於是，這就開闢了一塊天賜的領土。國王趕緊派船到那地方去；把土人趕盡殺絕；為了搜刮黃金，折磨土人的國王下令准許進行一切不人道的、放蕩的行為，於是遍地染滿居民的鮮血。這一幫專做這種虔誠的冒險事業的可惡屠夫，也就是派去開導感化那些崇拜偶像的野蠻人的現代殖民者。
——喬納森·斯威夫特《格列佛遊記》
葡萄牙人在第烏的勝利對東方的影響，和穆罕默德二世在半個世紀之前佔領君士坦丁堡對西方的影響一樣巨大。然而，葡屬印度還沒有成為一個實體，它的船長們就像游牧民一樣在海上游蕩，無法登上任何一塊列於國王曼努埃爾名義下的領地。所以，當里斯本必須繼續制訂帝國的偉大計劃時，在印度洋獲取一塊安全的飛地是有必要的，因為他們不需要為獲取指示而等上18個月或者更長時間。這個地方還可以用來修理船隻、儲存軍需品，船員們可以在這裡暫時擺脫甲板下面狹窄惡臭的住宿環境，病患和傷員可以調養身體，死者也得以安葬。他們需要的不僅是一個堡壘，還是一個殖民地。
兩個具有明顯可能性的地方是東非和印度西部，葡萄牙人可以奪取它們的良港和周邊土地，然後宣稱對它們具有所有權。然而，非洲已被證明是充斥大量致命熱疫的地方：阿爾梅達激動地寫信告訴曼努埃爾，他們建成了基爾瓦要塞，但是僅僅7年後，他們就不得不遺棄它。在大陸的更南方，在索法拉和莫三比克建立的小型貿易站試圖為剛剛繞過好望角的船隻提供救助品，但是這些船隻通常發現，岸上的死者和瀕死之人比他們船上的還要多。
因而，葡萄牙人很快決定，在印度西部建立一個殖民地更加合理。而且，印度是香料的生產地，葡萄牙人還需沿著海岸來回巡邏，以追捕那些膽敢挑釁通行法令的「麥加船隻」。但是印度的財富和人口是他們需要解決的問題。儘管葡萄牙人輕視他們自身之外的任何戰鬥力量，但是他們知道印度統治者能夠以幾乎無限的人力防守他們的領地，並且他們足夠富有，能夠以火繩槍、馬匹和大象裝備他們的軍隊。
曼努埃爾的一些近臣繼續爭論說，葡萄牙想在好望角以外的地方建立殖民地的想法是錯誤的。僅僅是建立和守衛這些堡壘就會削弱葡萄牙的海上力量。炎熱、壓抑的堡壘不得人心，因為它會使得他們沒有機會進行突襲和劫掠，而這恰恰是印度對葡萄牙人的主要吸引力：除了防禦來自陸地或者海上的突然襲擊，他們只能以觀測視野之內求救的葡萄牙船隻，來度過幾個月的無聊日子。
曼努埃爾嘲笑那些因為費用和危險而反對建立殖民地的人，而且西班牙人已經在新世界建立了殖民地，這是威望的象徵。所以，在阿爾梅達從印度洋回國、去世後不到一年，曼努埃爾直接下令佔領果阿島。完成這件事的人是阿爾梅達的繼任者、葡屬印度的真正建立者——阿方索·德·阿爾布開克。他通常被稱作「偉大的阿方索·德·阿爾布開克」，這個稱號是多年之後熱切編輯他寫給國王的多卷本書信集的兒子賦予的。
阿爾布開克是葡萄牙和西班牙混血，還有王室血統，他所受的教育是開創一番大事業。他的一個同時代人說，他身材高大，一身黑色裝束，「屁股上彆著一把飾有寶石的黃金匕首」。後來，他的灰色鬍子幾乎及腰。阿爾布開克對殺死穆斯林有狂熱的慾望，在50歲開始第一次遠航之前，他在北非征戰多年。他在科欽待了幾個月監督那裡的要塞建造，在1504年年中又回到了里斯本。
