的謀反認定，同意將參與佔算的人全部凌遲處死。52
前面已經提到過，由於北京在該案審判定罪後發生了大地震，很多人相信這個案子有冤情。在孝莊皇太后出面干涉後，湯若望被赦免了。不過還是在赦免的批文中寫到，湯若望作為掌印之官，「本當」處死，只是念其「效力多年」，免了死罪。但湯若望屬下漢官的死刑還是執行了，只是沒有凌遲。
案情之外，有一個細節特別值得注意，就是此案議政王大臣會議審理了八個月才結案。對比之下，三年以後鰲拜被抓，同樣是和碩康親王傑書主持審理，議政王大臣會議用了八天就判了鰲拜三十條大罪。為什麼湯若望這個案子會拖那麼久？這是因為有滿人高層勢力在暗中保護傳教士，也就是利類思和安文思神父背後的佟家勢力，以及豪格的正藍旗。佟家是康熙母親的孃家，一直是滿人中的大家族，康熙即位以後，佟家作為外戚，勢力更超從前，朝廷各個部門都有佟家的人。
前章已經講過，湯若望與安文思、利類思雖然同屬耶穌會，但由於各種私人矛盾，雙方一直不和，在北京各有各的教堂，各傳各的教，幾乎沒有往來。曆獄一案開始以後，湯若望由於已經中風，所有辯護相關的重任落到了當時湯若望的助手南懷仁神父身上。南懷仁和湯若望不同，他跟安文思和利類思有良好的私交。由於楊光先在曆獄開始時還連帶打擊整個天主教，這樣安文思和利類思就走到了南懷仁身邊，一起對抗楊光先。安文思和利類思背後的佟家勢力，也在楊光先攻擊天主教的時候被牽扯進來。當時在江南長期資助天主教的佟國器被召回北京，接受審問。佟國器是封疆大吏，之前在江南幾個省都做過巡撫。從審訊記錄來看，佟家勢力很明顯干涉了審訊，佟國器在承認給教堂捐過一點小錢後，很快就被放了出來，審訊也不繼續糾纏他和天主教的關係了。53刑部滿人尚書尼滿也暗中為湯若望開脫，把罪過推到漢官身上。後來顯親王富綬專門密奏，說湯若望其實是「專司天文」的，因而選擇錯誤不應該罰他。54顯親王富綬是豪格的兒子。儘管密奏上只有富綬一個人的名字，但這說明湯若望和傳教士並不是在孤軍奮戰，他後面是有一個滿人權貴群體在相助著。
正因為有滿人權貴暗中幫助，傳教士在整個曆獄後，才有可能全身而退。剛開始的時候，楊光先的參劾中還提到天主教是外來的邪教，有謀反的舉動。當時滿人人京僅二十年，各地反清復明的活動還此起彼伏。謀反的指控在當時是很敏感也很現實的問題。因而各地的傳教士被召到了北京，接受審問。大家都很惶恐，不知道最後審問的結果會是什麼。他們都很擔心半個世紀前（1620年代）日本禁止天主教的歷史會重演。傳教士最初是被禮部審問的，後來禮部給出的建議是禁止天主教，沒收教堂。但滿人主導的議政王大臣會議並沒有發現這些傳教士有謀反行為，因而對於天主教和傳教士並沒有任何實際的懲處。後來湯若望獲罪，完全是因為他欽天監監正的身份：判決和他的職務相關，和他傳教士的身份以及天主教都沒有關係。在湯若望的死罪赦免以後，北京的另外三個傳教士也被允許留下來，湯若望就由他們照顧。之前傳言要沒收、拆毀北京的教堂，後來也允准全部保留、維護。55被召到北京的傳教士，本來是要安排送到澳門。但人到廣州後，就得到了當時兩廣總督的接待，他們也就留在了廣州。
小結
