從北緯56°附近的北海海域繞過愛爾蘭，去往西班牙港口
1588年8月13日至10月15日
8月13日，週六清晨，越過殘損的船尾欄杆，兩週以來梅迪納·西多尼亞公爵第一次在醒來後不曾看見窮追不捨的英軍。無敵艦隊正順著一股西南風前行。折回海峽的時機業已錯過，在壯烈殉國和敗走還鄉之間，無論公爵曾經多麼傾向於前者，現在他唯一能為主上效勞的，只剩下儘可能多地將船隻帶回祖國。
勝負已定，戰局萬難逆轉。自從進入海峽以來，他先後失去了至少7艘一級戰船，這裡面除蓋倫帆船外還包括一艘加萊賽戰船，其他頭等戰船也都身負重傷，僅能勉力航行；五分之一的人員非死即殘，彈藥也幾乎消耗殆盡。甚至連全軍計程車氣，如果說曾經在海峽中維持了高昂狀態，也已經顯露出疲敝的跡象。9日早上，面對旗艦下令原地停泊、迎接來敵的訊號，超過一半的船隻佯裝未見。在這種情況下，公爵做了他所能做的一切。他在「聖馬丁」號的甲板上召集了一次簡易的軍事法庭，在擺出確鑿證據，證明自己的命令已經有效傳達卻遭到有意違抗後，20位抗命的船長被當場判處絞刑。其中一位犯人是他在桑盧卡的鄰居、一位紳士，可是公爵真的把此人吊死在了一艘輕帆船的桁端上，還讓這艘船在艦隊中間巡遊，一路掛著它那嚇人的重擔。其他19人在受到警告後幸得身免，卻被剝奪了指揮權，交由軍法官馬丁·德·阿蘭達羈押監管。但要讓艦隊恢復在埃迪斯通群礁附近開戰時的鬥志，僅有法官和絞刑吏是不夠的。
如果說帶領無敵艦隊得勝的機會已經化為烏有，那麼率軍全身而退的可能性也不見得多上幾分。「聖馬丁」號一次又一次被長重炮、半長重炮擊穿，就在她的水線上方，還留有一個大窟窿，那是一枚重達50磅的炮彈的傑作。雖然接受過高超的修補，「聖馬丁」號的船體仍在像個篩子似的漏水。就甲板以下的部位來看，裡卡德的「聖胡安」號的情況同樣不妙，不單如此，船上的一座主桅脆弱到甚至無法承受風帆的自重。曾經在格拉沃利訥與「聖馬丁」號並肩作戰的「聖馬科斯」號也已千瘡百孔，由於害怕船體散架，她的船長下令拿纜繩從龍骨下方穿過，將她捆了起來。即使這樣，上述三艘葡萄牙蓋倫帆船的傷情還要輕於另外三艘黎凡特大型商船，這三艘武裝商船每一天都在進水，眼見船身一點點下沉，它們也在艦隊後方落得越來越遠。的確，所有戰艦都嚴重受損，霍爾克船中也有一些情況相當糟糕。其中有一艘，我們只知道海員們喚其為「漢堡的小帆船」，後來下沉得過於突然，儘管船員全部得救，貨物卻丟了個精光。
這些問題已經足夠觸目驚心，但最嚴重的麻煩還在於存貨。新鮮食物自然早已告罄。餅乾大多生黴或腐爛了，大量鹹魚和醃肉也都不能吃了。雖則如此,當前急需的補給也不太可能是醃製食品，因為飲用水已經匱乏到了極點。本來所有能用的大小木桶都曾在拉科魯尼亞裝得滿滿當當，存量應當足夠艦隊支撐三個月。可是木桶再一次出現裂隙，當其中的一些被開啟時，裡面只剩下高不過數英寸的綠色黏汁。到了這個時候，德雷克突襲聖文森特角的致命後果才在世人眼前顯露出來。漫長而艱辛的航路尚在前方，然而在一支又一支分隊提交上來的報告中，即使按照最嚴格的定量來分配，剩下的飲用水也至多不過能堅持一個月左右的時間。