1505年春，阿爾梅達從葡萄牙起航，成為葡屬印度的第一任總督，而僅僅一年後，阿爾布開克就帶著自己的艦隊緊隨其後。這兩個人即將成為彼此的強敵：阿爾布開克從一開始就表現得十分自信，這表明他知道國王已經私下選擇他作為阿爾梅達的繼任者。對於如何統治葡屬印度，他也有自己的想法。
阿爾布開克的宗教信仰極其堅定，他對祭司王約翰仍懷有痴念，認為他已經做好準備，能夠與葡萄牙人聯合起來推翻伊斯蘭教，而這種念頭已被他的大多數同時代人所拋棄。他夢想將衣索比亞作為摧毀麥加的一個基地，還談到了從馬德拉引入工程人員，改道尼羅河，使之注入紅海，以迫使埃及人因飢餓而投降的荒謬計劃。
1506年抵達東非海岸後，他實施了第一批舉措，其中之一是派兩個隨從和一個突尼西亞譯員上岸，命令他們向衣索比亞的統治者帶去國王曼努埃爾的問候。和其他擔負相似使命的葡萄牙人不同，他們可能在海上找到了一條通道。通過相同的路徑，曼努埃爾從為衣索比亞王儲攝政的年邁的太后海倫那裡得到了答覆。她給曼努埃爾的信是以阿拉伯語和波斯語寫成的，在信中她用「海上騎士，異教徒和穆斯林的征服者與壓迫者」稱呼對方，還信誓旦旦地保證與歐洲的基督徒建立戰無不勝的軍事同盟。
此時出現的關於衣索比亞的真相併不能阻止阿爾布開克。他寫信給曼努埃爾，宣稱祭司王約翰「擁有大量馬匹和大象」。他的王國疆域廣闊，「遠及索法拉和摩加迪沙、蒙巴薩、馬林迪的海岸」。它還在非洲的另一端遠抵大西洋。他擁有許多金礦，而那些彙集在索法拉、最後運抵印度洋的黃金，則來自臣服於祭司王約翰的國家。這些都是阿爾布開克一廂情願的想法，混雜了各種資訊，它們來自毛羅的世界地圖，與阿爾布開克在實際事務中遇到的嚴酷現實形成鮮明的反差。
在1507年的上半年，阿爾布開克和他的親戚特里斯坦·達·庫尼亞（南大西洋海域的一個島嶼的發現者，這個島嶼仍然以他的名字命名）沿著東非海岸航行，期間阿爾布開克展現了他的冷酷無情。他們率領的兩個全副武裝的艦隊的船隻超過了12艘。當他們在友好港口馬林迪停駐時，那裡的蘇丹暗示他們最好能夠幫忙懲罰他的一個敵人——海岸更北方的城鎮霍賈的謝赫。阿爾布開克和庫尼亞根本不需要鼓舞就樂於對付這個敵人：他們在霍賈附近拋錨，以葡萄牙國王的名義要求那位酋長投降。
這位謝赫是蒙巴薩蘇丹的親屬，他派人送信回覆說，他唯一的君主是開羅的哈里發。他不想與襲擊和殺害印度洋上合法做生意的和平的商人的基督徒有什麼關係。對於這樣的挑釁，這兩位指揮官只有一個回答：第二天一早，他們分別率領一支分遣隊，如暴風雨般登上岸。居民無法抵抗這樣的暴行。他們逃進灌木叢，而謝赫和他的近臣在棕櫚樹林中拼死抵抗，但節節敗退。阿爾布開克親自處決了謝赫，對此他感到很滿意。城鎮被洗劫一空，然後被付之一炬。幾個士兵甚至過於專注搶劫以致被大火吞沒。
