對葡萄牙人而言，一個明顯的事實是阿拉伯商人和船主在這個繁榮的印度洋商業中心扮演支配性的角色。他們擁有巨大的房屋，其中有些人還擁有多達50艘能夠穿過印度洋抵達紅海、運載貨物和去麥加的朝聖者的船隻。據說穆斯林已經控制了從印度向西和向東的航線，因為印度教教規禁止其信徒進行長途海上航行。一些很有權力的阿拉伯人從遙遠的地方而來，有的甚至是從埃及過來的。他們在卡利卡特定居，雖然他們是穆斯林，但是尊重當地人的宗教信仰，他們也信奉母牛，從不吃牛肉。相反，有很多印度人為了逃離種姓制度而改信伊斯蘭教。
儘管自從離開里斯本，達·伽馬總是拒絕上岸拜訪當地的統治者，但是他知道在卡利卡特他不能再保持這種姿態。向這裡的統治者表示他的尊重是十分重要的。他有足夠的時間做準備，因為努涅斯向他彙報，王侯扎莫林——海洋之王——正在外旅行。一收到扎莫林返回並且在等候他的訊息，達·伽馬就換上了一件深紅色的及地斗篷、一件藍色緞袍、一雙白色中筒靴，以及一頂裝飾著羽毛的藍色天鵝絨帽子。為了安全起見，扎莫林派來了一隊出身高階種姓的戰士，他們作為保證達·伽馬安全返回的人質，留在了葡萄牙人的船上。
當達·伽馬在隨從的陪同下第一次踏上印度的土地時，一頂轎子在岸上等候他，擁擠的人群排在道路兩旁，看著行進的隊伍從他們面前經過。在路上，一座印度教寺廟映入眼簾，葡萄牙人都十分高興，因為他們錯把它當作「異國的基督徒」修建的教堂了。達·伽馬步出轎攆，進入寺廟，在一個母親抱著一個孩子的塑像前——提婆吉照顧克利須那神——跪下祈禱。一個隨從提醒他，他可能在向一個「異教的神」鞠躬行禮。
在他們抵達宮門時，扎莫林從陽臺上向下望，此時達·伽馬正在一個穿紅色緞子衣服的男僕的幫助下從轎子裡出來。葡萄牙的船隊總指揮在陪同者的帶領下緩慢前行。印度洋歷史的轉折點在這個場景裡變得具體化。許多個世紀以來的生活和商業模式即將被打破。
經過複雜的儀式，達·伽馬被引領著穿過幾個有巨大的金色大門的廳堂，最後他到達了皇家會客室。扎莫林馬納·維克拉瑪躺在絲綢華蓋下的綠色沙發上。他的腰部以上是赤裸的，他正在嚼檳榔。他的左臂手肘以上的位置，戴著一個閃閃發光的手鐲，上邊懸掛著一顆巨大的鑽石，他的脖子上戴著幾串珍珠。他還戴了一個心形綠寶石，它的周圍鑲嵌著紅寶石，在馬拉巴爾這是王室的徽章。
扎莫林時不時地向一個男僕端著的黃金盃裡吐口水。他的身後還有一個男僕，手中握著一柄出鞘的寶劍，以及一個鑲嵌著黃金和珠寶的紅色盾牌。在通過譯者進行對話前，有僕人端著成碗的水果在他們身邊走來走去。這場會面是許多鉅變的序幕，期間達·伽馬跪著向扎莫林呈交了一封國王曼努埃爾寫的信。他發誓說，如果他沒有到達卡利卡特就返回了葡萄牙，他的國王會將他處死。他唯一的願望就是購買香料，裝載上船，然後平和地離開。扎莫林說他已經做好了用「肉桂、丁香、胡椒和寶石」交換黃金、白銀，以及達·伽馬所穿的那種布料的準備。但是，當葡萄牙人呈遞上他們的禮物的時候，氣氛改變了：洗手盆、珊瑚項鍊、帽子、深紅色頭巾和數壇蜂蜜。扎莫林沒有表現出任何愉悅的神情。當晚，達·伽馬的隨從寄住在一個阿拉伯人的家中，他嘲笑他們：「從麥加來的最貧窮的商人奉上的禮物也比你們體面。」畢竟，扎莫林是山地與海洋的領主，馬拉巴爾周邊的許多港口都順從於他的統治。亞洲所有國家最精美的貨物，只要他張口就都是他的。像洗手盆和蜂蜜這類東西在他眼裡一文不值。這位阿拉伯人對他們暗含輕蔑之意。
