當然，此時正流亡中國尋求幫助的琉球人士並不認同該方案，他們寄望於清廷能夠幫助收復琉球全境。此外，奏摺中提及的"日本必結俄益深"，在一定程度上也是日本政府刻意營造的假象。時任日本外務卿井上馨曾訓令日本駐上海總領事，"應注意寬待俄國人……暗中使清政府懷有他日若有緩急之事時，日俄將要合縱之嫌疑，誘導在伊犁問題了結之前，迅速使之答應我國的要求"。sup19/sup
方案已落實為具體條約，且約定了簽字日期與生效時間。結果上述交涉仍無疾而終。
原因是清廷改行了"延宕"之策。1880年10月，李鴻章從琉球人口中得知八重山與宮古兩島「土產貧瘠，不能自立"後，對分島方案的可行性提出了質疑，建議「球案緩結"sup20/supo內部意見分裂，條約的簽字日期只好一再往後拖延。拖延到1880年末，日本方面失去耐心，外務卿井上馨向負責談判的央戶班發來
指示，命其停止談判。次年1月，災戶鞏前往總理衙門，通知清廷談判破裂，此後清廷提出的任何建議日方均將不予回應。隨後，實戶班離開北京返回日本。
分島方案至此徹底流產，八重山與宮古兩島劃歸清廷的成議被否決，日本長期維持著對琉球諸島的全面佔領。
恭親王一度欲將海軍託付給赫德
無論是迴避將琉球問題上升為國際問題，還是錯失良機未能與日本簽下分島協議，皆顯示總理衙門與洋人辦了近20年外交，至此時仍是遇事一頭霧水不得要領。其在琉球交涉中唯一值得稱道的地方，是採納了李鴻章、郭嵩煮等人不爭朝貢的主張。
1879年的朝野輿論仍對傳統宗藩體系有著很深的感情。
在野輿論見於《申報》。該報在1879年發表了至少232篇討論琉球的文章。《申報》關於琉球問題的討論很多，但論熱度，只有1945年（251篇）、1946年（309篇）、1947年（362篇）、1948年（123篇）這幾年可以與1879年相比。其他年份少則幾篇，至多不超過百篇2%可見日本吞併琉球對清帝國民間知識分子造成的心理衝擊非常大。
這些討論文章，絕大多數主張清廷使用武力或外交手段保護琉球22。雖有小部分文章認為保琉球其實是保朝鮮、保東北23,但多數文章的注意力仍集中在宗主國的體面問題上，很在意「皇靈之遠播」24。還有人主張若能使琉球復國，不妨答應日本「一體均沾"（也就是最惠國待遇）的要求，以展示天朝宗主國的寬容大度；如果這樣做還不行，則朝廷唯有厲兵秣馬與日本決戰，以武力幫助琉球收復國土，且樂觀預計說日本其實不堪一擊："東瀛近來債負山積，兵氣不揚，船則敝而不堪，兵雖強而不盛，加以理曲氣餒，何以御我？」25
朝中輿論，則見於清流中人如張之洞、陳寶琛等人的奏摺，這些人普遍不滿議和，翰林院侍讀學士王先謙與張佩綸還先後上奏要求朝廷跨海東征。王在1879年上奏，洋洋萬言，希望朝廷"收琉球孑遺之眾，出朝鮮捕角2兵。戰艦直搗其夷巢，華民響應於各島。以堂堂正正之師，取眾叛親離之地"26；張佩綸在1882年上奏，希望朝廷"密定東征之策"27來保護周邊藩國，並特意就此事致
信李鴻章，希望李能「投袂而起」"來擔負這項責任。
朝廷將王先謙的奏章下發給李鴻章與沈葆楨討論。李的回覆是海軍尚未建成，軍餉也不足以支撐跨海遠征2\沈葆楨此刻已是病危（1879年去世），只能在病床上口授遺折，力勸朝廷鎮定，不可魯莽，中國海軍未成，冒失跨海出征，結果一定是後悔莫及："天下事多壞於因循，但糾因循之弊，繼之以魯莽，則其禍更烈。日本自臺灣歸後，君臣上下早作夜思，其意安在？若我海軍全無能力，冒昧一試，後悔方長。"3。
朝野輿論浮躁，主持總理衙門事務的恭親王奕祈也很焦慮。1879年5月，奕訴上奏朝廷，請求派丁日昌前往南洋，與患病的沈葆楨一同辦理海防。奏摺中有一段文字，頗能顯露他此時的心境。奕訴說：歐美各國，以前唯有英國一家「水師稱雄」，如今卻是德國、俄國都有海軍可與英國抗衡，連日本也在船炮軍械上效法洋人，"騏駛有爭霸海上之意"。反觀大清，這麼多年來辦理對外交涉，一直都是"理有餘而力不足"，道理雖然在我們這邊，卻沒有能力去跟洋人講道理。所以像天津教案、雲南馬嘉理案這樣的大事，都只能以遷就洋人來了結。威妥瑪、巴蘭德這些外國駐華公使早已窺破我國虛實，「遇事以恫喝為長技」，一有衝突就拿出武力恫嚇的伎倆。近在咫尺的日本也是"性情反覆，又多叵測」，之前侵略我國臺灣就沒有受到應有的懲罰，「現又阻梗琉球人貢，廢為郡縣"，如今又在琉球問題上興風作浪，而我大清仍然沒有能力懲罰它。sup31/sup
