遠洋航行一度停止，原因是他們拆解了供給船，把它的貨物重新裝載到大船上，然後又花了幾天時間和住在海岸邊的友好的非洲社群以物易物；兩個罪犯被派上岸尋找祭司王約翰，他們最好的結果是能夠活下來。最後，剩下來的3條船在贊比西河河口三角洲附近拋錨停泊下來。不知道是有意還是無意，他們向前航行直接越過了索法拉，它可是科維良曾經報告過的古代黃金海港。此時，葡萄牙人終於遇到了能講一點兒阿拉伯語的人，他們穿著光滑的棉布和絲綢衣服，用手語向葡萄牙人解釋，有時候有船隻從北方過來到訪這個地方。這就是瓦斯科·達·伽馬一直以來期待的那個時刻，1498年1月底，他知道最後的空白已經被填滿，環行非洲的海路已經被迫向他們開啟。他們給船隻拋錨的地方起了一個名字——好兆河（riverofgoodomens，克里馬內河）。他們在那裡停留了一個月，修理船隻、整頓休養，使得船員從壞血病和其他疾病中恢復過來。
向北航行了一個星期，船隊到達莫三比克島，它是一個小港口，而後來一整個國家以此命名。莫三比克島離海岸不遠，島上莫三比克城的房屋主要是用泥巴建造的，屋頂則用椰子樹葉覆蓋，但是也能見到一些石制小屋。海港裡有4艘阿拉伯單桅帆船。看到此情此景，達·伽馬及其船員都感到心潮澎湃。他們為觸手可及的財富激動得流淚。歐洲人對印度洋的征服即將開始。
阿爾瓦羅·維利烏寫道：「我們高興地叫了起來，祈求上帝給予我們健康，以便我們能夠見到熱切渴望的東西。」他指的不僅是香料國家——印度，還有祭司王約翰的基督教王國，無論葡萄牙探險家在非洲何處登陸，都一再尋找這個地方，最後卻都是徒勞。
很顯然，莫三比克城沒有基督徒。而且，葡萄牙人很快就意識到，當地的謝赫認為他們一定是穆斯林的友人土耳其人。瓦斯科·達·伽馬沒有絲毫不安，而是決定充分利用這個誤解。這位上了年紀的謝赫面帶微笑，十分客氣，似乎很想與這些乘坐不同尋常的船隻到來的淺膚色訪客交朋友。他首先登上「貝里奧」號輕快帆船，以一種極為恭維的方式表達了他的善意和信任：他把自己的念珠交給了船長。雙方互換禮物，葡萄牙人將黃色短上衣、黃銅大杯子和帽子送上岸，收到了多罐阿拉伯蜜餞。當謝赫登上旗艦「聖加百列」號的時候，葡萄牙人為他舉行了歡迎儀式：旗幟飄揚，喇叭奏響。船員們穿著胸甲和最好的服裝列隊歡迎，而那些生病的人則被確保不出現在這個場合。
謝赫穿了一件引人注目的白色長袍，以及裝飾著金線的刺繡馬甲和絲綢頭巾，他手裡拿著一柄禮儀專用的銀劍。他通過譯者說明，他的君主統治著基爾瓦這座強大的城市，從這裡再向北航行幾天就能到達那裡。他禮貌地詢問他們是否可以讓他看看瓦斯科·達·伽馬的《古蘭經》。達·伽馬通過譯者回答，很不幸，他將它留在了他離土耳其不遠的故鄉，沒有帶上它一起遠航。至於他為什麼突然到訪東非海岸，達·伽馬大膽撒謊：這幾艘船屬於一支更大的船隊，他們在一場暴風雨中走散了。他說他的故鄉是世界上最強大的國家，他的君主派遣這支艦隊尋找香料之國。
謝赫完全被這些謊言欺騙了。他告訴這些訪客們，只要他們有黃金和白銀，到達印度後，他們很容易就能買到胡椒和其他香料。達·伽馬回答說，他們兩樣都有，而且數量充足，但是他們需要領航員幫助他們穿越這片海洋。謝赫承諾，他會為他們提供領航員，只要他們預付薪水並且好好對待他們。之後，他在一個吹著象牙號角的隨從的陪同下，乘坐自己的船返回城裡。
這部日記的作者維利烏寫道：
這個地方的人擁有赤褐色的皮膚和良好的體型。他們信仰伊斯蘭教，說起話來像摩爾人。他們的服裝由很薄的亞麻和棉製成，上面有多彩的線條和很多刺繡。所有人都戴著用絲綢褶邊和繡有金線的帽子。他們是商人，經常與白皮膚的摩爾人做交易。摩爾人有4艘船停靠在這裡，運載黃金，白銀，布料，丁香，胡椒，姜以及鑲嵌很多珍珠、小顆珍珠、紅寶石和類似之物的銀戒指。