在拉穆，葡萄牙人沒有遇到抵抗。統治者惶恐不已，答應只要能夠赦免他的城市，他就每年納貢。由於手頭沒有非洲的黃金，他用威尼斯達克特上交了第一批款項，威尼斯達克特是那個時候整個印度洋地區都認可的一種貨幣。他們向紅海航行的下一站是布拉瓦，那是一座石頭城，統治著乾旱的索馬利亞海岸。這一次，數千居民沿著海岸行進，以展現他們的力量，但是他們也應葡萄牙艦隊的要求，派出使者回應「和平會談」的事宜。當會談遇到阻力時，葡萄牙人以淹死使者相威脅，以便試探他們是否有什麼秘密計劃。威脅起到了作用，使者透露布拉瓦的蘇丹希望能夠拖延會談，因為西南季風隨時會吹過來，而這會使葡萄牙的船隻儘快離港。
這時候，在一些軍官的敦促之下，兩位指揮官無奈下令起航。但是，阿爾布開克堅持認為布拉瓦必須受到懲罰，他對葡萄牙人戰鬥精神的自信很快得到了證實。他們發動正面進攻，征服了這座城市，1000多個居民被殺死，而進攻者的折損則很少。他們對這些房屋的劫掠持續了整整3天。他們砍下穆斯林婦女的手指、胳膊和耳朵，以獲得她們佩戴的數以百計的昂貴戒指、手鐲和耳環。唯一的不幸是他們損失了一艘裝滿劫掠物的小船，還有一位高階教士也淹死了。
在幾次突擊過後，包括一次對紅海入口附近的索科特拉島的突擊，兩位指揮官分頭行動。特里斯坦·達·庫尼亞南下前往馬拉巴爾以裝載香料，而阿爾布開克選擇了遠離還在印度洋做總督的阿爾梅達的路線。在1507年餘下的時間裡，他沿著阿拉伯半島的海岸線航行，他用自己7艘船上的大炮對到達的每一個港口都造成了毀滅性的打擊。在一封寫給阿爾梅達的信中，他吹噓自己是如何佔領並劫掠了馬斯喀特，燒燬了港灣裡的所有船隻，然後又燒了這座城市：「這座城燒起來非常慢，因為這裡的所有房屋都是用石頭和灰泥建造的，還有一些房屋是用石頭和泥建成的，外牆粉刷成白色，非常漂亮，也非常堅固。」
他最大的勝利是在霍爾木茲取得的，那是兩個世紀以前馬可·波羅拜訪過的波斯灣入口處的一個古老的貿易城市。他的艦隊船隻的數量遠不及對方（阿爾布開克有誇大的嗜好，但是即便考慮到這一點，獲勝的希望也十分渺茫），但是大炮造成的影響也使他的敵人恐慌。數百人跳入水中，「這真是一個令人吃驚的場面」。和往常一樣，葡萄牙人下到他們的小船上，揮舞他們的長矛：「我們在水中殺死了數不清的人，其他因為身負武器而下沉的人，都淹死了。我毫不誇張地告訴您，那天有一個人竟然在水中殺死了80個人。」
這場勝利之後，阿爾布開克從12歲的霍爾木茲統治者賽義夫·丁那裡榨取了一個承諾,從此以後，他將是葡萄牙的一個封臣，此時他由一位宦官攝政。他也同意每年用黃金上交一大筆貢賦。阿爾布開克想要佔領霍爾木茲，但是他沒有足夠的軍隊，他所能做的最大限度的事是震懾周邊的城市。他們切掉婦女的耳朵和鼻子、男人的鼻子和右手。最後，他們炮轟霍爾木茲，直到彈藥不足才停止。
阿爾布開克想在這座城市附近建一座要塞，但是他艦隊裡的船長們激烈反對這個想法，因為這個地方貧瘠荒涼，天氣又熱得讓人難以忍受。他們想要繼續航行，進攻和掠奪其他城市。很快，5艘船找藉口拋下了他，只剩下他自己的船和另一艘船，之後它們繼續航行以便加入阿爾梅達的艦隊。
