接著，在追捕德雷克的準備工作就緒後，聖克魯茲委派加斯帕爾·達·蘇薩船長率領一支強大的葡萄牙步兵隊登上了「聖弗朗西斯科」號，他捎來了資訊，巴託利將要帶著這艘戰艦與葡萄牙蓋倫帆船一道出海，一旦與敵人遭遇，巴託利需要服從達·蘇薩的安排。「聖弗朗西斯科」號的亞速爾之行表現出眾，只有她完好無損，未曾漏水，沒有丟過一根桁桅，可是在給主上的信中，巴託利卻既感自豪，又覺悲傷，因為西班牙人放行的可能性現在更加微乎其微了。不過弗朗西斯大公仍然堅持不懈地想要索迴心愛的寶船，直到本人離世也未曾放棄努力，在她向英國進發時，大公的繼承人費迪南德一世仍然還在為此事而奔走。
有了「佛羅倫西亞」號，亦即被西班牙人改了名的「聖弗朗西斯科」號，又獲得了警衛西印度群島的蓋倫帆船，梅迪納·西多尼亞一共擁有了20艘蓋倫帆船，就算在火力上有所不及，這支海上力量至少在噸位上已經可以與英格蘭女王最好的20艘船隻平起平坐，再加上來自那不勒斯的4艘加萊賽戰船，還有與卡斯蒂爾蓋倫帆船一起行動的4艘大型武裝商船，這些艦船組成了他的一級戰隊。組成二級戰隊的是另外40艘武裝商船，儘管與英軍二級戰隊中最好的商船相比，它們的武器配備沒有那麼可怕，但是其中許多艘船在體量上要龐大得多，在雙方的所有船隻中，只有歸女王所有的兩艘最大的船隻「凱旋」號和「白熊」號在規格上略勝一籌。自從2月以來，除了將西印度群島警衛部隊的大部分軍力收為己用，梅迪納·西多尼亞還先後得到一艘頂好的威尼斯卡拉克帆船、一艘同樣來自義大利——也許是熱那亞——的大船，以及六七艘由比斯開灣各港口提供的商船。他還補充了不少額外的霍爾克船，又將數量充足的其他輕型船隻聚攏起來，因此船舶的總數較2月時已經翻了一番。到4月底，他大約已經擁有130艘船，它們在體量上大小不一，但或多或少都已經完成了出海的準備。
除了擴充無敵艦隊的船隻數量，他還注意通過其他方式增強艦隊的戰力。有儘可能多的船隻經過了斜側檢修和塗油，在用光里斯本和沿岸各地庫存的最後一批風乾木材後，船體的腐爛部分多數已經得到更換，破損的桅桁也都替換成了優質品。一些蓋倫帆船和許多武裝商船也新造了高聳的艏樓和艉樓。傳統上，有了這樣的船樓就意味著一艘商船搖身變為了戰船。不過，在西班牙和葡萄牙的蓋倫帆船中，至少還有一些船的艏樓和艉樓似乎按慣例在同一水平線上接受過「削甲板」（西班牙語稱為rasa）的改造，也就是說沒有凸起的艏樓，只有一個相對較低的艉樓和艉樓甲板。接受過「削甲板」改造的船舶航速更快，搶風而行的能力更強，但就作戰而論，多數西班牙將領更青睞高高的船樓，它能夠把人員掩蔽在內，從裡面發起攻擊。一些英軍將領同樣懷有這樣的觀點，譬如馬丁·弗羅比舍supsmallid="filepos629091"/small/sup。在梅迪納·西多尼亞身邊，沒有像約翰·霍金斯那樣的激進改革家能夠對他施加影響，因此在他接過無敵艦隊的指揮權後，那些本來還未架設高層建築的船隻，也都被裡斯本港口的木匠新增了船樓。
由於梅迪納·西多尼亞爭取來的準備時間，以及他對西班牙各行政部門施加的影響，無敵艦隊在很多方面都受益匪淺。剛進入3月時，頭盔、胸甲、長槍、短槍、滑膛槍和火繩槍儲備全都嚴重不足，可是到4月底，各項供應均已達到計劃要求。火藥的配額幾乎增長了一倍，也許是聽取了那位義大利炮兵專家的建議，所有火藥都是「滑膛槍的火藥」，由精細的顆粒組成。最重要的是，大型火炮所需的加農炮彈得到了更為充足的供應，故而每門炮都能發射50輪次。結果證明，這個數字依然遠遠不夠，但是與聖克魯茲曾經盼望達到的每門炮發射30輪次相比，顯然已有大幅提升。
