據《北史·孝文六王傳》，太和十九年（495）六月元恂從洛陽北赴平城前，孝文帝告誡道：「今汝不應向代，但太師薨於恆壤，朕既居皇極之重，不容輕赴舅氏之喪，欲使汝展哀舅氏，拜汝母墓，一寫為子之情。」孝文帝特別叮囑元恂到平城後祭拜生母貞皇后林氏，「一寫為子之情」。當著母后的面祭拜生母，公然表達母子之情，其實並不是平城時代皇帝們的常規做法。馮太后在世時孝文帝「不知所生」，而在馮太后死後孝文帝仍然「奉馮氏過厚，於李氏過薄，舅家了無敘用，朝野人士，所以竊議」。那麼，在元恂與皇后到平城迎馮熙棺柩時，為什麼孝文帝會要求元恂去祭拜生母之墓、隆重表達母子之情呢？很可能，這是對元恂的某種提示，要他明白他與皇后母子關係的另外一面。如果真有這個動機，那麼說明，孝文帝早在太和十九年夏已有廢后之念，對太子則信任如舊，只是期望在皇后與太子之間做某種切割。
馮熙死時，平城留臺的最高官員是元丕，其次是陸叡。陸叡的姓名《南齊書》記為伏鹿孤賀鹿渾。伏鹿孤即步六孤，後來改姓氏時取中間的音節，改為陸氏。賀鹿渾是代人常見用名，高歡的本名賀六渾即是同一個名字，不同的是高歡之歡取自賀六渾的最末音節，而陸叡之叡是另取的雅名，與本名賀鹿渾無關。陸叡年輕時娶妻於華北名族博陵崔氏，岳父崔鑑「謂所親曰」：「平原王（陸叡繼承了父親陸麗的平原王爵位）才度不惡，但恨其姓名殊為重複。」《魏書·陸叡傳》記錄了崔鑑這句話後，解釋道：「時高祖未改其姓。」陸氏改自步六孤氏，見《魏書·官氏志》，但崔鑑所「恨」的不只是陸叡的家族姓氏，還有他本人的名字。幸得《南齊書》記錄，我們才知道陸叡的本名是賀鹿渾。
元丕的官職是太傅、錄尚書事，陸叡的官職是都督恆肆朔三州諸軍事、恆州刺史、行尚書令。馮熙死，元丕和陸叡都奏請孝文帝赴喪，惹得孝文帝大怒，改元丕為幷州刺史，調往太原，陸叡雖留任恆州刺史，但解除了都督恆肆朔三州諸軍事的大軍區指揮權。陸叡都督的恆肆朔三州，涵蓋遷都以前的京畿地區，以平城（恆州）為中心，西至舊都盛樂（朔州），南至恆山南麓（肆州），政治和軍事重要性顯而易見。雖然孝文帝把這次奏請赴喪的賬主要算在元丕頭上，對陸叡畢竟已起疑心，不久恢復陸叡軍權時，只讓他都督恆朔二州，而把極具戰略意義的肆州（位於恆州與幷州之間）單列出來。不讓平城主將控制平城的南大門，這當然是意義深遠的一個變遷，後來洛陽朝廷刻意把恆州降低到與其他北州相等的地位（後果之一是六鎮動盪時，恆州不能起鎮撫或阻擋作用），是從陸叡失去肆州軍事指揮權開始的。
不過值得注意的是，至少到太和二十年（496）之前，孝文帝還是保留了平城在代北的某種中心地位，陸叡都督恆朔二州，意味著他不僅指揮平城駐軍，還至少在名義上可以指揮盛樂地區的守軍。這時盛樂的主官朔州刺史陽平王元頤（拓跋安壽），是文成帝的長弟拓跋新成的長子，是孝文帝的從叔。元頤擔任懷朔鎮主官時，參與過孝文帝時代最重要的一次對柔然用兵。《魏書·高祖紀》太和十六年八月乙未（492年9月18日）：「詔陽平王頤、左僕射陸叡督十二將七萬騎北討蠕蠕。」《魏書·陸叡傳》：「與陽平王頤併為都督，督領軍將軍斛律桓等北征三道諸軍事，步騎十萬，以討蠕蠕。」魏軍北征造成柔然內部的分裂和動盪，使得孝文帝相信，跟江左政權比起來，柔然不再是從前那麼大的國防威脅，這是他次年敢於遷都的前提條件。這次對柔然用兵規模巨大，三道並進，元頤和陸叡是東西二道主將，中道主將則是楊播。元頤與陸叡都有在北邊統兵的經歷，現又各據舊都，誼近唇齒，當然是一種特殊關係。