曆獄本來只是康熙早年輔政大臣時期一件普通的宮廷案例。從清官方記載來看，這個案子並不是什麼大案。但它的特別之處是在朝廷以外還留下許多記載。早在參劾湯若望之前五年，楊光先就開始寫文章反對天主教和西洋人。他寫的文章都是檄文性質的，言辭激烈，總體思路就是天主教是邪教，有違中華傳統。其中比較有名的兩篇是1659年寫的《辟邪論》和後來的《請誅邪教狀》。在1664年參劾湯若望的同時，楊光先還把他寫的反天主教、反西洋人的文章彙整合書，取名《不得已》出版。面對楊光先的挑戰，傳教士除了用中文寫文章回應以外，還將事件經過細節記錄下來，發回歐洲。楊光先和傳教士一攻一守的文字往來，為後世留下了很多公開的素材。19世紀後，無論是講西方入侵、帝國主義，還是中西文明衝突，後世史家都能在這個案子中找到材料。這也是這個案子在中西交往史方面的書籍中經常出現的原因。反而是案子的滿文庭審記錄，最近幾年才陸續出版公開。從庭審記錄看，湯若望被定罪並非因為他是洋人，也並非因為他是天主教神父，而是因為他是欽天監監正，是這個朝廷機構的一把手。作為朝廷官員，他在這個案子中受到牽連，這是典型的朝廷爭鬥，不涉及「中西文明衝突」這些後世才關心的歷史大問題。
在鰲拜等輔政大臣當權的朝堂政治中，湯若望被視為漢官勢力中的重要一員，而且有特殊能力，被視為類似滿人巫師一樣的存在。打擊湯若望其實就是滿人當時打擊朝廷漢官勢力中的一環。1664年楊光先開始參劾湯若望之時，正是鰲拜等輔政大臣掌朝的第四年。這幾年中，打擊漢官勢力，恢復滿人傳統，加強滿人統治是輔政大臣一直在乾的事。儘管看上去，湯若望是被主攻的物件，實際上，輔政大臣的目標是欽天監中的所有漢官。因而在最後的判罰中，雖然湯若望的死罪被赦免，輔政大臣還是處斬了漢官。案子結束後，楊光先被授命負責欽天監的技術部分，而從刑部抽調了一個既不懂天文也不懂佔算的馬沽到欽天監做監正。馬沽能坐上這個位置，唯一的理由大約是他那地道的滿人身份。這樣馬沽也就成了歷史上第一個管理欽天監的滿人。56楊光先參劾湯若望的案子表面上看起來是一箇中國人在參劾一個西洋人，但本質是當時朝堂上的滿漢之爭。57
儘管曆獄本身跟天主教傳播沒有多大關係，但它的確影響了後來傳教士在華傳播天主教的方針策略。在曆獄之前，北京有兩座教堂，一座是湯若望的教堂，一座是利類思和安文思兩位神父的東堂。1665年，湯若望被趕出他的教堂，教堂被朝廷徵用，楊光先作為欽天監官員入住。58中風的湯若望被迫遷往東堂居住，並在一年後去世（1666年）。這樣後來的天主教在康熙時代的傳播是從利類思、安文思以及南懷仁一起駐紮的東堂開始的。
曆獄給了傳教士們一個深刻的教訓：算命風水這些領域觸碰不得。儘管短期之內可能吸引信眾，對傳教有利，但算命風水有很多潛在的風險，所以最好避而遠之。康熙親政以後，委派南懷仁掌管欽天監。南懷仁就吸取教訓，堅決只做天文觀測，不觸碰測算部分。
同時，曆獄還讓當時的傳教士們充分認識到，大清已是滿人的天下了。自從明中後期入華以來，傳教士一直認為士大夫是促成天主教在華傳播的關鍵，因而他們一直在努力融入士大夫圈子。但經過歷獄，他們發現跟漢人士大夫的關係在關鍵時刻不僅沒有多大用處，還有可能招來禍事。於是他們開始轉向，將滿人權貴圈層作為主要的接近目標。後來來華的傳教士，特別是駐紮北京的，滿語學習也都排在了漢語學習之前。從此以後，傳教士和漢人士大夫的往來大大減少。很多史書中都注意到了這一轉變，但大都認為這是文人士大夫在清朝以後漸漸對傳教士的西方學問失去了興趣。59其實不然，不是文人士子口味變了，而是傳教士不再熱衷於結交文人士子了，畢竟傳教士是來華傳教的，不是來推介西學的。
傳教士對權勢等各種利害關係看得很清楚。曆獄結束後，他們不計前嫌，抓住一切機會結交滿人權貴。輔政大臣之一的蘇克薩哈當初是支援楊光先的，但安文思神父利用自己的知識，幫蘇克薩哈家打井，還幫他製作了方便取水的工具，就這樣在曆獄結束不到一年時間，已成為了他家的常客。60