我們的戰爭引起的破壞不侷限於我們歐洲。這是兩個世紀以來人們的勤奮和狂熱產生的後果之一。我們為了到亞洲和美洲的邊遠之地去毀滅自己，而花費大量人力、財力，結果弄得自身精疲力竭。
——伏爾泰《路易十四時代》，1751年
與美洲的西班牙帝國相比，葡屬印度一直都比較脆弱。它挑戰了我們的邏輯：作為西歐最小的國家之一，它以不到100萬的人口控制1600萬平方英里的熱帶海域，使它的令狀在從蒙巴薩到馬六甲，從霍爾木茲到中國沿海的澳門和日本長崎的廣闊地區得以執行。授予葡萄牙半個世界以作獎勵的教皇詔書，很快被證明只是舊羊皮紙上若干得體的拉丁語短句。
人力資源的耗竭是難以承受的，因為每年都有數百名年輕人從塔霍河的河口出海，返回的人不到三分之一。人力資源的匱乏意味著葡萄牙人永遠無法期望拓殖他們要塞所在之地周邊的大陸內陸地區。甚至葡屬印度的首府果阿，控制的大陸地區也只有小小的葡萄牙面積的二十五分之一。像西班牙在美洲大面積地佔領土地，這對於葡萄牙而言是不可能的，甚至征服印度小邦的想法都不曾有過。
儘管土耳其人從未獲得戰略性的勝利，但他們及其教友是一種持續不斷的刺激因素。1531年，穆斯塔法·本·巴赫拉姆帶領一支衣索比亞奴隸大軍在第烏港登陸，將總督努諾·達·庫尼亞驅逐出島。（穆斯塔法作戰之前有一種固定的習慣：他將女眷安置在一條船上，將財寶放置在另一條船上。）幾年後，當莫臥兒帝國攻擊第烏所屬的古吉拉特王國的時候，葡萄牙人在那個島上才獲得立足之地。後來，他們兩次被困在要塞中，在1555年之後他們才完全控制了第烏。
這次成功使得他們可以加緊控制出入波斯灣的貿易，但是也不斷地削減他們封鎖紅海入口的努力。早些年似乎可以取得任何功績，但是阿爾布開克在亞丁卻遭遇慘敗，這時常縈繞於葡萄牙人的心頭。到1570年，在白人暴行帶來的第一次衝擊消逝後，東方的香料和製造品再次出現在亞歷山大里亞。對於印度尼西亞的穆斯林統治者而言，同樣成為可能的是從奧斯曼土耳其人手中購買青銅大炮，讓它們在葡萄牙人的眼皮底下穿過印度洋，將它們用於圍困葡萄牙人的堡壘。
通行證制度仍然在實行。沒有葡萄牙的許可，在遠海航行的船隻仍然易受沉沒或至少是劫掠的威脅。出於自衛的本能，各國的商人都學說一種「洋涇浜葡語」。一些虔誠的穆斯林覺得在法蘭克人手中所受的這種羞辱只能被解釋為真主對邪惡行徑的懲罰。這就是謝赫扎因·丁在1570年所寫的對於馬拉巴爾海岸與他具有相同信仰的民眾遭遇的解釋。他們「誤入歧途」，彼此分立：
因此，按照這種說法，是真主帶來了這些歐洲人，法蘭克人、基督徒，他們開始壓迫穆斯林，帶給他們災難。他們犯下了無法描述的最殘忍無恥的罪行：使穆斯林成為笑柄；對他們表現出最大的輕蔑；僱用他們從井裡取水，從事其他不體面的工作；朝他們的臉吐口水；阻礙他們的旅行，特別是他們前往麥加朝聖的時候；毀壞他們的財產；燒燬他們的住所和清真寺；抓捕他們的船隻；醜化和踐踏他們的檔案和著述；焚燒他們的歷史文獻；褻瀆他們的清真寺聖所。
而且，他們俘虜穆斯林婦女，將她們綁起來，限制她們的自由，再強姦她們，「以這種方式產生信仰基督教的兒童」。即便可能存在敵人誇張的成分，但是這條記錄還是讓人非常不適。
憎恨穆斯林逐漸成為葡萄牙人的一項神聖職責，他們總是十分缺少朋友。印度人本可以成為他們的戰友，但是他們之間從未形成持久的友好關係。起初，在阿方索·德·阿爾布開克做出的友好姿態下，他們似乎有可能與維查耶納伽爾結成同盟。一位方濟各會修士——神父路易斯，被派往勝利之城的新任王侯克里希納·德瓦那裡，呼籲他加入葡萄牙人對卡利卡特和居住在那裡的「摩爾人」發動的戰爭中。作為回報，阿爾布開克保證，他會幫助克里希納·德瓦進攻他在北方的穆斯林敵人。不出所料，王侯沒有回應，雖然扎莫林可能是一個靠不住的總督，但他也是一個印度人。之後，又舉行了多次談判，到阿爾布開克去世時，他們才即將達成一個協定，那就是印度應該首先召集所有通過果阿進口的戰馬。
