船舶狀況的悲慘程度分毫不亞於船員。有一艘船在拋錨後不久便當眾沉沒。一些如「聖馬科斯」號這樣的頭等戰艦，唯一合宜的結局只能是拆毀船體，以求儲存尚堪使用的木料和火炮，這些船隻中就包括本屬於佛羅倫薩公爵的那艘嶄新的優等蓋倫帆船。她的船長巴託利在戰艦進港的第二天辭世。巴託利的大副也已經在格拉沃利訥一役中戰死。接下來船上軍銜最高、繼任船長一職的加斯帕爾·達·蘇薩後來宣稱，無敵艦隊中再沒有哪艘戰艦比該船更加出色地完成了任務，更加頻繁地出入於槍林彈雨之中，這一點梅迪納·西多尼亞公爵也在日後致佛羅倫薩大使的一封正式信函中予以了肯定。但是這些褒獎根本不足以對托斯卡納大公supsmallid="filepos1015667"/small/sup構成補償，因為他已獲知根本無望將「聖弗朗西斯科」號拖往拉科魯尼亞進行維修，他的海軍陣容中唯一的一艘蓋倫帆船就以這樣的方式與他作別，再無可能懸掛自己的旗幟了。就我們能夠確定的範圍來看，艦隊的倖存船隻中幾乎有一半已經不再適合服役。一位觀察家甚至認為，能讓這些朽木殘骸如此長久地逐浪浮沉，只有奇蹟可以為之。
梅迪納·西多尼亞還躺在病床上，陪伴身邊的工作人員大多剛從岸上臨時徵調而來，他仍在勉力處理與艦隊有關的疑難問題，無論什麼時候，一旦自感身體允許，他還會口述將要呈遞給王室秘書伊迪亞克茲和國王本人的信函和備忘錄，這些文字大多是發發牢騷，其中的一些幾近語無倫次。船隻的狀況令他焦躁不安，船員們所處的困境更使他感到憂心如焚，他的屬下還沒有拿到薪俸，缺衣少食、營養不良，由於岸上沒有足夠的安置空間，他們也拿不到應該結付的薪資，只能留在氣味刺鼻的霍爾克船上，在一團汙穢之中相繼亡故。他一直強調，應當派一位兼具經驗和能力、能夠解決上述問題的人過來。他似乎因為自己未能採取更加積極有效的措施而在自我責備，他沒有諉過於重病，儘管有好些天他都因為發燒和其他病症昏迷不醒，即使是在清醒時也虛弱到難以提筆簽名，儘管事實明擺著，眼下的處境已然超過了任何人可能控制的範圍，但他卻把所有責任全都歸結為自己的經驗不足和能力不逮。在一封給伊迪亞克茲的便箋中，他忽然開始離題抱怨國王不該錯把無敵艦隊的指揮權交到自己手中。梅迪納·西多尼亞說道，他對大海和戰爭一無所知，這話好似他早先接到委任狀時寫給國王的第一封信的回聲，他彷彿全然忘記了從過去的這個夏天中學到的種種殘酷教訓。他早就提醒過國王，自己這樣一位對於分內事務毫無頭緒、甚至不清楚何人可以信任的將軍只會敗事有餘。好吧，現在看看事情敗壞成了何種局面！他絕不會再赴海上指揮，絕不會，哪怕要他付出項上人頭作為代價！
公爵想要的一切只是回家，回到桑盧卡的橘園中去，回到自己鄉間宅邸的暖陽之下。對待這位敗軍之將，腓力國王比同時代的其他君主以及大多數後來的歷史學家都要更加公正、寬宏。在聽完堂弗朗西斯科·德·博瓦迪利亞的報告，讀罷來自布林戈斯supsmallid="filepos1018463"/small/sup主教和公爵隨侍醫師的各自來函後，腓力解除了梅迪納·西多尼亞的指揮權，免除了要他進宮行吻手禮之類的繁文縟節，批准他離任回鄉。
10月，在稀稀拉拉的剩餘僕從的陪護下，一臺掛有窗帷的馬拉轎子穿過逶迤的山嶺，開始向南方進發。轎子的主人沒有在沿途的貴族別墅中停頓歇腳，因為西班牙舉國上下沒有幾個人不在悲痛哀悼。轎子也避免行經城市，那裡也許會有滿天的辱罵和擲來的石塊。公爵回到桑盧卡時，聖馬丁節慶典才剛剛結束，直到來年春天，他才能在自己的莊園周圍自由地散步、騎馬，才又似乎做回了自己。事實上，後來的他或許與往昔並無二致。他又繼續為腓力二世服務了10年，為腓力的兒子supsmallid="filepos1019417"/small/sup馳驅了12載，而且歷任要職，可是本國同胞對於他的往事卻既未忘懷，亦未原諒，一位法國外交官在15年後見到了梅迪納·西多尼亞，從公爵憂鬱的舉止和麵容中，這位外交官似有所悟，舊日的那場敗仗遺留在他心中的傷痕顯然仍未癒合。
在英格蘭，事情的發展與人們的預想並沒有多少不同。英國艦隊的歸鄉路既不漫長，也不險惡，可是在剛剛得知帕爾馬已經錯過本欲藉以出兵的大潮，無敵艦隊也再無動靜後，女王馬上不耐煩地下令船隻入塢停航，開始著手遣散船員，船長和臣子們全都因為她的魯莽大驚失色。他們費力說服女王耐心等待，讓船隻保持滿員和戒備狀態，直至有確切訊息從愛爾蘭傳來。結果，在哈維奇和馬爾蓋特、多佛和唐斯，船員們接連病倒、喪命，速度之快庶幾與西班牙人停留海上時的減員速度相若。有人推斷，暗中作祟的是相同的罪魁禍首：船熱，亦即斑疹傷寒。不過，按照都鐸一朝軍隊中的優良傳統，部隊官兵一律將之歸罪於劣質啤酒。只要有足量的優質啤酒，英國計程車兵和水手就會一直保持健康，這在那個時代是一條公理。