德·雷瓦主張去挪威，迭戈·弗洛雷斯呼籲去愛爾蘭，但這一次公爵顯然得到了餘下的「將軍們」的支援，這裡面不包括裡卡德，他已經回到自己的鋪位，正緩緩迎來生命的終點，公爵的意見壓過了反對派，得到了軍事會議的一致認可。艦隊將向北繞過蘇格蘭和愛爾蘭，一旦獲得足夠寬廣的航行水域，便會轉舵張帆，使右舷受風，一路搶風返回拉科魯尼亞。在那天下達各船的所有航行指令中，公爵尤其強調經過愛爾蘭時必須與海岸保持安全距離，「因為我們擔心在海岸一帶也許會有災殃降臨」。公爵還殫精竭慮地給出了其他告誡。為節省用水，他下令將所有驢子和馬匹統統拋下船舷，又命令艦隊中的每一個人，無論尊卑貴賤，都要嚴守食品配額，每人每天8盎司餅乾、1品託水、半品脫酒，嚴禁擅自加量。不管其他艦船情況怎樣，配額供給在「聖馬丁」號上得到了嚴格貫徹，公爵本人則起到了模範作用。就他的情況而言，這樣的食品配額並不算是多大的犧牲。自打他們駛出塔霍河後，食物就只有在風平浪靜時才對他具有吸引力。「根據海上經驗，」他曾向腓力抗辯，「我知道自己一貫暈船，而且極易感冒。」對於此次航行，他曾經作出比旁人更加悲觀的預言，而今這正在成為現實。
由此，無敵艦隊繼續「駛入了挪威海峽」，他們乘著一陣和風，輕易地朝著東北偏北方向前進，直到領航員認為艦隊已經抵達北緯61°30′，足以在轉向西南偏西方向的航程中避開設德蘭群島，艦隊方才停下北上的腳步。然而又有新的船隻在這個過程中離開了艦隊。14日清早，三艘龐大的黎凡特卡拉克帆船在越發下沉後，當著眾人的面駛向了東方，似乎在絕望地尋找最近的海岸。不幸的是，它們必定已經拖延過久才轉向離開，因為人們再也沒有聽到過它們的音訊。經過17日夜間的風暴後，霍爾克船分隊的旗艦「葛蘭·格里芬」號連同其他一些霍爾克船一道不見了蹤影。就在那一天，艦隊開始轉向，由於現在是左舷受風迎風航行，轉舵不夠靈便的海員就易於被甩在靠北的後方。路上霧氣迷濛、陣雨頻仍，衣衫襤褸的船員們，尤其是安達盧西亞人和黑人，深受嚴寒之苦。
21日，領航員判斷艦隊已經來到北緯58°，大約在戈爾韋海岸阿基爾岬supsmallid="filepos1001946"/small/sup的西北方向90裡格處，由於某些原因，西班牙人完全把阿基爾岬這處地標錯當成了克利爾角，也許是因為它毗鄰克萊爾島supsmallid="filepos1002192"/small/sup。這裡便是改變航道的地方了，公爵再次傳令艦隊集合，進行了最後一次清點。他由此得知，除傷員外，過去八天中艦隊病員的數量出現了駭人的劇增，已經高達3000人，這使他驚恐不已。此外，飲用水的短缺也超出了他的預想。要麼一些看起來挺不賴的木桶竟也開始漏水，要麼一些船長並沒有嚴格執行配額供給制。公爵重申了航行指令，下令全軍轉向新的航程，同時他派出堂巴爾塔扎·德·祖尼加，要他搭乘一艘快速輕帆船回國，向國王報告艦隊的位置以及令人唏噓的戰役歷程。