大概在元恂從平城南返前後差不太久，定州刺史穆泰向孝文帝報告說，自己長久以來疾病纏身，「土溫則甚」，就是在夏季炎熱的平原地帶病情會加重，因此請求回到平城擔任恆州刺史。穆泰曾經在馮太后打算廢黜孝文帝時力諫有功，孝文帝對他一向感激，所以明知穆泰對遷都等措施不滿意，也予以優容，同意讓他和陸叡對調。穆泰在《南齊書》中記為「偽定州刺史馮翊公目鄰」，目鄰是丘目鄰的訛奪，丘目鄰即《魏書·官氏志》丘穆陵（我猜即阿爾泰語言中常見的temür，意思是「鐵」）。穆泰的鮮卑語姓、名合起來，就是丘穆陵石洛。元恂在平城時，穆泰應該也已到任，而陸叡還沒有出發去定州。《魏書·穆泰傳》：「（穆）泰不願遷都，（陸）叡未及發而泰已至，遂潛相扇誘，圖為叛。」《魏書·陸叡傳》：「叡未發，遂與泰等同謀構逆。」穆泰到任，平城內外的資源只有穆泰可以調動，所以他自然成為這次「叛亂」的首謀。
《北史·景穆十二王·陽平王新成附陽平王頤傳》：「（元頤）後除朔州刺史。及恆州刺史穆泰謀反，遣使推頤為主，頤密以狀聞，泰等伏誅，帝甚嘉之。」據此，穆泰與陸叡謀劃，打算推舉在盛樂的元頤另立朝廷。《魏書·穆泰傳》：「……謀推朔州刺史陽平王頤為主，頤不從，偽許以安之，密表其事。」據《魏書·陸叡傳》載孝文帝給李沖和於烈的詔書，是元頤把穆泰的信轉給了洛陽：「賴陽平王忠貞奮發，獲泰之言，便爾馳表，得使王人糾慝，恆嶽無塵。」孝文帝還提到這幾個謀反之人「訕謗朝廷，書信炳然」，所謂朝廷，就是孝文帝自己，而「書信炳然」，很可能就是穆泰給元頤的信，因為其他參與者都在平城，聯絡諸事不必通過書信。
不過根據孝文帝的詔書，元頤並不是穆泰和陸叡的首選。孝文帝說穆泰等「始欲推故南安王，次推陽平王，若不肯從，欲逼樂陵王」。故南安王指南安王元楨（拓跋乙若伏），景穆帝第十一子，文成帝之弟，是景穆子孫中輩分最高、資歷最老的一個。據《魏書·高祖紀》，太和十三年（489）元楨「坐贓賄免為庶人」。據《北史·景穆十二王·南安王楨傳》，元楨因「聚斂肆情」而被「削除封爵，以庶人歸第，禁錮終身」。太和十八年（494）孝文帝在平城與官貴討論遷都時，元楨和許多不願遷都的人一樣，都表示贊成遷都，憑藉此功，到太和十九年底得「複本封」。真實情況可能是，太和十九年底，元楨隨皇后小馮和太子元恂一起，搬家到了洛陽，以實際行動支援孝文帝，孝文帝因此復其封爵，幾個月後還任命他為相州刺史。
