21日下午，天氣終於平和下來，公爵立即派出剩下的部分輕帆船去尋找失散的船隻。在此之前他已經差遣信使沿海岸尋訪，得到的訊息稱，德·雷瓦的10艘船、艦隊的霍爾克船、黎凡特商船和一艘輕帆船誤打誤撞地駛入了不遠處的威韋羅supsmallid="filepos726534"/small/sup港，兩艘加萊賽戰船則在希洪supsmallid="filepos726659"/small/sup找到了容身之地。第二天，胡安·馬丁內斯·德·裡卡德帶著兩艘蓋倫帆船和8艘其他船隻出現了，但是形勢仍然十分嚴峻。到24日，依然有兩艘加萊賽戰船和其他28艘重要船隻下落不明，其中包括那艘佛羅倫薩蓋倫帆船、1艘卡斯蒂爾蓋倫帆船以及裡卡德分隊中兩艘最好的戰艦。在僅有的全部2.2萬名有效作戰人員中，有6000名士兵和海員連同以上船隻一道遺失，剩下的1.6萬名中還產生了許多病號，一些人患了船熱，更多的人則是因為腐壞的食物染上了壞血病和痢疾。挺過風暴的多數船隻受損情況都很嚴重，許多船舶要麼已經漏水，要麼丟掉了桁桅、船錨，或是遭到其他損害。
離開里斯本以後，對於手下這支部隊的真實情況，梅迪納·西多尼亞逐漸有了清醒的認識。在沿海岸緩慢北上的途中，每一天都會揭露出新的不足，其中最糟糕的一點就是食物。關於食品腐壞的報告每天紛至沓來。顯然，許多用於儲藏食品和水的木桶有悖承諾地使用了新伐材。公爵是過於憤怒了，以至於沒能回想起在他接手艦隊的那個混亂無序的冬天，與其他人一樣，承包商也已經傾盡全力。就製造桶板而言，這可能就是他們所能找到的最好的木料了。就在距離無敵艦隊停靠拉科魯尼亞的一年前，聖文森特角的上空正籠罩在德雷克引燃的篝火的煙幕之下。12個月後，那些本應用來為無敵艦隊製作桶板、保護食物和水的風乾木材，已經化作了冷冷的灰燼。
在回顧了當前的情形後，公爵坐下來寫了一封難以起筆的信函。他提醒最虔誠的天主教國王陛下，請他回想自己剛去里斯本接管艦隊時，以及在此之前已經表達過的種種疑慮。某種程度上，這些不安來自一個事實，將王國的命運押注在一場力量對等的考驗之上已然有違常理，更何況即使是一位樂觀主義者也會認為，在里斯本集結的這支軍事力量僅僅勉強能夠達到擔負任務的最低要求。現在，由於這場風暴驅散了艦隊，他所能召集的軍力更加大不如前，而且人們有很嚴肅的理由擔心，在迷失的船隻中，至少有一部分或則已經在惡劣的天氣下葬身大海，或則已被法國和英國的海盜據為己有。他委婉地指出，這樣一場海難不僅在這一年中最適於航行的月份6月降臨，而且不偏不倚降臨到為上帝的事業而起航的艦隊頭上，幾乎讓人難以置信。（過去六個禮拜中發生的種種災禍和挫折似乎已經令公爵部分打消了求助於奇蹟的意願。）除了遺失的船隻數量，他繼續談道，重新集合後的船舶也大都受到不同程度的損傷（信中封入了兩類船隻的詳細清單），他現有的人力由於疾病侵襲而嚴重不足，食物和水的狀況更是比自己所能預想的更加惡劣。縱觀以上難處，梅迪納·西多尼亞寫道，同時考慮到帕爾馬的報告，後者聲稱自己所能支配的有效戰力還不足上年10月的一半，他懇請陛下再次考慮與英格蘭議和是否毫無益處，或者將行動計劃至少延遲至下一年是否勝算更大。
腓力的回覆迅速而堅定。公爵應當竭盡所能匡救他所提及的弊端。其中的一些不足也許超出了可能彌補的範圍，但他仍然必須承擔出航的義務，哪怕這支艦隊的戰力達不到他的預期。無論如何，一有機會，他就應該立刻揚帆進擊。至於自己此前的說明，他不會作出任何修改。