緊跟著，麻煩找上了門來。接下來的兩週暴風雨下個不停，風從最不利的西南方吹來，連綿不絕的頂頭風令人垂頭喪氣。到9月3日的那個週六，根據領航員的測算，公爵發現自己仍舊處在北緯58°附近，而且可能比兩週前的位置還要靠東。在這期間又有17艘船隻離隊，這裡面有裡卡德所在的「聖胡安」號、德·雷瓦的卡拉克帆船「拉塔·科羅納達」號和其他4艘黎凡特武裝商船，以及另外4艘大型艦隻，其中的兩艘分別來自安達盧西亞分隊和卡斯蒂爾分隊，另外兩艘則隸屬奧昆多的吉普斯夸分隊，此外，一些霍爾克船和兩艘加萊賽戰船也離開了艦隊。可是風向卻在這時候轉向了東北。於是梅迪納·西多尼亞在派出另一艘給國王報信的輕帆船後，又一次嘗試帶領艦隊的殘餘力量，踏上了漫長的歸鄉之路。
19天后，「聖馬丁」號終於向桑坦德外圍海域的領航員發出了訊號。在隨後幾天的報告中，我們得知66艘曾在7月間駛往英格蘭的船隻先後回到西班牙的各處海港。但餘下的所有船舶卻都音訊渺茫，直至年終，竟只有一艘船又回到了出發地。
稍後，先是通過英國的出版物，繼而藉助倖存者們的確認，人們瞭解到無敵艦隊蒙受損失最為慘重的地點在愛爾蘭。5艘黎凡特武裝商船——由「拉塔·科羅納達」號領頭，西班牙貴族精英競相爭取在她的指揮官阿隆索·德·雷瓦手下服役——1艘大型比斯開戰艦、1艘吉普斯夸戰艦、1艘葡萄牙蓋倫帆船以及3艘我們知曉名字的霍爾克船，駛向了愛爾蘭的西部海岸，希望就地補充食物和水、維修千瘡百孔的船體和索具。最終只有兩艘船得以離開：裡卡德的葡萄牙蓋倫帆船「聖胡安」號成功來到丁格爾灣的河口，在大布拉斯基特島supsmallid="filepos1005025"/small/sup的背風處錨泊，補充了淡水後重新回到海上，渡盡劫波的她最終在10月7日跌跌撞撞、窘迫萬分地回到拉科魯尼亞，成為載入記錄的最後幾艘倖存船隻之一；一艘用作醫務船的霍爾克船曾載著裡卡德駛離丁格爾灣，但因為不相信自己能夠將病號活著帶回西班牙，這艘絕望的醫務船竟又駛進了海峽，希望抵達一處法國乃至英國的港口，然而事與願違，她後來在德文郡沿海的布退爾岬supsmallid="filepos1005616"/small/sup擱淺，幸運的是船上的物資還在，一些船員也保住了性命。除此以外，其他所有前往愛爾蘭的船隻（愛爾蘭副總督報告說有17艘，應該有足夠多的難以辨明身份的霍爾克船和輕帆船能夠補足這個數字）一概有去無回。這些船抵岸時不僅沒有攜帶航海圖和領航員，甚至常常連船錨都已不見蹤影，殘損的船體僅能勉強支撐航行，船員們已經在定量配給和疫病的折磨下虛弱不堪，幾乎沒有力氣駕馭船舶，有的船在岩石上粉身碎骨，有的闖入暗礁之間動彈不得，還有一些由於停泊不穩，在暴風突如其來時一頭撞向了峭壁。最後倖存的船隻「赫羅納」號加萊賽戰船，在帶著她竭力搜救的船難倖存者——包括德·雷瓦及其剩餘的同伴——駛離這不友好的島嶼時，卻在巨人堤supsmallid="filepos1006584"/small/sup附近失事，船上的所有人員全部罹難。
