至少，孝文帝不願意回到洛陽去迎接新年。太和二十三年的新年正旦（499年1月28日），他在鄴城與群臣共慶新年，以病癒為由賜群臣「大饗於澄鸞殿」。初五這一天（499年2月1日），孝文帝還從容地「幸西門豹祠，遂歷漳水而還」。偏偏在這時，來自沔北前線的報告說，蕭齊大將陳顯達兵至襄陽，即將發起奪回沔北五郡的戰事。如果不是因為這條戰報，孝文帝不知還會在鄴城耗到何時。攻取沔北是他一生最大的軍事勝利，這一歷史榮耀不容有失。於是孝文帝突然加快了節奏，正月乙酉（499年2月4日）離開鄴城，戊戌（499年2月17日）回到洛陽，十三天走了差不多七百里。
大馮早就察覺到皇帝對自己起了疑心，特別是皇帝滯留鄴城時，她的不安和憂懼達到一個高峰。《魏書·皇后傳》：「高祖自豫州北幸鄴，後慮還見治檢，彌懷危怖，驟令閹人託參起居，皆賜之衣裳，殷勤託寄，勿使漏洩。」大馮派出一批又一批宦官前往鄴城探望皇帝，她結好這些宦官，指望他們不說自己的壞話。而且，她還派自己親信宦官雙蒙去探測皇帝的態度：「亦令雙蒙充行，省其信不。」對這些負有多重使命的洛陽宮來使，大概孝文帝都予以接見，言語之間不免虛虛實實、彼此試探。大馮委派的這些宦官不辱使命，都不肯說大馮的壞話（即使皇帝在那裡暗示並引導），只有一個例外：「然惟小黃門蘇興壽密陳委曲，高祖問其本末，敕以勿洩。」從孝文帝對蘇興壽「敕以勿洩」來看，孝文帝的調查一直是秘密進行的。
受沔北戰事影響，孝文帝在洛陽只停留了一個半月。這一個半月當然要處理許多政務，以及主持或出席許多重要儀典，這些事都是公開舉行的，會被記錄下來。當然，最重要的事卻絕對不會公開，甚至也不大可能被記錄（史書所記往往得自參與者事後的回憶或社會上的傳聞，不一定可靠），那就是清算大馮的罪過，並給出明確的「判決」。《魏書·皇后傳》：「至洛，執問菩薩、雙蒙等六人，迭相證舉，具得情狀。」最後的時刻到來了（具體日期已不可考），這是自前年秋天送別之後，大馮第一次也是最後一次見到皇帝。仍在病中的孝文帝，躺在含溫室的病床上，被執的高菩薩等六人立於門外，室內外戒備森嚴，然後叫皇后進來。《北史·后妃傳》：「後臨入，令搜衣中，稱有寸刃便斬。」《魏書·皇后傳》：「後臨入，令閹人搜衣中，稍有寸刃便斬。」文字雖小有不同，孝文帝的緊張與恐懼卻一樣瀰漫於字裡行間。這種緊張與恐懼，是孝文帝二十三四歲之前的日常，現在又回來了。
顯然大馮沒有攜帶任何武器，所以被准許入內，但孝文帝仍對她極為戒備，讓她坐在遠離自己的地方：「後頓首泣謝，乃賜坐東楹，去御筵二丈餘。」接下來，孝文帝讓門外的高菩薩等把先已招供的罪狀再說一遍，然後斥責大馮。《北史·后妃傳》記孝文帝的話：「汝有妖術，可具言之。」《魏書·皇后傳》則記為：「汝母有妖術，可具言之。」大馮是什麼反應呢？她要求旁人都退出，說有機密的話要跟皇帝說（「後乞屏左右，有所密啟」）。皇帝命貼身侍衛都退出，只留下宦官中地位最高的大長秋卿白整，白整「取衛直刀柱之」，就是拿了一把衛士用的長柄大刀，杵著刀立在一旁。大馮見白整在，仍不肯說話。孝文帝用細布塞住白整的耳朵，還低聲叫白整的名字，叫了三次，白整都沒反應，說明他真是聽不見了。於是大馮說了一番話，當然，「事隱，人莫知之」。
這一番神秘的談話之後，孝文帝讓他的兩個弟弟彭城王元勰和北海王元詳進來。二人是孝文帝最信任也最有能力的兩個親王：前者一直隨侍孝文帝，協助處理軍國大務，在孝文帝病重時更是日夜不離病榻；後者留守洛陽，被孝文帝召至懸瓠、委付機密後再返回洛陽，可以說是孝文帝在洛陽的代理人。不過他們兩個都知道後宮深險，所以「固辭」，不敢進含溫室。孝文帝對他們說：「昔是汝嫂，今便他人，但入勿避。」兩人一進來，孝文帝就說：「此老嫗乃欲白刃插我肋上！可窮問本末，勿有所難。」在兩個弟弟面前（以及可以想象的更多人面前），孝文帝的羞愧和他的憤怒幾乎是一樣強烈，或更加強烈。《魏書·皇后傳》：「高祖深自引過，致愧二王。」