孝文帝派元恂前往平城時，元楨正以庶人身份住在平城。孝文帝特地叮囑元恂在平城辦完大事，「汝族祖南安，可一就問訊」。元恂在平城，一定會遵照孝文帝指示前去拜訪元楨，而元楨可能由這一拜訪領會孝文帝的意思，主動要求隨皇后和太子前往洛陽。然而，根據穆泰等謀反失敗後的審查結論，元楨對謀反之事是知情的。據元楨墓誌，元楨死在相州刺史任上，時在太和二十年八月二日（496年8月26日），同年十一月二十六日（12月16日）葬於北邙山。《北史》記元楨死後再次被削爵：「及恆州刺史穆泰謀反，楨知而不告，雖薨，猶追奪爵封。」據此大致推測，穆泰事發，在太和二十年秋冬間，去元恂平城之行已差不多一年了。可以說，元楨並沒有參與穆泰、陸叡等人的計劃，即使他在平城時見過穆泰，也一定為時短暫。
穆泰、陸叡等選擇擁立元楨，大概基於三個條件：一是元楨在宗室資歷最高（景穆帝諸子唯一在世者），有一定號召力；二是他被孝文帝削爵禁錮，必定懷恨在心；三是他住在平城，諸事方便。考慮到元楨在太和十九年初冬即已隨皇后和太子南遷，那麼此前穆泰應該已到平城，有機會面見商議。元楨一方面拒絕參與，並迅速南遷，另一方面他並沒有向孝文帝告發。也許他並不反對穆泰等人的計劃，只是不願自己承擔風險。在元楨離開平城前往洛陽後，穆泰、陸叡等只好另找陽平王元頤，沒想到元頤悄悄告發了他們。隨後孝文帝派任城王元澄前往平城，元澄到雁門關後讓治書侍御史李煥單騎先發，突入平城，迅速平定了一場擬議中的政變。穆泰試圖反抗，一觸即潰，參與者盡被捉拿。
據《魏書》和《北史》，穆泰和陸叡是謀叛的主謀，積極參與者主要是宗室疏屬，比如元丕的一個弟弟和兩個兒子都是重要成員。他們為什麼要參與這麼危險的事情？基本上是不滿孝文帝的改制措施，特別牴觸的是爵制改革和遷都。據《魏書·高祖紀》，太和十六年正月乙丑（492年2月21日），「制諸遠屬非太祖子孫及異姓為王，皆降為公，公為侯，侯為伯，子男仍舊，皆除將軍之號」。舉例來說，元丕從東陽王降為平陽公，陸叡從平原王降為鉅鹿郡開國公，穆泰從馮翊公降為馮翊侯。太和十七年（493）遷都之議定於洛陽，次年在平城大議，反對者雖多數迫於壓力不得不表態支援，內心的憤懣可想而知。然而，對於統治集團中的多數人來說，遷都也好，改制也好，利益明顯受到傷害的畢竟是少數，這或許能解釋為什麼宗室近屬不大可能公然反對。這也可以解釋為什麼穆泰等人的謀叛經不起李煥一介單騎的打擊。
對謀叛者的審訊，一定會涉及一個關鍵問題：皇太子元恂是否知情？如果元楨離開平城前見過穆泰等，元恂也同樣有機會和他們接觸。《魏書·元丕傳》：「丕父子大意不樂遷洛。高祖之發平城，太子恂留於舊京，及將還洛，隆與超等密謀留恂，因舉兵斷關，規據陘北。時丕以老居幷州，雖不預其始計，而隆、超鹹以吿丕。丕外慮不成，口雖致難，心頗然之。」這裡說元丕的兒子元隆、元超密謀把元恂留在平城，同時發兵控制雁門關，應該是太和十九年秋冬的事。如果這是穆泰等人計劃中的選項之一，那麼非常困難的一步就是奪取雁門關的控制權，因為孝文帝剛剛把肆州從恆朔軍區單列出來。孝文帝給李衝、於烈的詔書提到陸叡等「以朕遷洛，內懷不可，擬舉諸王，議引子恂，若斯之論，前後非一」。所謂「議引子恂」，就是已經瞭解到陸叡等有擁立元恂以對抗孝文帝的計劃。聯絡到太和二十年八月元恂曾計劃北奔恆代，至少看上去，元恂和平城是曾經或一直互通聲息的。
