這種情況造成了戰爭的短暫平息，其間日本人重新集結，試圖重新組織他們的補給線，並決定下一步該怎麼做。東京最高統帥部贊成放棄其華南基地並集中兵力，而不再去防衛中國沿海預期的美軍登陸點。這種戰鬥間歇反映了日本的困難處境，儘管從盟軍的角度來解釋這種間歇會暴露出這場發生在中國的戰爭的含糊之處。當時謠言滿天飛，矛頭直指國民政府暗中串通日本人，讓後者奪取美國機場以換取對中國本身的戰爭的暫停。當魏德邁一如既往以外交姿態很尊重地把這些謠言告知委員長時，蔣介石的反應是「絕對不表態」，魏德邁當時如此記載道：「沒有跡象、情感或其他方式可以表明他否認或者承認了這一點。他的自然反應是乾巴巴的閒扯。」
魏德邁勇敢地繼續他的使命，彷彿謠言並不存在。對中國師的訓練和美國顧問的指派——最終已有3000多名——仍在繼續。同時，隨著春天的臨近，岡村無視東京帝國大本營的意見，決定實施他自己的一個大膽計劃。1945年1月，他佔領了桂林東北方向江西遂川的另一座美國機場。但他知道，佔領這樣一座小機場，只是暫時的眼前之利，或者根本就無利可圖，因為陳納德的飛機和飛行員可以簡單地遷移到其他地方，再從那裡恢復行動。桂林擁有基礎設施、倉庫、兵營、情報總部和裝置，然而在遂川，根據美國官方對中國戰區的記載，「日本人所繼承的一切就是空空的跑道」。考慮到這一點，帝國大本營決定放棄佔領更多的中國領土，轉而守衛華南沿海。日本之所以做出這一決定，原因是美國奪回了菲律賓，從而開闢了美軍在中國本土登陸的集結地。
但是，岡村認為對美軍入侵的恐懼被誇大了。他想要攻擊重慶並給予敵人致命的打擊，絕非僅僅臨時中止他的行動。這是一個關鍵的時刻。如果中國的防禦如以往那樣一觸即潰的話，岡村還是可以希望他能把中國從戰爭中淘汰出局。然而，如果中國頑強抵抗的話，日本將別無選擇，只能求助於防守消耗戰，撤回到沿海地區並試圖阻止利用中國作為跳板進攻日本本土的盟軍。
岡村選擇芷江城作為其孤注一擲的新攻勢的第一個目標。芷江原本是湘西一個平凡的地方，崎嶇不平，沒有幾條道路，大部分貨物運輸都靠苦力在小路上肩挑背扛走村串戶，或者靠在該地區的許多河流裡穿行的舢板。小城本身擁有陳納德最重要的機場之一，這使得它成為一個重要的目標，但岡村還把它看作針對西北方300英里的重慶本身，或者還有昆明，進行轟炸的潛在基地。
1945年早春，岡村在芷江東部的平地上集結了2萬日軍。4月13日，在盟軍空中偵察機的密切監視下，這些部隊開始大舉推進。迎擊這一來勢洶洶的軍隊並將其打退，以避免直接威脅重慶和昆明，是中美聯合指揮部現在面臨的挑戰，這也是對阿爾法訓練初步完成之前所產生的新合作精神的一次考驗。
中國軍隊第74軍第51師位於連線芷江東西兩面一條主要公路的幾英里處，預期日軍會沿此公路進犯。但是，在湘西這邊的日軍藉助迷宮似的丘陵和山谷潛入了大批部隊從而甩掉了橫在他們和芷江之間的國軍。同樣的戰術日軍於1942年在緬甸成功地應用過，當時日軍士兵迅速穿越叢林，避開了道路，以謀略勝過了英國人、美國人和中國人。
