其四，王文統始終沒有認罪，更拒絕自陳「臣罪當死」，忽必烈卻告訴重臣他已經認罪了。
陳學霖在《王文統「謀反」事件與元初政局》一文中，多處為王文統「謀逆說」辯誣，認為此案有欲加之罪的重大嫌疑，「忽必烈雖因種種原故必須將文統處死，官方並無列舉資料，證明其與李璮同謀反叛」，「似是虛構誣告，藉此羅織死罪」。
按照陳學霖的說法，王文統連最基本的謀逆動機都不具備，「以文統當日之地位，得寵於忽必烈，權傾中樞，正可大展鴻圖，何致勾結梟雄，作冒險的策謀，自毀難苦建立之基業？是故控詞指其勾結同謀，揆諸情理，並不大可能」。
反而是忽必烈，倒是不缺製造莫須有的動力。其一，事起於倉促，指控王文統謀逆雖然沒有確鑿證據，但在此種極端狀態下，忽必烈不想冒任何內外勾連的傾覆風險，寧殺錯不放過，寧株連不慎殺；其二，李璮起兵波及面甚廣，有擴大為漢人世侯集體反叛的危險，忽必烈有殺一儆百、震懾群雄的需要；其三，王文統由忽必烈一手提拔，他的謀反勢必會損害忽必烈的政治威信，尤其是蒙古本位主義者有可能借機生事，攻訐忽必烈重用漢臣的政策，殺王文統可為忽必烈挽回顏面。
如上所述，決定殺王文統前，忽必烈還諮詢了一眾近臣的意見。雖說忽必烈心中早有定計，近臣們的意見也未必對其有多大影響力，更無決定性可言，但是，在他們眾口一詞之下，有的說「必誅」，有的說「宜剮」，也構成了一種王文統必死的輿論壓力。
忽必烈的藩邸舊臣為何對王文統欲除之而後快？除了逢君之惡，滔天恨意從何而來？
從某種意義上，王文統算是「孤臣」。王文統是忽必烈力主提拔至中書省的，既非藩邸舊臣，也非世侯，更無蒙古人的血統，無根無柢，他的崛起勢必侵害其他政治集團的利益，尤其是同為漢人、生態位重疊的藩邸舊臣。說白了，忽必烈建立漢式行政機構中書省時，那些有藩邸背景的儒臣士大夫滿以為捨我其誰，誰料不僅丞相大位落空，實權也到了王文統手裡。
當相位懸而未決時，為了阻擊王文統，竇默、王鶚和姚樞這三位金蓮川幕府核心人物專門覲見忽必烈，由竇默出面，痛斥王文統。《元史·竇默傳》記載，「此人學術不正，久居相位，必禍天下」，舉薦同為幕府中人的許衡為相。忽必烈對此不以為然，「不悅而罷」。
不過，這不僅僅是權力之爭，也是政見之爭，或者說，漢人士大夫往往將權鬥與政爭摻雜在一起，牽拽之深，可能連他們自己也分不清其中區隔。
竇默指斥王文統「學術不正」，算是將雙方的政見之爭公開呈於御前。
王文統最擅長的政治實務是理財，因此被金蓮川幕府中的傳統儒臣士大夫視作「聚斂之臣」，違背了儒家輕徭薄賦、量入為出的經濟觀念。竇默將王文統與西域（色目人）理財奸臣視同一律，攻訐他「賣利獻勤、乞憐取寵」，「以利害驚動人主之意者，無他，意在擯斥諸賢，獨執政柄耳」。
從這個意義上來說，王文統和傳統儒臣士大夫的政見衝突，與漢武帝時代桑弘羊和儒生的《鹽鐵論》之爭，唐玄宗時代李林甫和張九齡的「吏治」「文學」之爭，北宋熙寧變法時的新黨、舊黨之爭，並無本質上的區別。
而在這兩派之中，忽必烈卻一度偏向沒有藩邸淵源的王文統，只能說，忽必烈就像前朝很多所謂雄才大略的君主一樣，需要大筆金錢來營建盛世，更需要王文統這樣的理財專家來聚斂錢財。當然，其中也有蒙古制度的內在需求，容後再論。
到王文統被殺之時，恐怕竇默、姚樞他們仍然沒搞清楚這個道理，這些儒臣士大夫還沉浸在「奸臣惑主終得報應」的傳統忠奸觀中不能自拔，而不知這一切的背後都是君主的雄心、慾望與妄念，哪怕這位君主與他們曾經多麼意氣相投、聲氣相通。
《元史》難得公允了一回，給了王文統這個「叛臣」一個歷史結論：
然文統雖以反誅，而元之立國，其規模法度，世謂出於文統之功為多雲。
帶著莫須有罪名而死的王文統，至此或許可以瞑目了。