大帆船運來堆積如山的戰利品——胡椒、肉桂、豆蔻、絲綢、珍珠、紅寶石，它們喚起了歐洲人的貪慾。葡萄牙人如同豺狼，爭搶著填補他們的慾望之壑。極少有歐洲的歷史學家勇於正視西方對印度和東方兇殘入侵的結果，那不僅打破了商業網還破壞了文化，分裂了王國，擾亂了政治秩序，將中國和日本逼入敵對的隔離狀態。
——普拉姆教授為《葡萄牙人的海洋帝國》寫的序言，1969年（introductiontocitetheportugueseseaborneempire/citebyc.r.boxer）
第一批達·伽馬遠征的倖存者乘坐輕快帆船「貝里奧」號抵達里斯本時，葡萄牙國王幾乎難以剋制他的驕傲與興奮。曼努埃爾匆忙寫信給西班牙的斐迪南和伊莎貝拉，告訴他們他的水手在印度洋取得的成就。這時候，西班牙的君主對幾年前代表他們進行航海探險的哥倫布的發現已經不抱幻想，所以曼努埃爾無須暗示他擁有的半個世界似乎更有前景，因為那太過明顯。到達印度的水手帶回了香料就是證據，而哥倫布發現的島嶼顯然不是印度，而他的船隻帶回的東西幾乎沒有什麼價值。葡萄牙人見到了在閃閃發光的宮殿裡滿身珠寶的「卡利卡特的王侯」，而大西洋西邊的島民卻貧窮落後，而且還是異教徒。
曼努埃爾下令在他小小的王國裡進行宗教遊行，以此來慶祝基督教世界的這場勝利。他向斐迪南和伊莎貝拉保證，「儘管他們的信仰還不夠堅定，對基督教的瞭解還不夠徹底」，但是印度確實有很多基督徒。一旦葡萄牙人將他們引入真正的天主教信仰，「就有機會消滅這些地方的摩爾人」。曼努埃爾知道這會引起共鳴，因為就在7年前，他的收信人才把最後一批穆斯林趕出卡斯蒂利亞。斐迪南和伊莎貝拉敢於和任何地方他們能找到的「摩爾人」作戰，因此大西洋的另一邊似乎不存在敵人對他們而言是十分掃興的。在遙遠的地區擴充套件神聖的戰鬥是曼努埃爾愉快的特權：他承諾說，「在我們征服的土地上」，戰爭會被「更熱情地推動」。
因為15世紀的末年即將到來，所以曼努埃爾增強了神聖的使命感。在迷信的時代，總是有例如基督復活，地震、洪水、瘟疫是懲罰邪惡者的各種說法。許多葡萄牙人都相信「隱藏者」這個神秘信仰，他會出現，賦予他們統治全世界的權力。這是一個宗教騷亂的時代，同時又伴隨不斷高漲的希望天主教會改革的呼聲。而這個即將結束的世紀，見證了他們的聖戰有成功也有失敗：穆斯林已經被驅逐出西歐；但是在東方土耳其人的新月正冉冉上升。航行進入印度洋，葡萄牙人不僅能夠與威尼斯人競爭香料貿易，還能從側翼包圍伊斯蘭世界，粉碎奧斯曼人征服世界的夢想。這點燃了他們與祭司王約翰聯手，意欲摧毀「異教徒的堡壘」——麥加——的野心。
達·伽馬小艦隊的到達使印度洋地區大吃一驚，曼努埃爾對此頗為自豪。這部分得益於接連幾位狡猾的里斯本君主，但是還有另一個原因。1453年土耳其人佔領君士坦丁堡，加劇了基督教世界和伊斯蘭世界的分歧，而這也意味著地中海與東方之間的資訊溝通更加匱乏；而1492年格拉納達的陷落，標誌著穆斯林失去了西歐大陸上的最後一個情報站。即使是在里斯本有間諜的威尼斯人，似乎也無法傳播有關這一重大事件的任何謠言，而這是對他們壟斷歐洲香料貿易的致命打擊。
