為扭轉局面，1873年7月，李鴻章改派唐廷樞與徐潤主管招商局事務。唐、徐二人有在洋行工作的經驗，甫一上任就向李鴻章提出「局務由商任不便由官任"的要求，還建議按照"買賣常規」招募股份2、二人站在民間商人的角度，認為招商局的"官商合辦"模式是錯的。這種模式意味著商人只有出錢的義務，沒有經營的權利。賺了錢還好說，一旦賠錢，民間商人就要吃大虧，民間資本不敢投資招商局的主因便在這裡。唯有將"局務」（也就是企業的經營權）改由商人主持，招商局才有希望。
唐、徐的要求得到了李鴻章認可。新的《輪船招商局局規》規定：招商局資本100萬兩，先收50萬兩，分為1000股，每股500兩。每100股推舉一名商董，再由眾商董之中推舉出一位商總。總公司和分公司的經營與管理由商總和商董負責22。也就是說，投資者對公司業務擁有發言權，大股東享有經營管理權。商董推選出來之後，要將該人的詳細資訊報送至北洋大臣李鴻章處備案。很顯
然，唐、徐的目的是引入現代股份制企業的管理模式。其中最重要的一點，是企業的管理層由股東推舉產生，再向李鴻章報備；而非由李鴻章指派，再帶著北洋大臣頒發的官印來招商局辦公。
這項改革帶來了非常直觀的效果。唐廷樞與徐潤分別在招商局投資了10萬兩和12萬兩白銀（後來還有增加）。企業的運營規則順了，又有唐、徐的示範效應，投資入股者遂蜂擁而至，僅在第二年（1874年），即實收股金47.6萬兩，基本完成了預定50萬兩的招股目標。到1881年，不但募足了100萬兩股金，股票行情也節節看漲，深受私人投資者的歡迎，出現了供過於求的局面。^經營上了軌道，招商的業務構成，也由之前官方制定的"承運漕糧，兼攬客貨」，蛻變成了"攬載為第一義，運漕為第二義」2,載客載貨的商運增長迅猛，很快就超越漕運成了核心業務。殺入客貨運載領域必然要與外國輪船公司發生激烈競爭。英國太古、怡和輪船公司，以及美國旗昌輪船公司，多次針對招商局發起商戰。在一干熟悉商業運作規律的"買辦股東」的通力合作下，旗昌公司破產，太古、怡和三次被逼握手言和，與招商局簽訂「齊價合同"，互相約定不再打價格戰。
官退民進時代，招商局的盈利情況如下：1873年得利6.7萬餘兩；1874年得利13.5萬餘兩；1875年得利15.1萬餘兩（該年外商聯手壓價相逼）；1876年得利34.9萬餘兩（該年與太古公司展開商戰）；1877年得利41.9萬餘兩（與太古公司繼續商戰）；1878年得利76.6萬餘兩（本年已與太古公司議和）；1879年得利67萬餘兩。25
第三個階段，是"官進民退"走向鉅額虧損的時期。
1885年，是輪船招商局由盛轉衰的關鍵年份。在此之前，輪船招商局的上面雖有北洋大臣這個"婆婆"，但經營上基本走的是"商辦路線」，是按現代股份制企業的基本模式在運作。1885年之後，徐潤被撤職，唐廷樞被調離，盛宣懷以李鴻章指派的官身，而非股東推選的商董身份入主輪船招商局，企業經營迅速退化成了"官辦路線」。
變化始於中法戰爭。戰爭期間，法國軍艦曾開到上海揚言進攻江南製造局，引發上海市面恐慌，發生了金融風潮。後來清軍在中法戰爭中失利，又波及招商局的部分業務，如自紅河運米北上的商道不再安全。業務上的衝擊，引
發人事上的連鎖反應。1883年底，李鴻章以招商局業務不振為由，將親信盛宣懷插入招商局，委以督察重任。入局後，盛宣懷迅速查出徐潤曾挪用部分招商局資金從事房地產生意，又因金融風波地價暴跌而未能填回款項。此事引發李鴻章震怒。在李的支援下，1884年底，盛宣懷逼迫徐潤以招商局股票和地產做抵押，然後將其掃地出門。不久之後，唐廷樞也被以相似的理由排擠出局。1885年，招商局完全落入盛宣懷的控制。26
隨後，盛宣懷迅速將招商局引向了"官辦"。以「官督商辦"的總綱領為依據，盛在局內宣佈了新章程，核心規定有二：一、招商局此後一切事務，包括用人、財務等，全由督辦大員排程管理，督辦的任免須經北洋大臣批准；二、各地分公司的總辦、各條船的買辦，須由督辦舉薦再由官府任免2,換言之，招商局由公司轉型成了衙門。
