接到咸豐的批覆，奕訴又回奏說：「通商"之事，上海、天津等地都設有專員負責辦理，在京城再設衙門沒有必要；而且"該夷雖惟利是圖，而外貌總以官體自居，不再自認通商，防我輕視」。洋人們認為自己代表的是本國政府，不是民間商人，我們設「通商衙門」，他們肯定不願前來對接。所以「擬
節去通商二字，嗣後各處行文，亦不同此二字，免致該夷有所藉口」。這其實是再次抬出洋人來壓制咸豐。看了奕遍的回奏，咸豐只好再次批覆「依議」。sup18/sup
「通商」二字雖去，咸豐防範總理衙門權力過大的戒心仍在。於是，當奕訴奏請"事宜機密者，即令各該大臣、將軍、督撫、府尹一面具奏，一面徑諮總理衙門"，希望遇上重大機密事件時，流程上一面奏報皇帝，一面提交到總理衙門尋求諮詢。咸豐的批覆卻是"各省機密事件，應照例奏而不諮，如事關總理衙門者，即由軍機處隨時錄送知照，亦甚便捷，著毋庸由各口先行諮報總理衙門，以歸劃一」。咸豐駁回了奕訴的建議，命各省繼續按慣例只向皇帝奏報機密事件，不必送總理衙門尋求諮詢，只在需要總理衙門參與時，再由軍機處抄錄知會。2
咸豐的批覆目的明確。他不讓總理衙門與地方督撫直接對接，不賦予總理衙門在重大政務上以決策權，只允許它成為一個建議者和執行者，是因為他不能容忍皇權被總理衙門瓜分。
皇權對總理衙門的慶制沒能維持太久。1861年8月，咸豐皇帝病死在熱河，成功踐行了自己"決不見不行跪拜禮之夷人"的諾言。他生前留下的人事佈局—-肅順、載垣、端華等八名顧命大臣，很快被恭親王奕訴聯手慈安、慈禧兩宮太后，以秘密政變的形式突襲逮捕。肅順被直接處決，載垣、端華被勒令自盡，餘者或被革職或被充軍。
前任皇帝及其八人核心班底被連根拔起，奕祈與慈安、慈禧兩太后成了最高決策層的核心人物。人事的巨大更迭，讓清帝國的內政與外交都有了改弦更張的空間。奕訴主持下的總理衙門，也就很自然地成了晚清改革的中樞。
不過，這只是若干年後回顧往事時，才會賦予總理衙門的一種歷史意義。對那些活躍於1861年的當事人而言，總理衙門的成立不過是一次迫不得已的屈辱性讓步。那時節，從廟堂到民間，鮮少有人膽敢明言要向洋人學習，「以夏制夷"才是最主流的聲音--馮桂芬的故事，有助於我們具象地體察到這一點。
馮桂芬深埋改革主張
1861年，坐鎮安慶的曾國藩，收到了一部自上海寄來的書稿。
寄書者正是馮桂芬。他是江蘇吳縣人，生於1809年，1840年科考一甲二名進士，也就是俗稱的「榜眼」o授職翰林院編修，後返鄉辦理團練。馮比曾大兩歲，早年做京官時，二人似已相識。
隨書稿一同寄來的還有一封信。馮桂芬在信中說，他感謝曾國藩欲招攬自己進入幕府的美意，但自己身體衰弱，「瘍生於項」，纏綿病榻無法啟程。等病好之後，定會乘坐「飛輪"前去拜謁。此次寄信，馮桂芬奉上一部《校邠廬抗議》初稿。他說這是自己養病期間整理倖存舊作編輯而成，如果曾國藩讀了之後「不以為巨謬"，覺得這書多少有些價值，「敢乞賜之弁言"，希望曾能為這本書寫篇序言。如此，自己也算是「託青雲而顯"，會感到非常榮幸。2。
