當卡布拉爾繼續向印度洋航行的時候，他幾乎毫不懷疑，卡利卡特的穆斯林商人將視葡萄牙人同時為宗教和貿易方面的敵人。另一方面，瓦斯科·達·伽馬已經向國王曼努埃爾暗示，卡利卡特的扎莫林，這個偉大港口的統治者，可能是一位非正統的基督徒，能夠被爭取到真正的天主教信仰的一方來。由於痴迷於在印度洋找到基督教的同盟者，葡萄牙人無論在卡利卡特遇到什麼都會想到這個主張是可以被理解的。
就葡萄牙人而言，和扎莫林結盟的想法，對國王曼努埃爾非常具有吸引力。他視此為保證他源源不斷地成船裝載胡椒、豆蔻和肉桂的一個最簡單的方法。所以，他讓卡布拉爾帶上諸多昂貴的禮物，以至於它們能確定將扎莫林有關達·伽馬的窮酸禮物的記憶全部抹除。作為進一步誘惑扎莫林的籌碼，幾個在達·伽馬對果阿艦隊的大屠殺中倖存下來的印度俘虜此次跟隨卡布拉爾的艦隊返回，這些人也能詳細說明歐洲的奇觀。此外，雙方結盟不可缺少的一個必要條件是扎莫林和他的國民必須同意驅逐住在卡利卡特的所有穆斯林，並且將香料只賣給葡萄牙人。
他們必須假定，阻礙卡布拉爾計劃的阿拉伯人會平靜地放棄他們已有的權力，這個協定才可能在不交戰的情況下達成。如果不是這樣，卡布拉爾也隨時做好了戰鬥的準備，鑑於達·伽馬令人滿意的發現：好望角以外的地方，無論在陸上還是海上，都沒有能跟歐洲火力相較的力量，他對結果有信心。他們的軍事優勢，使得卡布拉爾和他的繼任者能夠生髮出一個他們在到來之前做夢都想不到的想法：海洋的所有權。通過融合加農炮的威力與基督教的教義，他們聲稱擁有能夠決定誰才能被授權使用自然的禮物——季風和洋流——的權力，即誰能夠從一個港口到另一個港口做交易謀生。作為計劃的第一步，卡布拉爾接到命令，不論何時，只要有可能，就俘獲「麥加的摩爾人」的船隻，然後炸沉它們。直到現在，商人做生意的自由不受阻礙，都是印度洋生活的要旨。
在印度洋上建立霸權的目標，遠不是在外海上隨意劫掠幾艘不走運的小船可比的。後來，歷史學家若昂·德·巴羅斯還謹慎地為此辯護：
的確存在對於所有人在海上航行的普遍的權力，在歐洲，我們承認這種權力，而其他人反對，但是這種權力沒有超出歐洲的範疇，因此葡萄牙人以他們艦隊的力量，強迫所有摩爾人在被徵用的痛苦和死亡的威脅下拿出安全通行權是合理的。摩爾人和異教徒不受基督耶穌的審判，而耶穌的教法則是每個被罰入地獄遭受永恆之火痛苦的人都要遵守的。如果靈魂被定為有罪，肉體又有什麼權利享受我們法律的特權呢？
儘管卡布拉爾損失了幾艘船，但是倖存的船隻利用了遠航的好時機，從里斯本到卡利卡特只用了6個月的時間。如果與扎莫林合作順利，他們就可以滿載香料，在1501年年中再度返回家鄉。起初，葡萄牙人深受鼓舞：「離卡利卡特港還有一里格時，市民和國王的紳士們就以盛大的歡慶活動迎接他們。」卡布拉爾即刻決定在城前拋錨，然後鳴響加農炮宣示他的到來，「這引發了居民的驚歎」。毫無疑問，葡萄牙人還希望能引發其他情緒。
對卡布拉爾之後進展的最佳記錄，據說是國王曼努埃爾寫給西班牙的斐迪南和伊莎貝拉的一封長信（這封信流傳到了羅馬，如果它是假的，也肯定來自目擊者的記述）。交換過人質之後，卡布拉爾登岸，上了一頂覆蓋有紫色絲綢的轎子，被抬向王宮。與達·伽馬訪問時期的舉止不同，扎莫林馬納·維克拉瑪沒有躺在沙發上，而是坐在一張銀製寶座上，寶座的把手是用黃金做的，上面還鑲嵌著珍貴的寶石。他只穿著一條圍裙，手上戴著好幾枚戒指，耳朵上戴著「榛子一般大」的珍珠。王座室「6盞銀製的摩爾式燈具」日日夜夜都亮著。
扎莫林說他很高興看到法蘭克人再次出現在卡利卡特，卡布拉爾呈上了遠比上次達·伽馬帶來的體面得多的禮物：昂貴的碗、地毯、錦緞、精美布料和皇家權杖。他們很快就達成了友好協議，協議被寫在一塊印有扎莫林黃金印章的純銀薄板上，但是卡布拉爾從他的君主那裡帶來的一個訊息使得這份協議變得毫無價值。扎莫林被告知，他要「履行作為一個基督徒國王的責任」（這是對達·伽馬關於印度人是非正統基督徒觀念的響應），他必須將他王國裡的所有穆斯林都驅逐出去，因為他們是「自古以來就與我們有深仇大恨的一個民族」，葡萄牙人的意圖是對他們宣戰。
在他冗長的勸誡中，每一句話都談到了「上帝的意願」，曼努埃爾威脅道：