達·伽馬的其中一位陪同者就是那位記日記計程車兵阿爾瓦羅·維利烏，他對自己和同伴們第二天一早等著返回宮殿的表現進行了生動的描述。儘管天氣很熱，「我們還是愉快地伴著喇叭的聲音載歌載舞」，但是這樣的歡樂沒有持續下去。當達·伽馬坐進轎子裡，打算返回他的船隻的時候，他及其陪同者沒能離開，而是被俘虜了。因為這些登岸的隨從沒有攜帶武器，只是拿著樹枝，以表示他們沒有敵意，所以他們根本沒有抵抗的機會。
葡萄牙人被關在一個屋子裡囚禁了好幾天，屋子既炎熱又不舒適，四周還有拿著戰斧、刀劍和弓箭計程車兵把守。在這次遠航中隨行的一個西非奴隸被秘密地派了出去，以發出警告。他溜了出去，成功地僱到一艘小船，在夜色的掩護下回到了艦隊那裡。保羅·達·伽馬在他兄弟不在的時候管理船隊，此時他與扎莫林開始了一場錯綜複雜的談判。對於一個有與達·伽馬一樣壞脾氣的人而言，軟弱是不能忍受的羞辱。
很快他們就發現，這次事件的幕後黑手是卡利卡特的阿拉伯大商人，因為葡萄牙人在東非的所作所為早就傳到了他們的耳中。對於葡萄牙人在摩洛哥發動的戰爭，穆斯林在這幾乎一百年中一定也聽說過。他們知道，目前這些新來的基督徒人數太少，不足以發起一場戰鬥，但是他們既然已經知道去往印度的線路，他們一定會以更大的力量返回這裡。一些捉拿者還想趁達·伽馬在他們手中的時候殺死他，但是這不能解決問題。三艘停在卡利卡特的船意欲返回葡萄牙，把這裡的實情告訴國人，而報復則是一定的。
如果葡萄牙的這一整支遠航隊在此刻被徹底消滅，留下一個謎一樣的傳說，印度洋各民族的悲劇可能還會遲一點兒到來。但是扎莫林否決了任何試圖消滅這些不速之客的建議，因為這種行為違背了使卡利卡特繁榮的準則：自由貿易，以及對外國船隻的尊重。還有一個實際的限制因素：葡萄牙船隊的加農炮指向海岸這邊。他們必須登上葡萄牙的那三條船，他們比較擅長肉搏戰，可是卡利卡特沒有加農炮，雖然他們熟知火藥的配方，但是它們主要用於製作煙火。
保羅·達·伽馬精於算計，他釋放了四個之前作為人質的印度戰士，扎莫林也因此釋放了瓦斯科·達·伽馬。站在他們的統治者面前，這些戰士自殺未果，於是請求扎莫林處決他們，因為他們此前「以項上人頭」向葡萄牙人擔保扎莫林的善意。所以，在葡萄牙艦隊總指揮回到他的旗艦之前，從王宮送來的大量禮物和致歉信已經送到了葡萄牙人的船上。他受邀給自己的船隻裝滿香料。
扎莫林所有和解的嘗試都是無效的：達·伽馬決不是一個寬容的人。他的胸中燃燒著為他所受羞辱復仇的火焰。在「聖加百列」號的甲板上，在船員的注視和釋懷的哭泣聲中，達·伽馬擁抱了他的哥哥。香料被運上船，船隻準備離開卡利卡特，開啟回家的長途航行，「每個人都非常高興，」維利烏寫道，「他們幸運地完成了一次偉大的探險。」就在船錨升起之際，以「什麼把你們帶到這裡」問候努涅斯的那個卡斯蒂利亞人前往王宮，他對扎莫林說，葡萄牙人一定會回來報復卡利卡特。扎莫林也產生了一種不祥的預感。