即使如此，公爵的影響和全力干涉卻未能在其他一些方面改善艦隊的狀況，甚至難以阻止狀況繼續惡化。許多船隻存在的問題過多，已經超出了人力可能矯正的極限。在港口每多待一週，就意味著全體船員要多消耗一週的糧食，為此庫存要不斷地加以增補。更糟糕的是，肉、魚和餅乾最初存入木桶時，是為了原計劃中上年10月的起航而準備的，因此遲至5月開啟時，即使是以最寬鬆的標準衡量，也已經難以食用了。最壞的一點還在於人員的耗損。雖然船上沒有爆發真正意義上的瘟疫，但是每過去一週，死亡名單都會加長，再加上士兵和水手們缺衣少食，又領不到薪俸，每個禮拜都有人逃跑。梅迪納·西多尼亞的確籌措到了更多的經費，逃跑人數在12月達到峰值後，也終於在來年的3月到4月迎來了回落。至少在表面上，被迫丟下犁鏵的農民填補了死去兵士的崗位，可是訓練有素的海員卻實在無法頂替，早在上年11月，聖克魯茲就已經在抱怨海員的不足了。到了4月，人員缺口變得更加嚴峻。同樣令人不安的還有專業炮兵的稀缺。而大型火炮，尤其是長重炮的不足，則更為艦隊上下籠罩了一層陰影。
但無論心中還存有多少疑慮，梅迪納·西多尼亞明白，他不能再繼續對國王的焦躁置若罔聞了，何況在留給他不多的時間裡，靠小修小補所能發揮的作用也已十分有限。4月25日，他前往裡斯本大教堂，在聖壇上為遠征求取了一面受過祝福的旗幟，這宣告了起航之日即將來臨，也一併彰顯了此番任務的神聖本質。每一位即將追隨戰旗出海的船員都進行了懺悔，領了聖餐。他們全部在嚴重警告下立誓絕不瀆神，並保證杜絕士兵和水手易犯的其他罪行。所有艦船都一一經過搜查，以確保甲板上沒有藏匿女人。現在，總司令正莊嚴地邁向大教堂，葡萄牙副王、紅衣主教阿爾伯特大公代替最虔誠的天主教國王陛下在一旁陪伴。里斯本大主教親自主持彌撒，祈求上帝為整個計劃賜福。旗幟被從聖壇上擎起，由人攜帶穿過市政廣場，來到一處多明我會修道院，公爵本人將旗幟陳放到那裡的聖壇之上，以象徵他的個人奉獻。隨後旗幟又被請回，從兩列跪地行禮計程車兵和水手中間穿過，隨行的托缽僧們則向跪地的人們宣讀教皇的免罪和特赦，這是最為神聖的一次十字軍遠征，所有參與者都將榮享恩惠。那面受過祝福的戰旗上繪有西班牙的紋章，紋章的一側是基督在十字架上受苦的圖景，另一側則是聖母瑪利亞，下方還用渦卷形花體字書寫著一行讚美詩文：exurge,domineetvindicacausamtuam（「昇天吧，我主，請捍衛您的偉業」）。
有關這場儀式的記錄大多感人至深，但相較而言，有一份報告最為枯燥無味，它來自教皇派赴里斯本的代表，正是通過他的現場見聞，教皇才得以及時獲知腓力籌備海軍的進展。放眼全歐洲，在關心征服英格蘭的計劃方面，沒人比教皇大人西克斯圖斯五世更為急切。從擔任教皇的第一年開始，他就在連續催促腓力動手，也是從那時開始，腓力便在不斷向他提出借款的要求。然而，對於腓力是否真的計劃入侵英格蘭，教皇大人自感沒有十足的把握。僅僅只是設想的話，他可不願意借出哪怕一分一毫。另一方面，他曾向奧利瓦雷斯許下皇皇諾言，到西班牙士兵真正登上英格蘭土地的那一天，他的回應將不只是借款，他將無償贈予西班牙國王100萬金達克特。但在此之前，即使腓力已經獲得准許，可以為籌劃本次十字軍遠征向境內的教士徵收特別賦稅（反正腓力無論如何都不會放過他們），即使腓力在自覺有必要的時候可以從教皇那裡求得任何祝福和赦免，但是他永遠無法從教廷的金庫裡拿走一個索爾多supsmallid="filepos634560"/small/sup。理所當然地，既然現在西克斯圖斯終於能夠對腓力的決心報以信任，他當然特別急於瞭解實現計劃的把握究竟能有幾分。
