在乘坐飛機回國時，戈爾巴喬夫召集了他的顧問，一邊吃午飯，一邊分享他此次西班牙和法國之行的感受以及對未來的構想。西方領導人對蘇聯的未來表現出的擔憂讓他欣慰和感動。戈爾巴喬夫說，上策就是支援葉利欽推動經濟改革，同時推動新聯盟條約的簽署。所有人都表示同意。「在飛機上，唯一對成功報以悲觀態度的人是戈爾巴喬夫夫人，」帕拉日琴科後來寫道，「儘管她說得不多，可是她深切的擔憂顯而易見。」
就像戈爾巴喬夫在克里米亞經受了嚴峻的考驗後回到莫斯科一樣，從某種程度上說，當他從馬德里回來的時候，面對的也是完全不同的國家。因為這個國家又一次被改變了，改變者正是葉利欽。葉利欽決定進行全面的經濟改革，而這一切恰好是戈爾巴喬夫之前一直不想做、現在也沒有時間去做的事，但葉利欽的所作所為給每個人都留下了深刻的印象，包括戈爾巴喬夫的顧問們。「這些天可以說是起著決定性作用的大日子，」從馬德里返回的途中，切爾尼亞耶夫在他日記裡這樣寫道，「毫無疑問，葉利欽在俄羅斯議會上的發言是一個重大突破，一個全新的國家、一個不同以往的社會將要形成。」
葉利欽迫切想讓大家知道，他在俄羅斯議會演講中所提及的內容是他確實要做的事。俄羅斯削減了蘇聯各個主要部門的經費。大學教授發不出工資，學生沒有獎學金。切爾尼亞耶夫估計到11月中旬，僅在莫斯科就有5萬部委人員失業。因為俄羅斯撤走資金，蘇聯的金庫早已空空如也，所以他和總統辦公廳的工作人員第一次領不到工資了。食品短缺成為了日常生活的寫照。戈爾巴喬夫從馬德里返回後重新煥發出力量，他感覺自己還有機會奪回曾經丟失的政治地盤。11月4日，在所有共和國領導人都出席的國務院會議上，戈爾巴喬夫抨擊葉利欽，指責他實施改革的計劃不夠縝密。
「回顧已經發生的一切，」戈爾巴喬夫說道，他指的是葉利欽價格自由化改革引起的消費者恐慌，「通常來說，在莫斯科每天要售出1800噸麵包，但是昨天，已經達到2800噸了！人們瘋狂地搶購貨物，商家開始囤積。市場被甩到了一邊：商家坐等漲價。」戈爾巴喬在葉利欽走進屋子之前就開始了抨擊，葉利欽遲到了，但在葉利欽到達會場之後，戈爾巴喬夫仍然繼續批判。「這就是延誤時機所要承受的代價。」戈爾巴喬夫在葉利欽出現後公開說。「那些繞桌而坐的人相互竊笑，」潘金回憶說，「角色逆轉了，現在輪到戈爾巴喬夫斥責葉利欽浪費時間。」
戈爾巴喬夫藉助他在馬德里所恢復的世界領導人的光環提出了他的主要目標，即維持蘇聯。「西方害怕蘇聯解體，」他告訴共和國領導人，「我向你們保證這就是我在馬德里所有談話的主題，他們不能理解我們這裡發生了什麼。正當我們終於走上民主之路、清除集權主義的殘餘時……他們說蘇聯必須作為國際體系的支柱之一而存在下去。」葉利欽無動於衷。他要求與會者堅持原來的議程，以此破壞戈爾巴喬夫想就聯盟協議的簽署重新展開討論的企圖，因為議程裡並不包括這一項。但是俄羅斯總統基本上對聯盟的設想並無敵意，他甚至表示支援繼續維持聯合武裝。戈爾巴喬夫的發言人格拉喬夫得出這樣一個結論：葉利欽沒有摧毀蘇聯的直接計劃。
