幾個星期過去了，接著是幾個月。不知為何，用雲梯努力攀登堡壘外牆的進攻者被一次次擊退。但是，阿曼的船隻將更多的人力和補給運入蒙巴薩。葡萄牙的船隻還是沒有出現。到這個時候，圍攻已經持續了一年多。
到6月末，只有6名葡萄牙人還活著：指揮官、奧古斯丁修道院院長、兩名士兵和兩個黑白混血孩子。其他的倖存者是幾十個斯瓦希里人、一些非洲男人和大概50名被教會如何使用火槍的非洲女人。在斯瓦希里人當中，有一個人對葡萄牙人格外忠誠，而且他在戰火中顯得十分沉著，他是一位年輕謝赫，叫作達烏德，人們通常叫他「達烏德大人」，他來自費扎這個小港口。儘管他是穆斯林，他的家鄉在過去曾遭葡萄牙人殘忍地蹂躪，但是達烏德已經將他的命運與基督徒聯在了一起。他的兄弟在圍攻者一方，他的母親是一名人質，但是達烏德以「簡潔堅決的話語」回應城外對他的勸降。他17歲的堂弟已經在與守軍的廝殺中戰死。
8月到來時，最後一名神父死了。指揮官安東尼奧·莫戈·德·梅洛知道他自己也時日無多。他下令將他的墳墓挖在堡壘內的小教堂裡，然後他叫來達烏德，敦促他要戰鬥到最後一刻，並且照看好他的兩個孩子。8月28日，指揮官死了，達烏德接替了他的職位，一位「非常精明且極具智慧的」年長謝赫成為他的親密顧問。此時，圍攻已經持續了17個月。
9月16日，援軍的旗艦「聖安東尼奧·德·塔納」號再次出現在蒙巴薩的外圍，與它一道來的還有一艘補給船。統帥桑帕約是不太情願過來的，他是受到他的副手約瑟夫·佩雷拉·德·布里託的勸誘才來的，後者出身低微，從甲板水手做起，一路發展至統帥副手。這位前甲板水手沒用多久就展現出了他的勇氣。在他的煽動下，旗艦直接駛入海港拋錨，開始對堡壘下方沙灘上的阿拉伯炮臺和塹壕進行近距離轟炸。阿曼人在那位叛徒炮手的指導下進行的回擊也十分激烈。兩艘各載著20名士兵的小船登陸，儘管其中一艘全軍覆沒，但是另一艘順利穿越了火線。
午夜，一名信使將一封信從堡壘安全地送到了旗艦。這封信的內容引起了讀信的葡萄牙人的注意。達烏德描述了他是如何與幾個斯瓦希里人、50名非洲婦女一同堅守，為他們的陛下葡萄牙國王守衛這座堡壘。包括兩名黑白混血兒童在內的其他所有人都死了。
到這個時候，此次圍攻已經使2500個男人、500個婦女和兒童喪生。達烏德後來寫信給國王：「對於我來說，對您的忠誠要比雄心壯志或者母親的愛更加重要。」
當信件的內容被確認是真實的而非陷阱時，佩雷拉·德·布里託帶領70人登陸，一路交戰衝殺進耶穌堡。儘管幾次三番被桑帕約搪塞，但之後他還是對阿拉伯人的據點發起了一系列成功的進攻。接連幾周，補給和更多計程車兵都乘夜被送上岸；而在白天，旗艦仍然持續炮轟阿拉伯據點，直到船錨的纜繩斷裂，兩次向岸上衝擊之後船隻失事，才停止炮擊。船上的200名軍官和士兵一路拼殺衝進耶穌堡。11月，從達烏德手中接管耶穌堡守備軍的統帥桑帕約死了。在一片擁護聲中，佩雷拉·德·布里託宣佈就任「葡萄牙人的指揮官和長官」，達烏德則成為「耶穌堡的指揮官和長官」。
到12月，圍攻已經持續了21個月，守衛軍十分有膽量，摧毀了敵人在堡壘周圍挖建的許多塹壕。在這些突擊戰中，佩雷拉·德·布里託的一個年輕的中國僕人是最勇敢的戰士之一。但是，這期間海港中的活動持續不斷，阿曼船隻一直在將增援和補給運送進來。此外，「水腫病」還在奪走堡壘裡的生命。
1697年12月28日，城牆上的葡萄牙哨兵大聲喊著令人雀躍的訊息。另一支艦隊出現在視野之中。當這支艦隊在海港外拋錨並且派出一艘小船時，耶穌堡的兩位指揮官立刻提出了一項作戰計劃：新援軍的3艘護衛艦直接駛入蒙巴薩海港基林迪尼那一側，炸沉那裡所有的阿拉伯船隻，同時耶穌堡派出一支強有力的軍隊發起支援性的突擊。然而，援軍新任指揮官弗朗西斯科·佩雷拉·達·席爾瓦不會採納他們的任何建議。他宣稱他只負責解除安裝補給，除此之外沒有別的任務。和之前發生的情況一樣，守衛軍徒勞地請求援軍採取勇敢的行動。一位記錄下這些事件的不知名編年史作者評論道：「儘管他們的請求是如此熱忱，甚至能在1月點燃阿爾卑斯山，但是卻無法激發我們遲鈍的統帥的熱情。」
