元帥還在努力前進，決意前往據說藏著扎莫林財寶的內室，他的隨從砸碎了擋在他們前方的閃閃發光的銅門。許多拖拽著掠奪物穿過街道的葡萄牙人受到了伏擊並被殺死，但是宮殿裡的元帥似乎沒有意識到，他即將與向海港裡的船隻撤退的任何一支隊伍完全分開。
阿爾布開克到達王宮並且喊道：「我以國王的名義要求你撤離，如果我們再在這裡多待一分鐘，我們就都會成為死人！」元帥停下來只是為了放火燒燬王宮，但是在返回海灘前他被殺死了。阿爾布開克兩次負傷，在失去意識的情況下被抬回到船上。葡萄牙人為他們在印度的土地上上演的第一次陸上進攻引起的所有混亂，付出了高昂的代價。關於這次撤退的記憶像一塊石頭壓在阿爾布開克的心中，他決心為他親屬的死報復扎莫林。然而，這個時候他不得不加緊完成國王派給他的個人任務。
和海洋另一端的蒙巴薩一樣，果阿幾乎是一個完全被大陸環繞的島嶼，它的航道為船隻躲避暴烈的季風天氣提供了安全的停泊處。被阿爾梅達在第烏擊敗的土耳其艦隊中倖存下來計程車兵和幾艘船，正在果阿避難。阿爾布開克認為在埃及援兵到來之前，這是佔領果阿的關鍵時機。那裡的大多數居民是印度人，但果阿是強有力的比賈布林蘇丹國領地的一部分，它的新統治者是伊斯梅爾·阿迪勒·沙阿。對於阿爾布開克，幸運的是，幾乎所有防守島嶼的軍隊都被阿迪勒·沙阿撤回，去協助他治下一個遙遠地方的戰役了。在航行前往果阿的途中，阿爾布開克遇到了那位友好的海盜——蒂莫雅，他說這是發動進攻的理想時機。
的確，事實證明這是一場輕鬆的征服，但是當這座城市任他擺佈的時候，阿爾布開克展現出他對暴行的鐘愛，而那是他在摩洛哥的長年征戰教會他的。聖誕節前3天，他寫信給曼努埃爾：
之後，我燒燬了這座城市，殺死了城裡的每一個人，您的人持續屠殺了整整4天。無論我們在哪裡找到他們，我們都不會放過任何一個穆斯林。我們把他們的屍首堆滿清真寺，然後放了把火……
我們找到6000個穆斯林，男人和女人都有，還有許多步兵和弓箭手也被殺死了。陛下，這的確是一場偉大的勝利，仗打得漂亮，而且取得了徹底的勝利。且不說果阿是一個如此偉大和重要的地方，我們終於成功地為陛下和您的子民向背信棄義和邪惡的穆斯林復仇了。
（阿爾布開克可能誇大了他的所作所為，以便強調他十字軍東征般的熱情，因為有證據表明，許多果阿的年輕婦女無論信奉何種宗教都活著離開了那裡，但是他確實很容易就生出殺戮之念。）
這位新的總督發誓，只有基督徒和印度人被允許住在這座他即將興建的新果阿城裡。他的設想是在熱帶建造一座葡萄牙城市，這座城市要有自己的大教堂、法庭、政府建築、噴泉，以及給政府官員和富商居住的優雅房屋。但是一個首要的問題是完全缺少基督徒家庭，因為在早些年從里斯本前往印度的航行是不允許攜帶婦女的。所以在這個時候，阿爾布開克做了一個影響葡萄牙帝國始終的決定：果阿的人口將由葡萄牙男人娶印度女人所產生的天主教徒後代構成。
阿爾布開克發現他不缺願意參與到這項實驗中的人。儘管他寫信給國王，說第一批志願者都是「出身高貴且具有紳士風度」的人，但是實際情況是，他們是不適合繼續服役的緩期死刑犯，以及低階工匠和水手。由於航海的條件很惡劣，生存的希望又十分渺茫，出海的人基本都是葡萄牙社會地位最低賤的人，對他們而言，在果阿得到總督的祝福和支援的新生活是他們渴望抓住的機會。每個人都被給予一匹馬、一所房子、一些土地和牲畜。
針對這個具有重要歷史意義的創舉而被挑選出來的女性，她們的真實感受沒有被記錄下來。但是阿爾布開克對於那些女性有特別要求：她們的容貌要漂亮，還得是「白人」。他拒絕立即接收任何來自印度南部的潛在新娘，因為她們膚色更深而且「放蕩」（葡萄牙作家總認為膚色深是卡利卡特人的一個特徵，而據尼科洛·德·孔蒂的觀察，卡利卡特的婦女更傾向於一妻多夫制，所以葡萄牙人普遍認為膚色深的女性更淫蕩）。