過度的焦慮往往會成為求變的契機。1879年夏天的奕訴，對之前的海軍建設工作感到失望，轉而打算將建設大清海軍的重任，寄託在總稅務司赫德的身上。此時的赫德已經給清廷打造出一套運作良好的近代海關係統，讓清廷的關稅收入較之以往增加了數十倍之多；也曾多次參與海軍的購洋艦、聘洋教練的工作。奕訴希望並相信赫德能再替清廷打造出一支擁有真實戰鬥力的近代化海軍。為此，他願意在海軍中賦予赫德類似"海關總稅務司"那樣的權力和地位。
赫德與奕訴具體如何商議已不得而知。但赫德對琉球交涉的一些看法，多半會引起奕訴的共鳴。比如他說："日本是根本沒有正義可言的，除非藉口代別人打抱不平而自己撿便宜也可以算作正義。正義完全在中國方面。我不信單
靠正義可以成事，正像我不相信單拿一隻筷子可以吃飯一樣，我們必須要有第二隻筷子的實力。但是中國人以為自己有充分的正義，並且希望能夠以它來制服日本的鐵拳，這想法未免太天真了。」*這是赫德寫給金登幹私人信函裡的話，自然代表了他的真實意見。"要有第二隻筷子的實力"這一主張，顯然可以準確擊中恭親王的焦慮。
在奕訴的支援下，1879年的夏秋之際，赫德開始效仿海關總署，籌劃建立新的"海防總署"，並預期由自己出任"總海防司」。該年9月4日，他給身在倫敦的金登幹寫信說：
今年秋季,我的某項計劃可能付諸實行。果真如此的話，我將極有可能需要下列人員：……可能組成兩支艦隊，每隊由一位中國高階官員協同一位海防司（正如一位海關稅務司協同一位道臺那樣）領導，這兩位海防司就是那兩艘海防艦的艦長。他們在海防司所管轄的一個新衙門當差。這個大概將要設定的新衙門稱作海防總署。我的官銜簡稱為總海防司。我的上司是總理衙門和負責海岸防務的總督（兩位）。這項計劃現已上奏皇上和交軍機處審議，非常可能獲得批准。"
大略同期，赫德還擬出一份《總海防司章程》呈遞給總理衙門。該章程共計36條，除了增購船隻的經費需求、聘請洋員的薪金標準、艦隊操練的方式與檢驗辦法等常規條目之外，最關鍵的內容是新海軍機構的組織架構和權力分配。扼要來說包括如下幾點：
一、南北洋各設一支艦隊，南洋艦隊以南關（溫州）為基地，北洋艦隊以大連灣為基地。
二、由赫德擔任總海防司，統籌南北洋海防事務。其上司是總理衙門和南北洋大臣。
三、由總海防司委派海防司，去做艦船的負責人，也就是"戰船管帶官」。同時由總理衙門和南北洋大臣選派「監司大員"，前往艦隊做督辦（大約相當於監軍之意）。並聘請西洋海軍將領數人，擔任教練。
四、海防司領糧餉軍火，須向「監司大員"發文申請，再由"監司大員"
向南北洋大臣彙報，核准之後發放。
五、用人、支餉、造械等事務，由總海防司決定，南北洋大臣不得侵越干涉。羽
該章程的權力架構，主要參考海關總署的成功經驗，即人事任免、薪金髮放和貪腐監察系統等，均由赫德獨立做主，目的是隔絕清廷充滿腐敗和潛規則的官僚系統的負面影響。同時也考慮到「軍隊掌握在誰手裡"這個問題，將糧餉與軍火的發放權控制在南北洋大臣手中、在艦隊中設定監軍，都是為了讓清廷繼續擁有部隊的控制權。
總理衙門接到赫德的《章程》後，將之下發給李鴻章、沈葆楨與丁日昌等人，要他們出具意見。下發《章程》這個行為本身，已隱約透露出奕祈對《章程》總體上是認可的。所以丁日昌與李鴻章的回覆，也大體對《章程》持肯定態度。
丁日昌說，赫德"所擬戰船章程，雖其中未必無私，然在目前言之，則時不可失，事不可緩」。他還說，最要緊的事情是"嚴選督辦大員"，只有選對了監軍之人，才能確保赫德"有所忌憚而不敢專擅"。為了加強清廷對艦隊的控制力，丁對赫德的30條章程逐一做了批註和修改。sup35/sup
