首先，蒙巴薩國王和他所有的維齊爾，以及蒙巴薩領土範圍內的所有酋長，自願確認成為英國國王的臣屬，整個國家將處於英國的統治之下，英王將享有其一半收入。
——模里西斯總督勞裡·科爾爵士，1824年
蒙巴薩保護國的第一任總督是22歲的約翰·賴茨。他機智風趣，又有多種才能，這使他很可能在皇家海軍中升至高位。他出生在開普敦，是一位尼德蘭海軍上校的兒子，他父親曾與英國人作戰。但是，約翰·賴茨對於他所入籍的國家無比忠誠。儘管缺少任何明確的指令，但是這個年輕的海軍上尉還是決心作為英王喬治四世的代理人，在蒙巴薩盡其職責。他充分發揮他極為有限的領導團隊的作用，立刻宣稱他有權安置耶穌堡內的阿拉伯和斯瓦希里公職人員。賴茨向他們宣告他的看法之後，得到了他的二把手海軍見習軍官菲利普斯的協助。菲利普斯自從到達印度洋地區之後，就自學了阿拉伯語。
即便如此，這兩位年輕軍官還是很難理解他們寄主間的指揮鏈條。之前，馬茲魯伊家族帶頭要求英國人予以他們保護，但是他們此時卻順從於當地斯瓦希里社群的領袖——謝赫艾哈邁德·本。他是馬林迪前統治家族的後裔，能講一些葡萄牙語，似乎所有事情都要通過他才能決定。阿拉伯人是寡頭政治，而深膚色的斯瓦希里人數量更多，這兩個群體與居住在大陸的非洲人有很大不同，他們大部分是奴隸。
從大陸來的商人到這座島用象牙、犀牛角和柯巴樹膠交換黃銅手鐲、珠子，以及用單桅帆船從印度運過來的其他製品。島上還有印度商人，以及來自馬斯喀特、桑給巴爾、亞丁和許多阿拉伯海其他港口的相似社群的商人。賴茨覺得對印度商人特別有義務，因為他們是大英帝國的臣屬。他聽說他們經常被阿拉伯人欺詐，阿拉伯人買東西賒賬，從來不付錢。
從一開始，年輕無知使得賴茨和菲利普斯處於不利的境地。歐文之前答應給賴茨12名黑人士兵充當警衛，但是他們沒有來。這件事再加上英國人在耶穌堡內面對的環境，使得他們變得更加憤怒。他們的旗幟在曾經顯然是一個壯觀的堡壘的上空飄揚，而此時這裡卻是一片廢墟。在保護國宣告成立之後的幾個星期，另一艘皇家海軍的戰船到訪蒙巴薩，船長康斯坦丁·穆爾斯姆評論這座堡壘處於「一個完全荒廢的狀態，幾乎找不到一門可以使用的火炮，城牆內遍佈茅草小屋，那是酋長和他數量龐大的家人，以及奴隸的住所」。
賴茨很快意識到，他的寄主並不真心希望成為英國的附屬：他們只是想用英國國旗嚇走賽義德·賽義德，並且讓皇家海軍的戰艦幫他們重新獲得奔巴島。賴茨在他寫給歐文的信中講出了他的懷疑，這證實了歐文已經發現的情況：他理想主義的帝國擴張存在許多問題。當歐文離開蒙巴薩時，他將馬茲魯伊家族的一名首領帶上了「利文」號，他希望將他安頓在奔巴島，然後繼續航行。儘管在奔巴島歐文教訓了一通蘇丹任命的總督，但是他拒絕屈服。他們在桑給巴爾發生了更多爭吵。這個訊息很快就傳到了馬斯喀特的賽義德耳中：那位吵吵鬧鬧的英國上校使用「威脅性的語言」和「某些不堪重複的表述」。自然，賽義德立刻將這個訊息傳給了他在孟買的朋友埃爾芬斯通。
歐文交給賴茨的任務清單很粗略，其中視察蒙巴薩南部最為重要：畢竟，南下直到潘加尼河的海岸線，都在條約規定下割讓給了英國。由於耶穌堡周邊的生活讓賴茨感到十分沮喪，他渴望出發去考察，即使這意味著在風雨裡前行，因為西南季風此時仍然很猛烈。馬茲魯伊家族的其中一位領袖答應陪同他，並且給他提供一艘大型護衛艦和許多騎行用的驢子，但是熱帶風暴延緩了他們行進的速度。
一行人掙扎穿過泥濘貧困的城鎮，這些城鎮屬於效忠於馬茲魯伊家族的謝赫。沿岸的每一個地方都留下了被賽義德軍隊蹂躪的痕跡。坦噶港就是一個典型例子：它曾是「一個象牙大市集，比蒙巴薩和附近的其他任何地方都要大」，而此時只剩下300個居民，依靠魚和從內陸得到的一點兒穀物為生。