如果我們真的在你們之中找到了包藏禍心、惡意阻礙傳播上帝旨意的人，這種情況一直都有……我們的目的是堅定不移地聽從上帝的意願，我們一定會處置這類事件，並且繼續在那些我主上帝希望由我們最新獻給他的地方航海、貿易和交流。
由於馬拉巴爾海岸的書寫習慣是將文字記錄在用脆弱的棕櫚葉製成的紙張上，印度關於扎莫林的回應並沒有被保留下來，但是葡萄牙的歷史學家卻認為這是一個決定性的時刻。對這些拜訪者藏在心底的要求，卡利卡特人心中一直有種不祥的預感。在葡萄牙旗艦上的5個人質試圖跳船逃跑。他們很快就被抓了回來，並且被押解回船上。
包括3名方濟各會修士在內的70個葡萄牙人上岸，想要在卡布拉爾的代理人艾雷斯·科雷亞的指揮下建立一個貿易站，開戰的理由隨之而來。整整兩個月，卡布拉爾煩心於何時起航，而後代理人終於收到了開始購買香料的許可，此時東北季風吹來，正是向西穿過印度洋前往非洲海岸的理想時節。驚恐不安的扎莫林承諾，開始競買香料的時間一到，葡萄牙人就可以優先購買，甚至可以排在早就在卡利卡特定居下來且強有力的阿拉伯商人之前。然而，此時的風向十分適合航行前往紅海，一艘滿載貨物的「麥加大船」正準備離開卡利卡特前往亞丁。
這是決定性的時刻。卡布拉爾帶人捕獲了這艘船，而一場暴亂在卡利卡特爆發。「包含各式人等在內」的葡萄牙小隊被攻擊，70個人中有53人被殺，其中包括那3個修士。他們在近海船隻中的同胞幫不上忙，當黎明降臨到卡利卡特時，葡萄牙人的加農炮毫不留情地向他們鳴響。卡布拉爾的6艘船從側舷接連不斷地向城市中心猛烈地投射炮彈。周邊的10艘商船都被他們俘獲。大多數船員被即刻殺死，還有一些被救起，但是迎接他們的是更加可怕的命運：他們被綁起來，在岸上百姓的注視下被活活燒死。兩天連續不斷地炮擊的影響如此嚴重，以致馬納·維克拉瑪不得不逃離他的宮殿，這是一個他永遠不會忘記的恥辱。至於葡萄牙人，他們發誓永遠不會原諒卡利卡特人在扎莫林簽署了友好條約、取得了他們的信任之後，對他們同胞的大屠殺。
在被他們佔領的一艘船上，葡萄牙人找到了三頭被馴化的大象。他們可能一開始想至少將一頭帶回里斯本，作為一份特殊的戰利品獻給國王，但是後來食物短缺，所以所有的大象都被他們殺死並且吃掉了。
在卡利卡特及其附近的一座城鎮造成足夠大的破壞之後，卡布拉爾決定向南航行前往科欽港，那是一個能夠立刻實施他為他損失的53個人報仇的地方。葡萄牙人這時候已經知道，科欽的王侯烏尼·拉馬·瓦爾馬對處在卡利卡特的統治之下感到惱火，所以卡布拉爾重施了達·伽馬在東非使用的與馬林迪結盟對抗更加強大的蒙巴薩的計策。儘管科欽遠沒有卡利卡特重要，但是它有一個優勢，那就是它擁有一個深水港，並且港灣裡還有一個易於防禦的島嶼。在科欽，他們也能買到香料。
王侯諂媚地歡迎卡布拉爾。他此時面臨一個選擇：如果斷然拒絕這些訪客，他的城市就會受到轟炸，或者因為支援卡利卡特的敵人而可能受到它的懲罰，他將之視為維護科欽獨立的一個時刻。葡萄牙人的船隻裝滿科欽的香料，他們用金幣付款。卡布拉爾從支付的金額知道，里斯本的皇家金庫很快就會因為這次貿易而被填滿，所以他最急迫的願望就是安全地抵達好望角，然後快速向北航行。他離開科欽時得到訊息，扎莫林派出了一支由八十艘船組成的艦隊，南下來找他交戰。葡萄牙人不太可能逃避這種軍事挑戰，但是卡布拉爾知道他的首要任務是把這些香料運回國。
1501年7月21日，船隊抵達里斯本。他們的貨物讓曼努埃爾很高興，卡布拉爾關於印度明確信仰基督教的人生活在科欽附近的鄉村的報告也讓曼努埃爾感到滿意。他向斐迪南和伊莎貝拉保證，那裡有一些可以轉而信奉天主教的人存在。
而在歐洲的其他地方，人們對曼努埃爾想要爭取的靈魂的興趣，遠比不上對他香料的興趣。卡布拉爾帶回國的貨物數量，證明這條前往印度的新貿易路線是可行的。訊息很快傳到了威尼斯，銀行家吉羅拉米·普留利在他的日記中寫道：「如果這樣的遠航能持續下去，而在我看來這完全行得通，葡萄牙國王就可以自稱為財富的國王了。」
普留利估計，在卡利卡特1達克特買到的東西，經過紅海的貿易路線到達威尼斯的時候，就會賣到60或者100達克特，因為這一路上的關稅和前後打點的賄賂都要被計算在內。好望角的路線距離更遠，但是可以省下一大筆錢。普留利的商人同行對來自里斯本的訊息「目瞪口呆」，而他準確地預測了威尼斯即將衰落的命運。