阿拉伯人捕獲了一艘救援船，他們在船裡面發現了一捆來自果阿的政府信件，信件內容是關於如何解救耶穌堡的指令。他們以「流利的葡萄牙語」和嘲弄的口吻，在堡壘周邊大聲朗讀這些指令，以便讓守衛軍能夠聽到：「某種程度上他們相當正確，因為他們中的一些人的確可笑。」
在援軍解除安裝補給品之後，堡壘內的氣氛十分低迷。此次隨援軍到來的還有一位新的守備軍指揮官，這位嚴厲而不近人情的長官叫作萊安德羅·巴爾博扎·索托馬約爾。到達蒙巴薩後，他開始羞辱達烏德和其他忠誠的斯瓦希里守衛軍士兵。另一個紛爭之源是之前叛變的炮手萊昂納多·努內斯回到了耶穌堡。因為相信葡萄牙人最後會取得勝利，他決定再次背叛，只不過這次是背叛阿拉伯人。堡壘內那些經歷過他的炮轟的人一致要求立刻吊死他，但是援軍帶到堡內的神父說他必須被帶回果阿接受審訊。被送到旗艦上之後，努內斯向膽小怕事的軍隊指揮官達·席爾瓦說了一系列的謊言，這些謊言旨在摧毀他的所有決心。
1698年1月19日，救援船隻準備離開。達烏德和他最優秀的斯瓦希里戰士們也在船上，因為他們在新任指揮官的統治之下沒法再待在耶穌堡。甲板下面的船艙裡有400名婦女，她們是壕溝裡的殘留居民，將在桑給巴爾下船。約瑟夫·佩雷拉·德·布里託也離開了蒙巴薩，他被草率地剝奪了指揮權。當艦隊抵達果阿時，總督下令將佩雷拉·德·布里託投入監獄，因為他沒有官方任命就接管耶穌堡。通過鑽葡萄牙法律的一些空子，那個叛變的炮手萊昂納多·努內斯被判無罪。
回頭再關注蒙巴薩，圍攻還在繼續。不知道何種緣故，耶穌堡完全與外界隔絕，但仍然倖存了下來。9月，新任總督到達果阿，開始準備組建另一支救援軍。他集結了4艘護衛艦和1200人。和他們一起去的還有達烏德，他仍然忠誠，而且準備參加更多的戰鬥。他被葡萄牙人授予「費扎王子」的頭銜，聲名遠播。
總督岡薩爾維斯·達·卡拉馬·科蒂尼奧告訴他的船長，如果他們發現守衛軍仍在抵抗，他們必須立刻發起全面進攻，將阿拉伯人從蒙巴薩島和周邊大陸驅逐出去。無論付出多大代價，葡萄牙人的勢力終將恢復。但是，當他們在1698年12月13日到達蒙巴薩時，他們看到了一個可怕的場景：耶穌堡上懸掛著阿曼人的血紅色旗幟。長達33個月的圍攻已經結束。
艦隊沒有做進一步的調查，而是掉頭航行前往桑給巴爾。儘管達烏德和桑給巴爾的女王一再請求，但艦隊還是沒有做任何進攻蒙巴薩的嘗試，也沒有調查堡壘是如何淪陷的。
大約3年後，在1701年9月，一個叫作布拉茲·菲亞略的印度僕人帶著一個故事來到果阿。他在耶穌堡淪陷時被抓，曾被帶到阿拉伯半島，逃跑後他找到了返回印度的路線，首先到達波斯，再從波斯去往孟買。菲亞略詳細講述了人數逐漸減少的守衛軍是如何堅持到1698年12月初的。那個時候，只有9個葡萄牙士兵還活著，與他們一起的是瀕死的指揮官萊安德羅·巴爾博扎。還有3個印度人（其中之一就是布拉茲·菲亞略）、2個非洲女人和指揮官的年輕非洲奴隸。圍攻者逼近耶穌堡的城牆，但是他們還不敢貿然發動進攻，因為他們不知道堡內的力量已經如此虛弱。
12月12日，指揮官讓他的小奴隸出去為他採集一些草藥。那個男孩不願意出去，因為他會被抓住，萊安德羅·巴爾博扎回答說：「如果他們抓住你，告訴他們我等著他們，我不怕他們。要是他們明天來，我就不一定能看到他們了，他們最好還是今天來。」那個男孩被抓了，在審問之下說出了守衛軍的可憐人數。
夜裡，最後的進攻開始了。敵人爬上破損的城牆，守衛者撤退到一座稜堡裡。他們一直戰鬥到12月13日的黎明時分。瀕死的指揮官最後的挑釁舉動是帶著一支大口徑短槍衝出稜堡。他被擊中殺死，就在他倒下的地方被斬首了。就在援軍到達海港之前幾個小時，勝利者在堡壘上方升起旗幟。最後的圍攻開始和結束時耶穌堡裡僅存的人，可能是那一兩個非洲女人。死於戰鬥和疾病的守衛者總計6500人，其中包括將近1000名葡萄牙人和2500名斯瓦希里人，其他人是躲避在壕溝裡的非戰鬥人員。沒有相關資料顯示阿曼一方的傷亡人數。
在瓦斯科·達·伽馬沿著海岸航行發現印度之後將近200年，耶穌堡的陷落使得葡萄牙人的勢力從紅海與贊比西河河口之間的地區退出。此時，除了莫三比克少數幾個幾乎被人遺忘的小港口，以及在贊比西河兩岸、地圖上未標明的內陸一些普拉佐奴隸種植園之外，葡屬印度在東非已經不剩什麼了。