「赤褐色皮膚的人」和「白皮膚的摩爾人」恰當地體現了斯瓦希里文化的特徵——半非洲、半阿拉伯，他們沿著東非海岸發展了幾個世紀，而那裡之前是辛吉之地。
當地船隻用椰子繩索以傳統的印度洋方式捆綁在一起，這讓葡萄牙人充滿好奇。不同於葡萄牙人的船隻，他們的船實際上沒有配備武器，而且他們的船殼也禁不住重型槍炮開火的壓力。當這些葡萄牙人仔細檢視對方船隻的時候，他們感到內心一陣狂喜。此時，他們知道自己掌握的火力，意味著在這片海域上沒有什麼能讓他們畏懼的了。
繼續假裝成土耳其人，他們用以物易物的方式換來了雞、羊和水果。謝赫還送來了更多的禮物：一面鏡子、幾碼深紅色的布料、佛蘭德的黃銅鳴鐘和其他奇特的東西。但是，這種情況沒能一直持續下去。一個當地領航員看到船員們正在準備一個宗教儀式，他認出他們是基督徒。當謝赫聽到這個訊息時，他知道自己被欺騙了，感到十分憤怒，因此葡萄牙人即刻決定離開這座城。他們在另一座島附近拋錨，並將它命名為聖喬治島。
當他帶領幾艘小船組成的小艦隊動身前往聖喬治城的時候，兩個當地領航員中的一個逃上了岸，達·伽馬經受痛苦和懷疑等新情緒的考驗。葡萄牙人已經預付了領航員的費用，因而一旦達成協議，領航員就要堅持完成交易。但是謝赫的人等在那裡，幾艘單桅帆船試圖用他們的弓箭和長矛發起一次進攻。葡萄牙人用火繩槍對付他們。之後，輕快帆船「貝里奧」號也加入了戰鬥。它的吃水線比較淺，使得它可以更接近敵人。當它的重型槍炮開火時，受到驚嚇的斯瓦希里人逃跑了。
遠航船隊再度起航向北進發，目標是抵達基爾瓦。這座島上城邦的名字標在了里斯本給達·伽馬的航海圖上，它是東非最重要的貿易中心之一。當留下來的那個來自莫三比克的領航員告訴葡萄牙人，基爾瓦的居民包括基督徒和穆斯林的時候，它的重要性又得到了提高。與真正的基督徒取得聯絡的熱切渴望在達·伽馬的心中熊熊燃燒起來，因為一旦找到這些人，他們一定能夠引領他找到祭司王約翰的王國。有一個謠言很煽情：一個「印度基督徒」被帶進達·伽馬的小房間，他一看到船艙裡掛著的聖加百列畫像，就撲倒在地上。
事實上，這些「基督徒」是印度教徒，他們中的許多人在15世紀作為商人、放債人和工匠來到東非。對於當地的穆斯林和非洲人而言，基督徒和印度教徒的宗教儀式很容易被混淆，因為這兩種宗教都在鍍金雕像以及神和聖人的畫像面前做禮拜，這使二者明顯區別於伊斯蘭教，因為伊斯蘭教強烈反對偶像崇拜。而將基督誤認為印度教三大主神中毗溼奴的化身克利須那神，也是一件容易發生的事情。
因為季風仍然從東北方向吹來，結果使遠征隊避免了在宗教上對基爾瓦產生失望之感。幾天之後，葡萄牙人發現他們被風往回吹，又回到了莫三比克附近。儘管莫三比克的謝赫請求停止敵對狀態，但是當達·伽馬派人去取飲用水，為了保護他們而讓全副武裝的船隻靠近海岸時，情況很快變得更糟。城裡的居民在水邊豎了一個高高的木製柵欄，但是當他們發現這對於火炮完全起不到防禦作用的時候，他們都逃向了大陸。一隊士兵登陸去抓捕人質，並且尋找從其中一艘船上逃跑的一個西非奴隸。他們抓了四個非洲人，但是沒有記錄表明他們是否抓住了那個奴隸。之後，登陸的這隊士兵帶著不多的戰利品返回船上，戰利品包括幾袋穀物、一大碗黃油、幾隻玻璃燒杯、幾瓶玫瑰水，以及幾本阿拉伯語書。沒什麼必要再待在這裡，但是作為最後的告別，三艘船在這座被廢棄的城市面前來來回回地航行，並將它完全炸燬。這是歐洲人在印度洋第一次蓄意展示他們的力量。
