一位威嚴莊重、剛強有力的統治者可能會抓住機會，在迫使德國人行事謹慎的同時，重新獲得海岸地帶當地統治者的忠誠。但是對於這兩點，哈利法都做不到。9月，他見證了東非第一場抵抗運動的開端。這場麻煩始於德國東非公司在8月提出的一項決議：要在從內陸地區通往印度洋的商隊主要線路的終點站巴加莫約升起德國的旗幟。由於從桑給巴爾來的數百艘獨桅帆船陸續到達巴加莫約，在那裡解除安裝它們的貿易貨物，並且裝上內陸的出口商品，德國做出的這個決議是一個挑釁。蘇丹的阿拉伯使者抗議這個舉措違背條約，但是他們受到海岸附近德國戰艦的恐嚇。
在更北邊的一個小海港潘加尼，年輕軍官埃米爾·馮·澤勒斯基威脅當地的阿拉伯總督，侮辱伊斯蘭教，而且嘲笑蘇丹的名字。很快，他就有了一個不友善的綽號「恩尤恩多」（nyundo，意為鐵錘）。澤勒斯基告訴城裡的居民，如果他們違抗他的命令，他將召集海軍艦船發起一次轟炸，為了使他們領會他的意圖，他讓100名德國海軍士兵登岸。他們摧毀財物，還拉下了蘇丹的旗幟。
1888年9月4日，第一場抵抗運動的領袖誕生了：謝赫阿布什裡·本·薩利姆，他是潘加尼附近一個富有的糖料種植園主。他的父親是阿拉伯人，他的母親則是一位來自衣索比亞南部的侍妾。他身材矮小，眼光犀利，留著灰白色的鬍子。阿布什裡穿著昂貴的阿拉伯服飾，他總是認為自己絲毫不比蘇丹差，他屬於一個歷史悠久的哈爾希社群，他們將阿曼人視作東非的暴發戶。阿布什裡上次訪問桑給巴爾還是在20年前，他宣稱如果他此時去桑給巴爾，會有被絞死的危險。在他看來，哈利法無權將海岸地帶交給任何人。因而，在未尋求蘇丹同意的情況下，他對潘加尼發起了一次軍事襲擊，並且封鎖了澤勒斯基所在的司令部。德國人被要求在兩天內離開海岸，他們的一艘戰艦在靠近海岸時被點燃。
阿布什裡的副指揮官是他的內兄弟謝赫賈哈茲。賈哈茲出生在葛摩群島，那裡的民眾因為勇氣而聞名，他曾經作為一名炮手隨亨利·斯坦利一起穿越非洲。儘管賈哈茲和阿布什裡都屬於阿拉伯社群，但是他們從來不缺乏非洲追隨者。從內陸南下而來的戰士，還有從海岸各地趕來的其他小分隊紛紛投奔他們。很快，謝赫阿布什裡就組織起一支軍隊，雖然這支軍隊不守軍紀，但是人數有八千人之多。當德國人試圖登陸潘加尼時，這支隊伍趕走了他們。當他們佔領基爾瓦的前哨站時，他們殺死了兩名德國軍官。最後，桑給巴爾蘇丹的陸軍指揮官英國將軍勞埃德·馬修斯拯救了澤勒斯基和他的德國同伴。馬修斯並未在海岸做過多停留，他意識到他自己的人站在阿布什裡一邊。
到年底時，除了在達累斯薩拉姆和巴加莫約還有兩個小貿易站之外，德國人已經完全被逐出了大陸。這些據點只有在位於海岸附近的戰艦的幫助下才能堅持下來：巡洋艦「萊比錫」號炮轟並且部分摧毀了巴加莫約，以便驅逐阿布什裡的軍隊。在巴加莫約和潘加尼之間的港口薩達尼，非洲當地的統治者赫利也集合了一支抵抗隊伍。
阿布什裡與被俘虜的旅行家奧地利人奧斯卡·鮑曼交談，後來他毫髮無損地被釋放了，而阿布什裡重申他不承認桑給巴爾蘇丹簽訂的任何條約。海岸地帶獨立了。但是，他完全不顧及俾斯麥的尊嚴，俾斯麥認為他們在東非對德國統治的成功抵抗，將使整個殖民主義者的權力場陷於危險境地。白人戰無不勝的光環必須被維持下去。