在接下來的日子裡，戈爾巴喬夫扮演起了自己的傳統角色——保護俄羅斯的自治共和國免受俄羅斯政府的「暴政」。他對葉利欽的攻擊步步緊逼，愈演愈烈。葉利欽對待車臣共和國的態度就受到了質疑。11月9日星期六，正是」1917年布林什維克革命」紀念假期中的一天，切爾尼亞耶夫發現他的老闆在辦公室打電話。戈爾巴喬夫對切爾尼亞耶夫說：「他（葉利欽）在幹什麼？他到底要幹什麼？如果他這麼做，成百上千的人會被殺害。」
前一天晚上，中央電視臺宣佈俄羅斯總統簽署了一項法令，宣佈車臣進入緊急狀態。車臣曾是俄聯邦境內的自治共和國，不久前剛剛宣佈獨立。現在戈爾巴喬夫正在和他的安全部長們進行磋商，試圖阻止流血事件的發生。戈爾巴喬夫繼續對切爾尼亞耶夫說：「我聽說，他（葉利欽）派到那裡的人拒絕執行任務。議會同樣如此，所有的派系和團體正在展開討論，爭論不休。他們現在團結一致對付‘俄羅斯人’了。軍隊逼近時，造反派已經組織了婦女和小孩走在隊伍的最前面。蠢貨！」最後一個詞是獻給葉利欽和他的團隊的。
俄羅斯與車臣衝突於1991年11月突然爆發，緊接著席捲了整個北高加索地區。其根源要回溯至19世紀，俄羅斯征服了這片土地。二戰期間，斯大林要求所有車臣人重新定居在哈薩克，以懲罰他們的不忠。赫魯曉夫允許車臣人和英古什人（另一類北高加索人，與車臣人有著相同的流放經歷，都想要建立自治共和政府），在20世紀50年代後期返回北高加索。30年後，「新思維」和「政治公開性」改革的實施使車臣人有機會尋求自身身份，謀求主權和獨立。從這個層面上講，他們與蘇聯其他民族並無差異。
1991年6月，葉利欽在俄羅斯總統選舉中獲勝後，於1990年秋季成立的具有獨立傾向的組織——車臣全國代表大會宣佈：車臣共和國與印古什共和國分離。一位47歲名為焦哈爾·杜達耶夫的將軍成為車臣領導人。一個月前他辭去了駐愛沙尼亞的蘇聯戰略轟炸機編隊總指揮的職位，因為在那裡他親眼目睹了波羅的海共和國追求主權與獨立的運動，杜達耶夫希望他的家鄉也能如此。他們的人口比愛沙尼亞共和國僅僅少一點，根據蘇聯的人口普查，在愛沙尼亞和車臣，各有近100萬和近75萬的本族人，俄羅斯和其他的斯拉夫人在愛沙尼亞佔四分之一，在車臣則是三分之一。但是愛沙尼亞和車臣又是如此不同，前者有蘇聯共和國的身份，其爭取獨立的權利獲得了布什和葉利欽的認可和支援。另一方面，後者的共和國地位是自稱的，不被任何人承認，更別提獨立了。
在8月政變中，杜達耶夫支援俄羅斯總統。「我們控制著局勢，組織武裝團體，限制內務部和克格勃發揮作用，然後接管了部隊、通訊和鐵路樞紐。」杜達耶夫回憶起當時他發給葉利欽報告中的大致內容。莫斯科政變的失敗強化了杜達耶夫在車臣的權力，但並沒有使得他成為車臣的領導人。在官方層面上，權力仍然屬於那些支援政變的既有領導人。在9月6日，杜達耶夫在共和國的首都格羅茲尼發動政變。他的支援者湧進政府大樓並且接管了那裡。共和國議會的領導被迫辭職。格羅茲尼市市長在造反派接管大樓時從辦公室的窗戶跳窗自殺，在這場奪去了無數人生命的衝突中，他是第一個政治犧牲品。
