歷史是後來人書寫的過去。傳教士進入中國的這段歷史，中西方學者都很關注。研究西方科學傳入中國、中俄關系、西方列強入華、中西文化交流、基督教傳播、比較文化理論、殖民主義的等等，都喜歡寫這些不遠萬里來華的傳教士。各自切入點不同，歷史材料選取不同，講出的故事也不一樣。但無論從什麼角度，有什麼理論，這些牽涉到傳教士入華的歷史書寫，都有一個共通點：就是書寫的人已知道歷史發展脈絡，即傳教士事業在康熙朝的璀璨及之後的隕落。他們都希望講出一個前因後果，最後殊途同歸到一個大問題上：為什麼傳教士的事業沒能傳下去？在這個大問題下，不同領域的歷史書寫又進一步派生出不同的問題。比如，科學史家想要解釋為什麼傳教士沒能把西方科學帶進中國，而寫文化交流的史家想要解釋傳教士的失敗顯示了哪些中西文明的衝突。
歷史是一個素材庫，無論什麼理論，在其中總能找到所需的材料。
20世紀初開始，最早對禁教的解釋是中國文化排外。這個說法確實找到了不少國人排外的例子作為證據支撐。1978年改革開放，中國重新融入世界以後，排外理論漸漸退出了歷史舞臺，取而代之的是文化衝突理論。二者的區別是「排外」帶有貶義，認為是落後文明對先進文明的排斥；而文化衝突把中西文化放在同樣的高度，認為衝突的根源是二者不匹配。就像離婚中說性格不合，雙方沒有高低之分，誰都沒有過錯，只是不合而已。這個理論最有名的論著是法國謝和耐的《中國與基督教》。這本書最早的1982年法文版，標題是chineetchristian-isme：actionetréaction。後面的小標題actionetréaction是西方世界流行的諺語，來自牛頓力學第三定律，中文直接翻譯出來是「作用力與反作用力」。這句諺語用在謝和耐書裡的意思是，來自西方的基督教在中國施加了一個作用力後中國產生了反作用力。在牛頓定律配搭下，這句諺語還有一層隱含意思，就是作用力和反作用力是相等的，但同時方向又相反。也許是這個副標題太隱晦，三年後，1985年劍橋大學出版社的英文版中，把小標題改成了「aconflictofcultures」，這樣就直白地把「文化衝突」的意思表示了出來。這本書用到了很多中文的材料，同時又把中西文化對等研讀，國內早在1989年就有第一個中譯本問世。這本書在國內一直受到重視和推崇，先後有多個譯本，深深影響了國內對這段歷史的看法。表面上看，這本書對於之前的排外理論是一個進步，但是根子上二者並沒有區別，都是預設基督教被禁是文化上的問題。謝和耐想找尋到底基督教哪裡在中國水土不服，在這個問題指引下，謝和耐找出了很多當時文人寫出的反基督教言論，然後分析這些言論文化上的根源，從而得出結論：中西文化的不相容是清初傳教失敗的原因。該書的最後一章把不相容上升到了語言層面，說中西文化的不相容是中西語言結構上的差異導致的。西方研究中，認為語言是交流和文化的載體，語言表達結構決定了人的思維方式。因而謝和耐講到的語言結構不相容是超越文化層面的更深層次的不相容。謝和耐講的文化上、語言結構上的問題，本質上並不是歷史問題，只是他把這些問題放進了這段歷史中，來取用素材。所以從歷史取材這個角度上講，謝和耐和持排外理論的學者在研究方法上並沒有不同，都是在預知基督教被禁這個結果後，跑到歷史中找自己需要的材料，來論證自己要論證的理論。