還在「聖加百列」號上的那個當地領航員令葡萄牙人很不滿。他們錯過了基爾瓦，由於季風已經改變方向，從南方吹來，他們調轉航向的努力也只是徒勞。瓦斯科·達·伽馬懷疑這個領航員是故意錯過基爾瓦的，以便使他們遠離那裡據說是基督徒的人。也許他是對的，這個領航員可能純粹只是想享受一下報復的快感，因為之前他因錯誤地把三個小島當作大陸的一部分而捱了一鞭。極富幽默感的是，這些小島中的一個被命名為鞭打島。
海風鼓起船帆，葡萄牙開拓者們向著蒙巴薩島快速前進，而蒙巴薩島註定要在葡萄牙的歷史上扮演重要角色。1498年4月7日，臨近黃昏，他們到了蒙巴薩，正好看到太陽落到大陸上的山丘之後的美景。為了歡迎他們，一艘滿載水果、雞和羊的小船被派了出來。蘇丹讓人帶來訊息，邀請瓦斯科·達·伽馬直接駛進城內的海港。小心謹慎的達·伽馬拒絕了邀請，因為他知道如果短兵相接，他的人可能會因為對方數量佔絕對優勢而被擊敗。但是他仍然對在蒙巴薩找到基督徒懷有希望，因為第二天就是棕枝主日，在乾燥的陸地上的小教堂裡舉行慶祝彌撒，會大大提高他的船員們計程車氣。
實際情況並非如此。儘管有兩個讓人半信半疑、自稱是基督徒的人出現，但是任何關於在這裡找到忠於祭司王約翰的社群的想法很快就被放棄。然而，蒙巴薩令人印象深刻，它作為一個貿易中心的實力最終超過了基爾瓦、桑給巴爾和斯瓦希里海岸的所有其他港口。城裡有很多石制房屋，還有傳統的用茅草鋪房頂的泥屋散佈其間。它只有基本的防禦系統，很顯然蒙巴薩的統治者沒能想到，他們有可能想從海上對他們發起進攻的敵人。
正如編年史家杜阿爾特·巴爾博薩在十幾年前所寫：
這是一個美麗的地方，這裡的街道上有整齊排列的用石頭和灰泥建造的高大房屋。工匠加工木料的技藝十分精湛。這裡的統治者是一個摩爾人。這裡居民的膚色要麼是黃褐色、黑色，要麼是白色。這裡的婦女衣著華麗，她們穿著製作精美的絲綢服飾，佩戴大量的黃金飾品。這裡交通發達，有一個優良港灣，裡面總是停泊著許多小船，也有大船……這座城裡的人經常處於戰爭狀態，很少能與大陸居民和平相處，但是他們之間仍有貿易往來，還從大陸那裡帶來了大量的蜂蜜、蠟和象牙。
但是，達·伽馬和他的船員們沒有機會欣賞他們第一次到訪的印度洋城市的繁盛風光。因為在莫三比克發生的事情，已經被當地船隻傳到了蒙巴薩，晚上裝載著全副武裝的人的船隻在葡萄牙人的船隻附近徘徊。兩個罪犯作為使者被派上岸，儘管他們被帶到了蘇丹的宮殿，並且在城中的主要街道參觀了一圈，但是他們回來後對於接下來會發生什麼還是一無所知。
在嘗試靠近海港的過程中，「聖加百列」號差點兒擱淺，而那個來自莫三比克的領航員利用這個混亂時刻，跳到水中逃跑了。船上的其他當地人也這樣做，但是並不是所有的人都能逃走。
這時達·伽馬的猜疑心更重了。那位士兵在日記中記下了這個情景：
晚上，船隊總指揮審問了我們船上的兩個摩爾人。他讓人向他們的皮膚上滴滾燙的油，以此迫使他們坦白意圖背叛我們的計劃。他們說，他們得到的命令是一等我們進入港口就抓住我們，以此來報我們在莫三比克所作所為的仇。當再次被施以這樣的酷刑時，儘管手被綁著，但是其中一個摩爾人，就像那天早上看到的其他人一樣，跳入了水中。
對達·伽馬的穆斯林受害者而言，除了肉體上的痛苦，他們還承受著精神上的折磨，因為他使用的是滾燙的豬油。
成船的人前來進攻葡萄牙人的船隻。還有人在夜裡游到他們的船邊，試圖割斷系船的繩索。「這些壞人」使用了「邪惡伎倆」。維利烏寫道：「但是我們的主是不會讓他們成功的，因為他們是無信仰者。」