葉利欽和他的顧問，也包括俄羅斯議會代理議長——車臣人盧斯蘭·哈斯布拉托夫，發現他們處在一個艱難境地。這些在車臣的反對派是以前的蘇共幹部，他們反對車臣獨立，然而，以杜達耶夫為首的支援者卻支援車臣獨立。在9月和10月上旬，葉利欽的顧問，其中包括哈斯布拉托夫和副總統魯茨科伊先後拜訪了格羅茲尼，他們通過談判，達成了協議，原共和國議會解散。選舉很快就進行了，但是令俄羅斯當局大失所望的是，這並不是產生新的共和國議會的選舉。
10月27日，該選舉遭到了俄羅斯族人的聯合抵制，並且被指責在多處違反了選舉法，可是杜達耶夫將軍還是被選為車臣領導人，他頒佈的第一條法令就是宣佈車臣的政治主權，看起來要解體的不僅僅是蘇聯，還有俄羅斯聯邦。11月7日，葉利欽頒佈了法令，宣佈車臣處於國家緊急狀態。在第二天，內務部隊被派往格羅茲尼市附近的漢卡拉機場。1500名身著警服計程車兵準備進入格羅茲尼市內，廢黜新政府，並且逮捕杜達耶夫及其隨從人員。11月8日的晚間新聞中，整個國家都瞭解到了葉利欽的法令。一切已經公之於眾。
車臣人拒絕被脅迫，他們繼續為從俄羅斯完全獨立出去而努力著。次日，杜達耶夫將軍正式就職擔任車臣第一任總統。一天後他頒佈一項法令，宣告葉利欽頒佈的車臣進入緊急狀態的法令無效。當地警察開始對付這些叛國者，因為這些人接管了警署和克格勃機構，甚至開始武裝民兵，杜達耶夫早期的法令之一就是要動員全國所有年齡在15歲到55歲的男子入伍。駐守車臣的蘇聯軍隊的軍營被團團包圍，俄羅斯與外高加索國家——亞美尼亞、亞塞拜然以及喬治亞共和國的鐵路要道已被封鎖。
11月10日，為了讓世界關注俄羅斯在車臣採取的軍事行動，3名車臣武裝分子劫持了一架載有171名乘客的蘇聯飛機，並且使其改變行程飛往了土耳其。把驚恐不安的人質留在了安卡拉機場之後，劫持者飛回了格羅茲尼，在那裡他們被當作民族英雄而受到歡迎。這是車臣宣佈獨立以來製造的首個恐怖襲擊，主犯是26歲的沙米利·巴薩耶夫，幾個月前，他曾參與俄羅斯白宮的保衛戰。若干年後，他領導的組織佔領了位於戈爾巴喬夫的老家斯塔夫羅波爾地區的一家醫院，挾持該院的所有患者作為人質。
受葉利欽委派監督車臣一切軍事活動的副總統魯茨科伊發現自己身處困境，杜達耶夫對獨立武裝力量的成功動員只是魯茨科伊一行人面臨的問題之一，同樣嚴重的還有蘇聯當局對他們下達的命令的蓄意破壞。蘇聯內務部長維克多·巴爾尼科夫曾擔任俄羅斯內務部長，他並不贊成內務部隊攻打車臣。這對於魯茨科伊的計劃是致命一擊。警察和內務部隊是俄羅斯領導層唯一可動用的、可以在車臣執行緊急任務的武裝力量。軍隊仍在蘇聯的管轄之下，克格勃也是在蘇聯的管轄之下，因此剛開始俄羅斯官員決定不在格羅茲尼動用軍隊。沒有蘇聯軍事部門的合作與支援，魯茨科伊無法執行葉利欽的命令。
只是一切明白得太晚了。當魯茨科伊和議會議長哈斯布拉托夫開始向蘇聯安全部長尋求幫助時，他們都拿戈爾巴喬夫的話做擋箭牌，拒絕出兵援助。在11月7日，葉利欽給戈爾巴喬夫寫了一封信，他僅僅告知蘇聯總統自己將要在車臣使用武力的決定，完全沒有尋求建議或幫助。這封信還寫明葉利欽也將把自己的決定告知聯合國秘書長。葉利欽和他周圍的人明顯誤判了俄羅斯的獨立程度。他們可以削減戈爾巴喬夫的辦公經費，削減蘇聯各部委的經費開支，可以在媒體上羞辱和嘲笑戈爾巴喬夫，不讓蘇聯總統干涉國家的經濟和社會事務，但是戈爾巴喬夫依然是莫斯科國際利益的唯一代表者，他控制著蘇聯的軍隊、情報機構以及內務部隊。既然安全部門的部長不願意讓自己的軍隊受葉利欽的調遣，戈爾巴喬夫也就給了他們一個完美的藉口。