李鴻章支援盛宣懷，棄用徐潤與唐廷樞的直接原因，是徐、唐二人挪用了公款。深層原因則是彼此對輪船招商局的定位存在分歧。金融風潮發生前，徐、唐二人多次向李鴻章提出，招商局已走上正軌，官府應自經營中全面退出，以保證企業的正常運作。比如，唐、徐二人1881年向李鴻章呈遞稟文說："官商本是兩途，名利各有區別。輪船攬載為利非為名……誠以體制攸關，官似未便與民爭利；經營之術，商亦未便由官勾稽。是夾雜官商，實難全美。"28這些話，顯然是在否定「官督商辦」。李鴻章當然也明白"官督商辦"存在問題，但他同樣明白，「官督商辦」是朝廷允許設立輪船招商局的重要前提。李是政壇中人，要算經濟利益更要考慮政治利益，他至多隻能做到在經營上儘可能放權給徐、唐，卻絕無可能允許招商局官商分家。
尤其讓李鴻章不安的，是中法戰爭期間他不斷被慈禧敲打揉捏（如在給李的諭旨中多次夾附措辭極為厲害的彈劾奏章），更因《李福協定》成了朝中清議集中攻擊的目標。而輪船招商局又正是清議攻擊李鴻章的重要內容。如秦鍾簡在《請罷斥李鴻章片》中說：
李鴻章出其資財，令人貿易，沿江沿海，無處不有，深恐啟釁洋夷，則商本
虧折，是以斷不欲戰。夫既不欲戰，則斷不能戰。29
這是以殺人誅心的手法，將李鴻章的主和立場，解釋成擔心戰爭損害輪船招商局的商業利益。這種指控不需要證據，也無法辯解，是否會釀成災禍只在於慈禧太后信或者不信。恰於此時，輪船招商局因上海金融風潮發生經營上的困難，成了朝中輿論關注的物件；繼而又被盛宣懷查出徐潤、唐廷樞等人存在挪用款項無力償還的事情。面對這種"主動給對手輸送炮彈」之事，李鴻章的惱怒可想而知，所以他才會在徐潤的辯白文書上寫下「幾致敗壞全域性」"殊為可恨，，3。這些極重的斥責字眼。
李鴻章曾對張佩綸說，’1884年的甲申易樞讓他"念之心悸」"，心悸的原因當然是自己也身在這波謫雲詭的局中。心悸之下，李鴻章只能快刀斬亂麻，簡單粗暴地讓盛宣懷入主招商局取代徐潤與唐廷樞，並吸取教訓支援盛出臺新企業章程，以加強官府對招商局人事、業務與資金的監督，以免再出事故成為被人攻擊的把柄。
盛宣懷的新章程在招商局股東中掀起了軒然大波。官府任命的督辦總理公司一切事務，等同於剝奪了昆商股東在公司中的發言權。作為出資人的大股東完全失去了過問公司事務的權利。各地方分公司的總辦原本由股東推薦，如今也全歸督辦任免。其結果必然導致這些分公司負責人只對盛宣懷一人負責，而不再對公司股東的利益負責。此外，盛宣懷還在公司內部編制了一套完全以自己為核心的垂直控制網，最終形成了招商局股票「盛股獨多」■的局面。企業變回衙門，招商局成了盛宣懷的獨裁王國。民商資本見勢不妙，紛紛開始退出招商局。1885年也就成了這家旗幟性的洋務企業由盛轉衰的關鍵節點。
企業變衙門還造成了一個結果，那就是招商局自此淪為了向朝廷"報效」的工具。所謂"報效」，實際上就是官方勒索，要求企業股東將利潤拿出來無償獻給朝廷。自1891年起，清廷要求招商局每年"報效」白銀10萬兩。1894年，慈禧六十大壽，又被額外要求「報效"賀禮5萬兩。1896年，南北洋公學堂成立，招商局又被要求每年「報效」白銀8萬兩。此外還有北洋兵輪經費「報效」，也是每年6萬兩33。即便如此，朝廷中許多人仍不滿意。1899年7月，大學士徐桐上奏說，招商局、電報局和開平煤礦這些企業，在與洋企業的競爭中「有收回利權之名，無裨益公家之實"，說是要從洋人手裡收回利權，其實朝廷並沒有拿到多少錢，且"贏餘利息如何酌提歸公未經議及」。所以是時候好
好制定一個規矩，讓這些企業向朝廷上繳利潤了。隨後，朝廷派剛毅南下對這些企業進行查賬。自此，原本已呈虧損狀態的輪船招商局，又不得不再次拿出每年盈餘的20%交給朝廷，具體數額是每年"捐納」12.4萬兩，再「報效"6萬兩。如果盈利超過一定額度，還得再增加「報效」；如果盈利不足，"報效"額度也不能減免，須延期到以後的年份補足。m
1901年，早已失勢的李鴻章去世，袁世凱接任直隸總督兼北洋大臣。為了將輪船招商局變成自己的提款機，袁不但驅逐了盛宣懷，還往裡面派入大量官僚以取代地位本已有限的「商董」，衙門化程度進一步加深。盛宣懷後來說，1903—1906年，「四年之內，產業既有減無增，公積亦有少無多，抑且虧空百萬，局勢日頹，人人得而知之。北洋提去用款每年數十萬，商情敢怒不敢言…。
