司馬昱就吩咐說：「老鼠被害，都不能忘懷，再因為老鼠而害人，恐怕不可以吧？」
此外，司馬昱也比較有羞恥心：
簡文見田稻不識，問是何草？左右答是稻。簡文還，三日不出，雲：「寧有賴其末，而不識其本？」（《世說新語·尤悔》）
他看見田裡的稻子不認得，問是什麼草。知道答案後，司馬昱三天沒出門，說：「哪有靠它養活，卻不認得它的根本的呢？」
這多少算是以與勞動人民的隔閡為恥吧。在東晉時，真是很難得的品質。
《世說新語》裡也有不少桓溫和司馬昱的互動：
宣武與簡文、太宰共載，密令人在輿前後鳴鼓大叫。鹵簿中驚擾，太宰惶怖求下輿。顧看簡文，穆然清恬。宣武語人曰：「朝廷間故復有此賢。」（《世說新語·雅量》）
桓溫、司馬昱、司馬晞共坐一輛車。——司馬晞也是晉元帝的兒子，也就是司馬昱的異母兄長，是個喜好軍事的人。
桓溫秘密安排人在車前車後突然敲鼓大叫，製造混亂。
於是儀仗隊被驚擾大亂。
司馬晞很恐懼慌亂，急著想下車。——有人懷疑，他一個喜歡軍事的人，怎麼會這麼膽小？恐怕是《世說新語》在編段子汙衊他。但換個角度說，秦舞陽這種從小殺人的傢伙，刺殺秦始皇的時候也掉鏈子，日常勇猛和危急關頭的表現是兩回事，何況緊張也可能是反應快呢。
而司馬昱淡定如樹懶，你慌你的，我自巋然不動。
於是桓溫感嘆：「想不到朝廷中又有這樣的賢人。」
誇司馬昱長得好的文字，往往都會強調他有一種安靜淡定的氣質。按照名士的標準，吃個雞蛋都著急那叫「忿狷」，「當無一豪可論」。而面對多大危機都沒反應，好比嵇康臨死前彈個琴，謝安看到淝水戰報繼續下棋之類，則是交口讚譽的「雅量」。
這麼論司馬昱是真有雅量。
簡文作撫軍時，嘗與桓宣武俱入朝，更相讓在前。宣武不得已而先之，因曰：「伯也執殳，為王前驅。」簡文曰：「所謂‘無小無大，從公於邁’。」（《世說新語·言語》）
司馬昱和桓溫一起入朝，互相客氣，都讓對方走在前面。
最後桓溫不得不先走，於是就引了句《詩經》裡的《衛風·伯兮》，表示我走在前面，是給你開路。
司馬昱顯然對《詩經》爛熟於心，於是引了句《魯頌·泮水》，表示不是你給我開路，而是我在追隨你。
《晉書·簡文帝紀》裡說：「初，帝以沖虛簡貴，歷宰三世，溫素所敬憚。」這個說法不見得不對，但也有可能是，桓溫人生的起步階段，司馬昱給他幫助不少，後來桓溫要專權，以司馬昱的身份而言，是個障礙，但這個障礙太容易逾越了，倒讓桓溫可以用賞玩的眼光看待他。
所以桓溫第三次北伐失敗，想通過換個皇帝來立威，自然就想到司馬昱了。
當然，首先要找理由把原來的皇帝廢掉，桓溫找的理由比較缺德。
當時皇帝是司馬昱的侄孫司馬奕，桓溫說他：
夙有痿疾，嬖人相龍、計好、朱靈寶等參侍內寢，而二美人田氏、孟氏生三男，長欲封樹，時人惑之。（《晉書·帝紀·第八》）
大意是司馬奕陽痿，是不可能有兒子的。他有些男寵，可以出入宮禁，所以後宮的美人所生的三個男孩，不是司馬奕的兒子，是這些男寵的兒子。現在這些孩子要被當作皇子給予封爵，這就令人猜疑了。
就這樣，司馬奕被廢為海西公。不過司馬奕也比較認命，被廢之後不和別人接觸，以免人家利用自己這個特殊身份生事。他成天和內寵（應該是有男寵也有女寵）在一起廝混，生了孩子決不撫養，表示自己確實陽痿，這些孩子和自己無關，桓大司馬廢掉自己理由充分證據有力。這樣，他活到四十五歲去世，也算是東晉皇帝裡比較長壽的一位。