葡萄牙人很快就意識到與勝利之城做貿易的可能性，因為在克里希納·德瓦的統治下，這座城市蒸蒸日上，發展至頂峰，克里希納·德瓦的在位時長有20多年。他在改造這座城市的過程中得到葡萄牙人的幫助，包括由葡萄牙工程師若昂·德·拉龐特設計建造了一座人工湖。在幾次戰役中，使用火繩槍的葡萄牙士兵還加入到印度一方。多明戈·派斯和費爾南多·努尼茲這兩位商人在16世紀40年代居住在勝利之城，他們都把自己的相關記錄發回了里斯本。派斯對這個印度帝國的首都的描述，可能使葡萄牙人看到了獲得一個強有力盟友的機會：
這裡我就不寫它的規模了，因為從任何一處都無法看到城市的全貌，我爬到一座小山上，從那裡我能看到這座城市的大部分地方……我所看到的地方像羅馬一樣大，非常美麗。城裡有很多樹林，房子的花園裡也有很多樹，水渠從城市的中心穿過，還有很多處湖泊……這座城市裡的人數量多得難以計數，我想記錄下來但是似乎很難，因為這會讓人覺得難以置信。然而，我想說沒有軍隊、馬匹或者步行者能夠順利通過任何街道或者小巷，因為人和大象實在是太多了。這是世界上最好的城市。
1547年，葡萄牙人最後與勝利之城達成了一項條約，但是這對日益分裂的印度帝國沒有什麼用。勝利之城的垮臺似乎就在眼前，因為1564年德干高原的所有穆斯林蘇丹形成了一個軍事同盟。1565年1月，他們衝入勝利之城，幾乎完全摧毀了它，逃不走的人都被殺死，神廟被毀，塑像被推倒，房屋被燒掉。葡萄牙人只是這場戰爭的旁觀者。這座城市再也沒有被佔據，兩年後當義大利旅行者卡埃薩羅·弗雷德里希看到這座城市時，斷壁殘垣還矗立在那裡，居住在裡面的是「老虎和其他野生動物」。
勝利之城的衰亡對於葡屬印度而言是一場災難，因為果阿嚴重依賴它的商業。歷史學家德·科託承認，喪失了「馬匹、天鵝絨、綢緞和其他各種商品」中的獲利，使得葡萄牙人「大受打擊」。收入的損失如此巨大，以致於果阿的人口持續減少。葡萄牙人也感到更加孤立。
維查耶納伽爾帝國的殘餘撤退到更南方的地區，一個將要控制幾乎整個印度的新的力量正在北方崛起。莫臥兒人很快就弄清楚了「法蘭克人」的能力，並且隨意地嘲笑、談論他們。莫臥兒帝國的第四位皇帝賈漢吉爾（1605—1627年在位）在他的長篇回憶錄中只順帶提到過葡萄牙人一次，講述一個阿拉伯水手提到的葡萄牙人的魔法，說他們如何將一個人的頭砍下，然後復歸原位。賈漢吉爾將葡萄牙人比作孟加拉的雜耍演員。皇帝沙阿·賈漢（1628—1658年在位）甚至更加輕蔑：「實際上，法蘭克人是一個偉大的民族，但是他們有3個最邪惡的特點，第一，他們是異教徒；第二，他們吃豬肉；第三，他們在如廁後也不清洗。」
要是莫臥兒人瞭解到更加可怕的異教徒已經開始取代法蘭克人，將他們逐離他們的海洋帝國，這種蔑視可能還算是和緩的。到1600年，葡萄牙人已經知道印度洋上有些船隻在炮術和航海技藝方面能和他們匹敵，甚至超越他們。就像他們當年從威尼斯人手中搶走香料貿易一樣，其他人此時也打算從他們的手中搶走它們。
葡萄牙人盡全力保守東方的秘密，希望在儘可能長的時間裡不讓潛在的闖入者知道這些資訊：海上的航路，季風和洋流，航海的危險之處，香料、外國的織物、精美瓷器的主要來源。售賣地圖或者印度洋的航海圖，傳播含有葡屬印度活動的資訊，在葡萄牙長期以來都是重罪。這些禁令的確使歐洲在印度洋的地理方面長期處於一種模糊狀態：一張16世紀的義大利地圖表明，那時候人們認為卡利卡特是位於阿拉伯半島和印度之間懸吊在亞洲大陸之下的一個孤立的半島，而同時期一張記錄弗朗西斯·德雷克勳爵的世界探險航行的英國地圖，則將「馬林迪」描述成佔據東非的大部分地區，甚至遠達好望角。
