葡萄牙人對他們在這裡看到的一切都印象深刻。基爾瓦對東非海岸的政治影響力比170年前伊本·白圖泰來訪時小了很多，這主要是由其統治精英內部的惡意競爭，以及索法拉黃金貿易的衰落導致的。即便如此，它也是一座發展成熟且繁榮的城市。
總督寫信給他的國王：「陛下，在我所知道的世界上的所有地方中，基爾瓦擁有最好的港口和最肥沃的土地……這裡有獅子、鹿、羚羊、山鶉、鵪鶉、夜鶯，以及許多其他鳥類，這片土地還盛產蜜桔、石榴、檸檬、綠色蔬菜、無花果、椰子、洋芋，有極好的肉、魚和甜美的井水。」儘管關於獅子，阿爾梅達有誇大的成分，但是他到達基爾瓦時，正是天氣晴朗，花園裡滿是花朵和水果的好時節。
靠吃鹹肉和硬餅乾在海上度過了幾個星期，那位不知名的日記作者看到花園非常高興，他描述了「小蘿蔔、小洋蔥、甜美的馬鬱蘭和甜羅勒」。基爾瓦還有蜂蜜、黃油和蠟。「花園四周圍著木柵欄……乾草足有一人高。土壤是紅色的，上面總能看到一些綠色的東西。」這裡還種植棉花，人們用它製成布料；他們還製作香水銷往國外。這裡的大多數工作都由黑人奴隸完成，他們為「白摩爾人」所有。
這份記錄還生動地描述了基爾瓦的生活，甚至提到了「摩爾人嚼檳榔的技能」：「這些葉子會把嘴和牙齒變成深紅色，據說嚼它能夠提神。」所有人都「不睡在地上」，而是睡在由棕櫚葉編成的「能夠承受一個人重量的」吊床上。由於基爾瓦氣候潮溼，阿拉伯人穿兩件棉質衣服，一件從腰部一直拖到地面，另一件鬆鬆地搭在肩頭。他們所有人都佩戴念珠。
除了研究基爾瓦居民的日常生活，他們還有其他事可以做。阿爾梅達決定不再拖延，因為逃跑的蘇丹會被罷黜，取代他的是他的敵人安科尼謝赫。他們建造了一個插旗幟的平臺。而安科尼謝赫穿著用金線縫合的紫色葡萄牙禮服出現在臺上。儀式很簡短，總督只是將一個金色的王冠戴在新蘇丹的頭上，而同樣的儀式過程也將發生在科欽的王侯身上。之後是穿城遊行，蘇丹騎著一匹葡萄牙馬，由葡萄牙旗幟在前開道。隨後，他們簽署了一份用阿拉伯語和葡萄牙語寫成的條約，宣稱基爾瓦將永遠臣服於葡萄牙國王。
艦隊在基爾瓦島附近停駐了兩個多星期，在此期間他們開始建造一座有四個稜堡的方形要塞。在這座要塞開始成形後，一大群人莊嚴肅穆地為它祝福。總督選出一位要塞司令，給了他一支一百五十人的守衛部隊和一艘輕快帆船，然後再次率領船隊向北航行。
此時，阿爾梅達的目標是東非海岸最大的城市蒙巴薩。自從達·伽馬第一次遠航時在那裡遭遇險情，葡萄牙人就清楚地知道他們的停泊之處是馬林迪而非蒙巴薩。然而，他們知道蒙巴薩有兩個優良港灣，如果在季風時節在馬林迪海岸附近停泊，船隻會遭受暴風雨的侵襲，而蒙巴薩不存在這個問題。而且，令人煩惱的是，阿拉伯船會躲在蒙巴薩海港的隱蔽處以逃避外海上輕快帆船的巡邏，而如果不冒著全面衝突的風險，葡萄牙人不敢擅自進入海港。他們抓獲了許多開往蒙巴薩的阿拉伯船隻，它們的貨物被沒收，其船員通常也不能倖免於難。其他人則利用他們對東非海岸的瞭解，藏進紅樹林沼澤中，然後趁著夜色潛進蒙巴薩。
