據《魏書·於忠傳》，於忠一開始就決意撇開高肇，提出的人選是孝文帝諸弟中唯一在世的高陽王元雍。元雍當時的職務是太尉，位在司徒高肇之前。推出「屬尊望重」的元雍，大概是為了防高英提出疑問。上奏提出請元雍入居太極殿西側的西柏堂，在那裡「省決庶政」。為什麼要入居西柏堂呢？我猜可能是因為大行皇帝在太極殿，群臣弔喪要到太極殿前。另外他們還想到引入宣武帝時期一直不太得意的任城王元澄，請他擔任尚書令，「總攝百揆」，目的大概是奪取高肇的日常行政權。
門下奏文送到高英手裡，她哪裡知道怎麼辦，自然是問日常最親近的王顯等人。王顯和宦官孫伏連等「厲色不聽」，堅決反對高英同意門下所奏，不予理睬。然後，就在這個關鍵的地方，《魏書·於忠傳》出現了殘缺，儘管也許缺字不多，卻使我們無法推測發生了什麼。緊接著，很可能是在王顯等人的建議下，皇后（還不是皇太后）高英要求「侍中、黃門，但牒六輔姓字齎來」。顯然，王顯等人給高英出的主意是模仿宣武帝即位時的六輔制度，那樣必定會包含高肇。宦官孫伏連替高英草擬的令書，宣佈以高肇錄尚書事，由王顯和高猛擔任侍中。這件令書發到於忠和崔光手裡，當然是石沉大海一般。後來清河王元懌評價於忠這一夜的功績，提到「拒違矯令」，就是指他拒絕執行皇后的這一令書。也許高英的令書起到相反的作用，那就是促使於忠決定立即採取更激烈的手段。
大約與此同時，高英就被（孫伏連，甚或加上王顯）建議，啟動子貴母死舊制，殺掉孝明帝的生母充華嬪胡氏。這種事交給內宮宦官大頭目劉騰去執行，劉騰（肯定是猶豫之下）告訴了有禁軍右衛將軍身份的侯剛，侯剛立即報告禁軍統帥於忠。於忠問崔光怎麼辦，崔光回答：「宜置胡嬪於別所，嚴加守衛，理必萬全，計之上者。」
可以說，正是因為高英想利用子貴母死舊制除掉胡氏，提醒了於忠和崔光，使他們驟然瞥見了一條劈開眼前困局的大路——除掉高肇，皇后（很快就會是皇太后）怎麼會善罷甘休呢？必定留下將來的巨大禍患。現經高英提醒，他們看到，孝明帝的生母恰恰是制衡高英的最佳人選，那就再沒有什麼後患可言。這樣，於忠就可以對宮廷內外的高氏勢力痛下重手了。
首先要除掉王顯。《魏書·術藝傳》：「（王）顯既蒙任遇，兼為法官，恃勢使威，為時所疾。」說王顯過去幾年因賣力地糾察百官，得罪人很多。現在到了權力鬥爭的關鍵時刻，除掉他也不會引起朝野議論。「朝宰（即於忠）託以侍療無效，執之禁中，詔削爵位。」於忠要除掉王顯，藉口是王顯作為第一御醫對宣武帝之死負有責任，所以直接在禁中把他抓了起來，宣詔免官削爵。這裡提到的詔書，一定不是高英批准的。說明於忠等人已撇開高英，不再遵守故有的程式。可以推測，這時高英身邊為她賣力的宦官孫伏連等，也都被清除了，高英已成真正的孤家寡人，不再是一個威脅。
王顯被捕後，連口喊冤，抓捕他的直閣（御前侍衛）「以刀鐶撞其腋下，傷中吐血」。以刀鐶撞擊兩脅，造成內臟損傷，表面卻看不出來。衛士把王顯押解到宮城以南、閶闔門外、銅駝街西的右衛將軍府，那裡是侯剛的地盤。王顯到右衛將軍府後「一宿死」，高肇在朝中最有力的盟友就這樣不復存在了。
非常可能，以上這一切都發生在宣武帝駕崩的丁巳（2月12日）夜至戊午（2月13日）晨之間。
這個混亂卻關鍵的夜晚過去之後，到第二天，詔告百官，大赦天下。第三天（己未，2月14日），派人前去追趕高肇等西征諸將，下令罷軍回師。《魏書·肅宗紀》：「己未，徵下西討東防諸軍。」到這一天才正式通知西征大軍（以及派到東邊配合西征以防蕭梁的軍隊），顯然是因為針對高氏勢力的內外安排需要兩天才基本停當。這些安排中，一個重要卻不大為人注意的人事調整，是讓元匡接任王顯空出來的御史中尉職位。宣武帝中後期，朝臣中曾公開頂撞高肇並遭受迫害的，只有一個元匡。據《北史·景穆十二王傳》所附《元匡傳》，元匡「性耿介，有氣節」。《魏書·景穆十二王傳》附《元匡傳》：「（元）匡與尚書令高肇不平，常無降下之色。」《北史》還有一段更形象的文字：
時宣武委政於高肇，宗室傾憚，唯匡與肇抗衡。先自造棺，置於聽事，意欲輿棺詣闕，論肇罪惡，自殺切諫。肇聞而惡之。後因與太常卿劉芳議爭權量，遂與肇聲色。