最終怎麼處理呢？孝文帝先確定一個原則：「馮家女不能復相廢逐。」小馮被廢，孝文帝已自覺有損清德，一之謂甚，其可再乎？哪怕只為自己的名譽計，也不能再廢一個皇后了。更何況還涉及前太子元恂的諸般冤情，張揚開去有害無益。孝文帝對兩個弟弟說：「且使在宮中空坐，有心乃能自死，汝等勿謂吾猶有情也。」名義上不作任何處理，實際上已視為囚徒，僅在表面上保留她的皇后排場。史書這樣解釋孝文帝何以不廢大馮：「高祖素至孝，猶以文明太后故，未便行廢。」把孝文帝從寬處理的原因歸之於他對馮太后的「至孝」，怕是隻見其表未見其裡。我的理解，孝文帝對馮太后及其家族，恐懼多於感念，循禮多於真情。不廢大馮，與其說孝文帝對馮太后仍存孝心，不如說他礙於清議，自惜羽毛。
元勰、元詳離開後，孝文帝「乃賜後辭死訣」，就是宣佈至死不復相見。「再拜稽首，涕泣歔欷。」大馮回宮後，似乎還不太清楚問題的嚴重，竟對孝文帝派來問話的宦官發脾氣，說：「我天子婦，當面對，豈令汝傳也！」於是孝文帝讓大馮的母親常氏入宮，拿木杖「撻之百餘乃止」。算是讓她認清形勢，面對現實，不再擺皇后的譜。可是，對皇后的處理既不公開，知者有限，她必要的威儀還是要維持。如史書所說：「（皇后大馮）雖以罪失寵，而夫人嬪妾奉之如法。」表面上還是皇后，有基本的面子，實際上已被監控起來。
這些事還沒處理完，沔北戰場傳來了壞訊息。二月「癸酉（499年3月24日），（陳）顯達攻陷馬圈戍」。據《南齊書·陳顯達傳》，陳顯達率領的四萬齊軍，圍攻馬圈四十天，守城魏軍「食盡，啖死人肉及樹皮」，只好棄城而逃。軍情緊急，魏軍如不及時奪回馬圈，沔北各戍可能發生連鎖性的潰敗。孝文帝只好抱病再度親征，三月庚辰（499年3月31日）從洛陽出發。按照他離開時的安排，儘管大馮仍保留表面上的皇后排場，皇太子元恪卻與大馮之間實現了完全的切割，「令世宗在東宮，無朝謁之事」。元恪再也不需要「二日一朝幽後」了，他與大馮之間的母子關係正式解除了。毫無疑問，對於元恪來說，這是自遷洛以來頭一次真正輕鬆的時刻。
孝文帝大軍自洛陽向南，十七天後，三月丁酉（4月17日）到馬圈城下。然而，就在抵達馬圈的前十一天，「帝不豫」，孝文帝的病情忽然加劇。彭城王元勰和在懸瓠時一樣「內侍醫藥，外總軍國之務」。據《魏書·獻文六王·彭城王傳》，孝文帝對元勰說：「牽痾如此，吾深慮不濟。」又說：「吾患轉惡，汝其努力。」而且很可能，這次親征之始，孝文帝就對自己的健康信心不足。據《魏書·景穆十二王·任城王傳》，孝文帝出征前對元澄說：「朕疾患淹年，氣力惙弊，如有非常，委任城大事。是段任城必須從朕。」
幾乎與魏軍大敗齊軍同時，孝文帝病情越來越重，進入危重狀態。庚子（4月20日）「車駕北次谷塘原」（谷塘原在今河南鄧州附近），六天後的四月丙午（4月26日），孝文帝去世。據《魏書·高祖紀》，在死前兩天（三月甲辰，即4月24日），孝文帝做出了一系列重大決定：第一是「詔賜皇后馮氏死」，第二是「詔司徒勰徵太子於魯陽踐阼」，第三是確立六大臣建立新皇帝的輔政班子。實際上，這大概是元勰等在御醫徐謇等確定皇帝即將不治之後，提出的一套對策，讓彌留之際（也許一直昏迷中）的孝文帝認可，當然這並不意味著孝文帝會不同意這樣處理。
《北史·后妃傳》對上述第一條決定有細緻描述，記孝文帝對元勰說：「後宮久乖陰德，自絕於天，吾死後可賜自盡別宮，葬以後禮，庶掩馮門之大過。」彌留之際怎麼會說得這麼囉唆呢？毋寧說是元勰事後解釋遮掩的話。孝文帝死於谷塘原，因敵軍離得不遠，元勰與元澄決定秘不發喪，儀仗軍容不變，裝作孝文帝仍然活著的樣子，繼續北行。到南陽宛城，悄悄把孝文帝屍體裝入棺材，再放進大車裡，仍裝作他還在養病的樣子。一路向北，又走了十天，終於抵達魯陽，與從洛陽來奔的皇太子元恪、孝文帝長弟咸陽王元禧等相遇。四月丁巳（5月7日）正式宣佈皇帝駕崩，同日元恪即位。
很可能是在孝文帝剛死、大軍還在谷塘原時，元勰派使者前往洛陽傳信給皇太子，同時向元禧、元詳等報告噩耗。根據分工，元禧陪太子南奔，元詳坐鎮洛陽。元詳首先要做的，就是執行孝文帝的遺詔處死大馮。《北史·后妃傳》：
北海王詳奉宣遺旨，長秋卿白整等入授後藥。後走呼，不肯引決，曰：「官豈有此也！是此諸王輩殺我耳。」整等執持，強之，乃含椒而盡。梓宮次洛南，咸陽王禧等知審死，相視曰：「若無遺詔，我兄弟亦當作計去之。豈可令失行婦人宰制天下，殺我輩也？」諡曰幽皇后，葬長陵塋內。
算算大馮從立為皇后到「含椒而盡」，不過一年八個月，其中還有超過一半時間處在擔驚受怕中。李善注《文選》引《文子》曰：「有榮華者，必有愁悴。」愁悴來得如此迅疾，也是難以想象。恰如班固所言：「朝為榮華，夕而憔悴，福不盈眥，禍溢於世。」