為了完成英國人對東非大陸的第一次探索，賴茨希望溯潘加尼河而上，它是進入內陸的一條主要路線。為了到達河口，賴茨和幾個槳手乘坐一艘敞篷小船出發，但是他們持續遭遇暴風雨，夜幕降臨時，他們不得不在一個多岩石的海岸拋錨。5月21日早上，賴茨因為瘧疾發熱而全身抽搐。他的同伴決定必須將他立刻送回蒙巴薩。
返程只花了8天時間，但是在快到蒙巴薩城時，賴茨死了，他成為非洲疫病的又一名受害者，這種病已經殺死了他的很多同僚。他被葬在葡萄牙教堂的廢墟之中，大概200年前，蒙巴薩的基督徒在那裡等待變節的蘇丹優素福對他們命運的處決。幾個月之後，海軍見習軍官菲利普斯和那位海軍下士威廉·史密斯也會被埋在那裡。
賴茨的總督任期持續了不到4個月。他的死應該歸咎於他過於性急而拒絕等待雨季結束就出發。然而，他的死訊會增加孟買和倫敦方面對於在東非海岸建立一個英國據點的擔憂。這一步不是輕易就能邁出的。
蒙巴薩距離遙遠而且通訊緩慢，這些因素必然會使多個利益群體對歐文上校的冒險活動的反應要經過很長時間才會集中顯現。倫敦和孟買之間有書信往來已經是幾個月之後的事了。因為他們無法忽視蒙巴薩的局勢，它很可能引起一場外交風波，因而他們在信中的語氣很緊迫。印度政府提出警告：阿曼可能會疏遠我們，它有可能會向波斯或者俄國開放道路以控制波斯灣的入口。還有跡象表明，馬茲魯伊家族對英國沒能滿足其野心感到憤怒，他們計劃將蒙巴薩的控制權交給法國人，法國的船隻再一次開始徘徊於印度洋。甚至還有人暗示，葡萄牙人被英國旗幟在耶穌堡上空飄揚的訊息觸怒，因為他們仍然宣稱耶穌堡是他們的。
歐文一直以來都希望英國能在東非海岸建立據點，這項事業迫使歐文花費更多時間，從而逐漸遠離他在印度洋的探索任務。從蒙巴薩來的代表團還在他的船上，所以他的第一站是模里西斯，他試圖勸說那裡的新任總督勞裡·科爾爵士以英國的名義正式確認蒙巴薩為保護國。但是科爾不敢這麼做，而是寫信給殖民地大臣巴瑟斯特勳爵，說他不完全相信馬茲魯伊家族是真誠的，但如果他們是真誠歸順，他們將會對「陛下的政府有利」。他不打算對這個非洲大陸的前哨站採取更加積極的態度，它距離模里西斯大概2000英里。
儘管代表團對他提出的一系列問題都做出了過分恭維的回答，但是對於歐文提出的給耶穌堡派一支守備軍的請求，他仍無法確定蒙巴薩人是否會接受。總督應該是受到了船長穆爾斯姆的影響，這位船長在拜訪過蒙巴薩之後再度出發，剛剛到達模里西斯，他認為如果沒有一支守備軍，英國的旗幟有「墮落」的危險。
埃爾芬斯通緊接著從孟買將東印度公司的立場發往倫敦。他承認，向蒙巴薩聲稱賽義德·賽義德是「我們忠實熱忱的盟友」，這種做法比較曖昧，但重要的是這使他感到心安。如果英國真想推進保護國這件事，至少應該對他提供補償。而在相反陣營裡，歐文大力主張出錢使賽義德放棄他在東非的統治權：「我建議我們的政府和馬斯喀特的伊瑪目（蘇丹）商談他在東非的所有統治疆域，向他提供一筆永久性補償，價值與他目前從東非得到的稅金完全相等。」他在寫給英國海軍本部大臣一系列激情澎湃的信中提出了這個建議。
雖然來自印度洋的信件立場可能是積極的，但是英國政府仍然迴避蒙巴薩問題，認為在非洲建立殖民地的時機尚未到來。甚至在埃爾芬斯通提出他的看法之前，巴瑟斯特就已經裁定應當放棄保護國。只不過由於歐文及其支援者的堅持和努力，保護國又存在了18個月。
這一回，英國任命了另一位海軍上尉詹姆斯·埃默裡為蒙巴薩的總督，他在賴茨死後被皇家海軍送上岸。堅韌的埃默裡比他的前任大10歲，他每天在日記裡記錄下他與馬茲魯伊人一起生活的情形。這表明他永遠也不知道他接下來會遭遇什麼：有時候，馬茲魯伊人友好地奉承他，而有時候，他們公然表現出對英國人沒能為他們贏回奔巴島的厭惡。他們的陰謀沒完沒了，埃默裡時常擔心自己的安危。儘管不可避免地受到熱疫的侵襲，但是埃默裡成功地組織建造了一座碼頭和一口沉井。他使用從海港裡一艘單桅帆船上釋放的奴隸，完成了這些任務。