這件事，當然是晉元帝對王導的「寵禮」，但崇高的禮遇弄到過分的地步，就像一個應該被去掉的最高分。有學者把這個行為理解為對王導的警告，也很合理。
當時東晉的版圖，看起來倒也相當廣大，不過考慮到人口數量、經濟發展水平、交通便利程度等因素，則長江以南，只有荊州和揚州最重要。
揚州地區，王導是實際話事人，大家都「江左管夷吾」地叫著，皇帝就是個擺設。
荊州地區則基本被控制在了王敦的手裡。王敦一向喜歡炫耀自己擅長軍事，他到荊州之後證明了自己。雖然按照《晉書》的說法，勝仗實際上都是陶侃和周訪打的，但這兩人缺乏政治根基，也缺乏政治流氓的作風，所以一旦取得戰果後，就被王敦輕而易舉地排擠掉了。
荊州控扼上游，固然是揚州的屏障，但要是翻臉為敵，那威脅更是大到不堪設想。偏生王敦又是一副野心勃勃的樣子：
王處仲每酒後輒詠「老驥伏櫪，志在千里。烈士暮年，壯心不已」。以如意打唾壺，壺口盡缺。（《世說新語·豪爽》）
曹操是什麼人？他的詩也是隨便唸的？！你已經是大將軍位極人臣，還在那裡「壯心不已」，那是要到什麼地步，你才能「已」下來呢？
王敦用如意打唾壺的情報要是曾送到晉元帝面前，晉元帝大概會覺得自己的心臟就是那個唾壺，被敲得全是崩瓷。
《世說新語》裡又有這樣一條：
王丞相雲：「刁玄亮之察察，戴若思之巖巖，卞望之之峰距。」（《世說新語·賞譽》）
這句話裡，王導誇了三個人，刁協（字玄亮）、戴淵（字若思）、卞壼（字望之）。
當然，王導說話照例是很有技巧的，這句說是賞譽，實則明褒裡藏著暗貶。「察察」是潔淨的樣子，也可以指吹毛求疵；「巖巖」「峰距」意思差不多，都是山峰高峻的樣子，也可能表達著這樣的資訊：你們的行為脫離了名士圈公認的價值標準，不近人情。
事實就是，這三個人的性情和作風，有些禮教氣，是許多名士不喜歡的；甚而有些法家氣，是絕大多數名士根本不能容忍的。
尤其是刁協和戴淵，正是輔佐晉元帝擴張皇權的關鍵人物。
刁協和一個叫劉隗的一起，為晉元帝制定了很多新政策。具體內容，無非是強調有法必依，所以要求官員們端正自身，強化對下屬的管理，打擊地方上的豪強，清算被隱匿的戶口，等等。
戴淵雖然也是宦門子弟，但年輕時是當過強盜的，所以晉元帝看重他的軍事才能，讓他「都督兗、豫、幽、冀、雍、並六州諸軍事」。這些州早已淪陷，所以東晉朝廷在江北僑置郡縣，安置這些州的流民。這個任命，其實是讓戴淵擔任江北流民軍總指揮。
基本上，晉元帝這些措施，為「改革為什麼會失敗」這個課題，提供了一個特別經典的案例。
如果晉元帝的目標是結束「王與馬共天下」的局面，那麼可以用的招數還是挺多的，畢竟琅邪王氏權勢大到這個地步，不滿的人也很多。
但他這一系列舉措，顯然是想重振朝綱，或者用現在的話說，叫全面重建強大的中央集權。
這在那個時代根本不切實際。
當時之所以大量戶口被隱匿，是因為很多人都做了世家大族的僮客。要清查隱匿戶口，就是動世家大族的經濟命脈。
江北的流民軍，本來互不統屬，誰也不服誰，現在突然在他們頭上加了一個領導者，引起所有人的反感，哪怕本來願意支援朝廷的，這下也不支援了。
刁協、劉隗、戴淵這些人，都出身於二三流計程車族，本身掌控的資源非常有限。
就是說，晉元帝在除了皇帝的虛名幾乎什麼也不掌握的情況下，通過一系列新政策，把本來願意尊奉自己的各派勢力，在短時間內都逼到了自己的對立面。
首先做出激烈反應的，自然是王敦。王敦打算以清君側為名，指揮大軍順長江而下直取建康城，給皇帝一個教訓。
對新政不滿的世家大族，此時對王敦的行為，基本心態是看熱鬧。
晉元帝要想擋住王敦的軍隊，唯一可指望的就是江北流民，但他根本就指揮不動這些流民。
所以皇帝和皇帝身邊的改革派要倒霉，是顯而易見的了。
周固然也是皇帝重用的人，但更是大士族，又總是醉醺醺的清醒不了三天，制定新政的事顯然與他無關，何況他還被劉隗攻擊過。這時候要選邊站，該怎麼選看來並不難做決定。
一向瞧不起他的弟弟周嵩，就有很清楚的判斷。