曾國藩讀了書稿後，在日記中寫道：該書可算「名儒之論」，但「多難見之施行"。2］他贊同書中的許多主張，但又覺得大多數主張在現實中不具備可行性。所以，曾國藩沒給馮桂芬回信，也沒給他的書稿寫序。
直到1864年，湘軍攻入天京（南京），曾國藩才終於致信馮桂芬說：辛酉年（1861）收到你寄來的書稿和信件。我讀了書稿，感覺非常好，裡面的內容"足以通難解之結，釋古今之紛"，可以說是一本憂慮時局、究極世變的好書。但"顧如國藩之陋，奚足弁言簡端」？--我曾國藩學識淺陋，實在是不配為這本書作序。好幾次提筆想要寫序，最後都放下沒能寫成，一直拖到今天也沒給你回覆。我對這本書的心態，也從一開始的"矜慎"變成了"內疚"。曾國藩還說：自從書稿寄存在自己這裡，「傳抄日廣，京師及長沙均有友人寫去副本"，自己雖不能為馮桂芬的大作寫序，但天下之大，必有賢哲可以體察到馮的良苦用心，"尊論必為世所取法」，書中的思想與意見，定會得到世人的認同。22稍後，馮桂芬應邀前往南京與曾國藩相見。二人相談甚歡，曾國藩將書稿還給馮，且斷言日後東南之事「不出君一書」，東南沿海的那些新問題必可在馮的著作中尋到解決辦法。’
即便激賞到這般程度，曾國藩還是沒有給馮桂芬的書稿寫序。所謂學識淺陋不配寫序當然只是託詞，真正的原因是曾國藩擔憂書中的內容會給自己引來
麻煩。
馮桂芬是林則徐的門生。受林影響，馮在治學上重視"經世"，很關注現實問題。《校邠廬抗議》成稿於英法聯軍攻陷北京城、咸豐皇帝倉皇逃亡熱河之際。馮當時正因太平軍攻陷蘇州而避難於上海租界。感時傷世，書的主旨不止於憤慨"地球中第一大國而受制於小夷"，也試圖為擺脫這種困境提供改革路徑。
那時節，思想圈流行的前沿理念是魏源的"師夷長技以制夷」，也就是引入洋人的堅船利炮及其製作方法（《海國圖志》成書比《校邠廬抗議》早了五年）。但馮桂芬見到了器械和技術之外，更深層次的制度方面的東西。據馮總結，清廷有四件大事因制度落後而不如夷人：
人無棄材不如夷，地無遺利不如夷，君民不隔不如夷，名實必符不如夷。?3
人才選拔不如人，是科舉制度有問題；經濟發展不如人，是政策路線有問題；君民關係不如人，是清帝國的權力架構有問題（馮主張擴張鄉紳的政治權利，這顯然與清廷自康雍乾時代以來長期堅持的打壓鄉紳政策背道而馳）；名實相符不如人，是清帝國的風俗文化與道德水準有問題。
這種比魏源走得更遠的見識，讓馮桂芬頗為不安。上海圖書館藏有一部《校邠廬抗議》稿本。該稿本先由他人繕錄，馮再在稿本上做刪改和批註。由這些刪改與批註，可以見到馮桂芬那深深的不安。比如，稿本里原有一段稱讚「夷狄」的文字："及見諸夷書，米利堅以總統領治國，傳賢不傳子，由百姓各以所推姓名投垣中，視所推最多者立之，其餘小統領皆然。國以富強，其勢駿裝凌俄英法之上，誰謂夷狄無人哉！"馮桂芬將這些文字全部刪掉了，還在上面新增批註說"末句似不足為典"。"傳賢不傳子」裡的「賢"與「子」，也被塗抹得幾乎辨認不出來。陳旭麓如此評價馮的這種行為：
就已刪去的這段話來看，可見馮桂芬讀過一些譯書，也知道一些西方的事物，但……他不能也不敢進一步去探索一些新事物……所謂"不足為典"，正是他……採取迴避態度的遁詞；但也可說明當時的人們，要前進一步是那麼崎