然而，資訊保密的時代已經過去。義大利商人和銀行家開始從葡萄牙將這次遠航的訊息，以及目擊者對印度生活的描述傳回國。其中一份報告說，卡利卡特「比里斯本大」。
曼努埃爾熱衷於制止任何企圖奪取他權力的競爭者，他下令第二年一開春，第二批艦隊就前往印度。當年，達·伽馬只有3艘船，船員總數不到200人，而新的艦隊指揮官擁有30艘船和1200名船員。其中，12艘船是大貨船，因為與達·伽馬在印度購買香料的花費比起來，香料在歐洲銷售帶來的巨大利益極為可觀。這使曼努埃爾相信，摧毀伊斯蘭教的神聖任務與香料貿易帶來的世俗利益可以並行不悖。難怪法國國王不久之後嘲笑曼努埃爾是「雜貨店國王」。
這支艦隊由一位叫作佩德羅·阿爾瓦雷斯·卡布拉爾的貴族率領，他30歲出頭，1500年3月8日剛從塔霍河航行回來。在一年中的這個時節出發還太早，但是國王已經急不可待。在一場暴風雨中，一艘船與其他船失去了聯絡，只好回國，而卡布拉爾率領其他船隻奮力向前航行，他們甚至繞了一個比1497年那次遠航還要大的弧形穿過大西洋。為了彌補自身經驗的不足，卡布拉爾的船隊中還有一些熟悉這片海域的船長。其中之一就是在大概15年前繞過好望角的巴爾託洛梅烏·迪亞士，另一個人是尼科洛·科埃略，他曾帶領輕快帆船「貝里奧」號前往印度，並且和達·伽馬一起返回葡萄牙。
卡布拉爾艦隊向西航行得太遠了，以至於他們到了巴西海岸，在他們抵達好望角之前，艦隊在那裡做了短暫停留。（幾乎可以確定的是，兩年前杜阿爾特·帕切科就發現了巴西，但是那時候葡萄牙人對巴西還不太感興趣。）船隊繼續前行，他們快速航行了一段時間，但是到好望角附近時，他們遭遇了一場猛烈的暴風雨。4艘船沉沒，船上的人員、物資全數損失，包括迪亞士率領的那艘船。
經歷了這場挫折之後，卡布拉爾前往納塔爾海岸，尋找將非洲黃金輸往印度的重要港口索法拉。葡萄牙人意識到，通過壟斷索法拉的貿易，他們能夠獲得比在歐洲購買更便宜的黃金，而他們可以用這些黃金支付印度的香料，以增加他們的最終利潤。如果迪亞士還活著，他很可能成為葡萄牙任命的索法拉總督。但此時他們已經決定放棄任何在那裡建立定居點的想法：港口很難進入，而卡布拉爾又忌憚港口附近的淺灘，因為那時他直接指揮的船隻只剩下6艘，還與其他船隻失去了聯絡。一艘船的確曾在索法拉停靠過，而後做了一個簡短、含糊的報告：「這個島鄰近一條河的河口，有很多商人住在那裡。人們將數不盡的黃金從非洲內陸運到那裡。運送黃金的人身材矮小、嗓音尖細，但是十分健壯，容貌非常醜陋，他們吃人肉，主要是他們敵人的肉。」索法拉「屬於基爾瓦國王」。
卡布拉爾決意前往基爾瓦。他已確定基爾瓦是東非海岸三個主要城鎮之一，另外兩個是蒙巴薩和馬林迪。他的指令是在那裡建立貿易站，同時要求當地民眾即刻接受基督教。然而，葡萄牙人再次出現在印度洋的訊息已經在基爾瓦引起恐慌：它的統治者蘇丹易卜拉欣對這些法蘭克人即將使用的手段十分清楚。他增建防禦體系，招募數百名非洲弓箭手，帶著他們穿過將島嶼和非洲大陸分隔開來的狹窄水道。做完這一切，當不速之客出現時，他初步採取的舉動是安撫性的。他派遣載著包括活羊在內的各類食物的小船，前去邀請卡布拉爾上岸商談。