他派人給達·伽馬送了一封信，請他再多待些時日，以便裝載更多的香料，而那些把他當作人質抓起來的人會受到懲罰。回應他的是不吉利的預兆：達·伽馬命令炮手從船的側舷向城市開炮，然後他們展開了帶有紅色十字架的白色船帆。達·伽馬離開的時候說，那個時刻遲早會到來，而扎莫林會「更加後悔」。
印度這邊對於這個具有重要意義的訪問，唯一保留下來且切合實際的記載是：「三艘葡萄牙人的船隻到達奎隆（卡利卡特附近）……這次他們沒有進行貿易，而是直接返回了他們的國家。」
返回葡萄牙的航行受到相反風向的困擾，因為葡萄牙人不瞭解季風，而且那位從馬林迪將他們帶到這裡的領航員也不在。在沿著曲折的路線離開印度海岸的航行過程中，他們在拉克代夫群島躲避風暴。在那裡，他們遇到了一個意料之外的來訪者，他是一名使者，說義大利語，來自大陸國家果阿。這個人十分高大、蓄著白鬍子，他很快就被懷疑是一個間諜，接著就被他們俘虜了。在備受折磨的情況下，他告訴葡萄牙人，有四十艘小戰艦正在全力沿著他們的路線趕過來，他們正等待他的命令發起進攻。至於他自己則是一名波蘭猶太人，他取道亞歷山大里亞和麥加來到東方。他輕而易舉地就背叛了他的印度主人，因為說到底他「內心深處一直是一個基督教徒」，這個新朋友向達·伽馬透露了果阿的船隻確切的藏身之處。
葡萄牙人乘著夜色悄悄地航行，在密集排列的敵人艦隊中投放填滿了火藥的炮彈，而敵船上的水手這時候還在睡覺。葡萄牙人突然衝進敵人船隊的場面，令對方十分恐慌：那些印度人跳進水裡，有的朝附近的小島游去。在破曉的微光中，達·伽馬讓他的人進行屠殺。他們使用艦船上的小船，他們「在海面上到處划行，將對方全部殺死，他們還儘可能多地殺死逃到小島上的那些人，因為他們一個也不想放過」。他們把敵人棄船上的大米、乾魚和椰子都搬到自己的船上，還把原來划槳的奴隸集合起來。他們從這些奴隸中選出最強壯的人填補到他們的船上，然後把其他人都殺死。
達·伽馬對當地的漁夫很在意，因為他們可能會傳播法蘭克人復仇的訊息。之後，他對那位變節者表示感謝，因為是他將勝利送到了他的手中。僭越了聖父的名義，他命令他的教士授予這位波蘭人加斯帕爾的教名。所謂的「加斯帕爾·達·伽馬」或者「印度人的加斯帕爾」即將成為葡萄牙傳奇中的一個著名人物。
再度穿過印度洋的航行是悲慘的。用日記的作者維利烏的話說，就是「我們與死神面對面」。葡萄牙人對沒有連續的海風感到困惑，而且他們似乎無法計算出自己所處的緯度，他們向東航行的時候所花費的時間不到3個星期，此時卻花了3個月的時間。之前還興高采烈的達·伽馬的船員們此時都陷入了絕望。在1498年的聖誕節，他們沒精打采、無心慶祝，直到年末他們都沒有看到陸地。1499年1月2日，他們抵達非洲海岸。離開卡利卡特向家鄉返航時還倖存有90個船員，此時死了三分之一，還有更多的人在生病，幾乎已經沒有足夠的健康船員來處理船上的事務了。