為了滿足自己的好奇心，他不僅提醒教廷駐馬德里大使悉心觀察，還向里斯本派來了一位專使，當然後者的表面任務乃是處理教會事務。就在舉行授旗儀式的前幾天，這位觀察員已經向紅衣主教蒙塔爾託提交了一份報告，轉述了一段啟人深省的對話。
專使描述道，他和西班牙艦隊中位階最高、最富有經驗的軍官之一（是否即胡安·馬丁內斯·德·裡卡德？）有過一番私人談話，當時專使鼓足勇氣，開門見山地發問：「如果在海峽內遇到英國艦隊，你們認為自己會贏嗎？」
「當然。」西班牙人回答道。
「為什麼這麼肯定？」
「這很簡單。大家都知道，我們是為上帝的事業而戰。所以，當我們撞見英國人時，上帝一定會為我們安排好一切，比如讓天氣變得古怪，或者更可能的是，讓英國人的頭腦不再靈光，到那時我們會用抓鉤扣住他們的船，登上船去。如果我們可以近身肉搏，西班牙人的勇氣和鋼刀（以及我們船上攜帶的大批士兵）就能派上用場，勝利將板上釘釘。不過假如上帝沒有為我們顯現奇蹟，考慮到英國人的船比我們的更加快速和方便操縱，擁有更多的長程火炮，而且他們像我們一樣瞭解自己的優勢所在，想必英國人絕不會靠近我們，他們只會待在遠處，用長重炮把我們轟成碎片，而我們卻幾乎拿他們毫無辦法。所以，」這位船長總結道，臉上泛出一絲獰笑，「我們將懷著奇蹟必然降臨的希望，向英格蘭駛去。」
特塞拉島（terceira）是亞速爾群島的組成島嶼之一，1582年夏，堂阿爾瓦羅正是在該島附近海域率軍擊敗了葡萄牙王位競爭者克拉圖的堂安東尼奧。
佩德羅·恩裡克斯·德·阿塞維多，福恩特斯伯爵（pedrohenriquezdeacevedo,countoffuentes,1525—1610），西班牙將軍、政治家。
吉普斯夸省（gipuzkoa），西班牙北部省份，瀕臨比斯開灣。
主要由突厥人、摩爾人組成的北非海盜組織。
阿德蘭塔多（adelantado）是15至17世紀西班牙授予部分美洲征服者的榮譽稱號，被授予者往往對於征服地區擁有行政和司法等方面的管轄權。
西班牙方陣（tercio），西班牙哈布斯堡王朝時期的步兵組織單位，由多個兵種組成，最高可達3000人。
桑盧卡（sanlúcardebarrameda），位於今西班牙卡迪斯省的西北部。
本韋努託·切利尼（benvenutocellini,1500—1571），文藝復興時期著名的義大利雕塑家，《珀爾修斯》是他的代表作品。他同時也是一個多才多藝的天才，有自傳等文學作品存世。
阿維茲家族（houseofaviz）建立了葡萄牙歷史上的第二個王朝阿維茲王朝（1385—1580）。
托斯卡納（tuscany）在義大利中部，托斯卡納大公由佛羅倫薩公爵擢升而來，歷代公爵、大公均出自著名的佛羅倫薩美第奇家族，當時的大公即下文提到的弗朗西斯一世。
利沃納（leghorn），義大利西海岸重要港口。
馬丁·弗羅比舍（martinfrobisher,1539—1594），英國私掠船長、探險家，曾三次前往新大陸尋找西北航道，今天加拿大的弗羅比舍灣即以他的名字命名，後於1588年加入霍華德的英軍，在擊敗西班牙無敵艦隊後受封騎士。
索爾多（soldo），中世紀義大利銀幣。