周伯仁為吏部尚書，在省內，夜疾危急。時刁玄亮為尚書令，營救備親好之至。良久小損。明旦，報仲智，仲智狼狽來。始入戶，刁下床對之大泣，說伯仁昨危急之狀。仲智手批之，刁為辟易於戶側。既前，都不問病，直雲：「君在中朝，與和長輿齊名，那與佞人刁協有情？」徑便出。（《世說新語·方正》）
周是吏部尚書，刁協是尚書令，說起來是周的上級。
一天，周在尚書省值夜班，突發疾病，情勢危急。
刁協用盡一切辦法照顧、營救周，過了很久，周才稍微好一點。
第二天天剛亮，就通報給周嵩，周嵩急忙趕過來。
周嵩剛進門，刁協就迎上去對著周嵩哭訴，說昨晚周的情況有多危急。
結果周嵩揚手就給了刁協一個耳光，刁協被打得退到門邊去了。
周嵩走到周面前，也不問病情，直截了當說：「你在中朝的時候，與和長輿（即和嶠）是齊名的，怎麼能和刁協這種佞徒有交情！」
於是周嵩轉身就走了。
周嵩這態度，看起來激烈浮誇又無情，但倒是真心護著哥哥的。
這不僅是汝南周氏看不上渤海刁氏的門閥觀念，更重要的是表明態度，門閥和皇權的衝突一旦爆發，刁協肯定是要完蛋的，哥哥你要離他遠一點。
（五）沉默中的辜負
周畢竟年輕時是紮紮實實受過儒家倫理教育的，把忠君思想看得很重；而且周是個很重感情的人，對自己好的人，他不忍心對人家不好。
周選擇站在皇帝一邊。
王大將軍當下，時鹹謂無緣爾。伯仁曰：「今主非堯、舜，何能無過？且人臣安得稱兵以向朝廷？處仲狼抗剛愎，王平子何在？」（《世說新語·方正》）
王敦的大軍即將東下，「時鹹謂無緣爾」一句則不大好懂。
結合《晉書》和其他一些記載，可能應該這樣理解：
王敦要清君側，很多人認為是有「緣」，也就是有理由的。如公認的忠臣溫嶠就說：「大將軍此舉有在，義無有濫。」這段時間裡陛下新政是太過分，難怪大將軍起兵，太過分違背道義的事，則相信他也做不出。
所以「時鹹謂無緣爾」就是，大家都認為，王敦起兵，沒有正當理由。
大將軍起兵合理，又不至於弒君，那我們就看戲好了。
但周反對這種看法：「當今主上並非堯舜，又怎能毫無過失？做臣子的，怎麼可以就向朝廷發動戰爭呢？王敦是個放肆剛愎的人，王平子現在哪裡？」
意思是，當初王敦能夠殺害族兄王澄，當然也就可能殺害皇帝。
王敦兵臨城下，建康保衛戰打響，而結果毫無懸念。有人開城向王敦投降，有人不投降但也不打算對抗，所以戰場上稍微接觸下就敗退了，周倒是真心想對抗的，但正像當初在荊州一樣，他作為一個將軍非常無能。
王大將軍既反，至石頭，周伯仁往見之。謂周曰：「卿何以相負？」對曰：「公戎車犯正，下官忝率六軍，而王師不振，以此負公。」（《世說新語·方正》）
王敦佔據了建康城最重要的要塞石頭城。——漢末以來的政治家、軍事家總結了「城大難守」的經驗教訓，所以對都市級別的大城市，防禦思路往往是在城市主體的基礎上，再建設一個較小而特別堅固的堡壘。在洛陽，則有金墉城；在鄴城，則有銅雀臺；在建康，則是當時依山臨江的石頭城。
晉元帝派周去見王敦談判。
王敦對周說：「你為什麼做對不起我的事？」
這話有兩層意思：第一，當初在荊州你被叛軍打得那麼慘，多虧我救你；第二，我來打皇帝是替士族們出氣，難道不也是為你好，你幹嗎和我對著幹？
周再次展示好口才，用《左傳》式的語言表達了這樣的意思：「你的兵車冒犯了正統，下官很慚愧地被委以統領天子軍隊的重任。結果王師一個沒準備好失敗了，這就是我對不起你的地方。」
王敦還真被他說得沒話說。
回去後，周被晉元帝召見。晉元帝問自己命運如何，週迴答，您和太子都沒事，我們這些人就不知道了。
有人勸周逃亡，周說，我們做大臣的，不能讓朝廷避免喪敗，「寧可復草間求活，外投胡越邪！」
不久後，周就被捕了。正像許多傑出的忠臣一樣，周痛罵叛逆，祈求上天快快結束王敦的性命。
正像安東尼對西塞羅的辦法，口才好的人，舌頭要受到額外的懲罰。執法者把戟戳進周嘴裡，周的血一直流到腳後跟，但神色不變，舉止自若。就這樣，周從容就義，時年五十四歲。王敦為什麼要殺周，還有一個原因，並引出了一句著名的話：