必定有數以千計的西班牙人葬身於愛爾蘭海岸。相比於他們悲慘的命運，那些登上了岸的人，下場也未見得好到哪兒去。許多人精疲力盡地倒在登陸的海灘上休息，卻就此被敲碎了腦袋。其他人在荒無人煙的愛爾蘭西部漫遊了片刻，直到被成群計程車兵像對待野獸一樣獵捕和殺死，或是被愛爾蘭的收留者們心有不甘地移交給英國的行刑者。一批數量可觀而且被指望能夠勒索一筆贖金的紳士，在得到保全性命的許諾後出降，後來仍然命喪斧鑕，他們的捕獲者曾提出抗議，無奈這些命令明明白白出自愛爾蘭副總督之口。副總督威廉·菲茨威廉爵士旗下的英軍只有不到2000人，他們的訓練和裝備水準都很差勁，想要靠這支力量守護該國，即使一時風平浪靜，也難保長治久安。讓如此眾多的西班牙士兵出現在愛爾蘭的土地上，即使是以囚徒的身份，此間的風險他亦無力承擔。他的辦法很簡單，抓住他們，就地殺掉。總體來看，這條政策得到了有力的貫徹落實。
這裡需要對兩則虛構的神話予以澄清：第一個傳聞幾乎在無敵艦隊一役發生的當年便由英國人散播開來，據說上岸的西班牙人是被愛爾蘭人擅自謀害的，因為當地人覬覦對方的衣服、武器和珠寶，第二個傳說也在西方世界流傳甚久，說是愛爾蘭人長有鷹鉤鼻和黑色的眼睛、頭髮，面色黝黑，這顯示了西班牙人的血統特徵，是當年無敵艦隊的船員留居此地的結果。誠然，有些野蠻的愛爾蘭人為這些不請自來的客人卸下了肩頭值錢的重擔，這樣的事並不鮮見。也許偶或還會有來客被他們割斷喉嚨。但是在愛爾蘭人擊殺西班牙船難倖存者的記錄中，只有一例不是直接源於英國人的指使，此事還引起了當地輿論的廣泛譴責。通常而言，愛爾蘭人會庇護西班牙人，為他們提供必需品，在任何力所能及的時刻幫助他們逃出王國。幾百名西班牙人的確因此脫身，其中的大多數逃去了蘇格蘭。當時他們認為已經沒有同胞留在身後的愛爾蘭，即使有也為數極少。可能在某些地方，剩餘的西班牙流浪者在某一處友善的村莊裡找到了容身的屋簷和相伴的妻子，但是他們的人數決計不足以改變愛爾蘭人的整體面相。如果有人曾屢次在康諾特supsmallid="filepos1009314"/small/sup和西班牙加利西亞地區的居民身上看到相同的體貌特徵，那也一定是出於其他的緣由。
除了與敵人作戰失去的戰艦，無敵艦隊中剩餘戰艦的損失都是由愛爾蘭和蘇格蘭周邊海域的沉船事故造成的。7月30日途徑利澤德半島時，艦隊中共有戰艦68艘。遲至9月3日，梅迪納·西多尼亞仍舊清點出了44艘。它們全都遵從了公爵的命令，沿著公爵設定的航向前行。這些戰艦全都回到了故土，其中包括來自西印度群島警衛部隊的全部10艘蓋倫帆船、10艘葡萄牙蓋倫帆船中的7艘、8艘安達盧西亞戰艦、奧昆多分隊中的7艘戰艦以及6艘裡卡德分隊的戰艦。只有黎凡特武裝商船所剩無幾，早先的10艘大船隻有兩艘存留至今。這是一支支離破碎的敗軍，但是許多更有經驗的艦隊指揮官卻在對陣尚且不及英軍的對手之後，只帶回了更少的殘兵，無論有誰曾經向他建言獻策（在危急關頭作出正確抉擇的既非迭戈·弗洛雷斯，也不是裡卡德），剩餘的這些船隻之所以得以保全，實在多虧了指揮官的領導才華和意志力。