這就是特權階級的好，我再失敗，也可以禍害這些女人和孩子不是？
司馬昱被推上了皇帝寶座，但當然一切在桓溫監控之下，沒有任何實權，自由也比原來少了很多。
司馬昱對付桓溫的辦法，主要就是哭：
桓宣武對簡文帝，不甚得語。廢海西后，宜自申敘，乃豫撰數百語，陳廢立之意。既見簡文，簡文便泣下數十行。宣武矜愧，不得一言。（《世說新語·尤悔》）
桓溫想向司馬昱解釋，這次自己廢立，用意到底在哪裡，是多麼正義的目標，有多麼偉大的意義。但司馬昱一見他就哭個沒完，讓桓溫一句話都說不出。
你跟我說廢掉司馬奕的理由，我表示贊同，那我就成了你的同謀；但我也不敢不贊同，所以我就使勁哭，這個問題我們不交流。
桓宣武既廢太宰父子，仍上表曰：「應割近情，以存遠計。若除太宰父子，可無後憂。」簡文手答表曰：「所不忍言，況過於言？」宣武又重表，辭轉苦切。簡文更答曰：「若晉室靈長，明公便宜奉行此詔。如大運去矣，請避賢路！」桓公讀詔，手戰流汗，於此乃止。太宰父子，遠徙新安。（《世說新語·黜免》）
那個聽見鳴鼓大叫就嚇得要下車的司馬晞，是好武的，桓溫對他比較猜忌，捏造了個謀反的罪名，把他父子給廢了，然後又繼續上表，請求司馬昱同意處死他們，以絕後患。
司馬昱親手寫了回覆：「這事我都不忍心說，何況比我不忍心說的還要嚴重呢。」司馬晞畢竟是我哥，廢他就已經是我不忍心說的，殺他當然更不行了。
桓溫繼續請求，司馬昱固執起來：「如果晉朝的國運還長遠，你就按我說的，不要殺害他們。如果大晉朝要完了，那我願意給賢人讓路。」
桓溫讀到這份詔書，手也抖了，汗也下來了，於是也就放棄原計劃，把司馬晞父子流放了事。
因為這件事，後世學者往往覺得司馬昱畢竟是厚道人，覺得謝安把他比作晉惠帝太過分。晉惠帝眼睜睜看著多少親人死在面前，也沒有多說一句話，司馬昱畢竟是護著家裡人的。
簡文在暗室中坐，召宣武。宣武至，問上何在？簡文曰：「某在斯。」時人以為能。（《世說新語·言語》）
司馬昱在幽暗的屋裡坐著，召見桓溫。
桓溫來了，沒看見他，桓溫年紀也很大了，腿腳不方便，眼神也不好，於是問：「聖上在哪裡啊？」
司馬昱說：「某在斯。」
當時人都認為，司馬昱實在答應得好。
因為這時候司馬昱和桓溫說話，提到自己時第一人稱代詞很不好處理，不能太尊貴也不能太謙卑，不能太正式也不能太隨便。而這句「某在斯」是《論語》裡的話，這就屬於用典而應景，完美迴避了這個難題。
而且，《論語·衛靈公》裡，這句話是出現在這個場景裡的：
師冕見，及階，子曰：「階也。」及席，子曰：「席也。」皆坐，子告之曰：「某在斯，某在斯。」
孔子和師冕（盲樂師叫冕的）見面，到臺階了，孔子就說：「這兒是臺階。」到座席了，孔子就說：「這兒是坐席。」大家都坐下了，孔子就告訴師冕：「某在斯。」我在這裡。
等於是司馬昱自居孔子，而把桓溫當盲人。
這時候，能夠讓司馬昱稍微喘口氣的，也只有皇家的園囿華林苑了。——當時洛陽、鄴城等重要的都城，皇家園囿都叫華林苑（園）或芳林苑。
