中統元年（南宋景定元年，1260年）五月，忽必烈與阿里不哥奪位戰爭在關隴一帶拉開序幕。
與漠北主戰場相比，關隴地區只能算是次要戰場，因此一開始忽必烈就不打算投入主力，僅僅派了廉希憲、商挺和趙良弼這三位潛邸舊臣奔赴關中，利用他們在當地任職時的人脈，就地招募組織兵馬，也就是商挺口中的「西師可軍便地」。
忽必烈的意思很清楚，兵馬我這裡沒有，但仗是要打的，給你們點委任狀，兵馬你們自行解決。
五月三日，廉希憲等三人抵達了京兆府（今陝西西安），在這裡，他們遇見了一位故人。
這位故人是劉太平，他當年跟著阿藍答兒一起到忽必烈這裡鉤考查賬，險些將忽必烈藩邸勢力連根拔起。兩天前，劉太平就奉阿里不哥之名來到京兆府奪權，和在燕京一樣，阿里不哥又搶了一次先手。
但結果也是相似的，廉希憲等三人雖然失了先手，但一到京兆府，就把劉太平及其同黨抓了起來，沒有請示忽必烈，就將他們絞死獄中。關中的軍政大權和蒙古軍隊盡入忽必烈囊中。
緊接著，廉希憲他們又派人分赴四川幾處駐軍地，殺掉了效忠阿里不哥的兩名主將，就地接管川蜀蒙古軍團。殺將奪軍這一招，忽必烈集團竟屢試不爽，所謂「西師可軍便地」，不僅是就地募兵，原來還包含了這一層意思。
關中與四川，未經一戰，就為忽必烈所得。
無論是燕京，還是關中與四川，阿里不哥集團多是先聲奪人，料敵於前，籌謀於前，佈局於前，然而結局往往是被姍姍來遲的忽必烈集團強橫地後發制人。
忽必烈處事中的殺伐決斷、放手一搏，盡顯草原民族的鐵血尚武之風；反倒是阿里不哥集團看似多謀善斷，搶盡先機，但一旦正面交鋒，往往就暴露出紙上談兵、優柔寡斷的致命缺陷，一次次地被殺將奪軍，一次次地被力量降服。
與忽必烈及其他蒙古宗王相比，阿里不哥的最大軟肋是沒有參加過大蒙古國的歷次大規模征伐，不僅缺乏實戰經驗，更少了獨自領兵、獨當一面的戰爭錘鍊。
於驚惶中相繼丟掉關中與四川之後，阿里不哥集團在漠南的最後軍事陣地，只剩下六盤山的渾都海軍團，像一枚楔子一樣插入忽必烈控制的漠南漢地。
渾都海的兩萬騎兵是正牌蒙古精銳，蒙哥徵蜀時，正是從關中西北方向的六盤山集結大軍，渾都海所部被特命為全軍後衛，留駐六盤山。蒙哥駕崩後，渾都海起初並未明確站隊，廉希憲一度還派使者去六盤山試圖招撫，但之後渾都海以殺掉使者而宣告與忽必烈集團決裂。
不過，渾都海本無意與忽必烈所部決戰關隴，更不必說乘虛直搗京兆府了，他決意撤回漠北，與阿里不哥軍主力會師於喀拉和林。為此，阿里不哥還派了一支部隊南下接應渾都海。
這支接應部隊的主將也是忽必烈的故人，甚至可以說是其前半生第一大敵，他就是當年鉤考事件的主要操盤者阿藍答兒。
阿藍答兒本是蒙哥的親信，蒙哥駕崩後，轉而投效阿里不哥。其中可能有價值觀趨同的因素，阿藍答兒與阿里不哥同為蒙古本位主義者，但更有解釋力的緣由卻是走投無路，阿藍答兒不可能不知道，他在鉤考事件中，作為蒙哥的代理人將忽必烈幾近逼到絕境，兩人之間再無轉圜之處，忽必烈得勢，則阿藍答兒只有死路一條，他唯一的求生之路便是幫助阿里不哥擊垮忽必烈。
既然是忽必烈的死敵，阿里不哥沒有理由不重用阿藍答兒。
阿藍答兒與渾都海會師後，本欲一路北歸，但忽必烈與廉希憲可能出於各個擊破的戰略考量，並不想放這支孤軍撤回漠北，便將其堵截在甘州（今甘肅張掖）一帶。兩軍相持兩月，未見分曉。
誰來打破僵局？
中統元年（1260年）九月，窩闊臺系宗王合丹率精騎參戰，被忽必烈任命為關隴戰事的主帥。
在眾望所歸的合丹大王統一號令下，忽必烈大軍在甘州附近的耀碑谷幾乎全殲敵軍，陣前斬殺阿藍答兒與渾都海。忽必烈與阿藍答兒在九年前鉤考事件中的深仇宿怨，終於了結。
此戰中，鞏昌汪氏世侯汪良臣麾下的漢軍勇冠三軍，先後擊潰阿里不哥軍左右兩翼，可見漢軍戰力不容小覷，亦可見漢軍已成忽必烈集團之主力。
