王敦進入建康，並不急於去朝見晉元帝，而是放縱自己計程車兵搶劫。這大概是一種貓捉老鼠的心態，王敦知道，眼看著皇宮、朝廷裡的人四散奔走，晉元帝心裡的恐慌會有多麼嚴重。很快，王敦就得到了元帝使者帶來的訊息。
晉元帝說：「你如果還沒有將朝廷置於腦後，那請就此罷兵，天下還可以相安。如果不是這樣，那麼朕將回到琅邪，為賢人讓路。」要回琅邪封國去的話頭，元帝說過其實不止一次，然而這一回，這個失敗者的語氣裡似乎反倒有些要挾的意味。
這個要挾是有效的。攻破建康最重要的要塞石頭城後，王敦就對自己此舉將獲得什麼樣的評價顯得有些擔憂。他畢竟也是門閥時代的氣氛裡成長起來的人，對世家大族的立場和輿論，不得不有格外的重視。王敦確實不希望元帝就此退位，這會使自己顯得過於猴急。現在，自己已經可以專斷朝政，但要換一個皇帝，卻還為時太早。
換太子，倒似乎可行：
王敦既下，住船石頭，欲有廢明帝意。賓客盈坐，敦知帝聰明，欲以不孝廢之。每言帝不孝之狀，而皆雲：「溫太真所說。溫嘗為東宮率，後為吾司馬，甚悉之。」須臾，溫來，敦便奮其威容，問溫曰：「皇太子作人何似？」溫曰：「小人無以測君子。」敦聲色並厲，欲以威力使從己，乃重問溫：「太子何以稱佳？」溫曰：「鉤深致遠，蓋非淺識所測。然以禮侍親，可稱為孝。」（《世說新語·方正》）
王敦東下之後，駐紮在石頭城，他想把太子司馬紹，也就是未來的晉明帝廢掉。
王敦知道太子聰明，就想借不孝的罪名廢掉他。
賓客滿座的時候，王敦每每說起太子種種不孝的行為，又總是說：「這是溫太真說的。」
溫太真也就是溫嶠，引用溫嶠的言論，聽起來是很有說服力的。溫嶠當初是作為劉琨的特使到江東的，劉琨是堅守北方的忠臣標杆，溫嶠的公信力是夠的；溫嶠曾在太子東宮做過官，所以很熟悉太子的情況；又曾在王敦手下任職，所以將自己的見聞告訴王敦，也很自然；還有很重要的一點是，溫嶠談到王敦這次起兵，曾「以附其欲」地說過，說「大將軍此舉有在，義無有濫」，似乎是很有點同情的。王敦有理由相信，溫嶠會支援自己。
有次正說著，溫嶠來了。
王敦便展現出威勢來，問溫嶠說：「皇太子是什麼樣的人？」
溫嶠回答：「我這樣卑微的小人，不足以估量君子。」這話語氣極謙卑，但實際上是拒不回答王敦的問題，也就是表示反對。
王敦的聲音和表情都嚴厲起來，又問：「都說太子好，到底好在哪裡？」
溫嶠答：「太子思慮深刻，追求遠大，不是我這樣淺陋的見識所能窺測的。但侍奉父母合乎禮節，可以稱得上是孝了。」
群臣對溫嶠的話一致表示贊同，就這樣，太子也沒換成。
溫嶠為什麼會既對王敦起兵清君側表面上表示同情，又反對王敦廢太子呢？除了他和太子司馬紹個人情誼很深外，更根本的原因是，這就是當時各大家族共同的立場，重點是維持現狀，不想皇權擴張，也不想改朝換代，連廢太子這種帶有危險氣息的訊號，也不想看見。
現在，處境最進退維谷的，反而成了王敦本人。
當時王敦有兩個選擇：一是進一步提高南北士族的地位，在輿論上取得他們的支援；二是殺掉他們中的一些人立威，從而把權力更直接地掌控在自己手裡。
王敦身邊的人也分成兩派。勸王敦選擇前一種辦法的，例如謝鯤，謝鯤指出，這樣甚至可以使王敦之前的行為都抹去叛逆的名聲。謝鯤是名士，當然是站在世家大族的立場上說話。王敦知道，即使謝鯤個人此刻說這些話是真誠的，時過境遷之後，一切也都會不一樣。晉元帝是掀不起什麼風浪了，但太子確實聰明能幹。等太子即位，很可能會想要報復，名士集團則會樂於犧牲自己換取和皇權之間的和諧。自己從一開始就走了豪爽的路線，在名士裡非常特殊，而個性化人物，總是很容易收穫額外的掌聲，然後又更容易被隨意拋棄掉。
王敦手下也有很多實幹派。按照王導設計的格局，南北文化士族主導東晉政治，南方的「武力強宗」則被排除在權力遊戲之外。這些人裡很有一部分被王敦吸納為自己的支援者。他們都鼓動王敦揮起屠刀，進而建立一個新的王朝。作為被壓抑的群體，對既得利益階層當然充滿仇恨，只有來一次天崩地裂，他們才有出頭的機會。
猶豫之後，王敦先退了一步，把大權都交託給王導，自己退回到了上游的武昌。不久後晉元帝去世，晉明帝即位，王敦卻又開始步步緊逼。