為什麼說是在找材料？因為這些學者面對傳教士這段歷史，都只對衝突、矛盾的部分有興趣，只看符合他們理論的那一面歷史。縱觀清初歷史，哪一個與傳教士有關聯的漢人得到現當代學者最多的關注？是楊光先。為什麼這個在清初士林都排不上號的末流人物，到了謝和耐等現當代學者那裡，變成了熱點，還把他當成時代的代表？就是因為他寫下了反傳教士、反基督教的論著，為各種衝突理論提供了大量彈藥。反過來說，也是因為當時沒有真正的名流反基督教，沒有「更好」的素材，才讓楊光先在後世「時無英雄，使豎子成名」。
文明衝突理論本來就是基於西方歷史發展出來的，在中國找材料吃力也是意料之中的事。基督教和伊斯蘭教文明衝突了上千年，互相都不能接受對方。文明衝突理論是在這個歷史背景下發展出來的。後來的學者，非要把信奉「君子和而不同」的儒家文明也加入到這個理論中，就出現了各種削足適履的事例。鴉片戰爭以後，西方入侵中國，這時候看起來彷彿有很多衝突，但這些都是具體利益衝突，而非文明的衝突。英國在跟清朝打兩次鴉片戰爭的同時，還在巴基斯坦、阿富汗、俄國、伊朗、紐西蘭等眾多國家作戰。英國打的這些殖民主義戰爭的核心是經濟利益，這和後來與清朝有相似文化背景的日本人侵中國並沒有根本的不同。
明末清初傳教士入華，一直受到各領域理論研究學者的青睞，很大原因是這段歷史中的材料足夠豐富，同時又足夠單純。豐富是因為儘管中國和世界各地的交流早就開始了，但論深度、廣度以及可用到的中西材料，明末清初都是之前時段難以企及的。而單純是因為鴉片戰爭以後，儘管有更多的歷史材料，但這以後歷史有太多的政治軍事經濟因素摻雜其中。建構理論的人都偏好背景簡單的時間段，這樣可以減少理論中的變數。因而談論現當代政治、經濟、文化，在牽涉到中西對比的時候，往往都會回溯到這段歷史。但講理論，談趨勢，往往要犧牲的就是個體的多樣性。比如跟楊光先（1597-1669）同時代的薛鳳祚（1600-1680）就很少被提及。薛鳳祚出身書香門第，年輕時學習陸王心學。中年後跟傳教士學習了西方數學。他是最早學習對數、三角函式的中國人。薛鳳祚在康熙時期以及後來的乾隆年間，都被公認為一代大才，學貫中西，受時人追捧。他把對數和三角函式中的幾何知識運用到治水中，用來計算河道和河流速度，寫下了《兩河清匯》（兩河指黃河和京杭運河）一書，是兼具中西方知識的治水名著。包括這本書在內，他有三本書被收入了《四庫全書》。清代人寫的書能被收入《四庫全書》中，就是乾隆時期一流學者群體對該書價值的肯定。《四庫全書》的編輯在《兩河清匯》的書前提要中寫道，薛鳳祚的學問是跟著西洋人學的，在當時被稱為青州之學。青州是山東益都縣，是薛鳳祚的家鄉。學問能以家鄉來命名，這在中國傳統中是極高的認可。可惜的是，薛鳳祚在現當代書寫的清代歷史中極少被提及。除了專門的數學史論文和書籍，他的名字很少出現。其中的原因很簡單，因為在他身上沒有中西衝突，有的只是中西匯通。
除了基督教引發的中西文化思考，傳教士帶來的西方數學、科學，也是文化理論找材料的熱門領域。後來的歷史中，西方科學沒有在中國生根發芽，這是現當代學者都知道的。於是有很多「大」問題伴隨這個結果而來。西方科學沒能傳入，到底是中國傳統文化的問題，還是傳統政治制度的問題，還是二者兼有？提出這些問題的人其實有兩個預設，一是西方科學沒能傳進來，二是沒能傳進來是傳統中國的問題。這些反思型的預設，都是拿著鴉片戰爭以後中國科學技術落後於西方的歷史結果反推出來的。但在實際的明清歷史中，這兩個預設都是不成立的。傳教士明末到中國，就發現中國士大夫對基督教興趣不大，反而只對西方的數學、科學有興趣。傳教士金尼閣（nicolastrigault，1577-1628）在萬曆年間到達杭州，在那裡傳教兩年後，返回羅馬報告中國的傳教事業。