卡布拉爾拒絕了邀請，他說除非交戰，否則他決不上岸。相反，蘇丹應該來見他。害怕這些基督徒會把他抓走當人質，基爾瓦的統治者拒絕了這個要求。他們僵持了兩天，期間卡布拉爾命令艦隊向岸邊靠近，始終讓加農炮瞄準這座城市。雖然隔著一段距離，但是葡萄牙人有充足的時間研究基爾瓦，就像150年前的伊本·白圖泰一樣，這座城市也給他們留下了深刻的印象。後來，一位編年史家寫道，那裡的房子「和我們的一樣」，門上也雕刻著漂亮的花紋。富有的居民穿著「嵌有金線的絲綢和精美的棉質衣服」。城市被果園、花園，以及「許多甜美的小河」圍繞。宮殿是由很多接待室和私人房間組成的建築群，它們和噴泉一起環繞著一箇中央水池。宮殿能夠俯瞰大海，它本身帶有一個小碼頭。
兩天後，蘇丹宣佈他願意在海上會見卡布拉爾。他帶了大量隨從，他們都穿戴華貴，腰間掛著禮儀佩劍。他乘坐用兩艘船組裝成的一個筏子穿過海港。他的樂隊吹響象牙做的號角，而葡萄牙人鳴響喇叭以示回應。卡布拉爾讓加農炮開火以展現他的力量。加農炮巨大的聲響與在基爾瓦聽過的任何聲響都不同，因而引起了恐慌。之後，他交給蘇丹一封國王曼努埃爾寫的信，信是用阿拉伯語寫的，信上說葡萄牙渴望索法拉的黃金，計劃在索法拉建立一個貿易站。最後是關於放棄伊斯蘭教的事情，這對於擁有整個斯瓦希里海岸最大清真寺的一個城市而言，絕不是一個小要求。
蘇丹說針對這些問題，他必須考慮一下並向他的大臣諮詢是否要簽署這個條約，但是他們中的一些人不在，他們正在發起反對「木裡異教徒」的戰爭。之後，他返回了他島上的宮殿。當葡萄牙人後來發現這位「蘇丹」是假的時候，他們極為憤怒。一位名叫盧克曼·阿里·馬利克的謝赫十分勇敢，他自願扮演「蘇丹」的角色，以防葡萄牙人綁架蘇丹易卜拉欣。
卡布拉爾焦急地等待蘇丹的答覆，但是沒有收到任何訊息。葡萄牙人被告知對方對他們的交易貨物不感興趣。當他們要求飲用水的時候，水用瓷罈子盛裝起來被運到海灘上，之後基爾瓦人將這些罈子全部打碎。對此，蘇丹的解釋是這種行為肯定是瘋子乾的，但是不再給他們提供飲用水。卡布拉爾和他的船長們商議，大家一致決定起錨前行。好鬥的基爾瓦留待以後再處置。
他們在向北行駛的途中捕獲了幾艘單桅帆船。船隊避開了蒙巴薩，由幾個曾經和達·伽馬一起航行過的老兵引領著前往馬林迪。和以前一樣，馬林迪的蘇丹十分好客，但是抱怨由於他與法蘭克人交好，蒙巴薩正在準備向他們開戰。卡布拉爾對此表示同情，他表示以後一定會處置蒙巴薩。
在穿越印度洋之前，葡萄牙人只停留了5天，但是根據編年史的記載，他們在此期間享受到了極為大方的招待。我們對這樣的記述一定要謹慎看待，因為對友好君主盛情的誇大，使得他們似乎更值得曼努埃爾仁慈對待，而且這樣做能夠彌補他們未能與祭司王約翰取得聯絡的缺憾。
卡布拉爾在馬林迪的最後一批舉措中的一項是又派了兩個罪犯上岸，他們得到的命令是向內陸行進，直到找到祭司王約翰的國家。如果他們成功做到了，那將是一個令人震驚的功績。葡萄牙人對非洲內陸一無所知，對非洲海岸地形的概念也同樣模糊。卡布拉爾的一個同時代人寫道：「基爾瓦和馬林迪這兩個王國在紅海的西邊，靠近異教徒和祭司王約翰的領地。」而實際上，紅海的入口在馬林迪以北1000多英里的地方。