阿爾布開克註定要成為葡屬印度最著名的總督，但是他卻永遠也無法擁有總督這個頭銜，儘管他擁有王室血統。國王曼努埃爾仍然信守諾言，在他有生之年只有阿爾梅達能擁有總督的頭銜。但是，當繼任者來到阿爾梅達面前，對他說是時候移交權力了，阿爾梅達雖然清楚自己的獨特地位，但他還是被激怒了。他讓人逮捕了阿爾布開克，並且把他發配到印度南部的一座要塞，讓人嚴密守衛，直到里斯本送來令人信服的證據，說明他說的是真的。
阿爾布開克被監禁了好幾個月，直到一艘載著費爾南多·科蒂尼奧的船到來。他被授予葡萄牙元帥的頭銜，而且巧合的是，他是阿爾布開克的親戚。科蒂尼奧從國王那裡帶來的檔案使阿爾梅達清楚地意識到他的總督時代結束了。
阿爾梅達立刻前往歐洲，但是在好望角附近的薩爾達尼亞海灣附近，他們停下來補充淡水和給養。就在停泊期間，阿爾梅達的私人奴僕上岸，羞辱了兩個科伊村民以致被打掉了牙齒。阿爾梅達決定發動一場懲罰性的突襲，期間他的人抓住了一群兒童。在他們返回海岸的途中，突襲隊伍遇到了村民的伏擊，他們被丟失孩子的事情激怒了。
他們用密集的石頭、棍棒和箭鏃殺死了50個葡萄牙人。第烏的勝利者被一支標槍穿過喉嚨，雙膝跪地，死了。
與此同時，阿爾布開克的解救者將里斯本的指示交給他，要求他佔領果阿。這座港口位於印度西部海岸中心的一座島上，皇家委員會精明地選擇它作為葡屬印度的一個理想的主要基地。科蒂尼奧自己還另有任務：指揮聽命於他的15艘船和3000人進攻卡利卡特，直到它徹底投降。這是葡萄牙單次派往印度洋的最大的一支軍事力量。科蒂尼奧是一個徹底的行動派，他不顧阿爾布開克的保留態度，決定先攻擊卡利卡特，稍後再處理果阿。
在卡利卡特登陸沒有遇到任何困難，元帥非常自信，他脫下了頭盔，換上一頂帽子，然後將劍和長矛交給他的男僕。他說：「我只要手裡有根藤條，就能帶領我的人佔領扎莫林的宮殿。」後來，他回到里斯本向國王彙報，「他們誤導他，讓他對著名的卡利卡特城感到畏懼是多麼的錯誤，那裡只有身材矮小且赤身裸體的黑人，拿著武器和他們作戰很不體面」。元帥發表了一番冠冕堂皇的言論之後，就帶著他的400個部下前往宮殿，留下阿爾布開克斷後。
與他同時代的編年史家加斯帕爾·科雷亞描述了當時的場面：「元帥穿過的街道非常狹窄，就像鄉間小徑一樣，街道兩側是半根長矛高的石牆，在堅固的底座上方是房屋和棕櫚樹，人們踩在類似井裡臺階一樣突出的石頭上面，從街道上行到房子那裡。」
一路上猛烈戰鬥，葡萄牙人抵達了城市的主廣場。廣場中心是一些大房子，它們由雕刻繁複的木材建造而成，這些房屋裡住著外國派到卡利卡特的大使。守衛者拼命戰鬥，想要守住廣場，他們殺死了許多葡萄牙人。無論何時，只要他們得到屍體，他們就砍下頭顱，並且即刻送給扎莫林。但是最終廣場還是被進攻者佔領了，他們放火點燃了它。
最後，他們抵達了宮殿。因為元帥發誓要把宮殿的大門作為戰利品帶回去送給國王，所以葡萄牙人用斧子砍倒了沉重的銅製鍍金大門。他們一進入宮殿，大多數葡萄牙士兵、水手和奴隸就不由自主地開始搶劫「昂貴的白色亞麻、絲綢、黃金、天鵝絨和麥加的錦緞」，接著他們不遺餘力地將這些掠奪品拖拽回海灘。