儘管這仍然不能說明元恂本人對平城謀劃是否知情，或是否同意，調查結果一定讓孝文帝深感震撼。從元楨墓誌所透露的時間線索看，陸叡、穆泰等失敗在太和二十年十一月前後。孝文帝下決心廢黜皇太子元恂在太和二十年十二月丙寅（497年1月26日），不能不說這兩個事件是相關的。一個月後，即太和二十一年正月丙申（497年2月25日），孝文帝「立皇子恪為皇太子」。再過九天，即正月乙巳（497年3月6日），「車駕北巡」，孝文帝親自前往平城，處理穆泰等謀叛之後的諸般遺留（主要是判決）問題。
這次北巡歷時半年。經過太原時，孝文帝把元丕帶上，讓他到平城旁聽對他弟弟和幾個兒子的審訊。在平城、雲中（即朔州的中心城市盛樂城）、離石、平陽等地巡行之後，孝文帝於四月抵達長安。按照計劃，孝文帝很快要從長安東行，迴歸洛陽。然而正是在長安，孝文帝接到了御史中尉李彪的密表，觸發了對於元恂的終極處理：
帝幸代，遂如長安，中尉李彪承間密表，吿恂復與左右謀逆。帝在長安，使中書侍郎邢巒與咸陽王禧奉詔齎椒酒詣河陽，賜恂死。時年十五餘。斂以粗棺常服，瘞於河陽城。
李彪的密報顯然出自某種指使，指使者只可能來自兩個方向，一個是大馮，一個是孝文帝本人。元恂之死當然符合大馮的利益，不過在這個節骨眼兒上要瞞過孝文帝不是那麼容易的。也許孝文帝已深信元恂參與了穆泰等人的政變陰謀，也許他只是不願意一個廢太子再次成為陰謀者的武器。也正是因此，一年半後李彪在御史臺的屬官告發元恂被關押時曾給孝文帝「手書自理」，卻被中尉李彪和侍御史賈尚「寢不為聞」，即指控李彪與賈尚故意不把元恂的書信上報給孝文帝。這當然是重罪，不過孝文帝對李彪沒有深究，不了了之，而賈尚「暴病數日死」，似是滅口之舉。
是不是可以這樣理解，孝文帝從平城南返時，感覺對案情有了通盤掌握，已打定主意除掉元恂。所以，在從長安回洛陽前，通過李彪密報，他找到理由殺死了自己的長子。這當然是孝文帝為了社稷長遠利益所做出的痛苦決定。不過，今人讀史，容易把元恂簡單地歸類為反改革的保守派，而事實上我們並不能肯定當時是否存在這樣一個政治派別，以及更重要的，元恂有什麼理由要加入和自己利益明顯無關的政治反對派？穆泰、陸叡等人的政變陰謀即使是可信的，也不能說明參與陰謀的所有人在政治上有完全一致的立場。毋寧說，這樣一個謀叛集團更像是一個失意貴人們發洩不滿、抱怨時政的俱樂部，進入俱樂部的人都不滿意遷都等變化，但對於如何走出困境並無一致意見，對於是否採取行動、採取何種行動更是各有主張。元恂在小馮被廢后決意北奔，與其說是計劃「跨據恆朔」（孝文帝語），不如說是被洛陽宮的各種力量逼著逃命。當然，孝文帝以後會看到這一點的。
太和二十一年六月庚申（497年7月19日），孝文帝回到洛陽。七月甲午（8月22日），「立昭儀馮氏為皇后」。經過將近四年的努力，在高照容被殺，馮熙、馮誕父子恰逢其時地死去之後，大馮全面達成了廢后、廢儲、立子和奪宮的所有目標。這是她人生的高光時刻。