李鴻章的回覆也大體相似。他說，北洋這邊購買了四隻蚊船，上年冬天洋教練辭職回國，只好致函赫德請他代聘新教練，但總稅務司反饋說教練在艦船上沒有權力可言，不會有什麼真正的訓練效果，須待赫德做了總海防司之後再來著手這件事。李還說，自己看了總理衙門寄來的《章程》，「大致尚屬周詳，誠如尊論，不免攬權，而欲令辦事，似不能不稍假以權也"。大體還算周密詳細，也確實如來函中所說有"攬權"的嫌疑，但要想讓人辦事，似乎也不能不賦予他一定的許可權。總之，即便上有南北洋海防大臣，下有督辦監司大員，也不能"全置不問，太阿倒持"，還是要想辦法加強朝廷對艦隊的控制。sup36/sup
簡而言之就是丁日昌與李鴻章原則上不反對由赫德擔任"總海防司」，不反對由赫德來負責籌建清廷的近代海軍。
南洋大臣沈葆楨的意見有所不同，他對赫德能否勝任該項任務持嚴重的懷疑態度。不過，沈沒有給總理衙門直接回復。他"再四躊躇，累日未能作答"，之後，選擇將自己的疑慮函告李鴻章，供李參考。
沈在信中說了四點意見。第一，赫德的《章程》裡反覆強調的是一個"權"字，總理衙門難以當機立斷的也是一個「權"字。天下沒有人可以無權而做成事情，但"赫德豈能盡保一舉一動事事可對聖賢者？"一一赫德的人品可以被完全相信嗎？萬一赫德用的人有問題，是該按《章程》不聞不問呢？還是破壞《章程》與之撕破臉呢？第二，赫德選擇南關和大連灣為海軍基地，確實是煞費苦心，這兩處海港的水深足以停泊大船。問題是它們離天津、福州、上海很遠，自然也意味著要在這兩處大興工程，來修築船塢之類的配套設施，朝廷哪裡有這麼多錢呢？第三，赫德的海軍理念是"有碰船蚊子船即無須鐵甲船"，這種觀點恐怕是有問題的。第四，把艦隊中的將官任免交給海防司，意味著朝廷派出去留洋的海軍人才沒有了安置之處。即便海防司勉強錄用他們，也會因為"非我所培植」而歧視他們。從長遠來看，對國家的人才培養是不利的。sup37/sup
大略同期，李鴻章的幕僚薛福成在讀了總理衙門的來函及李鴻章的覆信之後，也對讓赫德擔任總海防司、負責籌建大清海軍一事提出了異議。
薛福成說，他充分理解總理衙門的苦衷，畢竟大清說要創辦海軍說了好些年，卻一直沒有什麼成效，如今連倭寇都敢藐視大清，所以才有了向他國「借才」的打算。但是，赫德是一個"陰鷲而專利"的人，他雖然拿著大清的俸祿，做著大清的高官，但「其意仍內西人而外中國」，仍然是一個以英國利益為第一本位的人。讓他做總稅務司掌管錢袋子，「已有尾大不掉之勢」。再讓他做總海防司，那就等於「中國兵權、餉權皆人赫德一人之手」。雖然他的上面有總理衙門和南北洋大臣，海軍內部也有「監司大員」，但「監司大員"的名分只是"會辦"，實際政務仍操控在赫德手裡；總理衙門和南北洋大臣這兩重上級，更有利於赫德來回遊走，他既可以"借總理衙門之權牽制南北洋"，又可以「借南北洋之權牽制總理衙門"。
薛還說，他讀了李鴻章給總理衙門的回覆，也充分理解李鴻章的立場，「特以既有成議，不欲顯與立異耳"--既然總理衙門的傾向性已經很明確，中堂大人你也只好贊同，不便標新立異提出反對意見。但是，此事也不是完全沒有辦法阻止。薛建議李鴻章上奏總理衙門，以籌建海軍之事無法隔空指揮為由，請求赫德「親赴海濱專司練兵"；如此，赫德就必須在總稅務司和總海防
司之間二選一。總稅務司是已鞏固的利權，赫德肯定不會棄海關而選海防，他掌控海軍的謀劃，也就自然流產了。非
接到沈葆楨、薛福成的反對意見後，李鴻章躊躇了多日。1879年10月3日，李終於決定致函總理衙門，稱赫德"做總海防司」這件事，南洋那邊沈葆楨已有不同看法，北洋這邊也是"文武幕吏多不以為然」。隨後便是將沈、薛二人的核心反對理由重述了一遍。驢10月25日，李鴻章收到恭親王奕訴的函件，內稱「赫德前擬海防章程即毋庸議」4。。沒有南北洋大臣的支援，奕訴再如何欣賞赫德，也不會做出獨斷決定，冒險將大清未來的海軍交到赫德手裡。奕訴從來就不是擁有強硬性格和決斷力的人。
赫德說自己有過一種雄心壯志，如果能坐上"總海防司」的職位，"將在五年的時間裡把他們的海軍搞得真正可觀"。這雄心壯志很複雜，既有個人建功立業的野心，也有對清廷的感情（這也是奕訴長期信任他的緣故），還有對英國的忠誠。赫德多次說過，他不希望中國的新海軍"由非英國人來領導"』。這種複雜性，既是"總海防司」職位在1879年與他近在咫尺的緣故，也是「總海防司」職位最終離他遠去的根源。