當船隊拋錨停靠在卡利卡特時，扎莫林派出了他最善於遊說的大臣，他是一位婆羅門（在葡萄牙人的記錄中他被稱為「那位男修士」，由此可見要想擺脫印度教是天主教的一種非正統形式的觀念需要一段時間）。這位婆羅門說，葡萄牙人對這座城市的破壞比他們以往承受過的任何打擊都要嚴重，所以避談過去，為和平貿易簽署一份契約對雙方來講都是此時能做的最體面的事。這在達·伽馬看來是對他的有意侮辱，因此更加憤怒。這位婆羅門進一步講道：扎莫林將交出卡利卡特最重要的12名阿拉伯商人，以此為卡布拉爾來訪時被殺死的葡萄牙人償命，而且他還會付一大筆錢作為賠償。達·伽馬唾棄這些條件。這位使者受挫並淪為俘虜，而達·伽馬則下令開始炮轟卡利卡特。
達·伽馬能夠號令相當於卡布拉爾數倍的火力，本性也更加兇殘，他一步步毀滅卡利卡特。後來曼努埃爾在寫給西班牙君主的信中滿懷驕傲地說，這位艦隊司令對卡利卡特造成了「無法估計的破壞」。炮彈猛衝向天空，擊毀房屋，炸碎寺廟，破壞它所到之處的一切，城中的百姓除了四散奔逃就是蜷縮於廢墟之中。扎莫林預感到事情可能會變得很糟糕，他提前下令面向大海建起棕櫚樹路障，但是在持續3天的炮擊之下，這些防禦毫無效用。在從傳統意義上來講戰爭近乎儀式事件的馬拉巴爾海岸，葡萄牙人體現出了難以想象的兇猛。扎莫林宣告，他將「舉整個王國之力」來抵抗法蘭克人。
在平息了轟炸的慾望之後，達·伽馬將目光轉向他到達這裡時停泊在港口的12艘商船。這些船被他的輕快帆船圍了起來。有些船被允許安然離開，因為它們來自坎納諾爾，這個地方之前對葡萄牙人表示友好。其他船上的貨物被掠奪一空——大米、成壇的黃油和布料。800名船員成為俘虜。
卡利卡特的存亡在達·伽馬的一念之間。他可以派他計程車兵上岸，儘可能多地殺死他們能抓到的群眾。但是他沒有這樣做，他讓他的人押解這些俘虜遊街，然後砍下他們的手、耳朵和鼻子。他們一邊這樣做，一邊將砍下的肢體堆積在一艘小船上。扎莫林派來的那位婆羅門使者也被安置在這艘船上，混在那堆新的陰森可怖的「貨物」裡。他也被那些士兵受命切斷了肢體。
歷史學家加斯帕爾·科雷亞描述了達·伽馬接下來的舉動：
在所有印度人都被施以懲罰之後，他讓人把他們的腳綁在一起，因為他們沒有手可以解開繩子；為了防止他們用牙解開繩子，他下令用棍棒打掉他們的牙齒，把它們敲到他們的喉嚨裡；然後他們被弄到船上，一個個堆疊起來，一個摞在另一個的上面，與從他們身體內流出的血漿混雜在一起；達·伽馬又讓人將席子和幹樹葉鋪撒在他們身上。這些船會駛向岸邊，而葡萄牙人還會點燃它們……載著那位男修士（婆羅門）以及所有手和耳朵的小船也向岸邊駛去，但是沒有被點燃。
達·伽馬讓人給扎莫林送去一個寫在一片棕櫚葉上的訊息，告訴他可以用船上的殘肢做一份咖哩「大餐」。
吞沒在火焰中的那艘大一些的船，漂向岸邊。船上人員的家屬們跑到岸邊哭喊，想要撲滅火，救出還活著的人，但是達·伽馬還在繼續下令。他讓人驅散家屬，接著把倖存者從船裡拖拽出來。之後，這些人被掛在桅杆上，葡萄牙的弓弩手聽令向他們射箭，以便於「岸上的人能夠看到這一幕」。
刺穿吊在半空中的人是達·伽馬最喜歡的處決方式之一，而這還能給他計程車兵提供練習的機會。然而，一群來自科羅曼德爾海岸計程車兵被俘獲，他們中的3個人將手舉向天空，告訴他他們想成為基督徒，這時候奇怪的事發生了。達·伽馬無動於衷，命令譯者告訴他們，「即便他們成了基督徒，他還是會殺死他們」。船上的教士還是被允許給他們施以洗禮，當他誦讀天主經和聖母頌的時候，他們背誦他說的話。「當洗禮結束時，他們被吊死，不必感受被箭頭射穿的痛苦。」弓箭手射殺了其他吊在桅杆上的達·伽馬的受害者，但是箭頭卻在剛剛受過洗禮的3個人身上不管用，「既進不去，也無法留下任何痕跡」。看到這種狀況，達·伽馬似乎有些不安。這3具屍體被裹起來投進海里。記錄這個事件的編年史家稱之為主對異教徒的「巨大慈悲」。那位教士還給他們唸了祈禱文和讚美詩。
達·伽馬的不安只持續了一小會兒。當卡利卡特方面又派來一位婆羅門求和時，達·伽馬下令將他的嘴和耳朵切下來，給他縫了一對狗的耳朵，就這樣又把他送回給了扎莫林。隨這位婆羅門一起來的還有3個小男孩，是他的兩個兒子和一個侄子。他們被吊死在橫杆上，屍體也被送回了岸上。
達·伽馬的船長們為了獲得他的認可，都競相模仿他的行徑。其中一個人名叫文森特·索德雷，他決定拿他之前有幸抓住的一個阿拉伯商人開刀。這個重要的俘虜叫作科扎·穆罕默德·馬卡爾，從紅海一直到東非海岸都有他的生意。他的故鄉在開羅。
根據相關記錄，索德雷下令兩個黑人水手用塗了焦油的繩子鞭打被綁在船桅上的馬卡爾，「他一直像死了一樣，因為從他身體中流出來的血讓他暈厥過去」。當這位俘虜甦醒時，他們扒開他的嘴，往裡面填塞「髒東西」（未具體說明是什麼）。他們無視其他阿拉伯俘虜的乞求，強迫他們觀看。接著，他們把一根短木棍塞進他的嘴裡，把一塊燻豬肉固定在他的嘴上，之後他被縛住手臂遊街示眾，最後他們釋放了他。
因而，毫不奇怪，科扎·穆罕默德成為葡萄牙人的一個死敵，他致力於說服奧斯曼土耳其人以武力對付葡萄牙人。
除了這些暴行，達·伽馬在印度洋還費盡心思結交夥伴，其中最出名的要數科欽，它的統治者已經答應與這些基督徒聯手，對付他的最大敵人扎莫林。在科欽，他們交換精心準備的禮物，國王曼努埃爾送的所有禮物中最精美的是一頂內襯綵緞的圓帳篷，「非常漂亮」。它在王宮後面支了起來。
葡萄牙人此刻對他們的勇猛是如此自信，以至達·伽馬決定在他們滿載香料返回葡萄牙之前，在科欽留下5艘船。一群意志堅定計程車兵和工匠，在一位有學者風度的老兵杜阿爾特·帕切科的指揮下在岸上駐紮下來。那幾艘船就在附近拋錨保護他們。
這一年是1503年。這是自羅馬帝國時代結束之後，歐洲人第一次在印度洋永久地駐紮下來。科欽定居點是長達400年之久的白人殖民主義的先聲。