第51師的美軍聯絡官是路易斯·v.瓊斯上校。中國師長告訴瓊斯，他正在從該地區調出兩個團的兵力試圖阻止日軍滲透，因此瓊斯便率領一支無線電通訊小隊、一個翻譯，以及44名苦力，跟著他們在山間長途跋涉。第二天，他發現這兩個團已經衝出了日軍可能經過的山谷。第三個中國團，未與其他兩個團一起出動的第151團，還留在原位，4月17日晚該團獨自投入戰鬥抗擊日軍。第二天，瓊斯趕上了中國師長並說服了他重新部署自己的部隊；這樣一來，面對來犯之敵他們的戰線拉開達6英里之寬。
19日，該師師長請求空中支援。第二天來了1架飛機，第三天有4架，但隨即大雨降臨，空中行動被迫中止。日軍第116師和第133步兵團計程車兵在地面上頑強地進攻，以每小時1.5英里的速度緩慢推進。不久，他們佔領了山門鎮，這給他們在小山上提供了一個作戰據點。但是，如正史記載的那樣，儘管壓力巨大，中國的第151團「頑強地堅守著」。
其他中國部隊同樣如此，沿著75英里長的防線全面抵禦著日軍的進攻。當山門鎮西北方的前線出現一個很大的裂口時，中國的第18軍迅速前移，防止了敵人的突破。在防線的其餘地段，中國軍隊各部均「勇敢堅守，並且對日軍的每一步推進都報之以反擊」。同時，抗日戰爭期間一些罕見的情況也正在發生。芷江成為一直延伸到昆明的一系列基地之一，大量物資被運到這些基地。一家野戰醫院被建立用來救治傷員，還成立了一家車輛維修公司，以便使受損的運輸物資的卡車可以得到修復並繼續發揮作用。供應網點從芷江開始沿著公路和可通航的河流向四處延伸。糧食、武器——衝鋒槍、60毫米迫擊炮、布朗式輕機槍——彈藥甚至夏季軍服被運到這些供應點，然後再用卡車或舢板轉發給中國軍隊，甚至在戰線的後方還成立了移動式外科醫院。
在這片偏僻的中國土地上，戰鬥持續了幾個月。最終，共有八座基地醫院在運作，受傷的中國士兵因此能得到醫療救治，而不是像在這漫長戰爭期間的開始階段那樣只能坐以待斃。因為可以從洞庭湖流域用船將大米運到湖南東北部再用卡車分送到部隊，所以沒有必要再出現中國士兵中常見的惡性行為：去當地村莊偷竊食物或極度忍飢挨餓。的確，一支軍隊必須吃飽了才能打仗，中國的國民黨軍隊中似乎往往缺失這個基本要點，但在芷江戰場上絕對不是。
同時，瓊斯上校的經歷表明，在中國指揮官和他們的美國顧問之間有著良好的合作。1942年史迪威在緬甸遭受的挫折——在那裡他的命令要不被蔣介石忽略，要不就是被他撤銷——1945年在湘西再也沒有重演過。有個名叫喬治·l.古德里奇的上校聯絡官，他是1945年2月來華幫助訓練中國軍隊的，此人報告說：「每當形勢發生了變化，將軍就把聯絡官請到地圖前，在解釋了戰情之後，就徵求他的意見……在大多數情況下，隨後下達的命令，都是按照聯絡官建議的計劃執行的。」
5月2日，在武陽山谷的入口處，中國的第5師直接面對從南路進犯的敵人。在得到美國顧問的贊同後，它做出了包圍日軍的決定，據官方歷史記載，這項決定「取得了圓滿成功」，繳獲了「相當數量的日軍裝備，包括火炮、一些檔案以及6名戰俘」。在之後的日子裡，中國的第121師向北移動，併成功地攻擊了日軍的左翼。其他作戰部隊從北順勢而下，在日軍集結地後面切入，迫使敵人奪路而退。
5月11日，中國第18軍第11師攻佔了一個日本供應倉庫，連同500匹戰馬。同時，看到了要避免失敗所需做出的巨大努力，並意識到帝國大本營針對沿海重新部署的命令，岡村寧次決定不再派遣增援部隊，並下令部隊撤出芷江戰役。