簡文入華林園，顧謂左右曰：「會心處，不必在遠。翳然林水，便自有濠、濮間想也。覺鳥獸禽魚，自來親人。」（《世說新語·言語》）
司馬昱到了華林苑，對身邊人說：「人與自然交會為一體的感覺，不一定要到遙遠的曠野才能領會到。這裡濃蔭匝地，林水相映，自然便有濠梁、濮上那樣的想法，覺得鳥獸禽魚，自然來與人親近。」
莊子和惠施爭論「子非魚，安知魚之樂」的問題，是在濠梁。
楚王請莊子做官，莊子頭也不回繼續釣魚，說我寧可當爛泥潭的小烏龜，是在濮上。
莊子的快樂究竟是什麼？是當時流行的話題，司馬昱無疑日常和人談論過好多次，但其實大家也不過說說罷了。現在當了皇帝，他對濠梁、濮上的嚮往，倒反而是發自心底了。
然而，該來的事，終究是逃不過去的：
初，熒惑入太微，尋廢海西。簡文登阼，復入太微，帝惡之。時郗超為中書在直。引超入曰：「天命修短，故非所計，政當無復近日事不？」超曰：「大司馬方將外固封疆，內鎮社稷，必無若此之慮。臣為陛下以百口保之。」帝因誦庾仲初詩曰：「志士痛朝危，忠臣哀主辱。」聲甚淒厲。郗受假還東，帝曰：「致意尊公，家國之事，遂至於此！由是身不能以道匡衛，思患預防，愧嘆之深，言何能喻？」因泣下流襟。（《世說新語·言語》）
當初，火星（熒惑）進入代表皇帝的太微區域，不久後司馬奕就被廢為海西公了。
熒惑入太微，這是最兇的天象，就意味著皇帝要出事。
司馬昱當了皇帝，又出現了熒惑入太微的天象，司馬昱感到很厭惡。
——值得說明一下的是，古代天人感應的思維下，天文學也是社會學尤其是政治學。臺灣學者黃一農先生在《社會天文學史十講》中指出，史書中記錄的很多天文現象都是偽造的。但實際上，問題並不像他說的那麼嚴重，只是史官和星象學家有了分工之後，史官轉述星象學家的觀察結果，往往表述不準確。比如《漢書》裡曾把「熒惑入太微」說成是「熒惑守心」，這兩種天象都是大凶，固然是說錯了，但不能說大凶的天象並不存在。
據劉次沅先生所做的天象檢驗，這裡提到的兩次「熒惑入太微」，都是確實發生了的。
這時郗超任中書侍郎，正好當值。
簡文帝招呼他進來，說道：「天命的長短，本不是我所能考慮的。只是最近發生的事，不會再來一次吧？」
郗超當然是知道桓溫的計劃的，所以透底給他：「大司馬正要對外鞏固邊疆，對內安定社稷，一定不會有這樣的打算。臣用家中百口的性命，來給陛下擔保。」
司馬昱就背了庾仲初的兩句《從徵詩》：「志士痛朝危，忠臣哀主辱。」聲音非常淒厲。
不久後郗超休假，回東邊的會稽郡看望父親，司馬昱對他說：「代我向令尊致意。王室和國家的事情，竟到了這個地步！這是因為我不能以道來糾正失誤，捍衛國家，意識到災難而預先防患。我的愧嘆之深重，非言語所能表達！」說完便哭得淚滿衣襟。
司馬昱不至於不知道郗超是桓溫死黨，現在任這個職務，就是來監視自己的。所以他對郗超說這番話，並不僅是對郗超的父親郗愔說，而是對桓溫說。
司馬昱可能在想，當年要是發個狠，聽劉惔的，自己去坐鎮荊州，也許一切都會不一樣——雖然以他的能力這麼做基本只會更慘，但人總是會假定當年做了不同的選擇，人生就會不一樣的。
不過事已至此，司馬昱的命運，實際上固然不掌握在自己手上，也不只掌握在桓溫手裡。
世家大族的態度，很重要。