孝文帝再次見到小馮，大概在太和十七年底或十八年初。自太和十七年九月丁丑（493年10月25日）在洛陽逼迫群臣同意遷都之後，孝文帝暫駐鄴城，十月乙巳（493年11月22日）「詔安定王休率從官迎家於代京，車駕送於漳水上」。安定王拓跋休等人赴平城「迎家」，應該就是接皇后小馮南來。待小馮與孝文帝重聚時，大馮早已恢復左昭儀身份，並且專寵後宮了，「宮人稀復進見」，當然包括皇后。《北史·后妃傳》：「昭儀自以年長，且前入宮掖，素見待念，輕後而不率妾禮。」在大馮看來，小馮的皇后之位本來是她的，她年長為姊，入宮在先，與皇帝感情更深，憑什麼屈居臣妾？
太和十八年二月壬寅（494年3月19日），孝文帝從洛陽出發前往平城。次日渡過黃河，第三天釋出詔書，正式宣佈遷都。與前一年南來的路線相同，這一次也是走幷州大道，歷太行陘、上黨、太原、肆州，最後北越恆山、進入桑乾河谷。到閏二月癸亥（494年4月9日），孝文帝一行來到恆山句注陘（雁門關）南，皇太子元恂從平城前來迎接。元恂的到來，以及他對皇帝和皇后的朝見，或許足以提醒大馮，奪回被小馮佔據的皇后之位，不止是取而代之那麼簡單。按照馮太后確立的掌權模式，謀取皇后之位只是必要的一步，另外一步則是壟斷皇位繼承人的撫養權，讓皇后與皇太子建立母子關係。只有這樣，下一代皇帝繼位後，皇太后才可能真正安享母后之尊，並干預和安排再下一代的皇后與皇位繼承人。對大馮來說，取小馮的皇后之位而代之也許不是多麼難，真正的難題是，她錯過了撫養皇太子的黃金視窗。現在皇太子元恂已年滿十二，他和小馮確立母子關係也至少有六七年了。這個關係是大馮無論如何都難以取代的。
如果不能取代，只好推倒重來。
接下來的兩年，對於大馮來說，就是實施「推倒重來」計劃最關鍵的時刻。取皇后之位而代之，讓皇帝嫌憎皇太子，是計劃中兩個相關又不同的方面。宮禁事秘，謀算周廣，連權力巔峰的孝文帝都深陷其間而不自覺，一般官員當然更是無從聞問，與陰謀有關的史料不但傳不到後世，即在當時也難以存在。讀史者縱有疑慮，亦徒喚奈何。馮氏當權四十年，所經營的利益集團和權力網路滲透了內宮朝堂、都畿州鎮。然而，這一權力網路主要是維持現有局面的，而大馮的目標是改變現有局面，因而她的對手（或者說是障礙）遠比盟友多。不過，她不多的盟友中有一個最重要的人，那就是孝文帝。孝文帝的目標也是打破馮太后佈局的權力網路，在這個意義上，大馮與孝文帝是真正的盟友。有了這個強大無比的盟友，大馮奪宮廢儲的計劃得以順利實施。細節雖難確知，結果卻是顯著的——太和二十年（496）七月（具體日期不詳）小馮被廢，一個月后皇太子元恂被抓捕，再過四個月，即太和二十年十二月丙寅（497年1月26日），元恂被正式廢黜。
對孝文帝來說，廢皇后與廢皇太子雖然都是人倫鉅變，卻絕非等價之事，比較而言，廢皇后易，廢皇太子難。廢黜皇后只需要製造她失德的輿論與證據，廢黜皇太子則必須讓皇帝感受到背叛與威脅。後之述北魏史者，多信據正史，視元恂為反改革者，甚而懷疑他牽扯進了保守派反改革的叛亂陰謀中（或者說，是為反改革的勢力所利用）。既然元恂在政治上不能與孝文帝保持一致，對孝文帝推動的諸般激烈變革懷有牴觸情緒，甚至企圖私自北奔平城，讀者當然會理解甚至支援孝文帝廢黜並最終誅殺元恂的決定了。這一理解符合後來讀史者的思路，自然也契合當時的邏輯，可見其設計之高明、實施之精準。能讓孝文帝深信不疑的，自然也會讓後世讀者坦然信從。
