16、17世紀的葡萄牙人，除了改良戰爭中的殺戮方法和對宗教的狹隘偏執之情外，沒有什麼能教給印度人的。想必讓印度人對瓦斯科·達·伽馬或者他的後繼者的所作所為表示感激，是不可能的。
——潘尼迦《馬拉巴爾和葡萄牙人》，1929年（k.m.panikkar,citemalabarandtheportuguese/cite）
就在弗朗西斯科·德·阿爾梅達使印度洋意識到他的到來之前，開羅的埃及蘇丹和他的土耳其君主決定對基督徒的闖入發起全面挑戰。但是，由於挑戰必須在海上進行，他們要面對很多困難。第一個困難就是需瞭解穆斯林艦隊將會遭遇哪種船隻。葡萄牙離東地中海很遙遠，而且土耳其人從來沒有近距離檢視過葡萄牙人的船隻。他們只從傳到埃及的報告中瞭解到那些法蘭克人擁有可怕的火力，並且使用它時毫不留情。
土耳其人馬上就會覺察到，往來於印度和阿拉伯半島之間的商船在戰爭中毫無用處，因為這些船的外殼太脆弱，以致無法承受能夠對付葡萄牙人艦船的大槍炮。整個印度洋地區都沒有適用於戰爭的船隻。唯一的解決辦法是在紅海沿岸建立一支艦隊（土耳其人還沒打到波斯灣），從那裡駛進印度洋與葡萄牙人交戰。
有人提出瞭解決辦法，但是困難重重。埃及和阿拉伯半島都不生長能夠製造遠洋航船外殼的木材，必須用貨船將安納托利亞或者巴爾幹半島的木材穿越地中海運到埃及，然後用駱駝運到紅海港口。炮和炮彈也得從土耳其運過來，因為統治埃及的馬穆魯克軍事集團認為槍炮只能用於陸上防禦。馬穆魯克對海戰嗤之以鼻，執迷於榮譽與騎士精神，不久他們就將招致毀滅。
儘管不久前，即1499年，在希臘城鎮薩皮恩察附近的一場海戰中，260艘土耳其單層甲板大帆船擊敗了170艘威尼斯船，但是威尼斯人知道，此時是土耳其人向他們求助的時候。在把葡萄牙人驅逐出印度洋這一點上，雙方具有共同利益。他們也都意識到，他們在作戰中使用的典型的地中海單層甲板大帆船對於「移動的要塞」將毫無用處。在儘量靠近敵船以便士兵能夠有機會登上它們，投入近距離作戰之前，他們的船隻早就被炸成碎片了。
威尼斯人曾經想勸說埃及人挖掘一條貫通蘇伊士地峽的運河，這是船隻進入印度洋的一個最簡便的方法。但是他們擔心蘇丹會懷疑他們是想為自己的貿易開通一條路線，所以打消了這個提議。威尼斯方面給蘇丹提了一些關於葡萄牙人的建議，它們是依據威尼斯在里斯本的間諜萊奧納爾多·迪·卡馬薩獲得的訊息提出的。威尼斯也允許他們砍伐達爾馬提亞森林裡的木材，將它們用船運到蘇伊士。最後，威尼斯還提供了一隊槍手供蘇丹支配。
當埃及在西奈半島的凸巖上建造12艘大戰艦時，阿爾梅達正在印度海岸毫無阻礙地來回航行，他於1505年10月就抵達了那裡。他最先到達的地方之一是科欽。儘管他們曾一度為逃避扎莫林的軍隊而在一座印度教寺廟中尋求庇護，但是科欽的王侯還是對葡萄牙表現出忠誠。一座統領海港的木製要塞在對抗由杜阿爾特·帕切科指揮的葡萄牙守備部隊時遭受嚴重挫折。他們試圖用飢餓迫使守備部隊投降，但是帕切科綁架了科欽的穆斯林商人頭領，把他作為人質，直到對方把糧食送過去。城外，一支人數不多的葡萄牙軍隊，守衛一道河流渡口已有3個多月，直到卡利卡特的軍隊遭遇慘重損失而撤退。為了慶祝勝利，他們將海邊的一座清真寺摧毀，在原址建起一座教堂。
在基爾瓦蘇丹額頭短暫佩戴過的黃金王冠，此時被置於科欽王侯的頭上。但是阿爾梅達很快發現，在舒適的休整之後，他深陷於印度大陸的政治旋渦之中。從表面上看，卡利卡特是以其都城「勝利之城」命名的印度南部的印度教大帝國——維查耶納伽爾王朝——的一部分。但是，實際上卡利卡特幾乎完全獨立。在維查耶納伽爾王朝看來，扎莫林是圍繞在他周圍的穆斯林商人的傀儡。而且，維查耶納伽爾王朝時不時受到北方伊斯蘭王國的攻擊，因而國王幾乎對南方几百英里之外的胡椒港口發生的事毫不關心。起初，葡萄牙人希望煽動國王攻擊卡利卡特，可是這種想法總是不現實的。
