葡萄牙人將上帝之劍與猶太勇士之劍奉為他們的征服箴言，但是他們忽視了和平的藝術，缺少殖民才能，這不利於保留他們的勢力。葡萄牙人狂熱而嚴苛，並且缺乏真正的商業精神。
——寇松勳爵《波斯與波斯問題》，1892年
葡萄牙人對英國人、尼德蘭人和阿拉伯人瓜分了他們的東方帝國感到悲痛，他們只好用一個高尚的想法自我安慰：他們曾經通過挫敗奧斯曼帝國的野心拯救了歐洲，當然這一點還有待爭論。他們在歷史的關鍵時刻佔據印度洋，在第烏海戰中擊敗土耳其人，從而實現了那個目標。回顧歷史，他們可以自認為是神聖意志的執行者：只有葡萄牙人的火力和航海技術能夠在君士坦丁堡陷落之後阻止土耳其人向亞洲東擴。憑藉在波斯和印度徵集的財富和人力，土耳其人原本能夠所向披靡，他們的軍隊能夠從他們在巴爾幹半島已經征服的地區向西橫掃至大西洋。
進入18世紀，歐洲人普遍認為基督教世界只是僥倖逃過了這樣的命運，他們對15萬奧斯曼大軍第二次圍攻維也納的事件還記憶猶新。這種觀點的擁護者之一是有影響力的愛丁堡歷史學家威廉·羅伯遜。他欽佩西班牙人和葡萄牙人取得的成就，認為瓦斯科·達·伽馬開通前往印度的航線對歐洲做出的貢獻是無法計量的。羅伯遜說，「我為人類感到慶幸」，因為它的直接結果是「阻止了奧斯曼帝國的專制政府繼續向歐洲擴張疆域，也阻止了它對自由、學術和鑑賞力的壓制」。
然而，在17世紀即將結束之際，蒙巴薩的失守敲響了葡萄牙人在印度洋西半部海域的喪鐘，這種言談也顯得無足輕重。作為永恆的基督教最高權威的象徵而建立起來的耶穌堡，此時也被列入敵人手中的戰利品名單：霍爾木茲、馬斯喀特、科欽、馬六甲、錫蘭，甚至孟買，都淪為別人的嫁妝。
葡屬印度的崩潰應該主要歸罪於頑固的中世紀模式的葡萄牙政府，王室一時興起，就授予高階政府官員發財的機會。從理論上講，東印度貿易由葡萄牙國王壟斷，但實際上，這些貿易的壟斷權不斷被他們給予贊助的貴族竊取。既然人們認為每一個在東方的貴族都利用他的職位積聚財富，他的部下對此只剩下嫉妒。運作不靈的帝國體系對好望角之外的人和事無能為力。起初，所有重要決定都被反饋到里斯本，但是由於資訊交換可能要耗費18個月，等到訊息傳回，情況可能已完全改變，時日久了，總督和他的下屬就只能自行做出不可靠的決定。
所有事情中最嚴重的是1580年阿維什王朝終結，腓力二世奪得王位，之後葡萄牙的經濟在西班牙的60年「束縛」下走向衰竭。這恰好發生在17世紀初，葡屬印度不可避免地開始受到挑戰之際，而且英國和尼德蘭作為挑戰者，是西班牙不共戴天的敵人。葡萄牙人陷入腓力二世對英國和尼德蘭發動的災難性戰爭中，許多最精良的船隻和海員在西班牙無敵艦隊參與的海戰中被毀壞和喪生。葡萄牙的重稅使得人們陷入貧困，鬥志消沉。之前，小而落後的葡萄牙能夠憑藉一腔愛國熱情對抗一切；而這時候，它在東方的臣民很少願意為他們憎恨且統治著半個世界的腓力二世戰鬥賣命，自身利益成為他們的主要動機。