隨著車臣行動陷入危境，俄羅斯議會主席團召開會議，討論當前的局勢，並在11月9日釋出了兩條法令。一是指示俄羅斯總統全面掌控俄聯邦境內的內務部隊；另一個是譴責葉利欽針對蘇聯部長的法令，在執行過程中存在諸多問題。法令寫道：「建議俄羅斯總統評判行政機構各位領導的行為。」簡單地說，意思是要開除蘇聯部長。問題是葉利欽沒有權力這樣做。在要求無果之後，俄羅斯議會軍事法庭主席團的巴拉尼科夫（即聯邦內務部長）和魯茨科伊，決定打電話給戈爾巴喬夫。
當時正在戈爾巴喬夫辦公室的切爾尼亞耶夫，在他的日記中寫道，戈爾巴喬夫先是聽魯茨科伊發牢騷，然後把話筒放在一邊，擱置了十分鐘，讀起了桌上的報紙，任憑魯茨科伊發洩他的不滿。根據切爾尼亞耶夫所言，戈爾巴喬夫隨後告訴俄羅斯副總統：「亞歷山大，冷靜一點，你並不在前線，你應該從山上開始封鎖、包圍並阻止他們的進攻，這樣一來，一個車臣人也無法突破，然後逮捕杜達耶夫，隔離其他所有的人——你是怎麼了？難道你不知道接下來會發生什麼嗎？我已經得到訊息，在車臣，沒有人支援葉利欽的法令。他們已經聯合起來反對你。別失去了理智。」戈爾巴喬夫又回到了自己的世界裡，再一次遊刃有餘。
沒有蘇聯中央的支援，俄羅斯當局在11月10號下令撤回已經派往格羅茲尼的內務部隊。俄羅斯議會投票廢除了葉利欽宣佈車臣進入緊急狀態的法令。據稱，這份法令是魯茨科伊幫忙起草的，現在卻因為執行該法令而受到指控，承擔失敗的責任。葉利欽讓他的新聞秘書沃夏諾夫準備一個新聞稿，說明總統一直主張使用政治途徑解決車臣問題。總統對他的新聞秘書說：「你知道，我們當中有些人，用坦克摧毀車臣就像他們在阿富汗炸燬村莊一樣容易。」葉利欽指的是魯茨科伊，他和杜達耶夫將軍都是參加過阿富汗戰爭的老兵。
葉利欽在莫斯科附近一個名為扎維多沃的狩獵勝地度過了車臣危機中最關鍵的日子。11月7日是十月革命紀念日，也是蘇聯精英們向來要大肆慶祝的節日。長久以來葉利欽一直是這群精英分子中的重要一員，他自然也對這個節日另眼相待。慶祝活動顯然不止一天。11月9號，戈爾巴喬夫想和葉利欽一起召開會議討論車臣危機，但是扎維多沃那邊的電話卻說，總統喝醉了。戈爾巴喬夫不得不放棄開會的想法。戈爾巴喬夫對切爾尼亞耶夫說：「和鮑里斯·尼古拉耶維奇剛說了幾句話，也就幾秒鐘，我就明白談話是沒有意義的，他說話語無倫次。」戈爾巴喬夫後來告訴哈斯布拉托夫說這次會議不得不推遲，因為葉利欽現在已經醉得「不是他自己了」，哈斯布拉托夫曾致電要求恢復車臣的秩序。
不管葉利欽這麼做是有意還是無意，然而，他在第一次車臣危機最關鍵的時刻把自己孤立起來，而讓他的助手去執行自己的法令，這一決定深刻地影響了事情的結果。幾個月前那個曾動員自己的武裝力量抵制進入國家緊急狀態的人，當俄羅斯領土內再次上演這一幕時，卻消失不見了。只有他能夠從戈爾巴喬夫那兒奪過武裝力量，但是此刻他拒絕了，或者他根本辦不到。就像早些年戈爾巴喬夫對待波羅的海國家獨立運動的態度一樣，在車臣共和國的問題上，葉利欽不願意全力支援強硬派。在這兩件事中，外部因素也起了一定的作用：布什掣肘戈爾巴喬夫，同樣戈爾巴喬夫也制約著葉利欽。
