不幸的是，就熱羅尼莫自己的利益而言，他此時有些過於葡萄牙化了。他戴著寬邊帽而不是包頭巾，穿著緊身上衣和緊身褲而不是白長袍，他不是當地的斯瓦希里人想要看到的領袖的樣子。他甚至和異教徒一樣吃豬肉。一位不知名的神父，在熱羅尼莫寫給教皇表衷心的信的開端將他描述為一個「統率摩爾封臣的基督徒國王」，還非常不吉利地引用了《聖經·舊約》中的《詩篇》第110首「你要在你仇敵中掌權」。
在兩種文化之間備受折磨，熱羅尼莫幾乎無法掩飾他內心的絕望。如果他不為自己的民眾所信任，耶穌堡裡的法蘭克人也不會信任他。1629年，貴族佩德羅·萊唐·德·甘博亞作為新任指揮官被指派過來。他偶然有了一個重大發現：蘇丹有半夜秘密前往墓地的習慣，而那座墓裡埋葬著他的父親，屍體沒有頭，他在那裡會「以摩爾人的方式」禱告。在這位指揮官看來，熱羅尼莫是一個叛徒，必須將他送往果阿接受審訊。
1631年8月初，萊唐·德·甘博亞做了這個決定，但是在他執行這個決定之前，蘇丹一定得到了某些暗示。8月16日，星期六，下午晚些時候，指揮官因為生病躺在自己的屋子裡。熱羅尼莫到達耶穌堡的大門口，請求拜訪他。這是一個奇怪的請求，因為這兩個人彼此之間懷有很深的敵意，以致於他們極少見面。但是，指揮官同意了蘇丹的請求，派人引領他進入自己的房間。這是一場很短的會談，很快蘇丹和他的一個侍從用胳膊抓住指揮官，刺死了他。
然後，他向等在堡壘外邊的一隊非洲弓箭手和阿拉伯士兵發出命令。他們射著箭、揮舞著刀劍，衝進入口。一進入主庭院，他們就開始不分青紅皂白地殺戮：指揮官的妻子和孩子是第一批受害者。大約50個葡萄牙士兵沒被立刻砍倒，他們驚慌失措，逃到了附近由奧古斯丁修會會士管理的教堂裡。到傍晚時分，一切都結束了。耶穌堡陷落，葡萄牙人在蒙巴薩的房屋被付之一炬。
勝利者不再自稱熱羅尼莫。回到宮殿，他丟掉葡萄牙服裝，穿上了斯瓦希里服裝，腰間還別上一把弧形匕首，宣佈自己是蘇丹優素福·本·哈桑，一個真正的穆斯林。之後，他返回耶穌堡。他向蒙巴薩的基督徒宣佈，只有一種方法才可以避免像堡壘中已經死去的人那樣的命運：他們必須皈依伊斯蘭教。但是，在那個時代，死亡是比變節更好的選擇。甚至妻子也反對優素福，就算不顧叛教的諸多恥辱，她接受伊斯蘭教也一定用了很長時間。
第一個為信仰而死的人是一個隱居的修道士——神父迪奧戈。當他告訴蘇丹他的決心時，他被蘇丹的非洲侍從用長矛刺死。接下來的幾天沒有發生什麼事情。大概150名基督徒還擠在奧古斯丁女修道院的教堂裡。他們包括從著火的房子裡被營救出來的婦女和兒童，以及幾個受傷的男人。和這些葡萄牙人在一起的還有零星幾位黑人基督徒和半阿拉伯血統的基督徒。在受傷者中，有一個是蘇丹的近親，這個人叫作安東尼奧，他曾經請求蘇丹放過這座堡壘，但是沒有用。挨著這位請願者的是修道院院長——優素福以前的告解神父。當他被問及是否願意成為一個穆斯林時，他拒絕了，然後被吊死在堡壘的城牆上。
8月20日，蘇丹命令教堂裡的所有人都出來，大約有60個人將行進到堡壘那裡。他們將被「送往基督教國家」。在做完懺悔、聖餐儀式，並且與他們的妻子和孩子告別之後，這些人從教堂裡出來了。神父手持十字架引領著他們。蘇丹把身體探出堡壘的窗外，向他的堂兄弟安東尼奧喊話，讓他抓住最後一次機會放棄基督教。在安東尼奧拒絕後，蘇丹給出訊號，一大群戰士衝向行進的隊伍，對他們發起攻擊。所有人都被殺死了，除了一個叫作西爾韋斯特羅·佩雷拉的文員。蘇丹騎著馬來到屠殺現場，發現佩雷拉還活著，而且仍然堅決維護自己的基督教信仰，就下令將他也殺死。情緒高漲的優素福從他的馬鞍上彎下身，用他的長矛猛刺這些屍體。然後，他們用繩子將這些屍體綁在一起拋進海里。
10天過去了，那些婦女和孩子還在教堂裡苦苦等待。他們幾乎沒有食物和飲用水，天氣十分炎熱，而且他們親眼看見了她們的丈夫和父親的死亡。最後，蘇丹派信使告訴他們，所有放棄基督教信仰的人都可以回家。那些不放棄基督教信仰的人必須離開蒙巴薩，乘船前往斯瓦希里海岸北端的城鎮——帕泰。那些婦女帶著她們的孩子從教堂裡出來，宣稱她們的信仰。她們向等待的船隻走去，一路上還大聲詠唱。
一位後來編制這次暴亂報告的奧古斯丁修會會士，描述了最後的情形：