有關元恂被廢的史料主要見於《北史·孝文六王·廢太子庶人恂傳》：
（元）恂不好書學，體貌肥大，深忌河洛暑熱，意每追樂北方。中庶子高道悅數苦言致諫，恂甚銜之。孝文幸嵩嶽，恂留守金墉，謀欲召牧馬，輕騎奔代，手刃道悅于禁中。領軍元徽勒門防遏，夜得寧靜。帝聞之駭惋，外寢其事，仍至汴口而還。引恂數罪，與咸陽王禧等親杖恂，又令禧等更代百餘下，扶曳出外，不起者月餘。拘於城西別館。引見群臣於清徽堂，議廢之。司空、太子太傅穆亮，尚書僕射、少保李衝，並免冠稽首而謝。帝曰：「古人有言，大義滅親。此小兒今日不滅，乃是國家之大禍。脫待我無後，恐有永嘉之亂。」乃廢為庶人，置之河陽，服食所供，粗免飢寒而已。
「不好書學」已經大犯忌諱，更且「深忌河洛暑熱，意每追樂北方」，十四歲的元恂成了反對遷都（連帶也就可能會反對孝文帝的一系列變革措施）者中最有潛力成為孝文帝政治對手的人。據上引《北史》，元恂殺高道悅並計劃北奔平城，在孝文帝「幸嵩嶽」之時。《魏書·高祖紀》記孝文帝幸嵩高（嵩山）在太和二十年八月戊戌（496年8月31日），回到洛陽宮在半個月後的甲寅（9月16日）。據高道悅墓誌，元恂殺高道悅在太和二十年八月十二日（9月5日）：
乃除太子中庶子。緝正儲闈，徽音獨韻。但河陽失圖，潛懷不軌，追纂楚商，連規宋劭，拔劍吐心，邀同梟鏡。君厲聲作色，抗其兇計，既殊潘崇饗羊之謀，遂同陽原頭風之禍。以魏太和廿年秋八月十二日，春秋卅五，暴喪於金墉宮。
墓誌所謂「河陽失圖，潛懷不軌」，就是指皇太子元恂，說他「追纂楚商，連規宋劭」，比之為楚國弒父（楚成王）的商臣和南朝劉宋弒父（宋文帝劉義隆）的劉劭。墓誌又稱高道悅「厲聲作色，抗其兇計」，高道悅的死因是他企圖阻止元恂的「兇計」，所謂「兇計」，就是元恂試圖逃出洛陽，利用「牧馬」輕騎北奔平城。小馮被廢黜一個月之後，孝文帝離開洛陽六天之後，一定發生了什麼，使元恂感覺必須行動，必須逃出洛陽。從下引《南齊書·魏虜傳》可知，大馮這一次沒有如以往那樣陪同孝文帝出巡，顯然她在洛陽有更重要的事，也正是她出手抓捕了皇太子。
《南齊書·魏虜傳》有關元恂廢黜與死亡的記錄，反映了南朝的情報與分析：
初，偽太后馮氏兄昌黎王馮莎二女，大馮美而有疾，為尼，小馮為宏皇后，生偽太子詢。後大馮疾差，宏納為昭儀。宏初徙都，詢意不樂，思歸桑乾。宏製衣冠與之，詢竊毀裂，解發為編，服左衽。大馮有寵，日夜讒詢。宏出鄴城馬射，詢因是欲叛北歸，密選宮中御馬三千匹，置河陰渚。皇后聞之，召執詢，馳使吿宏，宏徙詢無鼻城，在河橋北二里，尋殺之，以庶人禮葬。立大馮為皇后，便立偽太子恪，是歲，偽太和二十年也。
南朝獲得的情報難免混亂，時間線索也不夠清晰，比如這裡說抓捕元恂的是皇后，似指小馮，而其時小馮已經被廢，大馮尚未得立。不過，說「大馮有寵，日夜讒詢（恂）」，還是準確的。而且，把元恂被捕與皇后（大馮）聯絡在一起，應該也是準確的。至於說元恂「毀裂」孝文帝所賜的衣冠，還「解發為編」（編髮為長辮）、「服左衽」，均應是得之北方傳聞（這一段為《資治通鑑》所採信）。不過這也反映了北方針對皇太子的陰謀是如何一步步發展，以達到破壞他名譽的目的。
