曾經有幾次毛澤東對斯大林的服從使他與中共其他領導人產生了衝突，當時他們之間都平等相待。1940年，周恩來和朱德都想抗擊日本侵略，於是就違背了斯大林的指示，推動中共打了一場百團大戰。這場大戰給共產黨帶來了一個可怕的後果，重新掌控權力的毛澤東又返回到有限進攻的游擊戰策略，打了就跑；他這樣做，就是要恢復斯大林提出的低風險、低傷亡、最大宣傳價值的標準戰略。
在抗日戰爭的過程中至少有兩次，變得焦躁的毛澤東開始相信蔣介石正在加緊準備對他發動攻擊——他對蔣介石於1927年在上海對共產黨人發動的大屠殺記憶猶新——他希望實施先發制人的打擊，這樣做當然會破壞或毀滅聯合陣線。針對這兩種情況，斯大林通過秘密無線電臺告訴毛澤東，他誇大了國民黨攻擊的危險，並要求他保持耐心，不做任何會削弱統一戰線的事。毛澤東預設了。
這些例子中有一個是抗戰期間國共雙方發生的最大軍事對抗，被稱為新四軍事件（即皖南事變）。1941年年初，也許未獲得蔣介石的同意，他的一位將軍攻擊了共產黨新四軍的一個師，在三天的戰鬥中造成了新四軍的嚴重損失。雙方都指責對方違背了統一戰線。新四軍的這個師已經同意國民政府的命令從長江以南撤退到長江以北。而根據國民黨的說法，新四軍違背了這項命令，正在趁機發展根據地。共產黨聲稱該部只是去尋找一個安全的地方過江，還沒來得及去做就遭受了攻擊。
關於這個事件極有可能共產黨人的版本是真實的，因為當時斯大林和毛澤東都認為與國民黨保持良好關係是符合他們利益的。襲擊事件發生後，憤怒的毛澤東想宣告統一戰線已經不復存在，並在軍事上和政治上向國民黨發動全面進攻。但在給毛澤東的電文中，為斯大林擔任共產國際領導人的保加利亞共產黨人格奧爾基·季米特洛夫告訴毛澤東，要「依靠主張維護統一戰線的人民……並盡一切努力避免內戰的擴大」。當毛澤東對此表示了一定的不滿時，季米特洛夫又兩次電告他堅持維護統一戰線，於是毛澤東同意了。
1941年4月，斯大林給予毛澤東又一次強烈打擊。他與日本簽署了互不侵犯條約，在條約中他承認日本的傀儡「滿洲國」，以此換取日本承認「蒙古人民共和國」，雖然蒙古名義上是獨立國家，但實際上是在蘇聯的控制之下。這是一個非同尋常的發展。毛澤東始終擔心的是蔣介石——他過去和未來的死敵——將會同日本講和，然而現在卻是斯大林親自在不折不扣地做成此事！而且這筆交易將使日本有能力派更多的部隊進入中國，因為它不再需要警惕俄國人的舉動。除此之外，中國也宣稱外蒙古是自己的領土。
儘管如此，毛澤東還是認可了這項新的條約。他這樣做是因為該條約涉及蘇聯的核心利益，正如毛澤東所指出的那樣，由此俄國和日本之間的亞洲戰爭的威脅現在已經被避免了，而且斯大林也已經擊敗了英美挑動軸心國反對蘇聯的陰謀。（蘇聯此時還沒有遭受納粹德國的攻擊。）
在1941年稍後時間發生的兩個事件改變了有關戰略佈局的一切。第一個事件是希特勒對斯大林的極大背叛。6月22日，希特勒發動了巴巴羅薩行動，突然從三個方向向蘇聯展開攻擊。與法西斯結盟已兩年的斯大林現在給毛澤東發出呼籲，要求全力支援反法西斯鬥爭。毛澤東寫信給周恩來要他緩和本就已減弱的反對美國參戰的立場。「不管他們是帝國主義列強與否，如果他們反法西斯，那麼他們就是好的。」
第二個事件是發生在1941年12月7日的日軍偷襲珍珠港事件，這使美國成為正式宣戰的戰士而投入戰爭中去，發誓動用自己的軍隊來擊敗日本並將其驅逐出中國。襲擊事件發生後的第二天，蔣介石發電報給羅斯福，提出要「同你並肩戰鬥，直到太平洋地區和整個世界擺脫暴力和無休止的背信棄義的禍根」。
在毛澤東看來，美國的參戰消除了日本會進攻蘇聯的任何殘餘的可能性，但他仍然憂心忡忡，主要擔心的是蔣介石和美國人之間的聯盟，一旦日本被打敗之後，這一聯盟便會把注意力轉向共產黨。要避免這種情況出現，並給予毛澤東一個機會來建立自己的軍隊以對付一場曠日持久的戰爭，最佳的辦法就是建立起他自己與美國的關係，並贏得美國的承認成為合法政黨。毛澤東已經對像埃德加·斯諾這樣的左派記者做了些公關工作，但這種努力的目的既是要在中國得到足夠重視——因為斯諾的書在中國能夠也確實逃過了國民黨的審查制度——而且還要在美國建立一個良好的形象。
現在的目標就是儘量爭取美國人，邀請主流記者來延安，接待迪克西使團，並幫助營救被擊落的美國飛行員，讓美國人確信他們的友好情誼，並做出姿態展現共產黨在1944～1945年不斷完善的友好關係。周恩來對在重慶的美國遊客發表意見，說共產黨的意願是尊重個人自由和權利，他要求國民黨通過釋放政治犯並遏制其秘密警察同樣也做到尊重個人自由和權利。正如我們所知，臨近1944年年底時，毛澤東告訴迪克西使團的成員，他將歡迎美國部隊登陸中國的土地，他會高興地把他的部隊交給美國人指揮。「不存在什麼美國不干預中國這樣的事，」1945年3月時他告訴謝偉思，「你們在這裡是作為中國最大的盟友。你們的存在這個事實影響巨大。美國的意圖一直是善意的。」
在某些方面，毛澤東也許說的是實話，或部分是實話，特別是當他贏得美國的幫助去建立一個聯合政府，以及當他主動提出在美軍登陸中國沿海時提供軍事援助的時候，他是誠心的。毛澤東一直相信他自己的能力，如果能在中央政府中得到一個有意義的位置，他就能用它來擴大自己的影響力，並最終奪取政權。在《雅爾塔協定》簽署的時候，他已經有了超過100萬人的兵強馬壯、充滿活力的軍隊，在他的指揮下，這支軍隊所面對的政府軍卻是兵源嚴重枯竭。如果他能夠得到批准為美國登陸中國沿海提供後勤支援，那麼他將能夠把他的勢力延伸到長江以南的新地區，這可是一個既定目標。
然而，他所表示的把他的部隊置於美國指揮之下的意願則純粹是公共關係之舉了。「我們永遠不會同意的」，毛澤東於1945年1月25日電告在重慶的周恩來，他的理由可以追溯到列寧的帝國主義理論。毛澤東說，那樣做將把黨的軍隊「置於洋人指揮之下，變成一支殖民軍隊」。美國是帝國主義政權，蘇聯是革命力量。當需要區別誰是永久的朋友誰是永久的敵人時，認清楚這一點是至關重要的。
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