海瑞新職務的全稱，是右僉都御史總督糧儲提督軍務兼巡撫應天十府。這一長串頭銜中，只有最前面的僉都御史是本職，正四品。後面的都是任務不是職務，包括巡撫。巡撫二字本是動詞，意思是巡察撫慰。正如總督的本義，是總理督察。到清代，動詞變名詞，總督和巡撫才成為職務。
但不管怎麼說，巡撫是有實權的。
在海瑞那裡吃了啞巴虧的胡宗憲，就是浙江巡撫。
海瑞巡撫的地方也非同一般。首先是南京應天府，然後有鎮江府、常州府、蘇州府和松江府等等，非富即貴。何況他還兼理浙江省杭州、嘉興和湖州三府的稅糧。任務之重和權力之大，在他一生中可謂登峰造極。
海瑞也摩拳擦掌，準備大幹一場。
描繪了自洞庭湖和嶽州府開始，經長江、大運河至北京的水道路線。明時漕糧份額之分配，以南直隸和浙江地區為重，覆蓋海瑞巡撫之應天、蘇州、常州、鎮江、松江、徽州、太平、寧國、安慶、池州十府和廣德州，以及監理稅糧之區域。原圖藏天津博物館。
舉措則有大有小。
小的是整頓風氣。海瑞下車伊始，就頒佈他的《督撫條約》三十六條。這些規定具體而細緻，比如巡撫出巡，當地官員不得出城迎接，更不得設宴招待。工作餐可以有雞魚肉各一樣，但不得供應鵝和黃酒。境內的公文，一律使用廉價紙張，後面也禁止留有空白。忠靖凌雲巾和宛紅撒金紙之類奢侈品，鬥糖鬥纏之類零嘴甜食，大定勝餅桌席之類有鋪張浪費嫌疑的習俗，也在嚴查之列，必須不見蹤影。
憲令一齣，官民人等無不愕然。應天十府官員紛紛請求改調他處，有的甚至自動離職。縉紳之家則把朱漆大門改成黑色，弄得蘇州城裡好像都在操辦喪事。就連江南織造太監也夾起了尾巴，把自己的轎伕由八人減至四人。sup/sup
廉政風暴，就這樣掀起。
海瑞卻還要打大老虎。
大老虎就是地方豪強，主要由鄉紳構成。鄉紳包括退休官員和有文化的地主，往往同時也是宗族長老。其中，心地善良作風正派的，可以幫助官府維持治安，敦風化俗；怙惡不悛為富不仁者，則包攬訟詞，武斷鄉曲，魚肉百姓，成為地道的土豪劣紳。而後者最大的問題，是通過巧取豪奪大量佔有土地，同時又依仗特權拒不按照實際田畝繳納糧稅。
結果，耕者無其田，而稅收無由出。
海瑞當然不能坐視不管。
隆慶三年十二月，也就是接任巡撫半年後，海瑞巡視了轄區內的松江府。松江現在屬於上海，當時則與常州和蘇州同為帝國財政的主要來源地，也是官僚權貴的集中點，豪門鉅富數不勝數，土地兼併的問題也最為嚴重，以至於到巡撫大人行臺提出控訴的農民，竟達近萬人之多。sup/sup
更麻煩的是，最大的老虎是徐階。
徐階是松江府華亭縣人。由於數代沒有分家，因此家族成員多達數千。佔有土地的數字也很嚇人，數十萬畝。這就很難說是他的家人誠實勞動所得，理應退還原主。海瑞既然在他的《督撫條約》中宣稱，本院執法一視同仁，退田運動也不管對方是閣老還是尚書，當然不能對徐階破例。sup/sup
這時徐階已經退休，也很給海瑞面子，不但退田，還造冊呈上。海瑞看了卻哭笑不得，因為徐階只是象徵性地退了些許，很明顯地是想敷衍了事，矇混過關。
那麼，又該如之何呢？
海瑞多少有些糾結。他倒不畏權貴，徐階卻對他有救命之恩。徐階在嘉靖怒不可遏時密奏說：海瑞之言的狂悖眾所周知，動機則無非沽名釣譽，所以殺他反倒是成全。更何況他敢於直言，是因為知道陛下聖明。聖度如天如地，自然也無所不容。唯其能容所難容者，才足見所容之大。sup/sup
嘉靖這才打消要殺海瑞的念頭。
徐階的話並不好聽，但是管用，而且「主聖則臣直」也實際上肯定了海瑞，只不過要先拍嘉靖的馬屁，非如此不能將其從那暴君的虎口中救出。不難想象，當時徐階如果煽風點火添油加醋，十個海瑞也得粉身碎骨。
海瑞不能以怨報德。
然而對於此事，海瑞有自己的看法。他認為，君子愛人以德，最好的方式就是幫助他改正錯誤，挽回影響。事實上只要民田一退，民憤便可平息，閒言碎語也可以消彌。因此海瑞給徐階寫信：最近查閱退田名冊，更加感到閣老的盛德出人意表。可惜退數不多，希望再加清理為幸。sup/sup