嶇艱難。sup24/sup
馮的這種不安，也曾被李鴻章窺見（馮後來長期在李鴻章幕府做事，為李主持上海廣方言館）。1861年，李致信曾國藩，提到"滬中深識外情而又不過軟媚者難得其選，容留心訪察……馮敬亭（景亭）亦知洋情而膽不足」sup25/sup-~~所謂"知洋情而膽不足"，即是指馮桂芬對時代的認知已超越了絕大多數人，但他不敢將這種認知做廣泛的公開傳播。
馮在1861年將自己的書稿寄給曾國藩，央求曾為其寫序，其實也與「膽不足」有關。他知道自己的書稿大機率會引來知識界鋪天蓋地的批評，所以希望借曾國藩這棵大樹蔭庇一下。曾國藩對此也瞭然於胸，所以才在日記裡說馮桂芬的主張雖好，卻"多難見之施行」。馮走得比時代快，時代還遠沒有開化到可以接受馮的改革意見的程度。
為了消除不安，馮桂芬除了向曾國藩央求序言、刪去書稿中的某些文字外，還做了一件事情，那就是用傳統政治理念來包裝整部《校邠廬抗議》。用馮自己的話說，便是要在"不畔（叛）於三代聖人之法"的前提下，「參以雜家」"孱以夷說」sup26/sup,來為清帝國尋找一條合適的自強之路。最終，他將自己的改革理念，包裝成了「以中國之倫常名教為原本，輔以諸國富強之術」sup27/sup,具體來說，便是採西學、制洋器與改科舉。
即便如此，馮桂芬仍是惴惴不安。最終，他選擇了將自己這部著作埋藏起來，不在生前出版。他的好友，曾擔任過蘇州知府的吳雲後來說，「同人鹹促饅版，先生卒秘匿不出」28。朋友們都勸馮桂芬將《校邠廬抗議》正式出版，但直到1874年馮桂芬去世，他都沒有接受這項建議。在這十餘年的時間裡，《校邠廬抗議》這樣一部優秀的改革著作，只有抄本在民間流傳，影響甚小。
馮桂芬去世兩年後，1876年，他的後人終於決定出版《顯志堂稿》。但也只敢收錄《校邠廬抗議》中較為「溫和"的不足半數的內容。1883年，馮桂芬去世九年後，《校邠廬抗議》才第一次有了正式刻本。1885年前後，完整本（經馮生前刪改過）才正式面世。1889年，該書經由帝師翁同就之手，呈遞到光緒皇帝的書桌上2\翁同解向光緒推薦此書，正是看中了馮桂芬以中國傳統政治理念來包裝改革主張的立場，他很欣賞該書「以中國之倫常名教為原本，輔
以諸國富強之術"的內容形態。
馮桂芬將自己對時代的深刻認知藏了起來，他確實是一個「膽不足"之人。但大時代如此，不容馮不怯懦—•事實上，即便到了1898年戊戌變法期間，大環境的改善程度也仍有限。光緒皇帝曾命人將《校邠廬抗議》印刷兩千本，發給朝中官員閱讀，限眾人在十日內就書中內容回覆意見，具體談談哪些可行，哪些不可行，理由是什麼。於是，針對馮桂芬書中改革人事取用制度的主張，禮部左侍郎徐承煜（徐桐之子）義正詞嚴地寫下了四個字的評語：「實屬荒謬！""
《校邠廬抗議》寫成於1861年，與總理衙門的誕生同年。可惜的是，這部優秀的改革著作，自始至終都沒有能夠與主持晚清改革的總理衙門形成共鳴。在一段相當長的時間裡，該書的作者馮桂芬，與該書最早、最有權勢的讀者之一曾國藩，均選擇了將之塵封。這種"怯懦"行為的背後，潛藏著他們對時代環境的深切認知。