太寧元年（323），他派人獻給晉明帝一顆玉璽，順便暗示他下詔徵自己入朝。明帝不敢不從，於是王敦移鎮姑孰。從這裡出擊建康城，沒有大江之限，只需要翻越一些難稱險峻的山巒。軍隊駐紮在這個地方，就好比一把尖刀，抵住了東晉朝廷的後心。
（中國歷史地圖集·第四冊，地圖出版社，1962）
王敦親任揚州刺史，直接管轄京師所在之地。王敦的親兄長王含，升為徵東將軍、都督揚州、江西諸軍事；兩個堂弟王舒和王彬，則分別任荊州刺史和江州刺史。這樣，加上坐鎮中樞的王導，琅邪王氏可以說控制了朝廷內外的大部分重要職務和軍事重鎮。
看起來，王敦篡位的條件已經相當成熟，然而我們卻看到了這樣一個故事：
王右軍年減十歲時，大將軍甚愛之，恆置帳中眠。大將軍嘗先出，右軍猶未起。須臾，錢鳳入，屏人論事，都忘右軍在帳中，便言逆節之謀。右軍覺，既聞所論，知無活理，乃剔吐汙頭面被褥，詐孰眠。敦論事造半，方憶右軍未起，相與大驚曰：「不得不除之！」及開帳，乃見吐唾從橫，信其實孰眠，於是得全。於時稱其有智。（《世說新語·假譎》）
王右軍就是大名鼎鼎的書聖王羲之，他做過右軍將軍。
王羲之的爺爺王正，和王敦的父親王基是親兄弟。
王羲之不滿十歲的時候，王敦很喜愛他，常常安排他在自己的帳中睡覺。
曾有一次，王敦先出帳，王羲之還沒有起床。一會兒，錢鳳進來了。錢鳳是吳興郡人，出身大約是庶族或最低階計程車族，在王敦身邊，扮演著謀主的角色。
於是王敦和錢鳳屏退左右開始商談，忘了王羲之還睡在帳中，就說起叛亂的計劃。
這時王羲之醒來，聽到了他們談論的內容，知道死定了，於是伸手到嘴裡摳，開始嘔吐，把頭臉和被褥都弄髒了，假裝還在熟睡。
王敦突然想起王羲之來，和錢鳳一說，彼此十分驚慌，說：「這孩子不得不殺了！」
等到掀開帳子，才看見王羲之吐成這樣，就相信他真的睡得很熟。王羲之這才保住了性命。當時人們都稱讚他有智謀。
當然，《世說新語》裡這一則的真實性有問題，其餘所有書裡都說，這個機智的男孩應該是王允之。王允之和王羲之是堂兄弟，同年出生。大概還是王羲之太有名，大家都希望有趣的故事發生在他身上，所以明明是王允之吐的，卻吐到王羲之頭上了。
不過王允之也好王羲之也罷，總之都是王敦的同族侄子。王敦謀反的事被聽見了，第一反應竟然是殺人滅口，顯然說明，王家人對王敦的宏圖偉業，並不支援。
甚至於，這個故事安在王羲之身上固然是假，發生在王允之身上也未必是真，王家人對外宣講這個故事，就是要廣泛傳達一個資訊：造反是王敦個人的事，和我們整個琅邪王氏，並不相干。
這個年代，搶皇帝當並沒有什麼好處，確保家族始終留在世家門閥的第一方陣裡，才是琅邪王氏的核心訴求。王敦已經是不得不反的處境，那就只能放棄他了。
後來王敦果然造反了。當時他已經病重，王導得到訊息後，第一時間便率領王家子弟為還沒死的王敦舉辦喪事，這個舉動極大地鼓舞了朝廷方面計程車氣，當然也意味著，王敦失敗後，除掉他的個別死黨，朝廷是不會株連到王家其他人的。
王敦上次進攻建康時，世家大族心有靈犀，看守要塞的守將主動開門，江北的流民軍置身事外，總之一切都非常順利。雖然時間僅僅過去兩年，但一切都不一樣了。王敦的軍隊遭到了各方勢力聯合起來的迎頭痛擊。
王敦臨死之前，王敦陣營內部到底發生了些什麼事故，史書上有些頗為詳細生動而乖張荒謬的記述，但恐怕早已經過各方勢力的重重塗抹，也就只能當作故事看看罷了。《世說新語》裡沒有這些內容，倒是有一段叛亂失敗之後的花絮：
王大將軍既亡，王應欲投世儒，世儒為江州；王含欲投王舒，舒為荊州。含語應曰：「大將軍平素與江州云何，而汝欲歸之？」應曰：「此乃所以宜往也。江州當人強盛時，能抗同異，此非常人所行。及睹衰厄，必興愍惻。荊州守文，豈能作意表行事？」含不從，遂共投舒。舒果沉含父子於江。彬聞應當來，密具船以待之。竟不得來，深以為恨。（《世說新語·識鑑》）
王敦沒有兒子，所以認了自己親哥哥王含的兒子王應做自己的乾兒子、繼承人。
王敦一死，王含、王應父子，就成了朝廷最重要的通緝犯。
兒子王應打算去投奔江州刺史王彬（字世儒）。