除了計劃建設一個新果阿和創造基督教社會的核心家庭（「那裡一共有450人」），阿爾布開克還積極投入更具有爭鬥性質的事務。他帶領一支艦隊向東穿過印度洋，到達馬六甲（現在是馬來西亞的一個港口），襲擊那裡的穆斯林統治者，確保葡萄牙壟斷來自印度尼西亞和中國的所有貿易。他遇到了頑強的抵抗，但是最終大炮的威力及其士兵的勇敢無畏使他們取得了勝利。控制馬六甲和蘇門答臘島之間狹窄海峽的好處之一，在於使那些仍然反抗葡萄牙人統治的印度洋港口，從此時開始無法從中國獲得任何商品。
當阿爾布開克返回印度時，他將面對更多的爭戰，因為憤憤不平的比賈布林統治者派到島上的3000人正在攻擊果阿。在組建起一支相同數量的軍隊之後，阿爾布開克下令鳴響城中所有的鐘。然後，他帶領軍隊作戰。當他站在一塊石頭前觀察士兵的作戰情況時，一位副官敦促他立刻移身到石頭後邊。他剛轉移到石頭後邊，他旁邊的一個人就被一顆炮彈擊中身亡，血濺了他一身。（阿爾布開克留下了那顆炮彈，指示說，他死後，要把這顆炮彈包上白銀，裝在寶石裡，做成一盞燈，然後把它供奉在果阿的教堂裡。）
將敵人困在一座要塞中，並持續不斷地轟炸他們之後，葡萄牙人向對方喊話，如果他們交出所有的槍炮和馬匹，就允許他們安全離開這座島。阿爾布開克還對敵軍的總指揮拉蘇爾汗強加了一個條件：他必須交出那群投靠了穆斯林的基督徒「叛徒」。拉蘇爾汗說他不能這樣做，因為這違背了他的信仰，但最終他還是同意了，因為阿爾布開克承諾不殺那些叛徒。於是，他們被交給了阿爾布開克。當他們落到阿爾布開克的手中時，他們的確沒有被殺死，但卻被以怪異的方式切斷肢體。
即便以那個時代的標準來看，這樣的懲罰也是極其殘忍的。在史詩《盧濟塔尼亞人之歌》中，卡蒙伊斯譴責阿爾布開克懲罰一位年輕軍官。這位軍官名叫羅德里格斯·迪亞士，他在與果阿戰鬥中被俘獲的穆斯林女人玩樂時被抓了個現行。卡蒙伊斯提到迪亞士的時候說，「他唯一的罪責就是年輕人因精力過剩而導致的意志薄弱」。無視其他讚賞迪亞士在戰鬥中英勇無畏的軍官的求情，阿爾布開克判處迪亞士絞刑。在執刑的那一刻，激奮的支援者割斷了吊死迪亞士的繩子，再次為他求情。阿爾布開克快速鎮壓了這次騷亂，幾個軍官被戴上了鐐銬，眼看著迪亞士被執行了死刑。
在全力投入印度事務之際，阿爾布開克仍然堅持不懈地在衣索比亞尋找盟友祭司王約翰，他們要一起對付麥加。一個叫作馬修的人，帶著他的兩個妻子和一大群隨從到了印度，他說自己是衣索比亞皇帝的大使。這件事激發了阿爾布開克對於衣索比亞的期望。馬修還隨身帶著一塊薄木片，聲稱它來自耶路撒冷的「真十字架」（只要砍倒一小片森林，就有足夠多的「真十字架」可以流通）。很多見過馬修的人懷疑他是個騙子，但是阿爾布開克堅決認為他沒有騙人，一有便船就將他派往裡斯本。除了自己的妻子遭到船上的軍官引誘之外，馬修安然抵達里斯本。國王曼努埃爾也相信他說的話，而且當馬修呈上十字架的碎片時，還流下了眼淚。
回到果阿，到1513年，阿爾布開克帶著20多艘船和3000人，已經做好前往紅海冒險的準備。這是一個危險的使命，因為紅海就像是一個窄頸瓶（曼德海峽被恰當地形容為「淚之門」），如果敵人能夠控制南部的海峽，那裡總是存在被敵人困住的風險。要是能夠趕上相反的風向，這種情況在一年之中只有幾個星期，船隻就可以毫無困難地進入海峽，並且安全離開。阿爾布開克採取的第一個行動是對位於紅海入口處、強有力的亞丁要塞發起攻擊。葡萄牙人一直想要奪取亞丁，這樣就可以對任何試圖向埃及運送香料的穆斯林船隻實施有效封鎖。
這次進攻徹底失敗，因為進入要塞的唯一辦法是使用雲梯，而云梯則因為承受不住士兵的重量一次次斷裂。數次嘗試後，在極度炎熱的天氣條件下，葡萄牙人不得不撤退。他們遭受了巨大損失，唯一讓他們滿意的是他們燒燬了港灣裡所有阿拉伯人的商船。
阿爾布開克沿著紅海東側航行越過亞丁200英里，然後下令船隻在葉門海岸附近拋錨。那裡沒有什麼風，只有一艘能夠跨海航行到衣索比亞的輕快帆船。人們開始死於熱疫，船隊急需突發事件來提振士氣。幸運的是，一個奇蹟發生了：