距離遙遠也是社會約束喪失的一個主要誘因。去往印度的旅行是如此遙遠和艱險，以致於許多葡萄牙人決定忘掉以前的聯絡，永久地沉迷於熱帶。早在16世紀50年代，一位絕望的果阿教士就驚慌地注意到這種趨勢：「因為有些人根本不在意他們的良心，沉浸在惡習之中，他們甚至二三十年都沒有想起自己已經結婚，沒有給妻子提供任何生活費用，也沒有給她們寫信。」當敵人的人數不斷增加時，即便是最禁慾的社會，也會為了守衛葡萄牙龐大的海上帝國而承受很大壓力。懶惰、絕望和道德墮落只是加速了它的覆滅。卡蒙伊斯的詩篇滿是對東方征服者的理想主義的頌揚，但是一道簾幕就要拉開了，其後時代的昏暗場景即將顯現。
也許關於東方的葡萄牙人急劇衰退的最生動描述，出自一位遊歷廣泛的法國人之手，這個人叫作讓·莫凱。莫凱被冠以「法王珍貴藏品的保護人」的頭銜，據說他是一位頗有名氣的植物學家，所以除了喜好傳播流言蜚語之外，他還兼具有學問的人的自負。17世紀上半葉，他和新任總督德·拉費拉伯爵一起，在一支由十三艘船組成的強大艦隊的護送下前往果阿。
這次航行從一開始就是一場災難。莫凱關於大西洋暴風雨天氣的畫，能夠很好地解釋為什麼從里斯本出發去遠航經常會被認為等同於被判死刑：「可以想見，當時的場景是多麼混亂不堪，人們吐得一塌糊塗，屎尿橫流，唯一能聽到的聲音是人們痛苦的哀嚎和呻吟……乘客紛紛詛咒開船的時間、他們的父母，以及他們自己。」
總督很快就病倒了，但他不是唯一病倒的人，其他人躺在中部甲板、箱子後面的角落裡奄奄一息，「老鼠還在啃食他們的眼睛和腳底」。莫凱很快發現自己感染了壞血病，每天他都走到船舷的一側，用刀剜掉腐爛的牙床，他「用繩子固定住自己，手中拿著一面小鏡子看看該割掉哪裡」。他將壞肉割掉之後，「還會排掉一些黑血」。最後，莫凱用尿液漱口。他認為對於壞血病，最好的治療藥物是丁香花汁和「上好的紅酒」。
最後，船隊到達莫三比克，由於錯過了將把他們帶往印度的季風，他們在那裡滯留了5個月。每天的死亡人數是10到15個，最後總計死亡人數達到725人。雖然莫凱之後痊癒了，但是他的災難遠非僅此而已，因為艦隊指揮認為他是一名間諜，正秘密為法國編制航海圖，所以將他投入了岸上的一所監獄，並且在他脖子上套上了一副鐵質枷鎖。他餓得半死，錢還被搶劫一空，但是3個星期後他被釋放，被允許重新回到船上。「葡萄牙人，」他帶著苦澀的偏見寫道，「主要是猶太人，天生殘忍又忘恩負義。」
他再次冒險上岸進行一次植物學考察，「發現了1000多種對我而言完全陌生的植物」，但是他特地要去尋找的是一種匍匐植物，那種植物被「用來治療衣索比亞（非洲）女人患有的一種疾病」。在等待季風的那幾個月裡，莫凱收集了他能夠獲得的所有關於非洲人的謠言，其中有一個關於莫諾莫塔帕士兵的故事。傳說他們「切下敵人的生殖器，將它們晾乾後送給他們的妻子佩戴在脖子上，她們對此非常驕傲」。他匆忙記下他聽到的每一個趣聞軼事，無論這些故事陰森可怕還是不大可能發生，還有一個故事是關於交給非洲人的尼德蘭囚徒的命運的。一個士兵宣稱他親眼看到一個食人者「切斷了一個尼德蘭人的喉嚨……然後趁熱喝下他的血液」。
當他們最終抵達果阿時，莫凱開始審視葡萄牙定居者的行為和態度：「他們一到達印度，就把自己打扮得十分華麗，儘管他們本來只是農民和商人，也都自稱紳士。」他們在商店拒絕支付賬單，還通過威脅殺死捕獲的鳥和其他動物折磨印度人，直到他們出錢買下它們，並將它們放生。「葡萄牙人故意做這些事來賺錢。」