女王最終還是任著自己的辦法行事了，解散和復員隨即開始，煩惱像往常一樣應運而生，這關乎薪餉、衣物和食品，關乎如何為身體虛弱、一時間無法還鄉的海員提供住宿。病骨支離、衣衫半裸又求助無望的水手們倒斃在多佛和羅切斯特的街衢中，就像他們的同行和對手殞命在拉雷多和桑坦德的大街上一樣。大夥兒的神經開始緊繃起來，只穿著襯衫的弗羅比舍向德雷克發起了挑戰，另外一位老英雄約翰·霍金斯——如果有人堪稱英國這場大捷的締造者的話，此人非他莫屬——也在一封致伯利勳爵的信函開頭寫道：「我很抱歉自己活了太久，竟然會從閣下那裡收到措辭如此尖銳的來信。」稍後他還筆鋒飽含慍怒地致信沃爾辛厄姆：「我會向上帝祈禱，願自己不再負責處理錢款……我在此次效勞中飽受的痛苦和不幸難以盡數……我堅信上帝不久後便會將我解救出來，因為除了這裡，再無地獄可言。」他的話聽起來活像出自一位西班牙軍需官之口，而面對愈來愈長的艦隊死者名單，只能無助發火的霍華德語氣也和梅迪納·西多尼亞的並無二致。
在英格蘭，人們也一樣開始暗自嘀咕，懷疑高官們搞砸了自己的任務。為什麼西班牙人沒有被徹底摧毀？為什麼海軍大臣會害怕近距離交戰？（奇怪的是，在西班牙，質疑梅迪納·西多尼亞的人們也在質問相同的問題。）民眾信誓旦旦地表示，倘若讓德雷克接過指揮權，兩支艦隊肯定不會遙相對峙地互射炮彈，最後不了了之，與此同時，整場戰役中的每一次勝利在人民口中好像全都變成了德雷克一人的功勞。當然，霍華德並沒有像梅迪納·西多尼亞那樣蒙受不公的指責，他畢竟是贏家。在他生命的最後幾年，他也獲得了足夠的名望。那時擊敗西班牙無敵艦隊的榮耀逐漸消退為一層金色的煙靄，新王詹姆斯一世時期的政治家們從朦朧中看見了「英明女王」的善政，此戰正如伊麗莎白時代的多數勳績一樣，距離當下越遠，就越顯得壯闊和輝煌。不過，在多數民眾的心裡，這仍然是屬於德雷克的勝利。
在過去的差不多二十年中，歷史學家已經給予了霍華德更為公正的評判。最近的歷史敘事直言不諱地指出：「這是霍華德的戰鬥，他贏得了勝利。」還有人主張，霍華德採用了唯一一種無須擔負太多風險的戰鬥方式，沒有哪位艦隊指揮官能夠做得比他更好。對於梅迪納·西多尼亞，近來也出現了一種更為善意的評價趨勢，對他的勇氣和統御能力均予以承認，雖然至今無人聲稱他已經在各方面做到了極致，但是至少可以認為沒有人能夠做得更好。除了那個週一的清晨，他本有可能在託貝supsmallid="filepos1023934"/small/sup附近海域切斷「皇家方舟」號及其兩艘同行船隻的歸路外，很難再指出他曾犯下任何錯誤，以至於影響了戰役的最終結局。我們甚至有理由認為，梅迪納·西多尼亞的所有其他決定，包括前往加萊錨泊以及在還鄉路線上的選擇，就像他個人的勇敢表現一樣無可指摘。不過即使贏得這樣的評價，也不會為梅迪納·西多尼亞帶去多少安慰。無論他做過什麼，好像都無法堵住悠悠之口。對於死去的人來說，能否在身後的一代代人那裡得到公正的評鑑，也許完全不足介懷。可是，對於生者而言，還死者以公正，縱然是遲來的公正，仍然意義非凡。
阿基爾岬（achillhead），在愛爾蘭西北部。
兩地名稱相近，愛爾蘭語分別稱作「克萊爾」（chliara）、「克利爾」（chléire）。但克萊爾島在愛爾蘭西北、阿基爾岬以南，克利爾角則在愛爾蘭西南。
大布拉斯基特島（greatblasketisland），愛爾蘭西部沿海島嶼。
布退爾岬（bolttail），位於英格蘭德文郡南部海岸。
巨人堤（giant’scauseway），在北愛爾蘭東北部沿海，是由火山噴發造成的綿延數公里的天然玄武岩長堤。
康諾特（connaught），愛爾蘭西部沿海省份。
拉雷多港（laredoharbor），在桑坦德東部不遠處。
1569年，佛羅倫薩公爵科西莫一世（cosimoide’medici,1519—1574）被教皇庇護五世擢升為托斯卡納大公，此後佛羅倫薩公爵的爵位就成了歷任托斯卡納大公的附屬頭銜，在這裡公爵和大公指的都是費迪南多一世（ferdinandoide’medici,1549—1609）。
布林戈斯（burgos），西班牙北部城市，在桑坦德南方不遠處。
腓力三世（philipiii,1578—1621），1598年至1621年在位。
託貝（torbay），英格蘭德文郡南部沿海自治市，瀕臨托爾灣。