懸瓠的夏天炎熱多雨，可是對於正在蒐集和分析洛陽資訊的孝文帝來說，也許他時常感受到的是一陣陣的透心涼。孝文帝蒐集資訊的渠道一定很多，其中包括與來自洛陽的各類人員談話。據《魏書·閹官·劉騰傳》，太和二十二年夏，宦官劉騰時任職中黃門，「高祖之在懸瓠，騰使詣行所，高祖問其中事，騰具言幽後私隱，與陳留公主所告符協」。劉騰參與顛覆大馮，為他後來飛黃騰達積累了資本，這次向孝文帝報告「幽後私隱」，可說是關鍵的一步。
《魏書·高祖紀》記錄孝文帝於太和二十二年七月壬午（498年8月5日）釋出了一道詔書：「朕以寡德，屬茲靖亂，實賴群英，凱清南夏，宜約躬賞效，以勸茂績。後之私府，便可損半；六宮嬪御，五服男女，常恤恆供，亦令減半；在戎之親，三分省一。」詔書內容是讓皇室內外為南邊戰事「約躬賞效」，節省開支，其中「後之私府，便可損半」，更是明確地大大減少了皇后的例入。這一措施表面上看並不是針對皇后，但放在孝文帝全面調查大馮並已基本得出結論的背景下，不能不說有一定的針對性。
《北史·后妃傳》所記大馮諸般劣跡，大概是孝文帝后續調查結果中那些可以在小範圍內公佈的內容：
此後（指陳留公主見孝文帝之後）後漸憂懼，與母常氏求託女巫，禱厭孝文疾不起，一旦得如文明太后輔少主稱命者，賞報不貲。又取三牲，宮中祅祠，假言祈福，專為左道。母常或自詣宮中，或遣侍婢與相報答。
這些指控中，也許最令孝文帝驚恐不安的是，大馮想要步馮太后的後塵「輔少主稱命」。製造這一指控的人顯然瞭解孝文帝精神世界最黑暗的部分，知道馮太后留給孝文帝的噩夢般的記憶。當然，這種指控也可以在孝文帝那裡迅速獲得確認，因為符合他對歷史的理解和對現實的觀察。可以肯定，孝文帝的調查結果遠不止這些僅僅涉及大馮私德的事情，一定還關涉過去數年間大馮為扳倒小馮和元恂所使用的諸般手段。只是後者諸項，要麼孝文帝自己負有責任，要麼說出來徒增傷悲，因而完全不見於史。當所有的調查都一再確認陳留公主和劉騰的密告，甚至進一步揭示更多、更驚心的過去與現在時，孝文帝的身心都經受了巨大折磨。最終，當四月間下令召集的二十萬各地援軍陸續抵達懸瓠時，三十二歲的孝文帝終於病倒了。一個多月後他回憶這場病，如此描述：
夫神出無方，形稟有礙，憂喜乖適，理必傷生。朕覽萬機，長鍾革運，思芒芒而無怠，身忽忽以興勞。仲秋動痾，心容頓竭，氣體羸瘠，玉幾在慮。
孝文帝發病的具體時間，現已無法知道，只知道是八月（仲秋）。不過八月辛亥（八月初二，498年9月3日）這一天懸瓠發生了一件大事，那就是「皇太子自京師來朝」。皇太子到懸瓠，當然是奉了皇帝的召喚。從洛陽與懸瓠之間近六百里的距離看，召皇太子元恪來赴的詔命，是七月下達的，絕不會遲至八月孝文帝發病以後。也就是說，孝文帝在七月中下旬已對持續近兩月的調查有了基本結論，之後把皇太子與皇后分開，並把皇太子召到自己身邊，可能是他非常優先的措施。孝文帝對元恪生母高照容的離奇死亡不會全無所知，但惑於大馮私愛，寧願睜隻眼閉隻眼。而且，大馮母養元恪，應該也是他支援並鼓勵的。也許正是因為他的叮囑，元恪中規中矩地母事大馮，大馮更是全力表現母親的慈愛。《北史·后妃傳》這樣描述元恪與大馮的關係：
宣武之為皇太子，二日一朝幽後，後拊念慈愛有加。孝文出征，宣武入朝，必久留後宮，親視櫛沐，母道隆備。
孝文帝和他的父親獻文帝都曾與馮太后有過這樣的關係，不過他們都是在嬰幼兒時期開始這種關係的，不像元恪在進入青春期時才突然失去母親而不得不另認一個母親。一旦瞭解到大馮的另外一面，孝文帝立即意識到這種關係的危險性，關於過去，關於父親之死和自己幾乎被廢的記憶，有如噩夢復現。元恪被召至懸瓠一事，大概應該這樣理解。這一邏輯的自然發展，就是孝文帝也知道了元恂的廢死背後，存在那麼多的神秘外力與精心安排。這不可能不引發他巨大的悔恨與痛苦。以孝文帝的抱負自期與宏圖遠志，當他突然發現自己一直生活在別人的計謀安排之下，怎麼會不迸發「懷疑人生」的絕望？所謂「仲秋動痾，心容頓竭，氣體羸瘠，玉幾在慮」，就是在這一背景下發生的。