新成立的俄羅斯第一次展示自己的武力，可結果卻向公眾尷尬地顯示了葉利欽的權力其實有限。另一方面，戈爾巴喬夫卻品嚐著自己的勝利果實。根據切爾尼亞耶夫所言：「葉利欽在宣佈車臣進入緊急狀態之後的笨拙表現‘啟發’了他。」但是戈爾巴喬夫並不準備充分利用對手的失態。他告訴他的顧問：「我會救他，當今局勢不允許削弱他的權力。」葉利欽是否配合對於戈爾巴喬夫自己，對於其為蘇聯的生存所進行的奮鬥而言，是至關重要的。沒有葉利欽的支援，可能就不會有聯盟。在回憶錄裡，戈爾巴喬夫回憶他和葉利欽關於車臣事件的談話，他對葉利欽說：「我們的國家被兩個環套在一起，一個是蘇聯，一個是俄聯邦，如果第一個環斷掉了，另一個也會隨之被毀掉。」
新聯盟條約最終被列入國務院的議事日程，開會時間定在11月14日，也就是車臣共和國事件失利後不久。在會議召開的前一天晚上，戈爾巴喬夫讓條約的主要談判者沙赫納扎羅夫去倫敦與美國前國務卿基辛格展開對話，此次活動是日本讀賣新聞報社組織的。戈爾巴喬夫的想法發生了明顯的轉變，就在幾個禮拜之前，他還拒絕沙赫納扎羅夫出訪美國的請求，說：「你是怎麼了？你什麼意思？去美國？我們馬上就要簽訂聯盟條約了，這之後再去吧。」沙赫納扎羅夫爭辯說條約在12月份之前是不會簽訂的，戈爾巴喬夫不以為然。但是現在他竟然同意讓他的助手去了。
10月末，葉利欽在議會發表經濟改革演講的第二天，沙赫納扎羅夫給過戈爾巴喬夫一個備忘錄，裡面直接對戈爾巴喬夫提出的建立一個單一國家的、擁有強大中央及具有約束力的憲法的新聯盟提出質疑。「這個時候，恢復蘇聯幾乎是不可能的。」沙赫納扎羅夫這樣寫道。
除了哈薩克的納扎爾巴耶夫和土庫曼的尼亞佐夫，事實上幾乎所有的共和國都義無反顧地向全世界證明它們是獨立國家。葉利欽最後發表了宣告，他也準備背水一戰，不留退路了。當然他是正確的，俄羅斯沒有其他路可以走了。不應該抓住要逃離的同伴的衣服不讓他們走，不應該懇求或是強迫他們留下，而是應該讓他們照顧好自己。一旦俄羅斯復興，他們會回來，如果不是所有人都願意回來，那就隨他們吧。俄羅斯在周邊國家中將足以保持自己的政治和經濟影響力。
這是布林布利斯、沙赫賴和其他俄羅斯談判者遞交給沙赫納扎羅夫的方案，這也最終成為俄羅斯制定與前蘇聯其他共和國相關政策的基礎。
沙赫納扎羅夫也爭辯說，堅持恢復強大的中央只能是徒勞無功，戈爾巴喬夫如果能接受葉利欽和其他共和國領導給他分配的角色，比如軍隊的總指揮官、核問題的首席談判者、共和國國際政策的協調員、新聯盟成員間爭端的調停者，將是最好不過了。沙赫納扎羅夫寫道：「米哈伊爾，對於國家，對於像你這樣改變了歷史程式的人，這可能都是一個會產生巨大影響的決定性時刻。認識不到這一點，或者暫時不肯放棄對聯盟的某些過分要求的話，就會犯下悲劇性錯誤。」
