5年後，派斯準備再次嘗試。這時候，他能講一口流利的阿拉伯語，可以將自己打扮成一名亞美尼亞人，化名阿卜杜拉開始旅行。他與一名北上紅海旅行的土耳其人成為朋友，後者告訴他想在馬薩瓦進入內陸，繼承他一位過世朋友的財產。派斯藉此機會，通過了其他基督徒往往要出事的關卡。那位友好的土耳其人在港口徒勞地等待派斯返回，但是宗教的熱忱蓋過了派斯可能感受到的任何懊悔之情。
1604年，他到達了衣索比亞的王庭，發現這個國家正處於內爭的混亂之中。13歲的皇帝雅各布剛剛被他26歲的叔叔扎·登格爾推翻。在這種情況下，一位歐洲神父能做的事極其有限，不管怎樣，佩德羅·派斯將拜訪青尼羅河的發源地塔納湖作為他的第一項任務，因為他聽說克里斯托弗·達·伽馬計程車兵後裔生活在那裡。在滿足了他們的精神需求之後，派斯返回了王庭，迎接他的是一個驚人的訊息：扎·登格爾決定成為一名天主教徒，並且打算請求歐洲為他提供士兵、工匠，以及更多的傳教士。派斯十分警醒，他預見到這隻能帶來災難，但是他希望謹慎處理此事的請求被忽視了。不到4個月，扎·登格爾就因他魯莽的決定在一場叛亂中被殺死。
混亂持續了多年，直到1608年，一位王子與一個女奴的兒子蘇塞尼奧斯奪得了皇位。派斯與這位新皇帝迅速結交成為朋友，他說這位新皇帝用他的淡褐色眼睛「看著所有人，並露出親切的微笑」。新皇帝的「臉比較長，但比例合適……他的嘴唇有點薄，長著黑色的鬍子，他的肩膀寬闊而健壯」。
在隨後的幾年裡，派斯竭力使皇帝依賴上他，離不開他。一直悶燃於胸的宗教之火慢慢熄滅，派斯投身於實際工作，其目的在於向皇帝展現遵循歐洲方式的有利之處。憑藉自己的建築天賦，派斯提議用白色石頭為皇帝建造一座兩層宮殿。衣索比亞還從未有過這樣的建築，所以派斯招募了一群工匠，教他們如何製造石材切割工具。他還僱用了一批木匠，訓練他們掌握歐洲的木工技藝。
貢德爾的宮殿有一個50英尺長的宴會大廳，它的穹頂由雕工複雜的立柱支撐。從一個距地面70英尺高的屋頂平臺上，皇帝可以遠眺塔納湖和1.4萬英尺高的山峰。它的整體設計像是西班牙貴族的鄉間別墅，蘇塞尼奧斯的封臣們從各個行省趕來觀看這座奇異的建築。派斯繼續興建更多的建築，其中還包括一座義大利風格的大教堂。他還對衣索比亞的文學感興趣，鼓勵在教學中使用書面的阿姆哈拉語。他在那裡生活了9年，期間造成的變化將在衣索比亞人的生活中留下持久的烙印。
皇帝越欣賞派斯，派斯就越堅持衣索比亞必須償還70年前克里斯托弗·達·伽馬所給予的恩情。這意味著衣索比亞帝國及其教堂要與羅馬保持一致。盲目虔誠的蘇塞尼奧斯宣稱，他將親自帶頭公開皈依天主教，並且拒絕他自己教會的古老儀式。
儘管感到這一定會引發兇殘的內戰，但是派斯無法放棄他作為耶穌會士的責任。他盡力爭取宮廷重要成員的支援，孤立科普特人的主教，甚至一些傑出的修士也選擇皈依天主教。因而，在1613年1月31日，他幫助編輯寫給教皇、西班牙國王（此時是腓力三世）和果阿的葡萄牙總督的信件。皇帝蘇塞尼奧斯告訴教皇，他決心「臣服於神聖的教皇陛下」，並且請求教皇迅速派遣一位天主教的宗主教。
蘇塞尼奧斯預見到他很快將陷入危險，所以他請求教皇派一支1500人的歐洲軍隊：500人佔領馬薩瓦並在海岸巡邏；1000人將幫助他應對與穆斯林的戰爭。蘇塞尼奧斯真正想要的是一支近衛軍，當他公開宣稱皈依天主教時，他們將保衛他免受憤怒臣民的攻擊。這是不可能的，派斯對此一定十分清楚。