除了教會內部的問題，金尼閣回去很重要的一件事就是告訴歐洲，中國人對歐洲的自然科學、技術和數學感興趣。他在歐洲四處募捐，買了7000冊關於歐洲各方面的書籍，於1620年運到中國。西方科學技術圖書是金尼閣購買書籍中的重要部分，這其中就包括當時歐洲最新的哥白尼日心說的證明等。而幫金尼閣選購圖書的是鄧玉函。鄧玉函是伽利略的學生，在歐洲就是一流學者。金尼閣和鄧玉函人華後，和江南士大夫交往頻繁，他們費盡心力把西方的書籍運到中國，就用行動說明了他們認為當時中國社會能夠接受這些書籍。
康熙末年的傳教士也證明了金尼閣的判斷。當時傳教士真正頭痛的問題是中國人學得太快了，他們擔心以後沒有科學知識繼續教給中國。如果把這些傳教士看作西方科學的老師的話，那麼他們對中國學生們的評價是極高的。傳教士到中國的目的是來傳教，而他們為方便傳教，選擇用教授西方科學技術作為先導，來融入中國士大夫群體，這不已經極大地說明問題了麼？
牛頓（1643-1727）和康熙（1654-1722）基本算是同時代的人。如果把牛頓看作歐洲科學革命奠基人的話，那麼康熙一朝就正好處在西方科學革命爆發的前夕。當時除了康熙自己和他的皇子們學習西方知識以外，康熙還在宮裡組織八旗子弟來學。比如在宮裡面學習的正白旗蒙古族人明安圖（1692-1763），看到了法國傳教士帶來的牛頓無窮極數公式後，就用從傳教士那裡學來的西方几何證明方法，證明並推匯出了卡塔蘭數。明安圖還推匯出了一些衍生公式，這些公式在翻譯成現代數學語言後，陸續被國外學者證明。卡特蘭數在函式、離散數學中廣為使用。它是卡塔蘭（1814-1894）在1838年推匯出來的，比明安圖的證明晚了一百年。2我們知道有明安圖這樣的八旗子弟存在，就理解為什麼當時傳教士擔心中國人學習西方知識太快。他們的擔憂並不是空穴來風。
除了對薛鳳祚、明安圖這樣的人物視而不見外，傳統文化阻礙西方科學傳入的論說還經常對歷史材料斷章取義。像本書前面提到過的康熙晚年與皇子們一起學習代數的事，就被用來說明康熙阻礙了西方科學的進入。這件事很多書中都有提到，因為有一張康熙親筆寫給他奴才的諭旨存留，諭旨圖片和全文如下：
諭王道化：朕自起身以來，每日同阿哥等察阿爾巴拉新法，最難明白。他說比舊法易，看來比舊法愈難，錯處亦甚多，鶻突處也不少。前者朕偶爾傳於在京西洋人開數表之根，寫得極明白。爾將此上諭抄出並此書發到京裡去，著西洋人共同細察，將不通的文章一概刪去。還有言者：甲乘甲、乙乘乙總無數目，即乘出來亦不知多少。看起來想是此人演算法平平爾，太少二字即可笑也。特諭。
現當代史家引用到這份諭旨都集中在康熙的最後兩句，評點代數「演算法平平」「可笑」上。這幾個詞就是吸睛的衝突部分，用來說明康熙自大無知，耽誤了西學、科學引入中國。3除了把這幾個衝突字眼揀出來，沒有人關注這段話的前半部分，也沒有人想要理解為什麼康熙說「演算法平平」「可笑」。
第一句：「朕自起身以來，每日同阿哥等察阿爾巴拉新法。」「阿爾巴拉」就是代數，是algebra的音譯。康熙皇帝外出，一路上還和他的皇子一起研讀代數這個當時全新的數學科目。這說明什麼？如果在旅途的火車上，我們看到一個人拿著一本代數書看，我們的反應是什麼？康熙整篇諭旨，說的是他試著在理解這本代數書，但明顯沒有看懂，最後指示他的奴才把這本書拿去讓西洋人共同「細察」，把問題寫明白。
