雖然1901年頒佈的"改革上諭"誠意極為有限，但既然公開頒佈了諭旨，接下來多少該有些動靜，否則便說不過去。於是就有了1902年的《欽定學堂章程》與1903年的《奏定學堂章程》。這兩份檔案的核心目的，是變傳統學塾體系為近代學校教育制度。
遺憾的是，清廷中樞願意變更的只是教育機構的形式，而非教育的具體內容。
最高教育長官張百熙很憤慨
清廷設立新式學堂，始於19世紀60年代。
最早是京師同文館、上海廣方言館、廣州同文館等，旨在培養翻譯人才；稍後是江南製造局的機械學校、馬尾船政局的船政學堂、天津水師學堂等，旨在培養新式軍隊和工業所需的技術人才。這類學堂皆屬於因應時局的權宜之計，數量不多，也不成制度，對清廷國力的提升也極有限。直至甲午年慘敗給日本後，清廷中樞才真正開始關注基礎教育層面的制度建設，試圖在全國各府、州、縣推行新式學堂，但中央不願出錢，地方政府的積極性自然有限，效果不彰。1898年「戊戌維新"期間，清廷中樞曾下旨命令各省府州縣將轄下大小書院改為學堂，此事未及全面推行便發生了政變。於是，1901年清廷又再度下達旨意，命全國各州縣將書院改為小學堂。
至此，清帝國的教育終於從私塾書院時代進入學堂時代。
1902年頒佈的《欽定學堂章程》，便是為了理順新式學堂在清廷體制內的位置。章程將全國學校劃為小學、中學、大學三個階段，規定了各階段的修學年限，也規定了各階段的修學內容。章程的制定者、時任清廷管學大臣（相當
於最高教育行政長官）的張百熙（同時也是京師大學堂的校長），還注意到義務教育的必要性。雖然明白目前還做不到，仍在章程中留下了"蒙學為各學根本，西律有兒童及歲不入學堂，罪其父母之條」1這樣的句子。
不過，《欽定學堂章程》未得到實施的機會，便在次年被《奏定學堂章程》給取代了。
之所以如此，與張百熙重視西學，卻又處處遭遇掣肘有直接關係。《欽定學堂章程》獲准頒佈時，慈禧太后正倉皇「西狩"，日日憂心會被列強清算。批准張百熙的教育改革計劃，只是慈禧對外重塑政治形象的一種權宜之計，並不意味著朝廷中樞真的認同張百熙的改革計劃。所以，當張以高薪招攬海內知名學者到京師大學堂任職，大量起用新人來推行新學時，立時便遭遇了巨大阻力。
首先是「舊人」對京師大學堂和張百熙個人的攻擊。教育方向上的轉折關係到許多人的飯碗；大學堂重視「新學」，搞了幾十年「舊學」者自然不會高興。其次是來自中樞的不信任，這是較之"舊人」的誹謗更嚴重的問題。據時任京師大學堂編譯局副總纂的羅惇劇披露：
庚子後，一大新政，只有學務，乃以屬百熙。有用人之柄，復掌財權，既雜用外吏，又薪俸厚，羨妒者多；諸人爭以新學自幟，尤為舊人所恨，蜚語寢盛。榮祿、鹿傳霖、瞿鴻襁在樞府，皆不善百熙所為，阻力紛起，百熙恆憤慨。2
張百熙原擬在北京豐臺購地，建立一所"七科大學」，後因朝中「舊人"彈劾此事者太多，自己在中樞又無人支援，只好放棄。改為修繕舊校舍，勉強開設"師範」「仕學」兩館。3張百熙還試圖重用吳汝綸（曾任李鴻章秘書）來協助教育體制改革，也未能如願。吳主張向日本學習，張派了吳去日本考察。榮祿卻不信任吳，「以榮勳、詔英隨之行，實隱監之"，讓人隨行監視吳汝綸。吳汝綸到日本後不久，便因留學生請願問題，與清廷中樞的立場發生衝突，引起榮祿的「大恚"，慶親王奕勵甚至揚言"汝綸當正典刑"。4張百熙只好讓吳汝綸返鄉避禍。
「吳汝綸事件"的始末，大致如下：1902年7月，有數名自費留學生欲進入日本成城學校就讀，請正在日本訪問的吳汝綸做中介，希望取得清廷駐日公使蔡鈞的推薦。蔡鈞素來反對學生赴日留學，尤其反對自費留學生赴日學習軍事--他曾密奏清廷中樞，主張停止派遣學生留日，不但朝廷不要外派，各省也不要外派。蔡僅認同各省自設學堂，再聘請「泰西著名教習」來主講；且在學生方面須"慎選清白子弟」，教材方面須經由朝廷稽核「書籍中無民權平等諸學說」。總之，是力求切斷青年學子與外部世界接觸的機會\為阻止「來歷不明者」者赴日留學成為清廷的禍患，蔡鈞還與日方交涉達成一項約定，所有欲進入日本軍校學習的中國留學生，須先得到公使本人的許可與推薦。成城學校雖非軍校，同樣被蔡列人嚴格管控的範圍。這也是自費留學生找吳汝綸做中介的主要原因。