蒙巴薩的蘇丹意識到他的苦難將要來臨。所以，他們在蒙巴薩島面向東邊外海的陡峭珊瑚巖壁上建起了一座有兩個稜堡的要塞。為了急切適應新時代的戰爭形勢，蒙巴薩的居民們於是從1501年一艘在附近遇到海難沉沒的葡萄牙船隻裡，打撈出六七門加農炮和一大堆彈藥。在一個皈依了伊斯蘭教的葡萄牙逃亡水手的指導下，他們在新要塞架起了加農炮，嚴陣以待法蘭克人的進攻。
一隊士兵上岸，偵察蒙巴薩的防禦情況。他們乘坐小船登陸，回報說那個背叛他們的同胞從要塞向他們喊話：「告訴艦隊司令，他會發現蒙巴薩和基爾瓦不一樣，絕對不像是等著被扭斷脖子的小雞。」包括500名非洲弓箭手在內的數千名戰士已經準備好防守這座城市，蘇丹也下定決心抵抗到最後一刻。就像瓦斯科·達·伽馬意識到蒙巴薩是一個值得一戰的城市，阿爾梅達的戰士們也對它虎視眈眈。總督本人聽到複述給他的背叛者的嘲弄時，氣得臉色慘白。
阿爾梅達艦隊中的編年史家描述道，在富有商人居住的最好的石制房屋之間還散佈著奴隸、牛和其他動物居住的、由棕櫚葉覆蓋的小房子。這座島與毗鄰的大陸盛產水果、蜂蜜、大米和甘蔗：「按照摩爾人的說法，這座城市是整座海岸最好的地方。」
在真正開戰之前，阿爾梅達的兩艘小船被派出去探測海港內的水深，它們被要塞射出的炮彈損壞。讓這些守衛者驚慌失措的是，兩艘船中的一艘發出的一枚炮彈恰巧擊中了要塞的彈藥庫，引起大火和爆炸。儘管城市本身受損不大，但這就是蒙巴薩第一個要塞的災難性結局。葡萄牙人四管齊下，對堅決抵抗的蘇丹王宮發起進攻，他們一路上劫掠殺人。阿爾梅達的兒子洛倫索在進攻中身先士卒。防守的人從屋頂上將石頭投擲到狹窄的街道上，以減緩進攻者的推進速度。兩個在基爾瓦就表現出強烈熱情的方濟各會修士，在戰鬥中再次成了先鋒。在抵達宮殿時，他們爬上屋頂，豎起了一個十字架。
作為最後一個求助物件，斯瓦希里的防禦者驅趕出兩頭野生大象，讓它們加入戰鬥，但是它們並沒有阻止住葡萄牙人。他們盡情搶掠直到他們精疲力盡，他們找到了「大量昂貴的布料、絲綢、黃金、地毯和鞍褥，他們將其中一塊在任何其他地方都找不到的精美地毯與許多其他昂貴的東西一起，送給了葡萄牙國王」。阿爾梅達給他的船長們每人分配了一塊區域搶掠，劫掠品在王宮前面堆成了山，之後它們將按照等級被分配。這些東西多得都帶不走。
最後，蒙巴薩被付之一炬，以棕櫚葉覆頂的茅草屋使得點火變得更加容易。記錄顯示，「整座城市就像一個大火場，大火燒了將近一夜」。蘇丹和一些領頭的居民，在島嶼遙遠一端的棕櫚樹種植園中看到了這個場面。許多大房子在火焰中傾塌，「鉅額財富被燒燬，因為就是從這裡，與索法拉和坎貝的貿易取道海路繼續下去」。
撇開舊怨，被擊敗的蘇丹在一封寫給馬林迪統治者的信中，講述了這個事件：
阿里說，願安拉保佑你。我將告訴你的是，那位頭領經過這裡，把這裡付之一炬。他強力而殘忍地進入了這座城市，無論男人還是女人，年輕人還是老者，甚至是幼小的孩子，而且不管孩子有多小，都無一赦免……不僅人被殺死、燒死，連天上的鳥都被打落於地。城市中瀰漫著死人的惡臭，以致我都不敢踏入這座城市，沒有人能夠講明白或者估算出他們帶走了多少財富。