王大將軍起事，丞相兄弟詣闕謝。周侯深憂諸王，始入，甚有憂色。丞相呼周侯曰：「百口委卿！」周直過不應。既入，苦相存救。既釋，周大說，飲酒。及出，諸王故在門。周曰：「今年殺諸賊奴，當取金印如斗大系肘後。」大將軍至石頭，問丞相曰：「周侯可為三公不？」丞相不答。又問：「可為尚書令不？」又不應。因雲：「如此，唯當殺之耳！」復默然。逮周侯被害，丞相後知周侯救己，嘆曰：「我不殺周侯，周侯由我而死。幽冥中負此人！」（《世說新語·尤悔》）
王敦起事，建康城裡的王導當然尷尬也危險。你和叛徒是堂兄弟，他起兵的理由之一，就是你受到了不公正待遇，你說皇帝該拿你怎麼辦？
王導就帶著琅邪王氏的兄弟子侄，都到皇宮門前的魏闕下去謝罪。
周擔心王家人的命運，心懷憂慮地去宮裡見皇帝。
王導看見他走過，就大叫：「我們家這百來口人，就託付給您了！」
周不回答，直接就進宮了。
周見到晉元帝，苦苦陳說不能殺王導的道理。——理由當然是很充分的：從個人情誼來說，你們是布衣之好，管鮑之交；從道德角度來說，你能有今天，全虧王導，不能恩將仇報；從利害算計來說，殺了王導，就是徹底翻臉了，王敦打進來之後，殺你的理由就充分了，留著王導，王敦面前大家也好為你轉圜，王導就可能為你求情……總之，周把晉元帝的思想工作做通了，王導保下來了。
於是周很開心，在宮裡還喝了酒，等到出去的時候，發現王導一家還在宮門口等著。
周說：「今年把亂臣賊子都消滅了，一定會拿到像斗大的金印，掛在胳膊肘上。」——古人的衣服，往往在肘部有個袋子，可以放東西。
周這話說得，好像是他要因為殺賊立功而封侯，也就是說，他和王家勢不兩立。
周為啥要表現出這樣一種姿態呢？
宋代有個叫施德操的人分析說：
元帝與王導，豈他君臣比？同甘共苦，相與奮起於艱難顛沛之中。今以王敦，遂相猜疑如此，此君子所以深惜也。故伯仁之救導，欲其盡出於元帝，不出於己，所以全君臣終始之義。伯仁之賢，正在於此。（《北窗炙輠錄》）
晉元帝和王導這對君臣，關係太特殊了，他們從極其卑微的起點，歷盡磨難走到今天，本來是多麼完美的典範，可是現在卻互相猜忌，實在是太讓人心痛了。所以周要幫助兩個人和好，而且要給人一種印象，就是兩個人自己醒悟，重新心心相印的，沒有任何外人的幫助。
這就是言情小說裡，備胎默默奉獻犧牲自己，也要成全男女主角的純潔無瑕的愛情那種經典劇情。
只可惜，王導雖然擅長洞悉人性的一切弱點，對一個沒用的人的純淨的善意，卻不是那麼敏感。
王導認為周是與王家為敵的。
王敦已經完全掌控大局，決定對朝廷的人事重新做出安排。當然，沒有人比王導更瞭解情況，他要聽王導的意見。
王敦問：「周侯可以做三公嗎？」這是位望最高的官。
王導沒有回答。
王敦又問：「可以做尚書令嗎？」這是當時地位最機要的官。
王導又沒有回答。
周聲望那麼大，是自己人的話，給官做就該給最拿得出手的。王導既然認為最拿得出手的官不能給他，就說明他不是自己人。
於是王敦說：「既然如此，那就只有殺掉他了。」
王導還是沒有說話。
周被殺之後很久，王導在中書省的檔案裡，讀到了周為自己求情的表章，這才明白了周當初的用心。
於是王導嘆息說：「我不殺周侯，周侯卻是因我而死。我在沉默闇昧之中，辜負了這個人！」
周字伯仁，所以這句在《晉書》裡，作「吾雖不殺伯仁，伯仁由我而死」。
不只是王導，殺了周，王敦也一樣是會說動情的話的。
王大將軍於眾坐中曰：「諸周由來未有作三公者。」有人答曰：「唯周侯邑五馬領頭而不克。」大將軍曰：「我與周，洛下相遇，一面頓盡。值世紛紜，遂至於此！」因為流涕。（《世說新語·尤悔》）
一個公開場合，王敦說：「周氏這樣的大族，本朝還從未出過做三公的人呢。」
有人回答說：「只有周侯已經投出了五個領先的籌碼，但到底還是沒成。」——這是拿博戲打比方，周已經是尚書僕射，和三公只是一步之遙了。
王敦就感慨起來：「當年我和周侯在洛陽相會，真是一見傾心，無話不談。只是碰到這紛紜的世事，竟落得今天這樣的局面！」
王敦的眼淚，說來也就來了。
和王家人相比，周家人的演技，就顯得實在差得太多。
殺了周後，王敦派人到周家去弔唁。
一向瞧不起哥哥的周嵩，突然爆發出一句對哥哥的讚美：「亡兄，天下有義人，為天下無義人所殺，復何所吊？」
這句話讓王敦懷恨在心，後來，就又找個理由殺了周嵩。
周嵩當年預言自家兄弟三人的命運，終於全部說中。