皇帝出征，自然有御醫隨侍，而且很可能當時御醫中地位最高的太醫令李修也和孝文帝在一起。李修和徐謇都是獻文帝奪取劉宋淮北四州時獲得的南方醫學人才，兩人也都因在馮太后當權時期的平城宮服務而成為名醫，不過李修資歷高於徐謇，而且更得馮太后信任。《魏書·術藝·徐謇傳》：「文明太后時問治方，而不及李修之見任用也。謇合和藥劑，攻救之驗，精妙於修。」孝文帝在馮太后死後才注意到徐謇：「高祖後知其能，及遷洛，稍加眷幸。體小不平，及所寵馮昭儀有疾，皆令處治。」按本傳的說法，徐謇最擅長的是製作延年益壽的金丹，所以孝文帝對他的重用，似乎主要在食散服丹方面：「謇欲為高祖合金丹，致延年之法，乃入居嵩高，採營其物，歷歲無所成，遂罷。」孝文帝病重時，徐謇正在嵩山上採備合和金丹的材料，所以後來孝文帝說他「馳輪太室，進療汝蕃」。
懸瓠行宮自有國醫聖手，為什麼必須「馳馹招謇，令水路赴行所，一日一夜行數百里」呢？當然有可能因行宮諸醫皆束手無策，或診治不見療效。不過存在另一種可能，那就是已成驚弓之鳥的孝文帝不敢信任身邊這些御醫，因為包括李修在內，重要的御醫都是平城時期深受馮太后恩惠的，與馮家有千絲萬縷的聯絡。徐謇雖然也曾服務於馮太后，可他是個有性格的人，「性甚秘忌，奉承不得其意者，雖貴為王公，不為措療也」。這樣的人，多多少少是在主流之外的。更何況，最近一段時間徐謇一直在嵩山採藥，與洛陽宮各方勢力無染。也許，這才是孝文帝急召徐謇水陸兼程「一日一夜行數百里」奔赴懸瓠的主因。
徐謇到懸瓠，「診省下治，果有大驗」，孝文帝病情頗有好轉。不過，八月和九月的大部分時間就這樣過去了。孝文帝身體虛弱，又關切洛陽宮的大事，哪有心情繼續作戰？於是九月己亥（498年10月21日）「帝以蕭鸞死，禮不伐喪，乃詔反旆」。七天後，「車駕發懸瓠」，大軍北行。據《南齊書》，齊明帝蕭鸞之死在七月己酉（七月三十日，498年9月1日）。孝文帝卻要過了五十天才說「禮不伐喪」，因為這些天裡他自己病重纏綿。待身體稍好可以行動了，孝文帝立即藉口「禮不伐喪」班師北歸。
孝文帝為義陽戰役興師動眾，除了從沔北戰場帶來的數十萬禁軍精銳（主力），還從各地額外徵發了二十萬人（壯聲勢的炮灰），如此陣仗，要是說解散就解散，似乎也不好交代。恰好，被徵發前來懸瓠的高車部落兵厭戰避役，在袁紇（韋紇，即唐代的回紇、回鶻）部落酋長樹者帶領下北逃，驚動了北魏的故都朔州、恆州等地。這時坐鎮平城的是江陽王元繼，他上表孝文帝稱：「高車頑黨，不識威憲，輕相合集，背役逃歸。計其兇戾，事合窮極，若悉追戮，恐遂擾亂。」所謂高車反叛，其實只是逃避兵役，不值得緊張。不過這給了孝文帝一個好機會，使他從懸瓠撤退時有了把大軍繼續聚在一起的藉口——「北伐叛虜」。事實上，孝文帝從來就是打著南征、北伐或巡視的旗號，把最重要的軍力聚在自己身邊。也許在諸般不確定的時刻，只有這樣才能給他帶來安全感。
既然「北伐叛虜」，孝文帝的行軍路線自然是從懸瓠一直向北。然而這次行軍拖沓緩慢，一點也沒有「北伐」的氣象。九月丙午（498年10月28日）離開懸瓠，十一月辛巳（498年12月2日）抵達鄴城，區區九百里，竟走了三十五天。在此期間，孝文帝一直臥病，大概是軍行遲緩的原因之一。不過更主要的原因是孝文帝需要消磨時間。他無意北伐，同時又不打算立即回洛陽，因為回到洛陽時他必須拿出解決方案，而下決心顯然是非常不容易的。正是因此，在鄴城，孝文帝繼續磨蹭，既不北進，又不解嚴，數十萬大軍就這樣聚集在鄴城內外。
在鄴城耗了一個月，收到江陽王元繼從平城發來的報告，說叛亂的高車已經平定。再沒有理由耗下去了，於是十二月甲寅（499年1月4日），孝文帝「乃詔班師」，正式取消北伐，大概來自各州郡的軍隊都可以遣散了。可是，孝文帝仍然不急著回洛陽，而是在鄴城又住了整整一個月。可以肯定的是，孝文帝仍在病中，身體遠未康復（事實上他一直沒有康復，直到去世），而且，他一直忙於洛陽宮內外的人事安排，不過，猶豫和難下決心恐怕才是他久駐鄴城的主因。