在他們與這場衝突中陪同女主人的某些奴隸都上船之後，有謠言說那位暴君打算在船中央鑿出一個大洞，以便讓他們都淹死。但是，這些水手——野蠻的卡弗爾人，沒等聽到命令，在船到達大海中央、剛看到那位暴君所在的堡壘時，就切斷了這些無辜的可憐人的喉嚨，並從她們的臂彎中搶走她們的孩子，以便使她們親眼看到他們被切成碎片。
一個女兒正爬向她還有一口氣的母親；一位母親正握住她殘缺不全的女兒的屍體；一具無頭的屍體手中還握著十字架。還有一些人受傷了，另外一些奄奄一息。他們被拋進海里，以增加他們的痛苦，他們在水中喘吸掙扎時，還遭受棍棒和船槳的擊打。有多達三十九名白人婦女和五十九名兒童被殺死。我無法弄清當地人的數量。
另一份記錄說明這些行刑者是如何在將那些婦女的屍體拋入海里之前，將她們的戒指、項鍊和耳環取下來的。（一年後，果阿的教會法庭聽說了一些證據，決定是否將殉道者的榮譽授予這些因為拒絕放棄基督教信仰而死去的人。說明這個事件的檔案被送往羅馬，以備宣福禮之需，但是之後不知道由於什麼原因，這件事不了了之。）
當耶穌堡失守的訊息傳到葡屬印度時，關於叛變的蘇丹應該在蒙巴薩公開斬首還是在果阿處決，存在爭議。但是，第一個任務是抓住他。1632年初，一支由二十艘船組成的艦隊載著一千名士兵，在貴族弗朗西斯科·德·莫拉的指揮下，出現在蒙巴薩附近。堡壘裡有四百個人，包括當地的斯瓦希里人和從大陸來的僱傭軍。優素福還在島上的關鍵位置隱藏了數百名非洲勇士。
這些船隻向耶穌堡一齊發射炮彈，這反映出他們的一個錯誤估計：他們的槍炮不足以攻破耶穌堡的城牆。卡伊拉蒂設計的堡壘如此堅固，為的是它能夠抵禦土耳其人的進攻，但是葡萄牙人料想不到他們自己在堡壘外邊，無法進入。更糟的是，優素福的人充分利用了架設在堡壘稜堡中的大炮，他們用這些大炮對付那些試圖通過抓住停在海港中的阿拉伯單桅帆船的錨，騷擾狹窄海峽中的其他船隻的葡萄牙士兵，因為食物供給需要跨過那道狹窄海峽，才能被送到蒙巴薩島。
當一支四百人的軍隊在堡壘附近登陸時，他們遭到數百名非洲長矛兵和弓箭手的襲擊。弗朗西斯科·德·莫拉為了鼓勵他計程車兵，身先士卒，中了三十箭。有些箭的箭頭上還有毒，一個自告奮勇的年輕人將他的毒液吸出來，他才免於一死，據說，那個年輕人死了。
進攻的計劃多次遭叛逃者洩露，幾周之後，沮喪的葡萄牙指揮官們開始就接下來該採取的行動相互爭吵不已。他們給大陸上的一位非洲統治者姆瓦納·尚布·尚代贈送禮物，目的是引誘他加入葡萄牙這一方。他做了象徵性的嘗試，說他的路被蘇丹的支援者們封鎖了。3月份開始下雨，使得火繩槍兵更難以使用他們的武器了。最後，他們在大陸距離堡壘最近的一個位置架設了兩門大炮，然後他們隔著海峽開始密集開炮。結果收效甚微，而且優素福命人將堡壘的一門大炮放在一座清真寺的平頂上，轟炸葡萄牙人在對岸的登陸點。4個月過後，食物也快消耗完了。而且，一些圍攻者開始將他們的精力投注到一些惡習中，一份記錄陰鬱地指摘他們「下流甚至令人憎惡」。這次圍攻被取消了，這支耗資巨大的艦隊返回果阿。對於在蒙巴薩的慘敗，他們相互指責得十分激烈，但是由於弗朗西斯科·德·莫拉與里斯本的關係密切，他逃過一劫。
他們在蒙巴薩留下了兩艘船，做出還在封鎖蒙巴薩的樣子，但是它們很快就落入蘇丹優素福的手中。我們並不明瞭這件事是如何發生的，可能是船員被賄賂了，或者他們僅僅是出於害怕，乘坐小船，逃往東非沿海騷亂較少的葡萄牙人定居點。
優素福需要這兩艘被俘獲的船。他意識到，當企圖奪回耶穌堡的遠征隊下一次到達這裡時，他可能不會這麼幸運。是時候離開了。包括堡壘槍炮在內的所有能夠移動的東西都被裝進這兩艘船，藉著西南季風，蒙巴薩最後一位蘇丹乘坐他新獲得的船隻消失在印度洋裡。在葡萄牙海軍度過的那些年令優素福受益良多，因為他已經決定開啟一項新的事業——海盜。
7年間，他在馬達加斯加到阿拉伯半島的熱帶海域航行，有時和英國、尼德蘭的海盜一起。有謠言說，優素福懇求尼德蘭人幫他奪回蒙巴薩，而這引起了果阿總督佩羅·達·席爾瓦的警覺，他擔心耶穌堡會陷入歐洲海盜和作為他們傀儡的變節蘇丹的手中。他毫不懷疑斯瓦希里海岸將對何方致以同情，他們反正不會同情葡萄牙人。
總督發誓抓住優素福，甚至計劃以賊抓賊，僱用一名葡萄牙海盜完成這個任務，但是他從來沒有成功過。後來，優素福逃進東非的海港，在那裡他受到英雄般的歡迎。最後，他在紅海的一次小規模戰鬥中被殺。在那之前不久，他還派了一個俘虜——一位多明我會的修士，前往果阿送信，請求寬恕。他宣稱，自己之所以叛變完全是被耶穌堡接連上任的指揮官的無情逼迫所致。