這並不意味葡萄牙人能夠成功抵禦所有的闖入者。在瓦斯科·達·伽馬進行探險航行的25年裡，法國迪耶普幾艘小船的船主兼海盜讓·安戈，繞過好望角尋找蘇門答臘島，希望在那裡買到香料。由於疾病和惡劣的天氣，這場冒險的結局很糟糕，但它卻是一個預兆。1527年，另一艘法國船「瑪麗救世」號，在葡萄牙人攔截住它之前，一路航行到了印度海岸。船上的36名水手向果阿的總督請求釋放他們，宣稱他們的航行是由魯昂的商人資助的，並且已經獲得他們的國王和最高指揮官的贊成。這艘船的船長是一個叫作埃斯塔旺·迪亞士的葡萄牙人，儘管文獻沒有記載他的命運，但肯定也好不到哪裡去。
保持這些秘密，肯定存在許多漏洞，主要是由於葡萄牙自身缺少人力，被迫僱用外國人。大多數是加泰羅尼亞或者熱那亞水手，他們目不識丁，除了他們乘坐的船之外一無所知，而且他們幾乎從不上岸，除了私通或者掠奪。
對於葡萄牙人而言，當他們毫不懷疑地把一個能夠將所見所聞記錄下來的人運送到印度時，情況變得更加糟糕。這個人是神父托馬斯·史蒂文斯，他是一位英國的耶穌會士，在1579年從里斯本航行前往果阿，他將一份長篇航行記錄寄給了住在老家威爾特郡的父親。儘管有一些荒謬的成分，但是這封信仍然向英國商人和水手們暴露了很多有關印度洋的資訊。在好望角附近航行時，他所乘坐的船隻觸礁，差點沉沒：
「海岸看起來很可怕……而陸地又到處是老虎，那裡的人還未開化，他們會殺死所有的陌生人，所以我們在那裡既沒有生存的希望，也別想過上舒適的生活。」然後，起風了，我們得救了。「你應該知道，繞過好望角之後，有兩條路通往印度：一條在聖勞倫斯島（馬達加斯加島）內，由於這條路線可以使他們在莫三比克修整兩週或者一個月，他們可以獲得充足的補給，然後再用一個月或者更長一些時間到達果阿，他們願意選擇這條路線。另一條路在聖勞倫斯島之外，他們出發得太晚，不能及時趕到好望角，無法走前述莫三比克的那條線路。他們需要裝載很多東西，因為沿路沒有港口停泊，航程漫長，缺少水和食物，他們可能會患各種疾病，腿會腫脹，身體會疼痛麻木，以致無法移動手腳，最後因為虛弱或者流感和瘧疾而死。」
而這條路正是我們要走的路。儘管我們船上有150多人得病、27人死亡，但是與其他幾次航行比起來這不算多……這條路多暗礁和流沙，所以有時候我們不敢在夜晚航行，只有冒著白天航行的危險，但是天意如此，我們什麼也沒看到，也看不到大海的盡頭，直到我們到達印度海岸。
之後，史蒂文斯揭示了葡萄牙人航行的弱點。「流動的海洋」使船隻遠離航道：「我們認為自己位於印度附近，緯度與紅海入口的索科特拉島相同。」船隻偏離航道1000多英里，向東轉向朝向它的目標：「陸地的第一個標誌是特定的海鳥，這使他們知道將要到達印度；第二個標誌是棕櫚樹和莎草；第三個標誌是有蛇在水裡遊動。」
1586年，托馬斯·卡文迪什帶領一隻商船出現在納塔爾附近。3年後，第一艘英國船「愛德華·博納旺蒂爾」號直接駛進了東非海域，在桑給巴爾島拋錨停留了3個月，等待季風改變方向以便航行去往印度。船員們十分讚賞桑給巴爾出售的食物。因為船隻未受葡萄牙的許可就進入印度洋，所以這次航行被裡斯本視作一種海盜行徑。這些抱怨對英國人來說不算什麼，因為他們的海盜英雄——德雷克和霍金斯——已經展示過如何掠奪西班牙佔據的另一半世界。此外，葡萄牙這時候還在西班牙人的統治之下，1588年之後，由於英國人戰勝了西班牙的無敵艦隊，他們可以自由航行去往世界上任何一個他們想去的地方。