如果他的軍隊規模更大，阿爾梅達會把它提供給維查耶納伽爾王朝，一起對付他們的穆斯林敵人。他不敢這樣做，因為他是葡屬印度應該是一個純粹的海洋帝國，在陸地上只有幾個戰略要塞的理論的最強有力的支援者。葡萄牙人對他們知之甚少的印度內陸王國感到困惑。為了與維查耶納伽爾王朝締結同盟關係，他們做出的最有可能的舉措是和蒂莫雅交朋友，他是一個強有力的海盜和僱傭兵，他將馬匹運過海洋，提供給王侯的騎兵。
阿爾梅達此時將葡萄牙艦隊中的幾艘船交給他的兒子洛倫索，讓他作為這幾艘船的隊長，並且鼓勵他獨立行動。在基爾瓦和蒙巴薩，洛倫索的表現就已經使他像是一個真正的征服者。洛倫索從卡利卡特北部一個友好的港口坎納諾爾的一個間諜處得知，扎莫林正在認真備戰：瓦斯科·達·伽馬第二次遠航時的兩個逃亡者——皮耶羅·安東尼奧和若昂·馬里亞，已經在卡利卡特建立了一座鑄造廠，製造出了500門加農炮。
得知這個訊息，洛倫索似乎顯得有點亂了方寸。在尋找距離印度西南端500英里的馬爾地夫群島時，他發現自己實際上處於印度東南端的錫蘭。錫蘭最終將成為葡萄牙的一個殖民地，但是此時他沒有時間去征服它。
與洛倫索相比，他的下級貢薩洛·瓦斯犯的錯誤更有意一些。他攔截了一艘屬於坎納諾爾一位領頭商人的船隻。這艘船持有葡萄牙的通行證，可以在外海航行，但是瓦斯宣稱這張通行證是偽造的。他劫掠了船上的貨物，下令殺死船員，把屍體縫在他們的船帆上，然後將他們與船隻一同沉入海底。結果，那張船帆裂開，屍體被海水衝到了岸邊。坎納諾爾的統治者非常驚駭，以至他改變了與這些基督徒做朋友的想法，轉而成為他們的死敵。
葡萄牙人的暴行已經使他們在整個印度洋遭人憎恨，他們應得的懲罰似乎也即將降臨。1507年初，土耳其人已經完成了紅海入口處艦隊的建設。這支艦隊的指揮官是阿米爾·侯賽因，因為他們早就聽說印度和阿拉伯半島無武器的船隻和無防備的港口受到破壞的訊息，所以艦隊剛組建好，他們就即刻出發。儘管出發時很快，但是之後侯賽因的艦隊行進緩慢。他的12艘船裝載了1500人和他們的武器，以及土耳其人能夠組裝出的最好的大炮。
穆斯林的艦隊中途停留了數次，花了8個月的時間完成了他們的航行，他們先是南下紅海，接著沿著葉門和阿曼海岸向東航行，之後穿過波斯灣入口，到達印度北部。這一路上他們沒有遇到葡萄牙人。侯賽因向南越過印度河三角洲，然後在繁榮的第烏島拋錨。第烏是一個理想的基地，因為它位於卡提阿瓦半島的南端，卡提阿瓦半島是穆斯林統治的古吉拉特王國的一部分。第烏的戰略意義對於葡萄牙人也十分明顯，以至葡萄牙人已經決定把這個島（等他們佔據它的時候）變為他們在印度洋上的一個戰略要地。
歡迎侯賽因艦隊的是馬利克·艾亞茲，他出生於俄國，是第烏的總督。他的經歷不同尋常。他還是一個孩子時就被土耳其人抓住，成為一名奴隸，皈依了伊斯蘭教，之後他跟隨一批商人到達了印度。在那裡，因為他的出色箭術給古吉拉特的穆斯林國王馬哈茂德·沙阿一世留下了深刻的印象，這為他贏得了自由。他被提拔為第烏的總督，把這座島變成了印度北部經營得最好的貿易港口之一。儘管古吉拉特國王對這件事情不怎麼感興趣（他的繼任者巴哈杜爾·沙阿則嘲笑海戰是「商人的事務」），但是艾亞茲向侯賽因承諾會對他鼎力相助，讓他放手去做。艾亞茲在接下來的衝突中將扮演一個狡猾的角色。
與此同時，卡利卡特的扎莫林正在那兩個基督徒背叛者的協助下，準備100艘裝備火炮的輕快船隻。這些船隻將沿著印度海岸航行700英里，為穆斯林戰船運送食物。一旦開戰，它們也會提供支援。侯賽因越來越自信，他從第烏南下冒險，而洛倫索·德·阿爾梅達正指揮葡萄牙艦隊北上到這片區域。
