但讓文天祥沒想到的是，行朝竟屢次拒絕了他的入朝之議，甚至「以迎候宜中還朝為辭」相推諉。原因很可能是，此時實際控制朝政的張世傑不想文天祥來崖山。
通常的說法是，文天祥為人耿介，前次在福州又當面質問過張世傑，張世傑擔心文天祥入朝會與己爭權，制約他的擁兵自重。
文天祥對權力鬥爭不以為然，卻也不甚了了。他寫信向陸秀夫表達不解與憤懣：「天子幼衝，宰相遁荒，詔令皆出諸公之口，豈得以遊詞相拒？」但此事並不取決於陸秀夫，他接信只能長嘆，無法作答。
祥興元年（元至元十五年，1278年）十一月，文天祥率部轉戰廣東潮陽縣，他此前兩個月接連遭遇了喪母與喪子（長子文道生）之痛。但文天祥乃百折不回之人傑，他將潮陽比作戰國時代齊國最後的抵抗基地——莒與即墨，「增兵峙糧，以立中興之本，亦吾國之莒、即墨也」。
到潮陽後不久，文天祥兩名老部下也各自帶兵從江西來投，其中有一人叫劉子俊。三路合兵，文天祥所部也兵勢稍振。
但很快，文天祥就從元軍俘虜處得到了一個緊急軍報：張弘範正帶兵水陸並進，直搗廣東沿海。
文天祥聞訊，一面向行朝報信，一面組織軍隊從容地向南嶺一帶的大山撤退。
但誰料在奸細的引領下，張弘範之弟張弘正正帶著兩百多輕騎抄小道向文天祥的同督府疾馳而來。
十二月二十日中午，文天祥率軍撤至五坡嶺（今廣東海豐北），正停下來吃午飯時，元軍奇兵天降，直突中軍帳內。文天祥驚起欲走，被眼疾手快的元軍千戶王惟義當場擒獲。文天祥不甘受辱，吞服了二兩「腦子」自盡，但只是昏厥過去。甦醒後，他以為喝冷水可以加速死亡，便用手掬取田間馬蹄坑中的髒水喝下，誰料也只是腹瀉一場，終究自盡不成。
巧合的是，賈似道死前也曾服下「腦子」欲自殺，但也只是腹瀉不止，最後被鄭虎臣擊殺。
劉子俊被俘時，自稱文天祥，「意使大兵不窮追，天祥可間走也」。元軍如獲至寶，將他押往大營報功，在路上，竟碰到了另外一隊押送文天祥的元軍。真假文天祥相遇，兩隊元軍都堅信自己抓的才是真文天祥，雙方爭執不下，一直鬧到大營，才真相大白。被愚弄的那隊元軍惱羞成怒，竟活烹了劉子俊。
但這一切，文天祥並不清楚，他還以為劉子俊只是失蹤了。
文天祥被俘後，先被押至張弘正營中。面對元軍的執刀相逼，他不屑地說：「死，末事也。此豈可以嚇大丈夫耶！」
七天後，也就是十二月二十七日，張弘正再將文天祥送至張弘範潮陽大營。元兵強令文天祥向張弘範行跪拜禮，文天祥說：「吾不能跪。吾嘗見伯顏、阿術，惟長揖耳。」並堅持「吾能死，不能拜」。張弘範曾在伯顏皋亭山大營領教過文天祥的強項不屈，深知強迫無益，便稱讚文天祥「忠義人也」，即命鬆綁。
祥興元年（元至元十五年，1278年）的除夕夜，文天祥是在元軍海船的囚室中度過的。