因為保密十分重要，所以送往歐洲的信件必須要通過一條最不可能被中途攔截的線路送出。10年來，至少還有4名耶穌會士成功溜進馬薩瓦幫助派斯，但是想要溜出去就更難了。蘇塞尼奧斯堅持認為，對於選出來的兩名使者——一名耶穌會士和一名衣索比亞皈依者——來說，最好的機會是暗中穿過內陸前往印度洋港口馬林迪，在那裡葡萄牙的船隻定期靠岸。這意味著要向南穿過1000多英里的未知地帶，而那些地方被食人族部落佔據，包括好戰的蓋拉族。沒有證據表明有人曾做過這樣的旅行。
這個想法是災難性的。越過衣索比亞的南部邊界不遠，向魯道夫湖前進的途中，使者們被一名當地統治者抓獲。當他考慮如何殺死他們時，那位耶穌會士成功地燒掉了國王的所有信件。使者團被迫向北返回衣索比亞。在他們花費幾個月返回衣索比亞之前，皇帝已經發出了第二批信件，只不過這一次是向北。這些信件最終到達了法國駐開羅的領事那裡，又從那裡被送往羅馬。教皇保羅五世渴望看到衣索比亞的軍事行動，認為「幾乎數不清的靈魂」處於危險之中。然而，什麼也沒有發生。蘇塞尼奧斯甚至穿上了葡萄牙的服飾，卻不知因他自己的愚行而導致的「雷雨雲」已經積聚在他的頭頂上空。
1622年5月，派斯死於瘧疾，此時他已經在衣索比亞生活了19年。無論怎樣，他已經親眼看到皇帝公開宣告羅馬信仰，並且接受了天主教的聖禮。這時候，一場宗教大屠殺在所難免，而3年後，蘇塞尼奧斯盼望已久的羅馬宗主教到達了這個國家。他在紅海入口處的一個小海港喬裝上岸，從那裡經過一場既危險又精疲力竭的長途跋涉，穿過達納基爾沙漠到達高原。
這位宗主教是阿方索·門德斯，他的知識與他的勇敢無畏成正比。他也很虛榮，喜歡穿教宗的華麗服飾，但同時他也是個堅定不移的人。他和同伴熱羅尼莫·洛博與耶穌會士取得聯絡之後，門德斯就穿上了他的宗教長袍，帶著一批隨行人員，包括僕人、音樂家和神父開始穿越這個國家的莊嚴之旅。皇帝正熱切期盼門德斯一行人的到來。1626年2月7日，他派出了一支由1.5萬名騎兵組成的護衛隊。衣索比亞的鼓聲一陣強過一陣，但致敬的禮炮聲蓋過了鼓聲。
在進入蘇塞尼奧斯準備歡迎他的教堂之前，門德斯在一頂帳篷前停下了腳步。在那裡，他戴上了他的法冠，換上了他的宗主教長袍，然後在喧鬧的行進隊伍前跨上了馬背繼續前行。他剛進入教堂，就受到戴著金冠的皇帝的接見和擁抱。門德斯即刻發表了一場演講，從基督教的歷史一直講到衣索比亞註定要向羅馬俯首稱臣的歷史時刻。他用拉丁語進行演講，並且大量引用希臘和羅馬哲學家的話語，所有會眾幾乎無法理解他的演講，但自負的門德斯根本不考慮這一點。
兩天後，關於向羅馬俯首稱臣的隱喻成為現實：皇帝公開跪伏在門德斯的面前，發誓忠於教皇。無論心中做何感想，貴族和朝堂上的教士們緊跟在皇帝之後發誓效忠教皇。宗主教立刻規定，所有的教堂必須重新祝聖，所有的神職人員必須重新被授予聖職，所有的信徒重新受洗，所有的節日必須根據羅馬歷制定。他想要看到衣索比亞的基督教從根本上發生改變。
門德斯來的時候恰巧發生了一場可怕的蝗災，科普特的修士發誓這是神明不悅的跡象，但是一開始門德斯就似乎能夠獲得全勝。他在寄往羅馬的信中描述了此次勝利。更多的耶穌會士進入衣索比亞，他們滿懷激情地拓展傳教點，給農民集體進行洗禮，建立學校，編寫宗教指南手冊。在皇帝的財政支援下，他們設計製作了一個印刷機，以阿姆哈拉語傳播天主教的教義。歐洲人第一次在東非引入拉丁字母表，為當地一種口語創造書寫形式。