英國入侵者不久就發現，他們和另一個北歐國家——尼德蘭——繞行非洲的路線完全一致。這些新來者能夠從對葡萄牙帝國有獨特洞察力的同胞那裡獲益：揚·範·林索登在印度生活了5年，他是果阿大主教手下的教士。由於大主教是國家最高委員會委員，林索登自然瞭解整個體系是如何運作的。1590年，他一回到里斯本，就立刻努力著手將他發現的關於好望角的一切都詳細記錄下來。1596年，第一批前往東方冒險的尼德蘭船長在出海前能夠閱讀到林索登的《旅行日記》（citeitinerario/cite）。他們很快就意識到，對於葡萄牙人的所有挑戰者來說，這本書都是無價之寶。1598年，它的英文版出版。
毫無疑問，那位英國人在返程時乘坐的那艘船上饒有興趣地聽著葡萄牙船長的抱怨。在繞行好望角時遭遇暴風雨，那位船長「感到萬分驚訝，為什麼我主上帝使葡萄牙人這樣虔誠的基督徒和天主教徒遭受這些折磨。他們擁有堅固的大船，但是要經受危險天氣和可怕風暴的摧殘，而那些英國人——持異端者和上帝的褻瀆者，他們的船小且脆弱，卻輕鬆地繞過了好望角」。
當他們的船在莫三比克停泊時，林索登甚至對果阿範圍之外的航行也仔細觀察。他注意到那裡的堡壘「制定的法規很少，軍需品儲存得也不多，駐防計程車兵也不過是居住在其中的指揮官和他的人，再沒有其他士兵了」。（後來，尼德蘭人抵達東非時發現關於葡萄牙人缺少戰爭準備的記錄完全是真的，他們很快就利用了這一點。）
林索登在宗教等級制度中比較低的職位，為他文雅的間諜行為提供了理想的掩護。他根據季風的活動規律記錄了航海的最佳月份，印度洋各地的貿易貨物到達果阿的時間，以及它們是如何被拍賣的。但是，他還關注社會習俗，收集了許多地理方面的軼聞。他更令人感興趣的記錄片段之一是「某些摩爾人」有穿越安哥拉和索法拉之間的非洲地區的習慣。這是200年來第一次關於這類旅行的確切書面證據。
林索登和其他早期旅行者的記錄激勵尼德蘭銀行家向印度洋派出第一批艦隊。返回阿姆斯特丹的船所裝載的貨物收益巨大，以至於返回家鄉的船隻出現在民眾視野裡時，他們會高興地鳴響教堂的大鐘。但是，100年來他們無從獲悉關於如何使在海上度過幾個月的普通水手避免壞血病和其他疾病，以及艦隊如何應對暴烈天氣的知識。1597年，科內利斯·德·豪特曼率領4艘船從爪哇島返回時，出發時的249名水手，只有80多個人還活著，這與瓦斯科·達·伽馬帶回的人的比例相當。即便是聰明的雅各布·範·內克船長，在南大西洋和印度洋航行時也損失了三分之一的船隻。
這些初期的困難都要承受，因為就像16世紀初葡萄牙的經濟在瓦斯科·達·伽馬和他的後繼者耗資巨大的遠征之後才有所改變，17世紀初尼德蘭聯省共和國的經濟也是在豪特曼及其後繼者遠航之後才有所改觀。阿姆斯特丹的船主們堅持儘可能地減少遠洋航海的危險。共和國的法令被複制運用到航海上，尼德蘭的船隻以潔淨而聞名。所有的船隻都遵守行為條例，每天閱讀禱告詞和唱誦《舊約·詩篇》兩遍，任何缺席這兩項者都將受到懲罰。
尼德蘭和英國船隻的探索很快在阿姆斯特丹和倫敦導致具有歷史意義的行動。兩國建立了相互競爭的東印度公司（尼德蘭投入的資本是英國的8倍，船隻數量是英國的4倍）。兩家東印度公司都擁有許可證，幾乎公開被授予政府地位，並且被給予在好望角和太平洋之間貿易的國家壟斷權。儘管這兩家公司的負責人對利益比對權力更感興趣，但是他們都知道與葡萄牙及其大君主西班牙的全力較量是遲早的事。葡萄牙人也同樣意識到了這一點：兩名尼德蘭船長在馬拉巴爾海岸登陸，在購買胡椒時被抓，科欽的王侯把他們送去了果阿，葡萄牙人把他們吊死了。