南宋流亡朝廷漂流海上之初，文天祥正在位於閩西的汀州（今福建長汀），以同督府的名義組織抗元。
文天祥出福州時，躊躇滿志，心心念念於反攻江西，但僅過了半年，就連連受挫，被迫放棄汀州，於景炎二年（元至元十四年，1277年）正月，退守漳州。
一時間，漳州成為福建唯一尚未失陷的城市，八面受敵，孤城無依。
此時，曾在伯顏大營中負責看管文天祥的元將唆都入閩。唆都看管文天祥時禮數周到，自認與其有些交情，便派人勸降文天祥。文天祥並非不近人情之人，還回了封信，一邊感謝了唆都當年對自己的照顧（「都相公去年館伴，用情甚至，常念之不忘，故回書」），一邊表達了自己立誓死節的決心，「朝廷養士三百年，無死節者」。
正當文天祥做好了殉國的準備，抗元局勢突然絕處逢生。
至元十三年（南宋景炎元年，1276年）秋，漠北形勢突變，蒙哥之子昔裡吉等人發動叛亂，拘押了忽必烈派往漠北督戰的右丞相安童，與海都遙相呼應。至元十四年（南宋景炎二年，1277年）春，昔裡吉發兵東進，威脅上都，忽必烈急調滅宋主帥伯顏和江南元軍數萬精銳北還。
元軍在江南轉攻為守，文天祥趁機反攻，先於景炎二年（1277年）三月收復了梅州（廣東梅縣），再於五月督軍越過粵北梅嶺挺進江西，連續收復了會昌、興國等縣，江西震動，各路豪傑起兵響應，文天祥在同督府「號令通於江淮」，「大江以西，有席捲包舉之勢」。
在梅州，文天祥還輾轉與分別兩年的家人重逢，見到了母親曾老夫人、妻子歐陽夫人、兩房妾室、兩個弟弟、四個女兒與兩個兒子。直到此時，文天祥才知道，另外兩個女兒已死於逃難中。
但好景不長，八月，元軍在西夏宗室後裔李恆的帶領下向江西大舉反撲。文天祥所部兵力雖在幾個月間飛速增長，但多數人僅為臨時招募的未經訓練的民兵，根本無法對抗元軍正規軍的衝擊，連戰連潰。
八月二十七日深夜，元軍突襲奔逃至永豐縣空坑村的同督府，文天祥僥倖脫險，但不僅他的一妻、二妾、一子、二女皆被俘，而且同督府數十名將領或被俘，或殉國。
這就是宋季著名的空坑之敗。如果說文天祥此前的抗元多少還是苦撐待變，尚有幾分中興的可能性，那麼在空坑之敗後，就純粹是知其不可為而為之了。
空坑脫難後，文天祥召集殘兵，於十一月轉移至循州（今廣東龍川）。次年五月，即祥興元年（至元十五年，1278年），文天祥終於與行朝取得聯絡，此時宋端宗已於上月病死，趙昺剛剛即位為帝。
文天祥上表自劾督師無功，出自陸秀夫之筆的詔書卻對他褒揚有加：
如精鋼之金，百鍊而彌勁；如朝宗之水，萬折而必東。
屢敗屢戰，幾踣幾起。這樣的讚譽，文天祥受之無愧。
但行朝更像是口惠而實不至。文天祥此時多次提出移軍入朝，一方面可能是因為江西抗元已失敗，他本人也回到廣東，在外開府已無實際意義，入朝更能發揮他的作用；另一方面，陳宜中已出走占城，文天祥前次出走時最介懷的「國事皆決於陳宜中」也不存在了。