還有一種說法是，彼此沾親帶故的蒙古軍在內戰中通常表現消極，不願全力以赴，很難徹底貫徹忽必烈的戰略意圖，而漢軍則唯忽必烈馬首是瞻，死戰不休。一直到忽必烈時代晚期親征乃顏時，也還會出現兩邊蒙古軍在陣前互相交談、逡巡不戰的奇特景象，這時候忽必烈還是靠漢軍出陣開啟局面。
耀碑谷之戰是忽必烈與阿里不哥內戰中的首次大規模戰役。戰後，阿里不哥不僅在關隴地區的勢力被翦除，丟掉了威脅漠南的前進基地，還由此喪失了戰略主動權。
對於忽必烈而言，現在是時候揮師漠北犁庭掃穴了。
只有進軍漠北，忽必烈才能在軍事上徹底肅清阿里不哥的勢力；而對於忽必烈的汗位合法性而言，控制蒙古本部才能令他成為真正意義上的蒙古大汗，正如佔據中原之於中原王朝正統性的核心意義。
為了即將到來的漠北之戰，忽必烈自中統元年（1260年）夏天便開始調兵遣將，籌措軍需。為此，他甚至沒有派主力馳援關隴戰場，堅守漠北優先戰略，但廉希憲三人集團靠著就地募兵和殺將奪軍便已席捲關隴。
為集中兵力，忽必烈連鄂州之戰後留戍長江北岸的兀良合臺所部都撤回了，這條軍令充滿著哲思：立即從鄂州解圍回來，因為人生變化莫測。
就這樣，忽必烈幾乎動員了一切可動員的兵力，包括直屬的蒙古軍、塔察兒等諸宗王軍隊、漢軍世侯、新簽發的兵丁，盡數集結於長城一線，據稱總兵力達到十五萬左右。
中統元年（1260年）秋冬之交，忽必烈北上親征喀拉和林，旭烈兀長子主木忽兒與朮赤系宗王合剌察兒奉阿里不哥之命南下阻擊忽必烈，一接戰即全軍潰敗，兩人僅以身免。
敗訊傳來，阿里不哥決意放棄喀拉和林。雖迭遭慘敗，但阿里不哥麾下主力尚存，與勞師遠征的忽必烈本也可堪一戰。但在軍事之外，長期依靠中原糧食物資供給的喀拉和林早前被忽必烈封鎖了運糧通道，正陷入大饑荒之中。阿里不哥外有強敵迫近，內有饑饉之憂，軍心浮動，實際上已喪失了決戰喀拉和林的前提條件。
棄喀拉和林可能是阿里不哥的理性抉擇，但他也因此喪失了最大的政治砝碼與合法性來源——據有蒙古本部。
阿里不哥遠遁封地吉利吉思後，為求喘息之機，遣使向忽必烈乞憐求和，自承有罪，願意接受哥哥的審判裁決，待來年秋天天高馬肥就來當面領罪。忽必烈聞訊喜不自勝，認定阿里不哥是浪子回頭，誠心悔過，便令宗王移相哥領十萬大軍留守喀拉和林，自己率眾南返燕京。
中統二年（1261年）夏秋之交，阿里不哥元氣漸復，牛馬也貼了秋膘，但他並未遵照承諾拜謁忽必烈請罪，更未一蹶不振，而是在醞釀捲土重來。
阿里不哥以詐降穩住移相哥，待其信以為真放鬆警惕時，發動了奇襲。移相哥大潰，將喀拉和林拱手讓給了阿里不哥。收復喀拉和林令阿里不哥重拾鬥志，索性勒兵南下，直趨開平。
半年前還是勝局已定，阿里不哥喪師失地，束手待擒；而今戰局卻急轉直下，阿里不哥死灰復燃，甚至有反客為主之勢。
忽必烈固然輕信了弟弟的所謂諾言，也低估了他重整旗鼓的不折不撓。
然而，阿里不哥身上的所有閃光點加在一起，也彌補不了他缺乏戰爭經驗這一致命短板，更何況，他的總體軍事實力與忽必烈相形見絀。畢竟，既然是戰爭，最根本的決定因素還是沙場對決。
面對阿里不哥的進擊，忽必烈一點都不敢怠慢，一面緊急徵發張柔等七家漢地世侯所部，一面調集塔察兒等蒙古諸宗王的軍隊。漢軍和蒙古騎兵加親征，忽必烈的終極殺招從來都沒有改變。
中統二年（1261年）十一月，親征的忽必烈在昔木土腦兒與阿里不哥軍遭遇，這也是這對兄弟在奪位戰爭中第一次面對面對決。
果不其然，一上戰場，阿里不哥的一切謀劃和堅忍，都在絕對武力優勢面前化為齏粉。
《史集》記載，阿里不哥軍潰敗後，忽必烈軍追擊五十餘里。但當阿里不哥率殘部北遁後，忽必烈又決定放弟弟一馬：「不要去追他們，他們都是些不懂事的孩子，（應當）使他們明白過來，後悔自己的行為。」