因為他的領航員死了，所以達·伽馬對於他所處的方位只有模糊的概念，他認為他在莫三比克附近。不久，他們看到一個大港，意識到那是摩加迪沙（莫三比克以北1500多英里），葡萄牙人就朝它開炮。他們的侵犯行為可能是因為他們自身的虛弱，為的是打消當地船隻出來攻擊他們的可能性。再往南，在拉穆附近，他們被一支阿拉伯小艦隊逼迫，他們再度轟響了加農炮。
當馬林迪映入眼簾的時候，他們終於得以喘息，當地的蘇丹還是非常友好，但是達·伽馬此時急切渴望繞過好望角，進入更加熟悉的大西洋海域。他的船員隊伍不斷縮小，他們消耗大量的雞蛋、雞和桔子，但是他們仍然以每星期超過7個人的速度死亡。蘇丹送給他們一支巨大的象牙，它被雕刻成他的號手吹奏的其中一個號角的樣子，作為送給曼努埃爾國王的禮物。他還提供了幾個領航員，他們會將沿著非洲海岸向南航行的最佳路線指給葡萄牙人看，然後他們會陪伴葡萄牙人返回里斯本。
達·伽馬不想在任何地方停留，但是從馬林迪向南航行幾天之後，他的兄弟指揮的船隻「聖拉斐爾」號開始嚴重漏水，因而不得不被丟棄。船員和他們的財物被分配到旗艦「聖加百列」號和尼科洛·科埃略指揮的小而堅固的輕快帆船「貝里奧」號上。空船被燒燬，他們繼續向南航行。
這兩艘船在當地領航員的帶領下前行，始終在能看到陸地的範圍內航行。這個時節正是東非經受暴風雨摧殘的時候，但是達·伽馬堅持在莫三比克島停留，為的是在這裡豎起一塊具有里程碑意義的立柱。維利烏在他的日記裡悲傷地寫道，「雨下得太大了，一刻都不停歇，以致於我們都不能點火熔化鉛條來修補十字架」。
他們越過莫三比克之後，在一個平靜的海灣裡又一次停了下來。他們獵殺海豹和鳥類，用鹽將它們醃漬，然後把它們儲藏在甲板下面，以備從南大西洋到里斯本這最後一段漫長路途所用。
3月底繞過好望角，他們揚起船帆，朝向赤道和幾內亞海岸前進。用了一個月多一點兒的時間，他們抵達了維德角群島，達·伽馬知道他勝利了，因為這裡幾乎已經是葡萄牙的海域。然而，人員損失極為嚴重：那些與他一同出發、精挑細選出來的兼具適應力和勇氣的船員，只有三分之一還活著。最後的受害者是他的兄弟保羅。當看到保羅越來越虛弱時，達·伽馬命令「貝里奧」號帶著他們成功的訊息迅速返回葡萄牙。然後，兩兄弟離開漏水、飽經風雨的「聖加百列」號，僱用了一艘小型快船，取道亞速爾群島返回里斯本。保羅死於亞速爾群島。
既自豪又悲痛的達·伽馬受到國王曼努埃爾的歡迎，國王稱呼他為「親愛的海軍元帥」。他五體投地，抱著國王的大腿哭道：「陛下，我所有的苦難在這一刻都結束了，我心滿意足，因為上帝讓我在經歷了這一切之後，如我熱切期盼的那樣回到您的面前。」他被授予大量的榮譽，並且獲得了2萬金克魯扎多的獎賞。之後，達·伽馬剪掉了他的鬍子，作為完成一個偉大任務的象徵，因為自從兩年多前離開葡萄牙，他就再沒修剪過鬍子了。他的航程總計2.4萬英里，比哥倫布發現新大陸的航行距離長了4倍，比之前歐洲水手在未知海域航行距離的兩倍還多。
至於國王曼努埃爾，他個人取走了勝利果實，立刻宣稱自己是「幾內亞之王，衣索比亞、阿拉伯半島、波斯和印度的航海和商業征服者」。