洛倫索已經聽說了附近有一支大船隊的傳言，並且認為他們是葡萄牙人。他進入了焦爾港，當侯賽因襲擊他的時候，他毫無準備。對方人數超過葡萄牙人，在黃昏降臨時，戰鬥開始了。洛倫索的船長們敦促他在黑夜的掩護下逃跑，因為這個時候相對勇猛來說，慎重似乎更重要。但是對於小阿爾梅達，他擔心他的父親會因為他的懦弱而指責他，所以他拒絕聽從他們的請求。而穆斯林的船隻在黎明時分重新開始進攻。洛倫索一開始被一顆炮彈擊中大腿，但是他命令他的人用旗艦的旗杆將他的腿綁上，以便於他能夠繼續指揮戰鬥。之後，第二顆炮彈擊中了他的後背。旗艦沉沒，剩餘的葡萄牙軍隊向南撤退，140人死亡，更多人淪為俘虜。（從卡利卡特派來的艦隊指揮官也在戰鬥中陣亡；穆斯林在岸邊為他的遺體建造了一座宏偉的墳墓，他因為對抗基督徒而受人崇拜。）
當洛倫索陣亡的訊息傳到總督那裡，他發誓一日不報仇，就一日不剪掉他的鬍鬚。「他們吃了‘小公雞’，」他說，「現在他們必須要嚐嚐‘大公雞’。」
弗朗西斯科·德·阿爾梅達花費了一年的時間，才到達穆斯林艦隊的大炮射程之內，但是在此期間他謹慎地與第烏的總督馬利克·艾亞茲取得聯絡，敦促他改變立場，站到葡萄牙人的一邊。這位總督面臨一個困難的選擇：公開選擇背叛他的穆斯林夥伴，意味著一旦他們獲勝，他就會被判處死刑；但是公開支援他們的話，如果他們失敗，有朝一日葡萄牙人進攻第烏時，他就會成為他們報復的目標人物。由於擁有18艘船的葡萄牙人比擁有10艘船的侯賽因獲勝的可能性更大，艾亞茲冒著極大的風險違背了他在一年前對土耳其人許下的承諾。
1509年2月2日，阿爾梅達到達了第烏，發現穆斯林的艦隊在那裡列隊停泊，還有一大群小船也在那裡停駐。雙方都知道，這場戰鬥將決定誰在未來的許多年裡控制印度洋。失敗帶給阿爾梅達的，不僅是作為第一任葡屬印度總督的恥辱，而且很可能是最後一任，最好的情況也就是，經過每一位小王侯的許可，葡萄牙人在未來被允許在馬拉巴爾海岸的港口進行貿易，但即便是這種情況的可能性都很小，因為他們已經深切遭人憎恨。
對穆斯林而言，勝利將把他們帶回印度和紅海之間的港口自由貿易、不受干擾的時代。勝利還會打破在基督徒身周升起的無敵光環，並且給了穆斯林時間，為阻止基督徒試圖返回印度洋做好準備。
然而，阿爾梅達和他的人在次日早上發起的進攻的結果毋庸置疑：他的艦隊一再擊潰侯賽因防禦線的兩側，從側舷向侯賽因的艦隊開火，而對方的回擊根本無法與他們相抗衡。葡萄牙的船隻有些配備了多達40臺的大炮，這些大炮遠遠高出水面，所以它們可以從上往下向敵人拋擲炮彈。
經歷數個小時，侯賽因的防禦線被撕碎。在第烏島，馬利克·艾亞茲作為一個消極的旁觀者，對於基督徒的進攻未發一炮。他的船隻在射程之外，因而安然無恙。為了慶祝勝利，葡萄牙人展現出了他們慣常的殺戮欲：只要有穆斯林的船隻沉沒，他們就下到小船上砍殺那些在水裡掙扎的敵人。畢竟，失敗的結局不可避免，土耳其人投降了，他們的剩餘船隻起錨逃跑。當侯賽因告訴君士坦丁堡的蘇丹這場戰鬥是如何失敗的時候，他說第烏的總督在關鍵時刻背叛了他，而他原先是一個基督徒。
報完了「小公雞」的仇，阿爾梅達修剪了他的鬍子。葡萄牙人在此時此地獲得的勝利的意義，堪比在第一次布匿戰爭中羅馬艦隊戰勝迦太基人的勝利。此時，勝利的訊息必須要沿著印度海岸傳向各地的居民，他們必須被警告不要試圖挑釁葡萄牙人的槍炮。阿爾梅達幾乎沒花什麼時間就解決了接下來要做的事。儘管有很多人被殺死在水裡，但是還有一些俘虜被帶到第烏。所以，只要船隻到達一個港口，阿爾梅達就叫停，然後他們就處決一批俘虜。屍體被肢解，先是頭顱，後是胳膊和腿，都在城市中心被焚燒。