作為軍事行動的引子，俾斯麥命令德國的政府報刊開始寫關於在海岸「恢復秩序」，以作為對抗奴隸貿易的先鋒的文章。這顯然是引領公眾支援政府直接干預的最好辦法。在達累斯薩拉姆附近的一場突襲中，當一群「暴動者」殺死了三名天主教傳教士時，其中兩人是婦女，俾斯麥的機會來了。在贊成殖民主義者的群體，以及投錢給德國東非公司（已經接近破產）的銀行的幫助下，德國的民眾情緒達到了高潮。
這位「鐵血宰相」採取的第一個舉措是進行一場海上封鎖，以阻止阿布什裡的軍隊得到武器和彈藥。重要的一點是英國同意參與這次行動，兩國海軍巡邏了550英里的東非海岸，其中三分之二的海岸地帶是德國的勢力範圍。在德意志帝國議會上，唯一批評俾斯麥干預行動的人是社會民主黨黨員，其發言人奧古斯特·倍倍爾譴責德國東非公司是「一小群富有的資本家、銀行家、商人和實業家」的代表，其利益與德國民眾的利益毫不相干：「他們的驅動力是財富，只有財富，別無其他。為了有可能開發非洲民眾完整而未被擾亂的資源，他們要花費數百萬馬克，而這些錢出自納稅人的腰包和國家的金庫。」
然而，這些錢款很快就會到來。1月底，在封鎖顯然無效後，議會投票決定提供400萬馬克，「以便壓制奴隸貿易和保護德國利益」。曾兩次穿越中非的著名旅行家赫爾曼·馮·維斯曼，受命組織一支軍隊。他在開羅招募了600名蘇丹僱傭兵，在莫三比克招募了350名尚迦納人（他們被描述成祖魯人，以便使他們聽起來更加嚇人）。當地軍隊很少被僱傭，因為他們的忠誠度總是令人懷疑。80名德國軍官和其他職級人員被選出來領導這支「維斯曼軍團」，在他們的長官假裝與阿布什裡進行和平談判時，他們經受高強度的軍事訓練。
當維斯曼判斷自己準備就緒時，他的部隊分兩路在巴加莫約和達累斯薩拉姆登陸。他們擁有現代武器，包括26門野戰炮，還有7艘戰艦支援他們。用剛剛到達東非的貝克爾醫生的話說，他們的職責是「恢復德國的優越性」，並且從「暴亂者」手中「解放」這個國家。很快，事實就證明阿布什裡註定要失敗，因為很多來自內陸的戰士已經漂流回家，而在雨季的漫長等待已使他的斯瓦希里追隨者精力衰竭。此外，德國人疾風暴雨般地席捲了他們用柵欄圍起來的營地，使他們遭受巨大傷亡，之後德國人又沿海岸成扇形展開攻擊。村莊被焚燬，而被懷疑對阿布什裡不忠的酋長被絞死，戰敗的首領逃往內陸。之後，維斯曼出1萬盧比（1.5萬馬克）懸賞阿布什裡的項上人頭。
數月以來，阿布什裡都避開了追捕，甚至還大膽返回海岸地帶，但是沒能成功襲擊達累斯薩拉姆。隨著前景越來越令他絕望，他開始變得和德國人一樣殘暴。他對有可能背叛他的當地人施以嚴酷的懲罰。1889年11月底，有報告稱這位目中無人的謝赫要在距離他的家鄉潘加尼僅4天行程的姆文達建造一座用柵欄圍護的堡壘。