於是御史中尉王顯彈奏元匡，有關部門「處匡死刑」，宣武帝則只是把他「降為光祿大夫」。元匡極有個性，所造的棺材對付高肇沒有用上，存放在一所寺廟裡，後來他跟任城王元澄對抗上了，又想把這棺材抬出來用。就是這麼一個人，於忠和崔光要利用他和高肇的仇怨，把他緊急提拔為御史中尉，讓他在肅清高氏勢力方面發揮作用。當然，一個如此耿介強直的人，不會一心只當別人的棍棒，不會一直受派別集團的邊界限制，最終也會回過頭亂打一氣。後來元匡把火力先後對準於忠和元澄，給他自己帶來巨大的麻煩。當然這是後話。
己未這一天，還出現了於忠和崔光不曾料到的緊急事態。當他們安排輔政人事時，只想到用「屬尊望重」的元雍來壓倒高肇，卻沒有想到宣武帝的幾個弟弟也有自己的想法。特別是宣武帝的同母弟廣平王元懷。對他來說，高肇也是舅舅，高英也是表妹，一起共事完全沒有障礙。大概正是懷著這個念頭，他在己未這一天入宮，把重要官員都叫過來，表示要哭臨大行皇帝，還要見小皇帝。這麼做，擺明了是要奪取輔政大權。《魏書·崔光傳》：
帝崩後二日，廣平王懷扶疾入臨，以母弟之親，徑至太極西廡，哀慟禁內，呼侍中、黃門、領軍、二衛，雲身欲上殿哭大行，又須入見主上。諸人皆愕然相視，無敢抗對者。（崔）光獨攘衰振杖，引漢光武初崩，太尉趙憙橫劍當階，推下親王故事，辭色甚厲，聞者莫不稱善，壯光理義有據。（元）懷聲淚俱止，雲：「侍中以古事裁我，我不敢不服。」於是遂還，頻遣左右致謝。
宣武帝似乎很不待見自己這個同母弟，從沒有讓他進入權力中心。即使不考慮這個因素，如果於忠和崔光把他拉進輔政的核心圈子，他一定會保護高肇，那樣整個局面就會大變。但要堵住元懷奪權之路，不能只靠崔光效法東漢趙憙「橫劍當階，推下親王」，還得在人事格局上讓元懷不好再爭。《魏書·肅宗紀》：「庚申（2月15日），詔太保、高陽王雍入居西柏堂，決庶政，又詔任城王澄為尚書令，百官總己以聽於二王。」這樣就在形式上確定了元雍、元澄二王輔政的格局，二人的資歷是其他宗王都比不上的，元懷自然不敢再爭。這也決定了朝堂內外，再沒有人為高肇說話。
接下來，洛陽上層都緊張地關注著西邊的訊息。雖然難知細節，以情理推，孝明帝「告兇問」的詔書從發出到抵達至少要十來天，「朝夕悲泣，至於羸悴」的高肇趕回洛陽，也需要差不多同樣長的時間，那就到了二月上旬。可想而知，洛陽朝廷對他每天的行程一定十分清楚，報告他行蹤的人員一日多批地出入洛陽，絡繹於道。二月庚辰（515年3月7日），高肇抵達洛陽西郊，駐馬不進，宿於城西的瀍澗驛亭。而同一天，洛陽宮裡舉辦隆重儀式，尊皇后高英為皇太后。兩件事發生於同一天，一定不是巧合。洛陽宮上演這場戲，當然是做給高肇看的，目的是讓高肇安心進城。
據《北史·外戚傳》，高肇住進瀍澗驛亭後，家人前來相迎，恐怕也是執政者特意放出來轉告有關皇太后的訊息。心事重重的高肇不見家人，繼續他的忐忑不安。次日一早（515年3月8日），高肇從驛亭出發，東入洛陽，「直至闕下，縗服號哭，升太極殿，盡哀」。高肇在宣武帝的梓宮（棺材）前大哭一場，行禮完畢，司禮官引導他往西，似乎是到太極殿西側的西柏堂見高陽王元雍，見之前先到緊挨西柏堂的舍人省（中書舍人值班的地方）休息。
元雍和於忠早已安排十多名直寢壯士埋伏在舍人省內，其中有後來成為北魏後期著名將領的伊瓫生。司禮官引導高肇走過太極殿西廡，前往舍人省時，在一旁行喪守孝的眾多王公貴人都知道接下來會發生什麼，難免指指點點，竊竊私語，其中就有曾和高肇發生過正面衝突的清河王元懌，以及一直小心翼翼不敢得罪高肇的任城王元澄。照說廣平王元懷也應該在場，如果他在場，大概是會有點為舅舅感到難過的。高肇一踏入舍人省，「壯士搤而拉殺之」。然後輔政諸人「下詔暴其罪惡，稱為自盡」。因暫時不願牽扯太廣，詔書特別強調「自餘親黨，悉無追問」，只對高肇本人「削除職爵，葬以士禮」。一直等到黃昏時分，街上行人稀少之時，「乃於廁門出其屍歸家」。
據《北史》，高肇的敗亡在出徵時已見其兆。從洛陽出發前，他跟西征諸將二十多人一起，進入皇宮，到太極殿東堂辭別宣武帝，「親奉規略」。入宮時，高肇的坐騎留在太極殿宮院的西門神虎門外，這匹駿馬突然「無故驚倒，轉臥渠中」，極其狼狽地倒在門邊的溝渠裡，馬背上的鞍具都折騰得破碎了。這一場景，當然足以引發「眾鹹怪異」。高肇辭別皇帝，出了神虎門，正待上馬啟程，卻見到這番景象，「惡焉」。對事後諸葛亮們來說，這算是預言了三個月後高肇的下場。