我們不知道哪一點更令人感到吃驚，是公爵信中流露的勇氣和智慧，還是國王回覆中洋溢著的盲目的自信。在那個西班牙的黃金年代，一位紳士主動建議解除自己對一場進攻的指揮權，無論他的內心有多麼絕望，其中灌注的道德勇氣都是非同尋常的，因為在那個世紀，勇於擔負類似戰事的指揮權才是司空見慣的。對於腓力領導的事業，從來沒有人曾就局勢向他提出過如此直截了當卻又合乎情理的評估，更遑論再次重申這一觀點了。怎奈這位審慎的國王已經變了，有超過一年的時間，他不曾對任何審慎的建議予以注意。眼下，他好像對一切都視若無睹，只顧高喊「前進，以上帝的名義！」，而他回覆艦隊指揮官的信函也僅僅是對這條指令的又一次重申罷了。
不過，腓力至少避免了日後一些歷史學家犯下的錯誤。他沒有將公爵的來信當作證據，認為梅迪納·西多尼亞是傻瓜或懦夫，也完全沒有因此就認為公爵不適合繼續指揮。無敵艦隊在拉科魯尼亞的逗留不能為這種論調提供證據，也沒有跡象表明艦隊指揮官的下屬持有這種想法。德·雷瓦歸隊後，公爵立刻召開了一次軍事會議，但是他並沒有將自己的疑慮告知眾人。這是一群老兵，沒有必要就顯而易見的局勢向他們多做評論。他只是就三個選項向大家徵詢了意見。艦隊是該主動外出尋找迷失的船隻，還是應當就此直奔英格蘭，又或者最好繼續在拉科魯尼亞停泊，靜待迷路者回歸？他的軍官們按照習慣，根據資歷和輩分由卑到高一一作出答覆，士兵和水手也按次序發表了看法。幾乎所有人都一致贊成第三種選擇。艦隊最好繼續待在拉科魯尼亞，一邊重新整修，一邊儘可能地補充食物和水，並且寄希望於多數迷路的同伴能夠早日歸隊。只有一位分隊指揮官提出了異議。安達盧西亞分隊的「將軍」佩德羅·德·瓦爾德斯要求立刻啟航，他認為幾乎已無可能更換腐壞的食物，待得越久，局勢只會越糟。他的意見同樣得到了充分的記錄，作為補充，他還給國王送去一封私人信函（那時的海軍通訊不需要「經過中間渠道」），信中重申了他的論據，並且直言對於自己的執拗可能冒犯艦隊指揮官有所擔心。不過即便如此，他在信中也絲毫沒有流露出埋怨指揮官無能或怯懦的情緒。
艦隊終於準備停當，此時距離那場風暴已經過去一個月，但是整體來看，推遲行程似乎是值得的。所有必不可少的修繕工作都已完成；有儘可能多的船隻經過了傾側檢修、填補漏洞和塗油。從比斯開灣的各個港口找到了一些額外的食品，如餅乾、鹹魚等，如果說近期的收穫未能完全達到期望，至少食譜上的鮮肉、時蔬和新鮮麵包節約了部分庫存，並且使船員們的健康大受裨益。在公爵的緊急安排下，艦隊在岸邊為感染船熱的病號設立了一座醫院，藉此控制住了一直威脅船員生命的疫情。士兵和水手的人數也得到增補，花名冊上弄虛作假的情況當然還是有的，但兵員的虛報並不比平時更為嚴重，艦隊也因此再次煥發出應有的全部戰力。
最讓人高興的是，迷航船隻中的最後一批倖存者終於返回了港口。兩組船舶最遠時漂流到了海峽附近，其中一個在錫利群島和利澤德半島之間游弋了一段時日，繳獲了幾艘商船，還順道駛入了芒特灣supsmallid="filepos734450"/small/sup，奇怪的是，全程竟沒有撞見一艘英國戰艦。另一組則在乘著一股北風返回拉科魯尼亞之前，剛好瞥見了一支英軍，後者很可能便是德雷克的主力艦隊。總之，7月21日的形勢大致恢復到了兩個月前的狀態，儘管公爵仍舊在為密封不嚴的木桶憂心忡忡，而且事實後來證明他的擔憂是正確的，但在某些方面，比起在里斯本的時候，他又的確感到籌備工作得到了進一步提升。隨著輕快的南風鼓滿船帆，無敵艦隊最終起航駛向英格蘭，梅迪納·西多尼亞的心中又一度恢復了謹慎的樂觀。
在英國，1英擔約合112磅。
利澤德半島（thelizard），康沃爾郡西南方半島，是英格蘭本土的最南端。
錫利群島（scillyisles），位於康沃爾郡的西南方，距離英格蘭本土約45公里。
拉科魯尼亞（corunna），西班牙西北部沿海城市，今屬加利西亞自治區。
威韋羅（vivero），西班牙西北部沿海城市，在拉科魯尼亞東側不遠處，今屬盧戈省。
希洪（gijon），西班牙西北部沿海城市，在威韋羅東側，今屬阿斯圖里亞斯自治區。
芒特灣（mountsbay），在利澤德海岬西北方向。