事情也有陰暗的一面。反抗者被吊死或者被燒死在火刑柱上。幸運一些的持異議者只是被割掉舌頭。一些衣索比亞修士跳崖自殺，也不願拋棄他們古老的信仰。
蘇塞尼奧斯盡其所能為勇於獻身、獨身禁慾的耶穌會士掃清道路，他公開譴責科普特大主教墮落腐化、妻妾成群、姦汙處女，以及犯有「文明社會中可能最邪惡、最不堪提及的罪行」。但是，人類的過失不能消弭古老的信仰。到1628年，反抗強行信仰天主教的叛亂在衣索比亞各地爆發。皇帝的女婿被吊死，一位領頭的將軍被推下懸崖，戰事持續不斷。在一場戰役中，8000人陣亡。民眾抗議羅馬，認為它使這個國家「用自己的劍刺向自己的身軀」。
1632年，蘇塞尼奧斯被迫退位，3個月後因悲痛和心力交瘁去世。一位耶穌會士為他舉行了最後的儀式。新皇帝是他的兒子法斯拉達斯，他擁有一個高於一切的目的：驅逐所有的歐洲人和外國教義。很快，宗主教門德斯被驅逐到半個世紀前他的前輩奧維多度過餘生的那座山頂，它位於衣索比亞的東北部。在耶穌會士使者團被驅逐之後，衣索比亞的民眾載歌載舞，感到無比寬慰。但是，門德斯無法理解羅馬為何被徹底拒絕。他開始請求果阿派兵，希望藉助他們開始一場新的暴動。
當法斯拉達斯意識到耶穌會士正在號召一場對他的國家的入侵時，他告訴門德斯和其他所有的歐洲神父，如果他們還珍惜自己的生命就請立刻離開衣索比亞。在海邊商談了一些沒有結果的計謀之後，宗主教和9名神父發現他們被強制送往薩瓦金，接著北上紅海。當地的土耳其帕夏起初想殺死他們，但是最後決定向葡屬印度索要一大筆贖金。對方支付了這筆贖金，因為與發起一次懲罰性的遠征相比，支付贖金是更便宜的選擇。門德斯被帶到安全的地方，定居在果阿，雖然沒有希望，但他總是請求把他送回去，讓他在遠征軍的最前端見證一切。他沒有返回歐洲，20年後死於印度。
7名耶穌會士和一名叫作阿波利納里斯·德·阿爾梅達的助理主教拒絕離開衣索比亞。衣索比亞人到處搜捕他們，其中兩人被斬首，其他人在一群參加集市貿易的歡樂民眾面前被吊死。一個世紀前克里斯托弗·達·伽馬遠征的倖存者的葡萄牙人後代社群也遭驅逐，儘管此時他們中的大多數人更像非洲人而非歐洲人。他們被迫向西遷徙，從高原下到青尼羅河與白尼羅河之間的森納爾地區，之後銷聲匿跡。
法斯拉達斯禁止所有歐洲人進入衣索比亞，甚至向亞丁和紅海港口的穆斯林統治者求助，以確保歐洲人被隔離在外。所以，當一群義大利和法國的方濟各會托缽僧在馬薩瓦登岸時，他們被立刻殺死了。土耳其人將他們的頭顱和皮膚用稻草填滿，送給衣索比亞的皇帝，以證實他的願望得到了遵從。
在最後一次拒斥耶穌會士之後過了半個多世紀，法國醫生夏爾·蓬塞得到了皇帝亞蘇的許可，在1698年作為路易十四的大使進駐衣索比亞。他在他的日記中寫道，衣索比亞人討厭白葡萄，因為它的顏色會讓他們想起葡萄牙人。
又過了70年，敢於冒險的蘇格蘭人詹姆斯·布魯斯來到衣索比亞。他發現在法斯拉達斯驅逐了最後一批耶穌會士100多年之後，耶穌會士對他們來說仍然是糟糕的回憶。他在與衣索比亞人討論他的新教信仰時有所誇張，以區別他自己不是天主教徒：我說「你們剛開始在公開場合稱我為法蘭克人，那是這個國家最讓人憎惡的稱呼，足以使我在任何出沒的地方被人用亂石打死。法蘭克人信仰的是天主教，而我的國家和你們的國家一樣，與他們的信仰相敵對」。