代數現在看起來是數學中的基礎內容，但對當時的歐洲傳教士來說也是一門新學科。代數並不是希臘羅馬時期發展出的傳統數學部分，而是阿拉伯人花拉子密（al-kwarizmi）9世紀（相當於中國唐朝時期）創立的。代數在歐洲各種語言中都叫algebra，這個詞是阿拉伯文的音譯。12世紀義大利人把花拉子密的著作翻譯成了拉丁文。16世紀法國數學家韋達（francoisviète，1540-1603）發展出了用字母來演算的新代數，這也是我們現代人所學代數的基礎。從康熙朝編訂的《數理精蘊》可以看到，大量有代數思維的演算已經被康熙重視和接受了。《數理精蘊》是康熙和皇三子實際參與編訂的書。裡面有許多二元二次方程的題，還有一元三次方程需要求立方根的題以及求解。康熙和他的兒子沒有弄明白的是代數和方程使用的意義是什麼。當時康熙對不出現數字，以及為什麼要這樣來演算數學並不理解，也就是康熙諭旨中抱怨的「無數目，即乘出來亦不知多少」。
代數其實是人類數學思維的一次重大革命。數學本來是一種確定性的表達，而代數是在確定性中融入了不確定性，也就是用字母表達的部分。歐洲從韋達開始，到經過笛卡爾完善的新代數，也是經過了上百年才慢慢被消化，一直到牛頓把代數應用到物理中，代數這個數學工具才逐漸開始顯示其大用處。牛頓在物理領域取得突破前，是劍橋大學教代數的教授。他之前的物理大師，如伽利略和開普勒等都還沒有使用代數。1707年牛頓的《廣義算術》（arithmeticauniversalis）問世，這是牛頓在劍橋關於代數和方程方面的講稿彙編。在這本書中，牛頓把開普勒的天體軌道運算重新用代數的方法來演算，展示出了代數演算的優勢。牛頓還用一道道題，具體講解代數的用處。比如，一個石頭從井口落下，知道從石頭開始下落到聽到底部傳來回聲的時間，問井有多深。這道題中，牛頓把深度設為x，這樣石頭落下和回聲傳回來的兩段物理過程中的距離都是x。方程建立在時間t=tsub1/sub+tsub2/sub上(tsub1/sub是石頭落下的時間，tsub2/sub是回聲傳回的時間，兩段都用距離x和石頭以及聲波執行速度來求得）。這樣兩段物理過程就通過未知的距離x聯絡到了一起。4
牛頓的《廣義算術》嚴格來說並沒有多少學術上的突破，但其主要特點是實用，講的是技巧，從而大大推動了代數的使用範圍。牛頓當時對代數在應用上的推動，有點類似於微軟做出了windows系統，大大拓展了電腦的使用範圍。當時給康熙講代數的是法國傅聖澤神父，他1699年就到中國，大機率他沒有看過牛頓的大作，對代數真正的用途也所知有限。為了方便康熙閱讀，傅聖澤沒有用字母來替代未知量，而用的是天干地支。5比如他給康熙的書中講的甲與乙之和的平方等於甲平方加乙平方再加二倍甲乙相乘的乘積。這是大家都熟知一元二次方程中的公式(x+y)sup2/sup=xsup2/sup+2xy+ysup2/sup。康熙能看懂這個，但是他不知道這樣做的用處是什麼。所以他會評價「他說比舊法易，看來比舊法愈難」。上面提到石頭下落的題裡，牛頓就講到了一元二次方程幾個公式的應用。由於石頭落下還涉及自由落體下墜，也就是下落距離和時間平方成正比(d=ktsup2/sup)，因此在這道例題中，牛頓就展示了求解技巧，用到一元二次方程中的求根公式：
這個求根公式就是從axsup2/sup+bx+c=0這個一元二次方程的標準式中推出來的。代數對當時的傳教士來說，也是新東西，沒有辦法給康熙深入講解分析也情有可原。在不明白代數用途的情況下，康熙讀完代數後的第一反應其實和當時歐洲人的反應是一樣的，對為什麼學習代數以及代數的用處有疑問，對思維轉變有不適應。