田餘慶先生在考察馮太后和大馮對「子貴母死」舊制的利用時，已發現元恂之廢不單純是反對遷都和反對漢化改革那麼簡單，而與大馮謀廢小馮有關，認為「如果真是這樣，那麼太子恂廢立事件就是早有醞釀了」。這是一個敏銳的觀察。大馮這個陰謀可能從太和十七年已開始醞釀和實施，到太和二十年開花結果，一個成果是小馮被廢，另一個成果就是元恂被導引、陷害或逼迫，竟使孝文帝相信他成了一大威脅，促成孝文帝先廢黜、後殺害了自己的長子。
元恂被害的歷程中有一點值得注意的，就是每一個重要轉折，都發生在孝文帝與元恂分離的時段。元恂在洛陽殺高道悅並企圖北奔，發生在孝文東巡時；元恂在河陽被賜死，發生在孝文先北巡平城、後西巡長安時。而這一切似乎醞釀於之前的兩個分離時期。《北史》說「帝每歲徵幸，恂常留守，主執廟祀」，其實這裡的「每歲」，也就一年半而已。據《魏書·高祖紀》，元恂隨著孝文帝抵達洛陽，在太和十八年十一月己丑（494年12月31日）。二十二天之後，即十二月辛亥（495年1月22日），孝文帝率軍離開洛陽，南伐蕭齊，半個月後（戊辰，2月8日）至懸瓠。是的，就是王鍾兒被掠入平城之前所生活的那個懸瓠，現在成了北魏對南朝用兵的前線重鎮。
這一次分離，從太和十八年十二月孝文帝離開洛陽，到第二年五月庚辰（495年6月20日）「皇太子朝於平桃城」（平桃城即滎陽猇亭），長達半年之久。這半年間，馮氏家族死了兩個關鍵人物。第一個是馮熙的長子馮誕，第二個是馮熙本人。馮誕以司徒、太子太師從孝文帝南征，似乎一開始就有健康問題。魏軍從懸瓠南渡淮河，沿淮河向東，包圍了蕭齊的鐘離城，在城外紮下大營，可是久攻不下。馮誕病重，不能繼續行軍。太和十九年二月辛酉（495年4月2日），孝文帝與馮誕告別，率軍離開鍾離，繼續向長江進發，剛走了五十里，就接到馮誕病死的訊息，於是孝文帝連夜返回鍾離大營，並於次日宣佈終止軍事行動，掉頭北返。據《北史·外戚傳》，馮誕與孝文帝同歲，自幼與孝文帝一起生長宮中，是馮熙諸子中與孝文帝最親密、最說得上話的一個。
很顯然，馮誕是大馮奪宮廢儲計劃的重大障礙，所以有必要在孝文帝那裡破壞馮誕的影響力。
《北史·外戚傳》：「十八年，帝謂其無師傅獎導風，誕深自誨責。」這條記錄顯示，對皇太子不利的輿論早在太和十八年已頗有市場，連累太子太師馮誕遭到孝文帝斥責，而馮誕「深自誨責」，似乎只剩下擋架之力。馮誕年底帶病從徵時，大馮很可能一直在孝文帝身邊，居中排程，運籌帷幄。當然，我們只能根據史料，假定馮誕是正常因病死亡，不過從他的死亡中獲益最大的，無疑就是他自己的妹妹左昭儀大馮。《北史》記馮誕死前與孝文帝訣別，「時誕已惙然，強坐視帝，悲而淚不能下，言‘夢太后來呼臣’。帝嗚咽，執手而出，遂行」。馮誕提到馮太后，是不是在某個問題上提醒孝文帝呢？
《魏書·高祖紀》記太和十九年三月「戊子（495年4月29日），太師馮熙薨」。據2007年出土的孝文帝親自撰寫的馮熙墓誌，馮熙死於太和十九年正月廿四日甲午（495年3月6日）。馮熙的死訊先從平城報告到洛陽，再由洛陽轉至淮南前線，三月戊子應該是孝文帝接到洛陽報告的時間。《北史·外戚傳》：「車駕在淮南，留臺表聞，還至徐州，乃舉哀，為制緦服。」「留臺」指平城留守機構，但平城留臺的報告要先到洛陽，再由洛陽轉至淮南。洛陽主事者則是皇后小馮。《魏書·皇后傳》記孝文帝寫信給小馮，對她失去父兄表示安慰之意：「及後父熙、兄誕薨，高祖為書慰，以敘哀情。」這是因為小馮以皇后身份先向孝文帝報喪，孝文帝乃回書存慰。