但在當時，沒人記得他的功績，而且從那時起，很少有人對此做出過持平之論。公爵本人也沒有特別強調過這一點。格拉沃利訥一役結束後，他徹骨地體驗到了戰敗之痛。公爵認定，盡最大可能挽救艦隊、保全力量是他的最後職責。他盡力確保船隻和火炮的安全，差不多保住了艦隊幾乎三分之二的戰力，但對於舉國蒙受的浩劫來說，這些在他眼中必然只是微不足道的事後彌補罷了，根本無助於減輕他個人的恥辱。他為這幾個月內發生的一切而自責。可是英國人的確擁有更出色的船隻和火炮，他們的船員更加勠力同心，受過更好的訓練，除此之外，他們還握有事後證明左右了戰局的決定性優勢——臨近自己的大本營。遠道而來的無敵艦隊是在物資補給極度乏力和不足的情況下，為了毫無希望的目標而戰。然而當同時代人將戰敗的責任歸結為指揮官的力不勝任，當他們口口聲聲認為，倘若由聖克魯茲、裡卡德、奧昆多，甚或是那位脾性乖戾的英雄佩德羅·德·瓦爾德斯接過指揮權，一切就能被改寫時，梅迪納·西多尼亞卻對此表示完全贊同。也許這就是自那以後極少有人對於此間的功過評判表示過質疑的原因。
是誰真正領導這支殘損的艦隊完成了最後一段航程，我們也許永遠無法得出答案了。馬羅林·德·胡安船長本來應當擔負起這項任務，但是這位老練的海員、技藝高超的航海家卻無意間在敦刻爾克被留在了後方。「聖馬丁」號上有四位領航員，其中一位還是英國人。四人中的三人死於海上，因此一定是僅剩的第四人帶領旗艦在強勁的西風中蹣跚駛過拉科魯尼亞，來到桑坦德附近靠岸。我們不知道他的名字。
至於公爵，在9月3日那天作出返航回家的最終決定後，他回到自己的床鋪，並且待在了那裡。幾天來他一直髮燒不退，又因為痢疾引發的空腹乾嘔而痛苦萬分。在夢魘一般的剩餘航程中，他的意識時有時無，只能模糊地感覺到逆風的來襲、暴風雨的倏然而至和不意間錯過的靠岸良機。當他在桑坦德海岸被攙進下方的領航船時，公爵已經虛弱到難以坐直身子、幾乎無法提筆寫出自己的名字的地步，可他依然強拖病體，立刻給國王、桑坦德省省長和聖地亞哥大主教發去一系列信函，懇請他們伸出援手。
援助實屬必要。單就「聖馬丁」號來看，除了當場陣亡和戰後因傷致死的人數外，到9月23日進港時，又有180人因為先染上壞血病、斑疹傷寒或者流行性感冒，繼而在飢渴難耐之下病情加重，最後撒手人寰。沿海的鄉民對於無敵艦隊的抵達毫無準備，當他們忙著蒐羅食品、衣物、床位和寢具，試圖讓病員保住性命時，無論在「聖馬丁」號還是其他船隻上，每一天都有更多的人死去。在歸來的高階軍官中，極少有人還能繼續勝任職務，最為聲名卓著的兩位，裡卡德和奧昆多，都已經在10月過半時不幸辭世。比起「聖馬丁」號，很多船上船員的狀況還要更糟。其中一些儘管已經在西班牙的港口上岸，但是仍然沒有得到任何食物，陸續淪為餓殍。有一艘船的水手在過去12天的航行中沒有喝過一口飲用水，他們想要潤一潤喉嚨，只能從被雨浸溼了的破衣爛衫中擰出一點水分。還有一艘船在拉雷多港supsmallid="filepos1014461"/small/sup擱淺，原因竟然是船上已經沒有足夠的人手來降帆和拋錨。一連幾個星期，在食物和撥款正從四面八方東挪西湊、急救醫院紛紛組建而成的同時，軍官和普通船員依然在陸續減員。