致達·伽馬……我們能夠追溯在當地人中開始擴散的一種新文明的開端……在許多當地人社會中盛行的無知的黑暗，開始被西方的科學驅散。誰能列舉從這一事件開始的越來越有好轉的社會變化？
——耶穌會馬費伊神父在卡利卡特發表的演講，1897年（紀念葡萄牙人首次登陸卡利卡特400週年）
16世紀早期，葡萄牙如火如荼的造船業令其他國家既欽佩又嫉妒。國王曼努埃爾很快意識到，他必須每年都向印度洋派出艦隊，以保證他徹底壟斷歐洲的香料貿易。儘管他的野心很大，但是國庫空虛，所以他邀請里斯本的富有商人們一起加入這場冒險。當這些商人瞭解到，在里斯本一公擔胡椒的到岸價格是通過傳統路線——紅海的單桅帆船和駱駝——運輸到亞歷山大里亞相同數量的胡椒價格的一小部分時，無需什麼鼓勵，他們就踴躍參與進來。
甚至在卡布拉爾船隊的倖存者回國之前，一支由四艘船組成的艦隊，就在經驗豐富的船長若昂·達·諾瓦的指揮下離開了塔霍河。他的主要任務是協助蓄積運輸到索法拉海岸的非洲黃金。他們用從國內運過去的布料、鏡子和一些不值錢的小東西換取黃金，然後再用這些黃金購買印度的香料。達·諾瓦以為此貿易已經處在巴爾託洛梅烏·迪亞士的監管之下，因為里斯本方面還不知道好望角的征服者已經和他的船一起沉沒海底了。
在前往索法拉的途中，他們剛繞過好望角，就在一個海灣裡停了下來，在異國的這片海濱他們發現了一個不同尋常的東西——放在鞋裡的一封信。這封信是卡布拉爾船隊的一位船長遺失的，它講述了迪亞士遇到的災難。所以，遠航船隊直接前往基爾瓦，在那裡他們受到兩年前聽從卡布拉爾的命令留在馬林迪的一個罪犯的歡迎。這個人叫作安東尼奧·費爾南德斯，他乘坐阿拉伯人的沿海船隻向南航行，目前他心滿意足地住在當地謝赫的家裡。卡布拉爾給費爾南德斯和另一個罪犯的指示是深入東非內陸，直到他們找到祭司王約翰，不過很顯然這對他們沒有吸引力。由於費爾南德斯作為線人還有用，他被留在了基爾瓦，之後達·諾瓦繼續向印度航行。
他們「不辭辛勞」，勤勉地重施了卡布拉爾的辦法。卡利卡特被轟炸；每一艘出現在視野裡的穆斯林船隻都被視為可以侵佔和劫掠的目標。在卡利卡特近海的一艘船上，葡萄牙船長們發現了1500枚珍珠、其他許多珠寶，以及製作精良的航海儀器。只有它的領航員獲得了赦免，因為在返航途中他的技術也許能派上用場，其餘船員全都被燒死在他們的船上。
在印度洋海岸邊另一艘被他們俘獲的船上，他們發現了「一個來自塞維利亞的猶太女人」。為了躲避迫害，她逃離了西班牙，取道埃及到了印度。她講述了她聽來的關於卡布拉爾在卡利卡特所受待遇的原因：阿拉伯商人說服扎莫林相信新來的這幫人「是竊賊，他們會毀了他的國家」。聽她說了這些話之後，葡萄牙人決定赦免這個女人，並且讓她留在他們的船上，但是幾天後她自己投海了。
這個事件幾乎可以被視為一種無助情緒的象徵，而這種無助的情緒已開始滲入印度洋世界。一種隨著季風的來去固定不變的生活方式似乎即將消逝。具有歷史感的葡萄牙士兵兼學者杜阿爾特·帕切科在讚美他的君主向東方派遣強大艦隊時簡潔地表達了這種看法：「憑藉這些強大的艦隊，他征服了，並且每天還在征服印度洋和亞洲海岸，殺死、消滅、燒死開羅、阿拉伯半島、麥加的摩爾人，以及印度的其他定居者和他們的船隊，而800多年來正是這些人控制著寶石、珍珠和香料的貿易。」