1891—1911年，這20年裡輪船招商局共向清廷無償「報效"了白銀135.396萬兩。此外，清廷不斷壓低漕運價格以減少政府支出，還導致1899—1911年輪船招商局的漕運業務成了’虧本為朝廷做貢獻，共計虧損98.4萬兩白銀。這兩筆資金加起來共計約234萬兩，相當於輪船招商局1907年資本總額（400萬兩）的58%。知如此這般熬到民國初年，輪船招商局早已從昔日的明星企業，變為鉅債纏身奄奄一息的狀態。
鄭觀應的診斷與藥方
輪船招商局的命運不是特例。晚清所有存在民商資本的洋務企業，如開平煤礦、上海機器織布局、津滬電報局、漢陽鐵廠、漠河金礦等，全都有相似的經歷。
所以，浙江商人湯壽潛才會感嘆說，「西人言理財，從無以商合官者。今乃混官商而一之，官有權商無權"，並斷言如此這般搞「官督商辦"只有一種結局，那就是"勢不至本集自商、利散於官不止，特借礦股為戲人之猴焉而已」37——不鬧到股本全部來自民間商人，利潤全進了官方口袋;絕不會罷休。所謂礦股云云，不過是拿人當猴耍。
廣東士紳麥孟華也直言不諱：「中國公司，以官督辦，事權號令，皆出其
手，任意吞蝕，莫敢誰何，諸商股息，越數歲而不一給，良法美意，以官督而悉敗矣，否亦一人專制，聽其經劃，既患才細，復至侵吞，名雖為商，實同官督，以君權而行之民事，安在其不敗也。"38—"官督商辦"體制之下，權力全在官員手裡，他們隨意侵吞利潤，商人卻拿不到該得的紅利，可謂毫無辦法。實在是名為企業，實為衙門。
曾積極入股這些洋務企業，並在招商局裡擔任過重要管理職務的鄭觀應，後來寫了一首詩，如此總結這段「官進民退」的沉痛往事：
輪船招商開平礦,創自商人盡商股。
名為保商實剝商，
官督商辦勢如虎。羽
這位放棄科舉，從商多年的知識分子，曾在外國公司長期擔任要職。結交者既有歐美來華的知名人物，也有晚清的朝中大員和在野名士，較之同時代的中國讀書人，有著更開闊的視野與更完備的知識結構。所以，在其著作《盛世危言》中，鄭觀應對晚清的時代病症，有著較之同時代人更精準的診斷和更對症的藥方。
這診斷與藥方，大體可分為政治改革與經濟改革兩項。
政治改革方面，鄭的診斷是清廷的政體已落後於時代。這種制度下，政府不憂人言，也不怕民怨，往往"一事不為而無惡不作"」，孜孜於以汲取為要務，而從不履行該負的責任。治病的藥方是設立議院與國會，讓朝政可以付諸公論、與民意接軌，而非決策於深宮、掌控於一二人之手。
鄭觀應第一次上書請求開設國會，是在1884年一一中法戰爭讓他切身體會到了慈禧的獨斷專行、以國事為弄權工具所帶來的巨大危害。這份上書被朝廷斥責為"狂妄之言」4i,但鄭的呼籲沒有停止。在鄭看來，議院有一種好處，就是可以連線民意，"民以為不便者不必行，民以為不可者不得強"’一。政府的運作與民意有了聯結，民眾與國家之間的關係就會發生改變，就會有"我的國家」的意識，而這正是國家走向富強的基礎。
經濟改革方面，鄭的診斷是"但有困商之虐政，而無護商之良法"43,朝廷只想著如何從商人身上謀利，從未盡過保護商人合法權益的義務。治病的藥方是"欲強國，先富國；欲富國，先富民」，富民的手段是"以實業為總樞」44,將發展實業放在核心位置，而發展實業，又決不能走輪船招商局的歧路。
鄭還說，要想讓這個國家的工商業發達，讓這個國家的企業可以與歐美強國的企業競爭，一定要拋棄「官督商辦"思維。中國的航運業，之所以遠遠不如日本的航運業，就是因為我們在玩官督商辦"政治不良"；只有做到"全以商賈之道行之，絕不拘以官場體統」怨，中國的工商業才會有希望。
1893年，鄭的《盛世危言》正式出版。1895年，江蘇布政使鄧華熙將《盛世危言》五卷本推薦給了光緒皇帝。光緒讀過之後，批示印製2000部，分發給各省督撫。皇帝的推薦讓《盛世危言》成了暢銷書，據說坊間盜版翻刻達10餘萬部之多。
然而，盜刻雖多，知音卻無。在清廷最後十餘年裡，以議院聯結民意構建一種新的國家認同，始終只是虛幻的夢想，慈禧更樂意操弄權術；輪船招商局式企業，也不是越來越少，而是越來越多。1922年鄭觀應去世時，輪船招商局仍籠罩在"官督商辦"的陰影之下。