之後，在我們拋錨的時候，祭司王約翰的國家上空出現了一個跡象，一片雲層下面有一個看上去閃閃發光的十字架（阿爾布開克派人給國王送了一幅畫）。當雲層靠近十字架時就散開了，雲層沒有觸碰到它或者使它的光亮變暗。幾條船都見證了這個場景，很多人還跪下來頂禮膜拜，其他人則感動得流淚。
我從這個跡象斷定，我主對我們的遠航感到滿意，他用這個跡象告訴我們去哪裡可以更好地為他服務。儘管我認為我們可以搶風航行，但是與沒什麼信仰的人一樣，我們也不敢航行去往那裡。我已是一個老人，人類的本性和偏好戰勝了我的意願，所以就出了差錯。
艦隊的飲用水即將用完，阿爾布開克不得不在沒有取得什麼戰績的情況下從紅海和亞丁撤軍，除了收集到土耳其人還沒有在蘇伊士開始建造另一支艦隊的報告。但是，他寫信給他的國王，言辭誇張：「我認為通過我們在紅海的遠航，陛下給予了穆斯林百年以來最沉重的一擊。」如果葡萄牙人能夠在衣索比亞建立據點，他們將獲得祭司王約翰的所有黃金：「數額太大，我都不敢說了。」
在返回果阿的途中，阿爾布開克改變了航行方向，他沿著阿拉伯半島的海岸航行，前往霍爾木茲，享受了他的最後一場勝利，以此作為在亞丁失敗的安慰。他一到霍爾木茲就發現那位年輕的國王賽義夫·丁此時深受一位波斯大臣賴斯·哈米德的影響，而那位大臣表現出對葡萄牙人的敵意。阿爾布開克此時更加確信要在霍爾木茲建設一座要塞，幾年前他被迫放棄了這個計劃。他還決意從這座城市收取這兩年未交付的貢賦。
當他的艦隊在港口拋錨的時候，阿爾布開克自己已經投入到一場智力比拼中。賴斯·哈米德是一位令人畏懼的敵人，他總是伴隨國王左右，敦促他拒絕葡萄牙人的要求，很明顯，唯一的辦法就是殺死他。令人沮喪的是，這位年輕的波斯人拒絕受制於阿爾布開克。一天天過去了，他逃過了每一個圈套。最後，阿爾布開克勸說國王帶著賴斯·哈米德來參觀還未建成的要塞。
阿爾布開克讓他的人全副武裝並且隨時待命，特別是他的侄子佩羅·德·阿爾布開克。所以，在國王和他一小群未武裝的隨從進入要塞之後，大門在他們身後靜悄悄地關上了。賴斯·哈米德意識到了危險，他想轉身離開，他還勸誡國王也離開，但是此時已經無法出去了。
賴斯·哈米德被帶到阿爾布開克面前。很快，他將這位年輕的波斯大臣推離自己身邊，並且喊道：「殺了他！殺了他！」手裡握著匕首的佩羅·德·阿爾布開克首先衝上前去，猛攻賴斯·哈米德，「他在須臾之間遭到如此多的刺殺，以至在他喊出聲之前就死了」。阿爾布開克出於迷信背過身去，以避免看到死人的眼睛。他離開時對他的船長們說「這沒什麼，都過去了」。
年輕的國王看到賴斯·哈米德的屍體後，答應了阿爾布開克的所有要求。葡萄牙人不僅可以建成要塞，還可以佔領整座城市。生活在霍爾木茲的阿拉伯人都不允許佩帶武器。為了表明違抗他們的人將被如何對待，阿爾布開克在城市中心對6名企圖逃跑的自己人施以懲罰：他們被困在試圖用於逃跑的船裡，被活活燒死。
1515年4月，在霍爾木茲取得的勝利，成為阿爾布開克對東方的葡萄牙帝國奠基的最後一個巨大貢獻。他想在那裡待5個月監督要塞的建設，但是這超出了他精疲力竭的身體的負荷。在將要塞的鑰匙交給佩羅·德·阿爾布開克，並且告訴他將國王的兩個小兒子抓來當人質之後，他航行去了果阿。他的生命正在走向終結，當他聽說國王派了一位新的總督來取代他，接管他一手創造的帝國時，他遭受了最後一擊。據他的兒子說，他向自己喊道：「噢，蒼老的人啊，你就要走向墳墓！為了臣民，你已經招來了國王的不悅，為了國王，你又招致臣民的不悅！」
1515年12月15日，在黎明到來之前，當船抵達果阿港的入口時，阿爾布開克去世了，享年63歲。他在印度洋歷史上留下的痕跡是不可磨滅的。如果知道他最大的敵人——卡利卡特的扎莫林馬納·維克拉瑪——死在他的前面，他可能會感到滿意。他已經盡最大努力安排了一切。在他前幾年給國王曼努埃爾的信中，他寫道：「我基本可以確定，王位繼承者納姆皮阿迪裡毒死了扎莫林，因為在所有的信件中我都向他表明，如果他毒死扎莫林，我就會與他達成一份和平條約。」