受到維斯曼懸賞誘惑的非洲酋長穆罕默德·索阿將這個訊息捎給了德國人。維斯曼的嚮導帶領一支由蘇丹僱傭軍和白人軍官組成的部隊到達一個供應阿布什裡食物的村莊。在一場小規模戰鬥之後，這個村莊被焚燬。之後，嚮導給他們指引前往姆文達的路線，德國人決定在午夜發起進攻。在警報響起前，德國士兵匍匐爬行到敵方士兵睡覺的營地中央。阿布什裡手下有30多人被殺死。他在黑暗中成功逃跑，但是丟下了他的一切財物，包括他的槍炮、旗幟，還有一箱檔案。
一週後，酋長馬加亞背叛了阿布什裡。精疲力盡的逃亡者正好來到他的村莊卡姆科羅尋找食物，於是馬加亞將阿布什裡關起來。聽到這個訊息高興不迭的德國人被領進一間小房子，看到阿布什裡躺在地上，上著鐐銬，脖子上還戴著叉形奴隸枷鎖。他被帶回他的家鄉潘加尼的海岸地帶。阿布什裡十分怨恨，他告訴審問者，潘加尼人以《古蘭經》的名義發誓奮戰到最後一刻，將德國人驅逐出去：「其他所有人都違背了他們的誓言。我是唯一一個直到今日仍然忠於這個誓言的人。」
謝赫及其兩名陸軍中尉接受了簡易的審判，1889年12月15日被處以絞刑。在阿布什裡被處死之前不久，他宣稱他沒有完全斷絕與桑給巴爾蘇丹的聯絡，在他發起抵抗運動後不久，桑給巴爾的蘇丹寫信給他，鼓勵他戰鬥。之後，英國和德國一致認為這個陳述應該被「嚴格保密」，以避免對蘇丹的良好信譽產生懷疑。
通過鎮壓「阿拉伯人的暴亂」並絞死其領導者，德國人強化了他們對之後被命名為坦噶尼喀的地區的控制，這片地域的面積是德國的3倍。儘管這場戰爭的結局早已為人所知曉，但是他們還要經歷數年的戰鬥。當地統治者被授予德國旗幟，那些拒絕接受的人會受到懲罰，他們的村莊將被付之一炬。很多不順從的人遭到鞭打。毫不奇怪，征伐經常會遇到埋伏：在對抗阿布什裡戰爭中表現出彩的馮·澤勒斯基上校在攻擊緊密團結的赫赫人統治者姆誇瓦時被殺，與他一起陣亡的還有9名德國軍官和300名非洲士兵。
最後，誰的火力強誰就獲勝。一個接一個酋長被迫順服。姆誇瓦選擇自殺，而不允許自己成為俘虜，然後被絞死。他的頭顱被砍下送往柏林。相較之下，堯人首領馬琴巴則幸運得多，他違抗來自坦噶尼喀湖最南端馬孔代國德國人的命令。他的一位副官曾向傳教士學過英文，這位副官將馬琴巴的話記錄下來，寫信寄給維斯曼，他曾命令馬琴巴到達累斯薩拉姆：「我收到你的命令了，但是我覺得沒有任何理由應該遵從你的命令。我寧願死……如果出於友誼，無論何時我都不會拒絕，我不會成為你的臣屬……我不會前往。如果你足夠強大，你可以到這裡來抓我。」維斯曼派出去的遠征軍毀壞村莊和莊稼。馬琴巴抵抗了9年，之後穿過邊界，逃到了葡屬莫三比克。
在尼亞姆韋奇人中，之前米蘭博展現的獨立與戰鬥精神在首領埃塞克手中得到復興。埃塞克位於塔波拉貿易中心附近的堡壘，控制海岸地帶與坦噶尼喀湖之間的主要貿易路線。埃塞克拒絕與德國人進行任何商談。儘管德國人用大炮轟炸他們，但是他們兩次擊敗德國人試圖佔領堡壘的襲擊。由陸軍中尉馮·普林斯率領的第三次進攻突破了堡壘的防禦。埃塞克及其家人撤退到一間存放彈藥的房間，他引爆了自己，而沒有選擇淪為俘虜。馮·普林斯擔心埃塞克通過他最後的反抗舉動逃避他應得的懲罰。但是，一聽說這位至高無上的首領還活著只不過奄奄一息的訊息時，馮·普林斯立刻把他找出來吊死了。