孔融一生經歷了哪些政治風波，《世說新語》的作者並不關心，但特意講到了孔融之死：
孔融被收，中外惶怖。時融兒大者九歲，小者八歲，二兒故琢釘戲，了無遽容。融謂使者曰：「冀罪止於身，二兒可得全不？」兒徐進曰：「大人豈見覆巢之下，復有完卵乎？」尋亦收至。（《世說新語·言語》）
「孔融被收」，收的意思是逮捕。——漢代法律的權威還是挺大的，所以在漢末產生的道教，吸收了許多法律術語。作法的時候強調效率要高，叫「急急如律令」，抓妖怪則叫「收妖」。直到明代《西遊記》的內容裡，還儲存著這些用法。
收孔融的人，則是曹操。曹操與孔融可說是積怨已久。
孔融經常挖苦、譏諷曹操。比較著名的案例有：
曹操滅了袁紹，兒子曹丕搶了袁紹的兒媳婦甄氏。孔融就給曹操寫信，說周武王伐紂，把妲己賜給了周公。曹操沒見過這個說法，但知道孔融讀書多，以為他有特別的依據，就問他這出何經典。結果孔融回答說：「以今度之，想當然耳。」以今天的情況推測，想來也應該是這樣吧。
曹操遠征烏桓，孔融又嘲笑說：「大將軍遠征，蕭條（這裡是逍遙的意思）海外。昔肅慎不貢楛矢，丁零盜蘇武牛羊，可併案也。」烏桓遠在東北，孔融說曹大將軍你打這麼遠，在「海外」閒得無聊，當地幾樁陳年舊案你也審理一下吧。肅慎是東北的少數民族，傳說周武王時曾來進貢過楛木做箭桿的箭，後來每逢盛世他們都會來，現在不來，就是不認可我們這個時代是盛世；丁零也是族名，是今天維吾爾族人的祖先，但這個民族進入新疆其實遠比漢族要晚，漢朝時他們還在貝加爾湖一帶，所以蘇武在北海牧羊的時候，他們曾盜竊打劫。能隨口扯典故當「板磚」用，當然是文化人特有的攻擊方式。
戰爭期間糧食緊張，曹操於是禁酒，但直說禁酒的原因是糧食緊張，卻不利於激發廣大軍民的自信心，於是曹操找了個高大上的理由：喝酒敗壞德行。結果孔融就把古往今來喝酒成就事業的人羅列了一番，又問：「說喝酒不好就要禁酒，那桀紂可是因為好色而亡國的，要不要禁止結婚呢？」
當然，曹操是喜歡做出寬宏大量的姿態的，你直接罵他，他反而不大會跟你翻臉。最後是什麼原因讓曹操不再容忍孔融的？不同的書說法不一，感覺孫盛《魏氏春秋》的說法比較合理：「融對孫權使有訕謗之言。」孔融對孫權的使者說了不該說的話，畢竟中國的傳統，關起門來可以由你胡鬧，和敵對勢力發生關係，那就是可忍孰不可忍了。
當然更本質的原因，還是孔融在讀書人里名望太高。殺他，有轟動效應，可以嚇得很多人都閉嘴。
果然，立刻就「中外惶怖」了，朝廷內外都很恐懼。
孔融被抓的時候，他兩個兒子，小的八歲，大的九歲，正在玩「琢釘戲」。琢釘戲是一種兒童喜歡的遊戲，當時具體怎麼玩的，沒有詳細記載。生活在明清之際的周亮工，介紹了他所見到的南京兒童玩的琢釘戲，並認為漢末三國的玩法應該也差不多。或許他說的也不無道理，我是二十世紀七十年代出生的，小時候打彈子，玩法正和周亮工說的類似，只不過我打的是裡面有螺旋花紋的玻璃彈子，若穿越回去，一定能令古人羨慕不已。自古以來兒童的遊戲有相當的穩定性，直到現在有了手機、平板電腦流行，這些才成了絕響。
看見父親被抓，兩個孩子只管玩，一點慌張的神色也沒有。
孔融問：「冀罪止於身，二兒可得全不（否）？」希望就處死我，兩個孩子能保全嗎？——不知怎麼，這句話異常打動我，甚至我覺得這可能是孔融一生，最有人性的時刻。這話是哀求，是向曹操屈服，彷彿從字裡行間都傳出孔融哆哆嗦嗦的聲音。孔融雖然沒什麼政治、軍事才能，但是向來「倒驢不倒架」，多少年來，強敵環伺、鋒鏑交加的時候，孔融想的都是首先保持自己手握酒杯、瀟灑淡定的姿態。但這一刻，他沒有任何表演慾，只是想讓兩個兒子活下來而已。
但兩個孩子已經成長為新一代的孔融。他們很從容地對孔融說：「大人豈見覆巢之下，復有完卵乎？」父親您難道見過，打翻的鳥巢下，還有完好的鳥蛋嗎？
果然，抓捕兩個孩子的人，很快也就來了。
這個故事也有其他版本，不過渲染太過，不如就這樣動人。
西晉名臣羊祜的前母，是孔融的女兒，可見曹操至少對孔融已出嫁的女兒，沒有趕盡殺絕。孔融的反動言論，也沒有被刻意禁燬。相反，曹丕特別喜歡孔融的文章，認為他是揚雄、班固一流的人物，還出重金編輯了孔融的文集，可惜後來還是散佚了。總之，今天我們能見到的孔融的作品不太多，是因為時光而不是暴政的力量。