這時主持平城留臺的是元丕。《北史》記元丕「以（馮）熙薨於代都，表求鑾駕親臨」，要求孝文帝親赴平城，參與馮熙喪事。很難說這背後隱含著怎樣的政治資訊，不過從孝文帝的反應看，元丕的請求是某種意義上的圈套。孝文帝憤怒地下詔斥責元丕道：「今洛邑肇構，跂望成勞。開闢暨今，豈有以天子之重遠赴舅國之喪？朕縱慾為孝，其如大孝何！縱慾為義，其如大義何！天下至重，君臣道懸，豈宜苟相誘引，陷君不德。令僕已下，可付法官貶之。」然後把元丕貶職為幷州刺史，讓他離開平城這個日益複雜的政治環境。
馮熙尚博陵長公主，公主即文成帝之妹，先已去世，葬在平城。孝文帝下令開啟公主的墓，把公主的棺柩與馮熙的棺柩一起，送到洛陽營葬。為此，他讓皇后與皇太子都去平城主持這件大事。《魏書·高祖紀》記孝文帝在平桃城見到皇太子元恂，三天後（五月癸未，即6月23日）一起返回洛陽。回洛陽後的第十一天（五月甲午，即7月4日），孝文帝在太廟為皇太子舉行了隆重的冠禮。再過九天（六月癸卯，即7月13日），「詔皇太子赴平城宮」。《北史·外戚傳》說「皇后詣代都赴哭，太子恂亦赴代哭吊」。不知二人是否同時北行？或者，皇后在先，太子在後？
元恂到平城，就是要赴馮熙之喪，然後扶柩返洛。皇后小馮到平城，也是一樣的任務。微微不同的是，皇后還要「率六宮遷洛陽」。當然，皇后和皇太子兩人不必與六宮同行，因為那樣太慢（貴人高照容和她的子女宮人就在六宮南遷的大隊裡）。據孝文帝親撰的馮熙墓誌，馮熙於太和十九年十二月庚申（496年1月26日）「窆於河南洛陽之北芒」。據《北史·外戚傳》，「柩至洛七里澗，帝服縗往迎，叩靈悲慟而拜焉。葬日，送臨墓所，親作志銘。」雖不知到達洛陽與葬日之間隔了多久，但大致上可以確定，馮熙與公主的棺柩抵達洛陽在十二月間。
這時距孝文帝派元恂北行又已過去了半年。沒有任何證據顯示這半年間大馮做了什麼，以及小馮和元恂在平城與路途上遭遇了什麼，不過這半年對大馮奪宮廢儲的計劃來說，一定是十分關鍵的。很顯然，她已經安排好了。史書歸為孝文帝的那些言行，有多少出於大馮的意志，當然已不可知。然而，從形勢發展的方向來判斷，一切的背後都有大馮的身影。這也意味著，被後世史家視為孝文帝漢化改革的那些激烈措施，也可能都有大馮的支援。因為圍繞這些措施所發生的政治變化，是有利於她的奪宮廢儲計劃的。
無論如何，到太和二十年春，大馮的計劃到了最後實施的階段，障礙都已清除，結論呼之欲出。看得見的變化，第一步是小馮被廢，第二步（只隔一個月）是元恂被逼謀奔。這些都屬於重大政治事件，朝堂內外無人不知。然而有些同樣重大的變化卻是不那麼容易看到的，知情者非常非常有限，那就是我們前一章結尾時所說的高照容之死。大馮派人謀殺元恪的母親高照容，目的很明確，就是要在元恂被廢之前，建立自己與元恂繼任人之間的母子關係。還是常太后、馮太后以來那個模板，不同的是元恪已經十四歲，不是不懂事的幼兒了。對於大馮來說，元恪的年齡固然不理想，但也顧不得那麼多了。
元恂從被捕到被廢，相隔四個多月。拖了這麼久，顯示孝文帝雖怒氣難抑，畢竟父子之情，且牽涉太大，一直猶猶豫豫。為什麼最終下了決心呢？很可能與平城的未遂叛亂有關。