1502年年中，瓦斯科·達·伽馬再次航行進入印度洋，這種殺戮、毀壞、焚燒的模式很快就得到了他本人的認可。國王的「海軍元帥」此刻率領25艘船，其中10艘最大的船裝配有「大量大炮，數量充足的軍需品和其他武器」。受達·伽馬指揮的13艘船，屬於富有的葡萄牙商人。此時距離他第一次率領3艘小船出發，在黑暗中摸索著前往不確定的目的地，已有快5年的時間了，這一次的一切都變了。達·伽馬此刻清楚他要去哪裡，他要做什麼。扎莫林「曾經輕侮了他」，所以他「打心底裡渴望給他製造一場浩劫」。
起初，葡萄牙國王的計劃是讓想進一步懲罰卡利卡特的卡布拉爾當這支無敵艦隊的指揮。但是他在葡萄牙國王那裡失寵了，國王有點兒迷信，認為他「在海上不幸運」。所以，一直擔當國王廷臣的達·伽馬為他自己贏得了這個令人垂涎的委任。
在他帶著船隊中的19艘船（還有6艘船帶著「封鎖」紅海的命令轉向北方）穿過印度洋之後不久，第一個令他滿意的時刻就到來了。一艘大商船（merim，「麥瑞姆」號）被他們攔截下來，他們發現船主是卡利卡特最富有的阿拉伯人，他還是埃及蘇丹的親戚。這艘船滿載貨物和從麥加朝聖歸來的穆斯林，它的乘客中有「許多尊貴的摩爾人」。達·伽馬命令他的人將這艘船上所有的貨物解除安裝，轉移到他自己的船上。他的目的不言而喻。
16世紀的歷史學家加斯帕爾·科雷亞講述了接下來發生的事。在船上的貨物快被卸完的時候，「麥瑞姆」號的船長喬·菲克姆被人帶到達·伽馬面前。這位聲望很高的船長竭力乞求道：
閣下，下令殺死我們您什麼也得不到。如果給我們帶上鐐銬，將我們帶到卡利卡特，您可以不給卡利卡特人任何東西就能將您的船裝滿胡椒和藥草。如果不行，您再下令燒死我們也不遲……在戰爭中人們也會寬恕那些投降的人，何況我們並沒有交戰，您何不踐行一下騎士精神呢？
騎士精神毫無吸引力。「你們會被活活燒死，」達·伽馬回答道，「因為你們建議卡利卡特的國王殺死並且掠奪葡萄牙人。我敢說，如果可以的話，世上沒有什麼能阻止我殺死你們100遍。」在絕望中，這位阿拉伯船長嘗試另一種說法：如果達·伽馬暫緩殺死乘客，他可以從他們那裡榨取更多贖金。
達·伽馬的回答還是一樣：這艘大船將遭炮擊和火焚，然後與700名乘客和船員一起沉沒。這個時候，難逃厄運的阿拉伯水手們開始反抗，「情願將性命付與刀劍，也不想忍受被燒死的折磨」。當燒船的命令下達時，倖存者紛紛跳入海里，其中有很多是婦女和孩子。達·伽馬命令他的人下到小船裡繼續完成他們的任務。他們用長矛刺殺海里的人，直到海水都被染紅。但是無敵艦隊的方濟各會神父的神聖職責得到了應有的重視：「20個孩子獲得了赦免，他們被轉化為基督徒。」
甚至在達·伽馬到達卡利卡特之前，驚慌失措的扎莫林就派遣使者來求和。所有這些努力都是徒勞，因為在離開里斯本之前，達·伽馬就打定主意，要用他的「大炮」懲罰他們。他第一次來時，他是懇求者，希望能夠得到扎莫林的歡心，甚至還把他想象成一個基督徒、對抗穆斯林的一個潛在盟友。而這一回扎莫林是懇求者，而且達·伽馬已經知道他是一個異教徒。他將完成上帝的任務。