大約在這個時候，蔣介石顯然察覺到一個機會，便做了他以前常常做的事情。他給他的指揮官何應欽下令去奪取湖南省的衡陽市。這正是美國人，尤其是史迪威，覺得蔣介石總是缺乏的那種敢作敢為和氣魄。不過，這是一種干擾，魏德邁在得知這道命令之後提醒蔣介石，如果蔣介石不告訴他就對自己的將軍們發號施令的話，那麼他，魏德邁，就不能很好地協調整個戰役。魏德邁還說，中國軍隊還未就奪回衡陽所需規模的作戰行動做好準備工作。蔣介石讓步了，他說，他還沒有下令，只是表達了一個意見。換句話說，魏德邁設法做成了暴躁的史迪威做不到的事情，那就是說服中國政府的主席和總司令不要隨意插手。
截至6月7日，芷江保衛戰已經結束。日本人撤回到原先的陣地。芷江之戰應該被計入中國的勝利。對重慶和昆明最直接的威脅被避免了。進一步向東朝廣州和香港進軍的道路為中國軍隊敞開了。日軍遭受的損失是1500人死亡，5000人受傷。中國的傷亡較高——近7000人死亡，12000人受傷——但中國在戰爭中投入的軍隊比日軍多得多。在評估自己的失敗時，日軍指揮官將其歸因於中國所取得的「巨大進步」。而這個進步甚至是在「阿爾法」所設想的訓練計劃還未結束之前戰爭就已經爆發的情況下所取得的。
「中國戰區正在取得真正的進展。」官方歷史下了如此的結論。中國人採納了一些「與他們的習慣做法」全然不同的行動方式，這「反映了他們的合作精神和魏德邁、麥克盧爾及其參謀人員的說服力這兩方面的成果」。但並非一切都很順利。美國人特別提到了中國軍隊允許被包圍的日軍部隊逃亡的傾向，這是在中國的戰爭中由來已久的做法。在不同的時間和不同的情況下所寫的三十六計，目的是通過總是讓給敵人一條退路來避免戰爭的過高代價。中國國民黨人堅持這項傳統，這是令他們的美國顧問惱怒的事。但美國人也表示，如果裝備良好並指揮得當，這支軍隊打起仗來不會比任何人差。
除此之外，國民黨軍隊的此次表現來得正是時候，許多美國觀察者都認為對於蔣介石的軍隊，他們只能抱現實的絕望態度，相信這支軍隊是無可救藥、難當其任，並且還總是拒絕參戰的。難道毛澤東沒有告訴過包瑞德國民黨的部隊見到日本人只會轉身就跑，而不是奮勇殺敵？芷江戰役是一個重要例子，在新的形勢下，他們挺身而出，勇敢作戰，並取得了勝利。
但也發生了某種意想不到的情況，某種既陰險毒辣又聳人聽聞的情況，困擾著此後幾年中有關中國的任何形式的自由討論。這就是後來被稱為「美亞間諜案」的一段插曲，其影響到了所有中國問題專家，但謝偉思遭受到的打擊是最直接、最具毀滅性的。這一切都始於1945年1月，當時有份頗具影響力的小雜誌——《美亞》雜誌，其讀者多半都是在國務院或大學工作的對亞洲感興趣的專業人士——發表了一份無關痛癢的報告，題為「英帝國在亞洲的政策」。
肯尼斯·威爾斯看了這篇文章，他當時在戰略情報局南亞處工作，該局是中央情報局在二戰時的前身。韋爾斯注意到該報告的某些部分幾乎是一字不差地出自他就東南亞的英美關係所寫的一份報告的部分章節。韋爾斯的報告是被列為機密檔案的。他想知道《美亞》雜誌是如何得到他的報告的。美國聯邦調查局也想知道，於是他們監控了《美亞》的編輯，並且在一次不合法的行動中，闖入了該雜誌的辦公室，試圖發現賣國洩密的可能源頭。
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