沙赫納扎羅夫不僅對戈爾巴喬夫提出了異議，提出瞭解決方法，而且還遞交了辭呈。他在備忘錄中寫道：良心不允許我繼續站在錯誤和徒勞的行列。戈爾巴喬夫沒有接受他的辭呈，相反，讓他去和基辛格談判。此時正值國務院會議中討論條約的關鍵時刻，如果這個副手不能給予百分之百的支援，那麼把他送到倫敦更加安全。問題是他不是唯一一個對戈爾巴喬夫的策略失去信心的副手。11月13日，就在至關重要的國務院會議將在新奧加廖沃召開的前一天，切爾尼亞耶夫在他的日記裡寫道：「在新奧加廖沃，擺在議程上的新聯盟條約不會被通過的，我已經看到了新的景象！克拉夫丘克根本不會來……烏克蘭不會派人來的。列文科一直懇求所有領導人出席會談……到晚上仍然不清楚他們是否會過來，所有這一切看起來像是戈爾巴喬夫的負隅頑抗。」儘管他最信任的副手們或公開地或背地裡背叛了他，但戈爾巴喬夫沒有被嚇倒。他會為國務院通過他的聯盟條約鬥爭到底，有了這個條約就會有強大的聯盟中央。
11月14日，國務院對條約進行的討論起初證實了沙赫納扎羅夫最壞的擔憂。在其他共和國領導者的支援下，葉利欽反對建立一個擁有憲法的聯盟國家。儘管克拉夫丘克拒絕參加國務院會議，已於10月份返回了烏克蘭，葉利欽還是毫無疑問地贏得了大多數共和國領導的支援，其中也包括哈薩克的納扎爾巴耶夫，這些共和國領導人經常來莫斯科。戈爾巴喬夫曾經正式同意在邦聯制構想的基礎上展開談判，如今他公然背棄了聯邦和邦聯的二元論。他告訴與會者：「我絕對堅持聯盟國家，如果我們不創立聯盟國家，我預言你們會走入困境的。」
葉利欽也不屈服：「我們會創立一個國家聯盟。」
戈爾巴喬夫不遺餘力地鬥爭著，以離開會議作為威脅。他告訴眾人：「如果沒有國家，我不會參與這個改革過程，立刻就退出，這是我的原則立場。如果沒有國家，我想我的使命也結束了。我不可能支援一些無組織的東西。」
葉利欽以及國務院其他成員試圖以聯邦條約的有利之處說服戈爾巴喬夫。他們說在邦聯制國家裡，軍隊、交通系統、生態和太空計劃都將由中央控制。戈爾巴喬夫聽不進去，他站起來收拾自己的檔案表示要離開會場。共和國領導人有點恐慌，要求休息一下。葉利欽私底下會見了戈爾巴喬夫，他們達成了妥協：新的政治體系被稱為主權國家聯盟，將組成一個「民主聯邦制國家」。國家沒有憲法，但是總統必須由所有國家的人民共同選舉產生。
儘管新的草案有不少缺點，但是戈爾巴喬夫非常滿意，雖然在憲法一事上被否決了，但這一草案就總統選舉做出了規定。共和國領導人同意在國務院下一次會議上草簽新聯邦條約。潘金當時也在新奧加廖沃，他注意到：「戈爾巴喬夫的臉上既不安，又興奮。」當國務院的成員走向出口時，沒有人確切表示會對媒體開口。但是戈爾巴喬夫的新聞秘書安排記者擋住了出口。蘇聯總統讓共和國領導一個接一個地對著麥克風作出宣告，表示支援聯盟國家。葉利欽宣佈：「我們已經同意建立一個聯盟——民主的、邦聯國家的聯盟。」
戈爾巴喬夫看起來得意揚揚，他似乎得到了之前人們認為不可能得到的東西，這些人中就包括他最親信的顧問。他的翻譯官帕拉日琴科看著電視上的新聞釋出會，後來在回憶錄中寫道：「幾乎所有人都很驚訝，在11月14日晚，當電視直播中播放著葉利欽和其他人對著麥克風，重複著一句話，‘聯盟將會存在，會有一個聯盟國家’時，戈爾巴喬夫看起來確實像個贏家。我和我的同事看著電視直播，我感到他們和我一樣，對戈爾巴喬夫的成功都很驚訝。」