蔡礙於吳的情面不便拒絕（總不能說吳的推薦"來歷不明」）,又不願讓自費留學生如願，於是推說已與日方溝通，無法入學是日方作梗。學生找到日方詢問，得知蔡所言不實，迴轉找蔡理論，於是鬧出了學生衝入清廷駐日使館、使館報請日本警察將學生逮捕的事件。事件中，吳汝綸支援自費留日學生，曾多次訪問日本外務省，希望日方在接收留學生時，不要區分官費和私費，「告以私費生有益於國，望外部愛惜保護，以振興敝國新機」6。正是這種立場引來了蔡鈞的怨恨，引起了榮祿和奕勘的嚴重不滿。張百熙只得急電吳汝綸回國返鄉。
此番風波之後，張百熙繼續主持京師大學堂，聘請新人入校教授新學。結果又」謗焰乃集於百熙一身，劾者紛起……忌者必欲催鋤大學，目為革命之府"。有御史彈劾批判教育部門問題重重，說主要原因是該部門僅有張百熙一名漢臣擔任最高行政長官。緊接著，清廷中樞便「增命榮慶為管學大臣」〈榮慶是滿人，稍後又成為軍機大臣，張百熙遂形同被架空。張關於教育體制改革的種種設想也因此難以施展--《清史稿-榮慶傳》說"張百熙一意更新，榮慶時以舊學調劑"，所謂"以舊學調劑」其實便是堅持八股舊學，抵制新學進人學堂。sup8/sup'
正當張百熙萬般憤懣無奈之際，湖廣總督張之洞入京覲見了迴鑾的慈禧與光緒。張之洞與張百熙交流，談到自己也有一套關於教育改革的方案，方向與
張百熙的方案大致相同、（重視西學，引進現代學科體系）\張百熙覺得這是一個擺脫榮慶掣肘、重啟教育改革的好機會，遂上奏朝廷，建議由張之洞來改定學堂章程。張百熙在奏摺中讚譽張之洞，說"學堂為當今第一要務"，而張之洞正是"當今第一通曉學務之人"。sup10/sup
張之洞也很願意幹這件事情。於是"（張）百熙拱手讓之」，將新章程的制定工作全盤交由張之洞獨斷。榮慶可以架空張百熙，但張之洞的地位與能量遠非張百熙所能比擬，所以榮慶面對張之洞陷入"不能置喙」"的境地，只能徒呼奈何。有了張之洞保駕護航，新章程雖仍引來許多批評之聲，最終還是以《奏定學堂章程》之名公開頒佈，成了清末教育改革的最高指導檔案。
以培養忠君意識為改革方向
《欽定學堂章程》與《奏定學堂章程》這兩份檔案,在課程設定上努力參照了近代教育的形式，如歷史課已區分為中國史、亞洲各國史、本朝史、東西洋各國史等多種課程。
唯有教育宗旨這項總綱仍必須聚焦於"忠孝"二字。雖然張之洞在庚子年參與了"東南互保"並一度考慮過若清廷中樞潰滅便成立新政府，庚子年之後也已深信唯有"西法」"西學"才可以救亡，但由張百熙、張之洞與榮慶聯合署名的《釐定學堂章程折》裡仍說得很明白：
以忠孝為本，以中國經史之學為基，俾學生心術一歸於純正，而後以西學授其知識，練其藝能。sup12/sup
換言之，書院成了學堂，物理、化學也進了教材，但以經學與史學為基礎的"忠孝教育"，仍將是新學堂教育的核心內容。教育的目的，仍是為清廷製造忠誠者，待學生們的"心術"已被固化至符合朝廷需要的程度，再去學點西學和技術來為清廷效力。這是大方向，只要張百熙與張之洞們仍身在清廷的官僚系統之中，這個大方向便必須堅持。
在後續的教育改革中，這個大方向被強調得越來越極端。1905年，清廷成
立學部，專門負責落實教育改革。1906年，學部出臺檔案《奏請宣示教育宗旨折》，頒佈給全國各級教育機關，要他們切實推行。內中說，中國人原本就有，現在亟須推而廣之以抵制邪說的東西有兩項，分別是"忠君」與「尊孔」；中國人原本最缺，現在亟須補上的東西有三項，分別是"尚公」「尚武」與「尚實」。檔案還說，現在有些人知曉了一點"泰西政教之皮毛"，便想"舉吾國固有彝倫而棄之」，就不想要"忠君」和"尊孔」了。殊不知，
"東西各國政體雖有不同，然未有不崇敬國主以為政治之本者"，看看德國和日本就知道，它們之所以崛起，一個重要原因便是有"萬世一系之皇統」。檔案還為清廷中樞在改革中的守舊辯護，將那些求新者斥為"狂謬之徒"，說他們根本沒搞明白「泰西學說」，才敢這般"輕視聖教」。強調孔子之道不但在中國應該萬世不變，在五大洲也是「生民共仰之聖"。還說日本尊王倒幕之後能夠崛起，正是因為他們尊孔和崇拜漢學。檔案最後的結論是："無論大小學堂，宜以經學為必修課目，做讚頌孔子之歌。」i3