他們對待奴隸的方式令莫凱感到震驚：「我在果阿寄宿時，聽到整夜的毆打聲和一些微弱的聲音，那是奴隸的呼吸聲，因為他們用亞麻布堵住奴隸的嘴防止他們大聲喊叫。」他列舉了各種虐待奴隸的方式，有一種需要用到煮沸的豬油，另一種是用擦了鹽和醋的剃刀切割。
不是所有的奴隸都是非洲人，許多奴隸是印度人，還有一些則是從日本和中國運來的。在莫凱寄宿的地方，有一個日本女孩負責端飯上菜。一天晚上，男主人評論說這個女孩的牙齒很白，他的妻子雖然心生嫉妒，當時卻沒有表現出來，「但是當她的丈夫出海時，她找到了機會，於是她讓人將那個可憐的女孩帶到她面前，並將她捆縛起來，還毫無憐憫地拔光了她的滿口牙齒」。
如果莫凱關於葡屬印度的生活的描述是孤立的，人們很有可能認為他的描述是隨意誇大而將之置於一旁，但是幾份同時代的報告卻對他關於葡萄牙人懶惰、殘忍和貪婪的描述有所響應。17世紀，那不勒斯旅行家喬瓦尼·卡雷裡在他的日記裡寫下果阿的大部分男人是如何豢養女性隨從的，這些女奴被稱作「苔蘚」，她們整天忙於「愛撫和按摩」主人的身體。
「苔蘚」這個稱呼不僅指代奴隸的工作，它還是一個地理名詞，因為他們中有許多人是從莫三比克用船運來的。在早些時候，大主教手下的教士林索登曾寫道：「大量的卡菲爾人被從莫三比克運到印度，很多時候，一個正當年的男人或者女人只賣兩三個達克特。」卡雷裡的描述更加清晰，他說這些奴隸來自蒙巴薩、索法拉、莫三比克和「非洲的其他沿海地區」。有些人是非洲戰爭中的俘虜，他們被賣給到訪的葡萄牙船隻，其他人則是因為飢餓而「陷入絕望」，自己將自己賣掉了。他們的價格仍然很便宜，「每個人15或者20那不勒斯克朗」。卡雷裡認為果阿的價錢會更高，但是在非洲人中流傳一個謠言：葡萄牙人買他們只是為了把他們的身體做成火藥。他繼續寫道：「我們講到的黑人，儘管有不好的一面，但是他們中的一些人具有高貴和文雅的天性，以至於他們保佑每個歐洲紳士都和他們一樣。」
依從東方的氣候與文化的不只是葡萄牙人。尼德蘭人和英國人很快就意識到，他們企圖在熱帶地區複製北歐的新教倫理與純淨行為是不切實際的夢想。在印度洋上航行的幾乎每艘商船都有為長官們取樂的「後宮閨房」。18世紀晚期，美國駐廣州的領事陸軍少校蕭三畏宣稱，當他發現「從印度駛來的船上長官們的妓女」和名門望族同住時，他感到十分憤慨。他稱呼她們為這些「生物」，她們一部分是馬來人，一部分是果阿人。孟買則長期以來因為它的惡習而臭名昭著。同樣地，許多從加爾各答前往東方的英國船隻完全依靠向中國走私鴉片牟利。
另一方面，特許公司從未揹負過崇高準則的包袱，而這正是葡屬印度建立的基礎。他們不對上帝負責，只對股東負責（所以當法國公司破產時，它只是終止運營而已）。果阿的宗教裁判所將印度的異教徒燒死在火刑柱上，但是特許公司甚至不會允許傳教士登上他們的甲板。
伊麗莎白女王祝福英國公司的話語還在耳邊迴響：出資人「冒險追逐商品、黃金、珍珠、其他珠寶和其他貨物，通過購買、以物易物、採購、兌換或者其他方式獲得這些東西」。「其他獲得的方式」幾乎涵蓋所有種類的坑蒙拐騙。